日本袭击珍珠港完全出乎德国人的预料。所以，尽管德国与意大利于12月11日对美国宣战，但是德国潜艇在一个多月之后才能对脆弱的美国海上运输船只发动攻击。邓尼茨急于要给对方以沉重打击，但令他懊丧的是，德国海军参谋部却坚持要把德国在大西洋的64艘潜艇中的大部分保留在地中海和通往直布罗陀的有重兵巡逻的航道上。因此，德国潜艇司令开始时只能派出5艘1100吨级的潜艇去实施即将开始的对哈特勒斯角与圣劳伦斯湾之间的运输船只的攻击。这次攻击的代号为“铜鼓声”作战，其战争意图是瘫痪北美大西洋沿海的交通运输，从而减少运往美国东海岸工业区的石油与其他原料。德国潜艇司令希图逐渐地向墨西哥湾和加勒比海渗透，以使盟国的护航兵力达到最紧张的程度。从广义上讲，邓尼茨认为西大西洋的海上贸易由于护航兵力薄弱、护航经验不足，因而为德国获得吨位战的胜利提供了有利条件。据当时德国潜艇司令估计，为要达到这个目标，每个月必须消耗同盟国700,000吨商船。这样，英国即使不会被彻底扼死，也将被迫接受和谈。
德国潜艇在北美海域发动的攻击，一时震惊了美国和加拿大的防御部队。继执行“铜鼓声”的5艘潜艇组成的攻击艇群之后，又有6艘740吨级的潜艇横渡大西洋，在纽芬兰附近海域同时发动了攻击。“铜鼓声”艇群在哈特勒斯角与布雷顿角岛之间迅速地伏击了20艘独立航行的船只。开始时，这些潜艇在卡罗来纳角附近海域遇到了极好的战机。它们发现了许多没有武装的商船，其中有些船只还亮着航行灯。在没有运输船队的情况下，就没有必要实施狼群战术了。因此，德国潜艇分散行动。黄昏之前，它们一直潜伏在近海水域；黄昏之后，便半露于水面，向目标接近，以炮火或鱼雷击毁对方商船。在德国潜艇的日益猛烈的攻击下，损失的商船吨位急剧增加。12月份，被德国潜艇击沉的商船总计124,070吨；1月份，增加到327,357吨；2月份，又增加到467,451吨；而3月份，则达到537,980吨。3月份仅在美国东部海疆就有28艘船只被击沉，共计159,340吨，其中半数是油船。
尽管邓尼茨派往西大西洋的潜艇从未超过12艘，但事实证明，美国运输船只对于潜艇的攻击缺少有力的防御措施。由于太平洋战区的需要以及其他现有的驱逐舰要继续担负北大西洋运输船队的护航，在1941年底，东部海疆司令部司令阿道弗斯·安德鲁斯海军中将只有一支力量薄弱的水面舰艇兵力和9架巡逻机。尽管到1942年3月下旬，陆军和海军的170架飞机承担了近海巡逻任务，但安德鲁斯仍觉得他的100多艘驱逐舰、海岸警卫队快艇、改装的巡逻艇和武装拖网渔船不能满足对近海运输船队护航的需要。东部海疆司令部确信这样一句与英国战争经验截然相反的名言：“运输船队如果没有充分的兵力护航，还不如没有运输船队为好。”因而他们采取了一系列紧急措施，其中包括组成猎潜群，进行“进攻性”巡逻，以及采用其火炮隐蔽的伪装猎潜船(即Q船)。可是，这些措施基本上没有发挥积极的作用。4月份在东部海疆仍有23艘商船被击沉，而且在德国潜艇在东海岸发动闪击战的头三个月中没有一艘潜艇被击沉。因此，德国的潜艇艇员将这段时间称之为“第二次愉快的时间”。
3月份，同盟国损失的商船总计超过800,000吨，这在第二次世界大战史上还是第一次。所以，同盟国必须采取有力措施以防止商船遭受更大的灾难。2月份，英国给了美国24艘武装拖网渔船和10艘小型护卫舰。这些舰船上均装有最新式的潜艇探测器。美国为近海运输船队所采取的第一个步骤是建立一种叫作“水桶队”的小型运输船队。这些运输船队白天在护航舰的保护下航行，到了夜晚就进入有防护的锚地。4月中旬，英国海军部减少了从哈利法克斯出发的运输船队的航次，由每5天一次改为7天一次，并扩大了运输船队的规模，从而腾出2个急需的护航舰群去美国领海执行护航任务。由于扩大了运输船队的规模，护航舰同被护航船只的比数随之减少，因为能够得到保护的船只数量取决于运输船队环形圈的面积；而护航舰的数量则取决于一个更大的同心圆的圆周。
美国又用了一个月的时间才在东海岸建立了一种运输船队系统。金海军上将写道：“护航不只是解决潜艇威胁的一种办法，而且是可能获得成功的唯一办法。所谓的海上搜索与巡逻再次被证明是无效的。”根据作战的结果可以看出，金海军上将的这个论断是正确的。德国潜艇在头4个月中在美国东海岸附近击沉87艘商船，共计514,366吨；可是，当运输船队出现时，邓尼茨立即开始将潜艇向南调遣，不打算以狼群战术去同运输船队较量。德国人发现，在没有运输船队系统的墨西哥湾和地中海进行破袭卓有成效。5月份，德国潜艇在那里击沉商船41艘，共计219,867吨，其中将近一半是在密西西比河河口附近被击沉的油船。由于美国建立了连锁运输船队系统，才制止了潜艇的猛烈攻击。这种连锁运输船队系统可以使运输船只在海上由一支运输船队转入另一支运输船队。它要求对运输船队的航行与会合制订出非常周密的计划，但它却能给加勒比海和墨西哥湾内复杂的航运形式以必要的灵活性。
为了再次寻找没有舰艇护航的船只，德国潜艇部队充分发挥了数艘1700吨级的新型供应潜艇(又称“乳牛”)的多种后勤用途的特点，对特立尼达、里约热内卢和开普敦附近海域的单独航行的船只发动了攻击。有了这种供应潜艇作保障，德国潜艇艇长就能够把在巴拿马运河附近海域和圭亚那沿海的巡逻距离增加一倍，并获得巨大的战果。5月份，德国潜艇在大西洋击沉了26艘商船。在随后的4个月中，尽管7月份美国对运输船队的护航延伸到西班牙港，平均每月仍有二十几艘船只被击沉。盟国飞机的全日掩护(不同于飞机护航)也阻挡不了这些德国潜艇，因为潜艇在实施袭击时保持着与运输船队同样的航向和航速，从而规避了雷达的探测。1942年秋，同盟国的护航部队在这些海域成功地击沉3艘德国潜艇。可是在年底以前，德国潜艇继续在特立尼达航道获得了成功，因为在此期间仍有许多船只在此海域单独航行。
1942年第三季度，德国潜艇在加勒比海击沉了1,505,888吨同盟国的运输船只。8月中旬，10艘潜艇进入巴西海域，对沿海的和横渡大西洋的运输船只发动了闪电般的袭击。U-507号潜艇在巴伊亚附近海域用鱼雷击沉了5艘巴西货船，从而使巴西对德宣战，并迫切提出要将近海运输船队系统扩展到特立尼达东南海域。护航兵力的缺乏推迟了最后这一海上环节的建立。但是，美国南大西洋舰队司令G·H·英格拉姆海军中将凑集了一支海上兵力，这支海上兵力足以挫败德国再次击沉一批运输船只的企图。虽然邓尼茨对这次收获不大的攻击不太满意，但他仍于11月和12月向圣罗克角海域派出了第二批潜艇。在特立尼达与巴伊亚之间组织起定期的护航运输队之前，德国潜艇又击沉了20多艘同盟国的运输船只。由于“卡塔利娜”式飞机炸沉了德国的U-164号和U-507号潜艇，同盟国总算挫败了德国潜艇部队所发动的这次远程攻击。
第五阶段：重返中大西洋
在北美海域的运输船队采用了飞机及水面舰艇护航之后，邓尼茨决定将他攻击的重点转回到中大西洋。在那里，德国潜艇可以任意攻击那些没有飞机掩护的运输船队。然而不久，他奉命将很大一部分潜艇兵力调去攻击前往俄国北部的摩尔曼斯克运输船队。
前往俄国北部的英国运输船队开始于1941年8月。在1942年的头三个月中，这些运输船队在德国潜艇和飞机的攻击下所遭受的损失寥寥无几；但随着德国水面舰艇兵力的北移，形势很快发生了变化。“俾斯麦”号的姊妹舰、当时已服役的新战列舰“梯尔比兹”号同“舍尔海军上将”号、“吕佐夫”号和“希佩尔海军上将”号一样，也驶往挪威的基地。随后的几支运输船队都遭到了德国飞机和潜艇日益猛烈的袭击。当时，由于英国舰艇在马达加斯加作战，美国的舰艇便增援了英国在斯卡帕湾的本土舰队，并将参与保卫前往俄国北部的运输船队的行动。
在罗斯福和丘吉尔看来，派出这些运输船队是出于政治需要，是使俄国一同参战必不可少的条件。可是，由于德军对这条航线上的船只实施日益激烈的攻击，同盟国的舆论认为，这些运输船队简直无异于自杀。5月间，PQ-16运输船队中的34艘商船损失了7艘，护航舰艇也伤亡惨重。德国海军参谋部计划采取一项全面的军事行动(即“跳马”作战)，准备使用飞机、潜艇，以及各种重型与轻型水面舰艇来消灭下一支前往俄国的运输船队。
英国海军部充分认识到这一严重危险，因此，为PQ-17运输船队提供了21艘护航舰，以及一支由3艘驱逐舰和4艘巡洋舰组成的掩护兵力；同时还派出一支远距离支援部队，其中包括2艘战列舰(英国“约克公爵”号和美国“华盛顿”号)、3艘巡洋舰、13艘驱逐舰和英国“胜利”号航空母舰。1942年6月27日，由33艘商船、3艘救生船和1艘舰队油船所组成的PQ-17运输船队驶离了冰岛的赫瓦尔峡湾。当运输船队航行至熊岛以北海域时(在那里，午夜太阳持续照耀，有利于敌人的空袭)，运输船队遭到为时3天的猛烈攻击。7月4日，攻击达到了最高峰。在这段时间内，运输船队严守各种规定，因此，最大限度地减少了伤亡，并击毁几架德国飞机。运输船队终于挫败了敌人的进攻，己方只损失了4艘船只，其中1艘被重创，但最终仍然驶抵港口。在粉碎敌人的攻击之后，运输船队对胜利怀有极大的信心。但此时，英国海军部却发来了一系列令人费解的电报：
下午9时11分，特急电：巡洋舰部队向西高速撤出。
下午9时23分，紧急电：鉴于敌人水面舰艇的威胁，运输船队就地疏散，驶入俄国港口。
下午9时36分，特急电：运输船队立即疏散。
从这一系列极不寻常的电报中可以看出，海军部确信“梯尔比兹”号将可能攻击运输船队和巡洋舰部队。虽然侦察机失去了同这艘德舰的接触，可是英国海军部认为：在7月5日之时以后它随时将会对运输船队实施截击。担任支援的战列舰与“胜利”号航空母舰由于在西面距离太远，不能进行干预，而且这些兵力当时正在保卫西行的QP-13运输船队，该船队已驶过扬马延岛，因而脱离了严重危险。第一海务大臣是根据错误的情报作出他的决定，他干预和妨碍了1500海里以外他所不能了解情况的海域的作战活动。鉴于海军部的电报的急迫性，巡洋舰部队司令L·H·K·汉密尔顿海军少将深感无可奈何，只好照办，并期待着与“梯尔比兹”号随时相遇。而驱逐舰和护航舰也前往支援巡洋舰同“梯尔比兹”号这场预期之中的激战。
具有讽刺意味的是，虽然“梯尔比兹”号、“舍尔海军上将”号和“希佩尔海军上将”号确实已开始进行“跳马”作战，但由于混乱的空中侦察和希特勒不作冒险的方针，它们在海上游弋了10个小时之后又返回港口。英国海军部虽然无法了解德舰将不实施攻击的消息，但根据以往的经验，他们却知道，德国水面舰艇部队不愿攻击有强大护航兵力的运输船队，而且一向拒绝同哪怕是巡洋舰的护航兵力作战。
疏散命令的执行结果导致PQ-17运输船队又损失了21艘船只。在13艘抵港的船只中，有11艘加入了其他残余的运输船队。在加入残余的运输船队的船只中，仅损失了2艘，而损失的其余19艘则是独立航行的船只。因此，从PQ-17运输船队的后一阶段的命运中可以看出，即便是在最困难的条件下，保持运输船队的完整乃是确保商船安全的最有效的办法。
这次行动产生了一系列重要的结果，最为明显的是，英国决定在1942年秋季以前暂时停止向俄国北部派出运输船队。美国对于没有有效地利用“华盛顿”号和它的僚舰大所失望。于是，金海军上将便很快地将这些舰只调往太平洋。从此以后，他以一种消极的态度来看待美、英海军的联合行动。与此同时，驻挪威的德军完全被“跳马”作战的胜利激奋起来了。这样一来，如果同盟国恢复向俄国北部派遣运输船队，那么，他们所面临的危险性就更大了。
9月，当由40艘船只组成的PQ-18运输船队在重兵保护下航行时，它的护航兵力中有英国的护航航空母舰“复仇者”号。该舰的航载机在运输船队的高射炮的配合下击毁了约40架德国飞机。水面护航舰艇击沉3艘德国潜艇。运输船队虽然损失了11艘船只，但只有3艘是被潜艇击沉的。这一回，运输船队没有疏散，而是始终在一道航行，这再次证明运输船队集体行动是明智的。在随后的几个月中，因北非登陆即将开始，英国无力再向俄国派遣运输船队。后来英国采取了“细流”作战，即派遣一些小批没有护航的商船一起行动。结果，派出的13艘船只中只有5艘侥幸地抵达目的港，损失60%以上。
在南部海域，德国潜艇也活跃起来。10月中旬，德国的“冰熊”潜艇群穿过大西洋的海峡，伏击了独立航行的运输船(其中包括命运不济的英国运输船“拉科尼亚”号9月12日，“拉科尼亚”号运输船在阿松森岛东北海域被德国U-156号潜艇击沉。U-156号潜艇发现该船装载了1800名意大利战俘和811名英军。当U-156号潜艇发出求援信号时，“冰熊”艇群中的其他潜艇遵照德国潜艇司令的命令，纷纷赶来救援。16日下午，德国潜艇拖带着数百名运输船上的幸存人员。当时尽管U-156号潜艇在艇首挂了一面红十字旗，但一架从阿松森岛起飞的美国B-24轰炸机在U-156号潜艇上空盘旋后最终对其实施了攻击。在收到这些事件的报告后，邓尼茨下令以后禁止对商船幸存人员进行救援。在纽伦堡审判中，同盟国的公诉人企图证明，“拉科尼亚号命令”实际构成一种经过掩饰的鼓励故意屠杀幸存人员的企图。但是，通过对有关事实(包括一些有名的暴行案件等)的全面调查，这种论点被推翻了。)，随后准备在开普敦附近海域发动一次进攻。U-179号潜艇当即被击沉，但其他潜艇却对好望角以东的航运造成极大的破坏，并声称于10月和11月在开普敦附近和莫桑比克海峡击沉了31艘船只。然后，它们开始返航。
邓尼茨认识到，德国的潜艇部队只有在中大西洋才能取得决定性的胜利。到1942年7月，德国潜艇的建造速度已达到每月30艘。这种潜艇数量的增长使得邓尼茨能够承担更大的风险去攻击运输船队。由于同盟国的多数飞机和水面舰艇都装备了雷达，德国潜艇面临着越来越大的危险。除此之外，同盟国这时已拥有更多的护航舰艇，从而可以组成一些有6至8艘驱逐舰、护卫舰和小型护卫舰的反潜支援大队。后来，护航航空母舰也与水面舰艇配合行动。这些支援大队配备了经验丰富的人员，它们不担负常规的护航任务，但随时准备援助那些遭受德国潜艇猛烈攻击的运输船队。
邓尼茨深知飞机护航对德国潜艇所造成的新的危险，因此，他集中力量攻击“黑坑”海域内的船只。他在这一海域的两侧设立了警戒线，这样，德国潜艇可以对从两个方向驶入“黑坑”内的运输船队实施持续的攻击，而潜艇本身可以不受飞机的袭击。同盟国商船的损失在不断增长，1942年11月已达807,754吨(注册吨位)。邓尼茨为了阻挠盟军在北非登陆，被迫减弱了潜艇在“黑坑”海域的攻势。但是随后，德国潜艇仍然继续在“黑坑”海域内实施攻击，并于1943年3月达到了高潮。
到1942年圣诞节，同盟国感到他们必须设法对付高度集中的德国潜艇司令部所具有的那种战略部署的灵活性。因此，同盟国政府首脑于1943年1月在卡萨布兰卡与盟军参谋长联席会议的成员举行了会议。他们一致同意“同盟国部队的首要任务必须是击败德国的潜艇”，并指示召开参谋会议重新调整对大西洋运输船队的控制。随后召开的华盛顿运输船队会议否决了关于建立同盟国联合反潜指挥部的政治提议，并于3月1日采纳了金海军上将的一项方案。根据此项方案，英国和加拿大继续负责对北大西洋运输船队的控制，而美国则负责中大西洋运输船队(从哈利法克斯以南的港口前往地中海和南大西洋)以及连锁运输船队系统。
同盟国的运输船队是以字母为和数字为代号的，这些字母和数字表示出发港、目的地及特定的运输船队编号。主要的大西洋运输船队的航线和目的地有：哈利法克斯至英国(HX)、英国至哈利法克斯(ON)、锡德尼、新斯科舍至英国(SC)、英国至锡德尼(ONS)、波士顿至哈利法克斯(BX)、英国至直布罗陀(OG)、直布罗陀至英国(HG)、英国至俄国北部(PQ)(后改为JW)、美国至直布罗陀(UGS)、直布罗陀至美国(GUS)
在英国，海军部的作战研究人员分析了1941年至1942年运输船队的活动情况。他们发现，运输船队中被击沉商船的数字完全不受船队规模的影响。相反，被击沉的商船只取决于实施攻击的德国潜艇的数量和水面护航舰艇的数量(在没有飞机护航时)。如果运输船队的平均规模由32艘增加到54艘，护航舰则要由6艘增加到9艘；而运输船队的损失则因船队的扩大而减少56%，因护航舰的增加而减少25%。如果平均每天有8小时的空中护航，那么，1941年至1942年期间所损失的船只就可以减少64%。扩大运输船队的规模还会减少它们的航次，这样，则可在不额外增加护航兵力的情况下加强每次船队的水面与空中的护航力量；而且由于商船的损失减少了，实际上无形中就增加了商船的货物运输量。
尽管1943年4月同盟国运输船的损失下降到344,680吨，可是德国潜艇司令清楚地知道，这只是一种暂时的现象，在继3月份的激烈战斗之后这种下降是不可避免的。为了弥补因同盟国明显改进防御措施而造成的潜艇单艇作战效果的下降，邓尼茨计划在北大西洋集中一支空前强大的潜艇兵力。4月28日，北大西洋上双方最后较量的时刻终于来到了。西行的ONS-5运输船队在冰岛附近海域受到德国潜艇警戒兵力的拦截，损失了一艘商船，随后只是由于驶入了一片迷雾，它们才幸免于遭受一次全面攻击。在费尔韦尔角附近海域，一阵狂风吹散了运输船队，护航队指挥官P·W·格雷顿海军中校出色地将这支42艘船只的船队集中起来，并向南驶去，结果闯入了一个集结有51艘潜艇的大艇群。5月4日，从纽芬兰空军基地起飞的“卡塔利挪”式飞机炸沉了U-630号潜艇，但是到了黄昏时，“山鸟”潜艇群从四面八方围了上来，截住了那些在北极光的映照下显露出船形的货船。11艘潜艇几乎全部蜂涌般地扑向ONS-5运输船队的护航队，拂晓前击沉了7艘运输船；翌日上午，又击沉4艘掉队的船只。小型护卫舰“石竹”号使用深水炸弹炸沉了U-192号潜艇。但到了傍晚，又有15艘潜艇逼近，屡遭打击的运输船队此时又面临着覆灭的危境。随后，战术形势发生了彻底的变化。5月5日晚，ONS-5运输船队又缓缓地驶进了一片浓雾之中。虽然它受到个别潜艇的攻击不下25次之多，但无一损失。邓尼茨的潜艇因没有雷达而多次被7艘护航舰驱走。新赶到的两个反潜支援大队对敌发起了勇猛的攻击。它们充分发挥了雷达与高频无线电测向仪的作用，彻底粉碎了德国人的阻挠，在午夜到拂晓间协助护航兵力又击沉4艘潜艇。
德国潜艇与同盟国护航运输队之间所进行的这场海上搏击战竟成了大西洋争夺战中的最高潮。德国潜艇部队在纽芬兰附近海域遭到了这次意想不到的失败之后，从此一蹶不振。德国的“狼群”最后一次击毁了一支哈利法克斯运输船队的许多船只。反潜支援大队、护航航空母舰和远程飞机的干预是同盟国在大西洋取得胜利的关键。在ONS-5运输船队经受了严峻考验之后的3个星期内，同盟国有12支运输船队通过了“黑坑”，总共只损失了5艘船只，而同盟国的空中与水面护航兵力却击沉了13艘德国潜艇。对邓尼茨的大规模而比较盲目的“狼群”战术，英国的“诱杀”战术当时取得了成功，迫使德国潜艇于5月份放弃了北大西洋，寻求危险性较小的游猎区。邓尼茨在“黑暗的五月”中蒙受了被击沉41艘潜艇的巨大损失之后，他再次诉诸于吨位战的战略，命令潜艇南驶，企图将德国潜艇部队从覆灭之中挽救出来，以待技术条件发展之后再重返北大西洋。邓尼茨的此项决定使同盟国的运输船队在诺曼底登陆之前的12个月中能够较顺利地通过北大西洋。由于同盟国反潜措施的有力加强和美国造船能力的极大提高，德国吨位战的战略瓦解了。7月份，同盟国每月的造船量终于超过了它在世界各地被轴心国所击沉的数量。到1943年底，大西洋的同盟国取得了年产商船1440万吨的成绩，超过德国人估计数的40%。
1943年春末，英、美部队联合发动的强大的反潜攻势不仅是军舰与飞机生产日益增长的结果，而且也是组织上的全面调整改组、人员的系统教育，以及水下军事科学的决定性进步的产物。事实证明，对美国的反潜发展负有广泛监督任务的美国第10舰队的建立，对于促进有效的训练、提供改进武器与战术的科学方法，以及协调作战情报都具有非常重要的意义。这个秘密的行政管理机构于5月1日建立。该机构在金海军上将的亲自领导下，并由F·S·洛海军少将任参谋长，为大西洋舰队的作战提供了全面支援。大西洋舰队所属的由护航航空母舰和驱逐舰或护航驱逐舰新组成的猎潜群，不久将在中大西洋发挥它们的威力。
第六阶段：中大西洋与比斯开湾的攻势
1943年5月下旬，邓尼茨决定将“狼群”作战转移到亚速尔群岛西南海域。这项决定恰好向美国大西洋舰队司令英格索尔海军上将提供了他等待已久的使用新建立的猎潜群的机会。就战术改革的迅速而言，在此后的三个月中，以护航航空母舰“博格”号、“卡德”号、“科尔”号和“桑提”号为核心的猎潜群对中大西洋运输船队的支援作战在海军史上实际上是无与伦比的。“博格”号上的飞行员创造了一种“野猫”式与“复仇者”式飞机的协同战术。6月3日，他们在为GUS-7A运输船队护航时发现了德国的“抵抗”潜艇群，击沉了U-217号潜艇和U-118号供应潜艇，并击伤其他潜艇数艘。7月中旬，在海上到处游弋的“科尔”号和“桑提”号猎潜群在亚速尔群岛以南海域挫败了一支由17艘潜艇组成的艇群搜索中大西洋运输船队的企图。它们使用了美国海军的“菲德”新型反潜自导鱼雷，击沉4艘潜艇，其中包括2艘供应潜艇。
残余的德国潜艇被这些航空战术逼得走投无路，只好浮到水面上进行还击从而使得“博格”号、“桑提”号和“科尔”号猎潜群在仲夏又击沉了5艘潜艇。与此同时，“卡德”号上的飞行大队在A·J·尹斯贝尔上尉的指挥下又炸沉了4艘潜艇，其中包括2艘供应潜艇。在不到3个月的时间内，英格索尔将军的猎潜群击沉了15艘德国潜艇，其中8艘是供应潜艇，而己方只损失了3架飞机。击沉德国的潜水油船(即供应潜艇)完全不同于击沉运输船队中的一艘商船，它有效地阻止了德国集中兵力对中大西洋运输船队的进攻，并大大地降低了德国潜艇在加勒比海、南大西洋以及印度洋的作战效果。
尽管德国潜艇部队在中大西洋损失严重，可是，这些损失还不及德国潜艇当时在比斯开湾所遭受的“屠杀”更使德国潜艇司令感到忧虑。从1942年春以来，英国空军岸防航空兵便一直试图在那儿对潜艇进行一次持久的进攻。由于采用了雷达，英国飞机在这个潜艇必经的海域对潜艇的探测取得了一些小小的成绩。可是，在邓尼茨开始为潜艇装备一种叫作“梅托克斯”的雷达接收机之后，英国的这种优势便不复存在了。这种接收机接收雷达信号的距离比对方搜索雷达的目标探测距离远得多。但是，1943年初英国飞机突然恢复对水面上的德国潜艇的攻击，而“梅托克斯”雷达接收机却没有收到对方的雷达信号。据德国潜艇司令解释，这种现象是“梅托克斯”发出的一种能被被动雷达测到的信号所造成的。因此，他下令停止使用“梅托克斯”接收机。实际上，英国研制出一种波长为10厘米的超高频雷达，而这种雷达所发射的电波，“梅托克斯”是探测不到的。对潜攻击继续进行，同盟国的飞机使用一种8000万支烛光的“利”式探照灯，并配合雷达在黑夜中对潜艇实施突然袭击。在3至4月间，攻击的效果有限，因为潜艇在受到攻击时往往急速下潜。德国科学家们竭力对“梅托克斯”进行改进，但毫无成效；与此同时，邓尼茨为潜艇增加了防空武器，并改变了他过去的指示，命令所有要通过比斯开湾的潜艇在夜间潜航，只是在白天浮上水面进行充电。尤为重要的是，这位德国潜艇司令要求所有的潜艇艇长在攻击的飞机距离太近而潜艇又无法紧急下潜的情况下在水面上用防空武器进行还击。
虽然英国轰炸机在7月份的前三个星期中炸毁了6艘德国潜艇，但是，“比斯开湾的大屠杀”到28日才真正开始。在随后的一星期中，美国和英国的飞机以及英国第二支援大队击沉了9艘德国潜艇。德国潜艇司令迫于这种猛烈攻击，不仅放弃了潜艇群通过比斯开湾的做法，而且于8月初下令潜艇暂停从比斯开湾基地启航。因此，盟军在比斯开湾的攻势最终达到了对邓尼茨驻法国西部的潜艇部队的实际封锁。后来，德国潜艇司令又设法恢复了航渡，令潜艇沿着西班牙北部海岸航行，因为在那里它们实际上可以避免雷达的探测。在比斯开湾的这次攻击行动中，同盟国共击沉28艘试图通过比斯开湾的德国潜艇。
第七阶段：北大西洋的最后争夺战
在进行了三个月几乎无效的吨位战之后，邓尼茨于1943年9月19日下令再次向同盟国北大西洋的主要运输线发动进攻。当时，他准备使用一种新式武器，即“鹪鹩”式音响自导鱼雷。这种鱼雷能自动导向舰船的螺旋桨。“鹪鹩”式音响自导鱼雷是用来对付护航舰的，它可将敌警戒幕炸开一个缺口，以便使用常规鱼雷攻击商船。9月份，德国的“拉顿”潜艇群攻击了西行的ON-202和ONS-18运输船队，击沉3艘护航舰，击伤1艘，另外还将6艘商船葬送于海底。为了对付“鹪鹩”式鱼雷，英、美的军舰开始使用一种名叫“福克瑟”的噪音发生器，用以对付音响自导鱼雷。这种设备拖在舰船后面，可以吸引音响自导鱼雷对其攻击，而对舰船本身不会造成损害。
然而，由于同盟国对原“黑坑”及其他海域内受威胁的运输船队实施了有组织的近距离空中日夜护航，德国潜艇在北大西洋的进攻最终被制止住了。在这些护航活动中，岸基飞机同护航航空母舰上的飞机互相配合。护航航空母舰，或者参与运输船队的护航，或者同水面反潜支援大队在一起活动。那时，水面反潜支援大队已能够与岸基飞机一道昼夜为运输船队护航。实践证明，同盟国对付敌潜艇的这些措施非常有效，以致邓尼茨只好将其潜艇撤离“黑坑”，并在10月份试图将潜艇集中于冰岛以南，结果3艘潜艇被岸基飞机击沉。邓尼茨虽然认识到攻击北大西洋上的运输船队极其危险，可是他一意孤行，一直持续到1944年2月，结果导致了严重损失，而同盟国的运输船只却损失很少。由于同盟国综合使用了水面舰艇近距离护航、岸基飞机护航，以及反潜支援大队的局部空中支援(由护航航空母舰提供)，这时的北大西洋运输船队实际上没有遭受敌人的攻击。
10月中旬，葡萄牙同意英国空军岸防航空兵的飞机从亚速尔群岛起飞进行作战活动。英国获取这个中大西洋的基地，以及对运输船队实施夜间空中护航，是对邓尼茨企图在北大西洋和中大西洋对运输船队重新组织一次进攻的一个决定性打击。同盟国在比斯开湾获得的新胜利、从亚速尔群岛出发的定期空中巡逻，以及英、美猎潜群在比斯开湾以外坚持不懈的搜索，这一切有效地挫败了德国潜艇最后的一次狼群作战。在高速的XXI型潜艇投入使用(这种潜艇的生产因同盟国的空袭而开始受到影响)之前，邓尼茨毫不掩饰地说：“在战争的目前阶段，必须首先考虑的不是战争的胜利，而是潜艇和潜艇艇员的生存问题。”
第八阶段：最后一仗
1943年，德国共损失了237艘潜艇。由于英、美入侵法国和其他一些重要原因，1944年德国潜艇的损失又有增加，而大肆吹嘘的“瓦尔特”过氧化氢潜艇仍继续推迟生产。邓尼茨此时已担任德国海军总司令，他被迫将他的潜艇部队调到远离极其重要的北大西洋的海域作战。
英国皇家海军的护航航空母舰战斗群在为摩尔曼斯克运输船队的护航中，充分发挥了巨大的威力。在1944年，前往摩尔曼斯克的运输船队成了德国狼群战术作战的唯一目标。由于其他地区需要护航兵力，海军部曾两次被迫暂停向摩尔曼斯克派出运输船队。在1943年底，海军部又能够重新开辟前往俄国北部的航路。北行的JW-58运输船队，由2艘护航航空母舰、2艘防空巡逻艇和1个由9艘舰艇组成的近距离警戒幕护航，并得到2个反潜支援大队的近距离掩护。这是一支典型的、由反潜特混部队护航的运输船队，护航队的指挥官是由曾于12月任“大胆”号航空母舰战斗群指挥官的F·J·沃克海军上校担任。他的战斗群于3月29日击沉第一艘尾随跟踪的U-961号潜艇。此后，从“搜索者”号和“活动”号航空母舰起飞的飞机同近距离护航兵力相配合，又消灭了3艘潜艇。与此同时，运输船队安全驶向摩尔曼斯克，没有受到任何损失。英国护航航空母舰在运输船队的视距内继续与德国潜艇交战，致使敌人遭受重大损失。1944年，英国护航航空母舰在北方海域一共击沉13艘德国潜艇，而在此期间，前往摩尔曼斯克的运输船队只损失了6艘船只。随后，德国空军对运输船队展开了日益激烈的攻击，但结果是枉费心机。前往俄国北部的运输船队的这一段十分严酷的斗争历史从此宣告结束了。
1944年，当一些德国潜艇在佛得角群岛附近加油，准备前往开普敦附近海域和印度洋发动大规模进攻时，为前往北非和中地中海的运输船队担负远距离护航的美国猎潜群对它们成功地实施了攻击，从而完成了其护航反潜任务。2月下旬，德国的U-709号潜艇在慌忙中闯入了以“布洛克岛”号护航航空母舰为核心的猎潜群中，当即被两艘护航驱逐舰“布朗斯坦”号和“托马斯”号击沉。29日午夜过后不久，“布朗斯坦”号的舰长S·H·金尼上尉发现了正在驶向“布洛克岛”号的U-603号潜艇。他迫使敌潜艇潜到水下，并对其实施了致命的打击。片刻之后，“布洛克岛”号猎潜群便转向西南，向集中在佛得角群岛附近的潜艇冲去，结果获得了成功。3月17日，“科里”号和“布朗斯坦”号，继一系列的飞机对潜攻击之后，一举击沉了U-801号潜艇。两天之后，“布洛克岛”号航空母舰上的飞机发现并炸沉了U-1059号潜艇，从而使这支新组建的猎潜群的巡航获得圆满成功。
在猎潜群活动日益频繁的情况下，邓尼茨于4月中旬将潜艇的主要加油点又向西推移了700海里，可是那些海域同样受到大批舰载飞机的侵扰。5月5日，U-66号潜艇通过无线电向邓尼茨报告，“中大西洋甚至比比斯开湾还糟糕。”这一不祥的信号向邓尼茨表明，补给潜艇继续行动是不可能的了。U-66号潜艇刚刚发完这份电报就被“布洛克岛”号的一架飞机发现了。因缺乏炸弹和深水炸弹，飞行员引导“巴克利”号护航驱逐舰实施攻击。5月6日3时20分，“巴克利”号成功地逼近到距离2100码时对该潜艇发起攻击，击中潜艇指挥台的前部。在随后的一刻钟交战中，“巴克利”号避开一条鱼雷后径直朝着德国潜艇的前甲板猛撞。德国人匆匆弃艇逃生，有几个人为了不被淹死，爬上了“巴克利”号。起初，美国人没有理解这些德国人的意图，用机枪以至咖啡杯将他们击退。后来，“巴克利”号进行了海上搜索(这次搜索一直持续到日落后)，救起36名德国潜艇的幸存者。
从此以后，德国潜艇在经过佛得角群岛附近海面时倍加谨慎，始终警惕着护航航空母舰。5月下旬，U-549号潜艇多次逃脱了“布洛克岛”号舰载机的袭击，并于29日夜突破对方的警戒幕，对“布洛克岛”号航空母舰射中了2条鱼雷。在一片救援的混乱之中，U-549号潜艇冒着对方深水炸弹接二连三的攻击，以一条“鹪鹩”式音响自导鱼雷成功地炸掉了“巴尔”号护航驱逐舰的艉部，而U-549号潜艇则被对方发射的3串刺猬弹(一种向前发射的反潜武器)所击毁。6月初，“布洛克岛”号的损失得到了报偿。当时，“瓜达尔卡纳尔岛”号护航航空母舰战斗群在D·V·加勒里海军上校的率领下获得了巨大的成就。1944年6月4日，“查特林”号护航驱逐舰在“复仇者”式舰载机的协助下将U-505号潜艇炸出水面。正当德国人匆匆弃艇时，“皮尔斯伯里”号护航驱逐舰派出一支登船检查队从潜艇指挥台的舱口冲进去，切断了用以凿沉潜艇的炸药引信，关上了通海阀，堵住了舱底进水。U-505号潜艇由“瓜达尔卡纳尔岛”号拖曳着前进，它成了同盟国的一艘极有价值的战利艇；因为海军当局得到了这艘潜艇上的德国密码本和密码机，就能够破译德国潜艇司令所发出的作战命令。不过，U-505号潜艇并非是战争中唯一被俘获的潜艇。德国人俘获了2艘英国潜艇，英国人俘获了3艘意大利潜艇和2艘德国潜艇。
1944年，印度洋虽然是德国潜艇部队唯一可以活动的地区，但在印度洋冒险同在地中海巡逻一样，往往成为一种有去无回的行动。德国派往这些海域的45艘潜艇中，有34艘被击沉，其中有许多是在途中丧失的。
后来，德国人在潜艇上采用了通气管装置(即一种进气和排气管，有了这种装置，潜艇充电时可以不需要完全浮上水面)。他们由此萌发了一线希望：使残余潜艇的使用期限能够延续到“瓦尔特”潜艇建成投入使用时为止。1944年夏、秋两季，继庞大的德国潜艇部队抗击诺曼底登陆失败之后，邓尼茨派了几艘通气管潜艇前往大班克以东海域担任气象报告船。同盟国的猎潜行动对这些行踪诡秘的潜艇来说基本上无效，其中一个原因是潜艇没有真正想骚扰北大西洋上的运输船队。令人十分惊异的是，在诺曼底登陆(代号为“霸王”作战)前的12个月中，德国潜艇只击沉6艘由北美前往英伦三岛的商船，而且它们在战争最后一年中的作用并不十分引人注目。可是，德国潜艇在英国和美国沿海海域却取得一些小小的成就，它们常常潜坐在海底达数小时之久，以规避声呐的探测。然后，根据音响方位悄悄地对敌发射鱼雷。这种战术于1945年初在爱尔兰海收到了短期的效果。但在大多数情况下，通气管潜艇虽说不易被发现，却也没有较强的进攻能力。同盟国在大西洋被德国潜艇所击沉的船只由1944年的月平均30,580吨增长到1945年最初4个月的月平均63,270吨。但是，这只是表明潜艇的沿海骚扰活动，而不构成对横渡大西洋的运输船队的一种威胁。
轴心国共击沉同盟国商船2,775艘，但其中只有28%是运输船队中的船只。在同盟国整个损失的23,351,000吨商船中，被德国潜艇击沉的就有14,573,000吨，占总数的62.4%。德国人投入战争的潜艇总共1175艘，损失了781艘，其中被美国击沉的有191艘。意大利损失85艘潜艇，其中21艘是在大西洋被击沉的。与此数字相比，可以说同盟国的商船成功地完成了30万艘次横渡大西洋的航运，同时在英国沿海还进行了几十万次的航运。当同盟国的造船能力达到顶峰时，潜艇已失去任何获胜的希望。它们之所以失败，是因为它们不敢继续对北大西洋运输船队实施进攻，从而使得这些船只能够将用以取得战争胜利的物资运往英国。事实证明，运输船队的护航队是对攻击潜艇实施进攻作战的一支决定性的特遣部队。
