当太平洋战争趋于结束时，盟军统帅部的将领们就如何以最快的速度和最小的代价迫使日本投降的问题提出了种种主张。潜艇部队中许多人认为，要象德国潜艇封锁英国那样，只用潜艇，一鼓作气，封锁到底，就能完成打败日本的任务。参加制造原子弹的科学家和军事专家相信，原子弹一经问世，日本势必无法长期坚持下去，特别是美国有了可以携带原子弹的B-29重型轰炸机，占领了马里亚纳群岛南部诸岛，并在那里修建了可以直接空袭日本的机场之后，日本的投降就只是一个时间问题了。还有人认为，德国已濒于失败，俄国即将出兵满洲，这无疑是对日本的最后一击，使日本感到再顽抗下去也是无益的。显然，上述的几种观点各有其合理的部分。大多数的盟军将领和美国政府要员，不是持有其中的这种观点，就是持有那种观点，或者主张把这几种意见结合起来考虑。为了叙述方便起见，我们把以上三种主张分别称为海军制胜论、陆军制胜论和空军制胜论。可是，必须正确理解，这是一种概括的说法，决不能把这三种主张中的任何一种看作是由某一个军种或部门提出的。
陆军制胜论者认为：为了动摇日军的抵抗意志，进攻日本本土是一个必不可少的步骤。这种观点已为战争的历史所证明。在以往的战争中，只有入侵部队占领了某国的大片领土(往往包括首都)，才能签订城下之盟。陆军的这种理论，在美军占领塞班岛之后，更为人们所广泛接受。在塞班岛，日本的平民百姓甚至宁可自尽也不肯投降。这种狂热的效忠行为，使许多美国军官确信，只有实际上占领了日本本土，才能迫使日本停止战争。
海军制胜论者认为，根据海上战争的历史来看，通过海上封锁，就可能战胜日本。日本也和英国一样，最怕破坏他们的海上交通线。日本是个岛国，人口过剩，仅仅依靠国内的资源根本不能进行这场现代化的战争，它是完全依赖进口的。日本为了毫无阻碍地从荷属东印度获得石油、橡胶等重要战争物质，不惜以它在亚洲的既得利益为赌注，悍然与美国开战。然而，盟军夺回菲律宾，并粉碎日本的海、空兵力之后，其航空兵、水面舰艇部队和潜艇部队以吕宋岛为基地展开活动，便可使南洋地区的物资不再流入日本。这样，日本就会逐渐丧失进行战争的能力。
空军制胜论者主张，持续不断地对日本的城市和工业地带进行轰炸，直至动摇日军的战斗意志和剥夺日本的战争手段，就可以打败日本。虽然从马里亚纳群岛起飞的轰炸机已经可以直接轰炸东京，但是为使战略轰炸获得最大的效果，还须占领离日本本土更近的岛屿，以便修建机场。
美国的战略方针是，对日本的陆海军兵力进行“持续不断的压迫”。根据这一方针，参谋长联席会议决定，凡能迫使敌人投降的手段均可采用。实际上，除了进攻日本本土这项计划外，其它一切措施均已付诸实施。
美国海军的新任务
莱特湾海战犹如特拉法尔加角海战英国舰队1805年10月21日在西班牙大西洋沿岸的特拉法尔加角附近打败法西联合舰队的一次海战。。哈尔西和金凯德1944年将日本舰队打得狼狈不堪，使其再也不能成为一支强大的战斗部队了，这同纳尔逊1805年在特拉法尔加角海战中率英舰队打败法西联合舰队的情况颇为相似。莱特湾海战后，日本海军再也不能发动大规模的海战了。加之美国海军将陆军安全地遣送到菲律宾，这就为海军完成一项基本任务，即为切断日本与南洋资源地区之间的海上交通线提供了保证。
特拉法尔加角海战后，英国海军首脑不知应该怎样使用这支战功赫赫的战斗舰队，使其长期处于无所事事的状态。这支舰队为了参加一些无关紧要的局部作战而奔忙数年之久，后来，总算找到了它的真正使命。英国海军在掌握制海权的同时，将陆军部队一批接一批地运住欧洲大陆，并且源源不断地输送补给物质与增援部队，以支援陆军向拿破仑的军队作战。
莱特湾海战后，美国海军对它在下一步作战中所应担负的任务是明确的。这就是本着与兄弟的陆军部队并肩作战的精神而投入第二次世界大战的。1944年秋，美国海军达到其主要的作战目的后，就继续支援陆军和陆军航空兵完成其各自的主要作战任务。以马里亚纳为基地的第21轰炸机队曾经遇到困难，因战斗机的战斗活动半径较小，B-29重型轰炸机在轰炸日本的往返途中不能得到必要的掩护。为此，在莱特湾海战后，哈尔西曾准备率领第3舰队北上，协同陆军航空兵对东京地区进行空袭。但是，后来未能实现这项计划，因为陆军第六集团军当时在菲律宾的作战仍需第3舰队予以支援。
莱特岛的攻防作战
日本大本营这时已正确地估计到，盟军从两个方向横渡太平挥的进攻将在菲律宾会合。美第3舰队于1944年秋季所实施的空袭作战，使日军意识到，美军即将发动对菲律宾的进攻。于是，10月初，日本最高统帅部将陆军中最有才干的指挥官，新加坡的征服者，山下奉文大将从满洲地区调去，担任菲律宾派遣军的总指挥官。山下大将搞不清美军将从什么地方发动进攻，则将387,000名守军分散布署在各岛。这样一来，当美军10月20日在莱特岛开始登陆时，这里只有守军22,000人。另外，据大本营判断，菲律宾的决战必在莱特岛进行。所以，山下奉文急忙调兵遣将对该岛进行增援，日海军兵力也以莱特岛为目标开始进行向心运动。在10月23至26日的莱特湾海战中，日本海军虽然遭到了毁灭性的失败，可是大本营并未因此而改变它的基本作战计划。
当时正是信风季节，倾盆大雨使莱特岛很快就变成一片泥沼，这使兵力众多并有现代化装备的美军难以发挥其优势。美军登陆后在岛上找到一个尚可使用的机场，即塔克洛班机场。美陆军工兵部队对岛上的其它机场进行了改建，并着手修建新的机场，但因大雨连绵，土质不适，工程进展缓慢。相反，日军却可从台湾和本土派飞机进行增援，并以吕宋岛的全天候机场为基地进行作战。莱特湾海战后没过几天，麦克阿瑟决定，由陆军航空兵接替第7舰队的护航航空母舰编队，担任对莱特岛地区的空中支援任务。然而，护航航空母舰编队撤走后才发现，陆军航空兵难以完成这项任务。这是因为，这支陆军航空兵部队能够作战的飞机不足，能够使用的机场也极有限，而且飞行人员也未为实施这种空中支援而受过必要的训练。结果，不得不把第3舰队再调回菲律宾海域。10月底，决定由麦凯恩将军临时指挥第38特混舰队，以便使米彻尔将军能好好休息一下。
1944年10月下旬至11月底，第3舰队的舰载机主要是对吕宋岛地区的机场、活动在吕宋岛海域的舰船进行了空袭；先后击毁日本飞机约700架、击沉巡洋舰3艘、驱逐舰10艘以及大量的运输船只相辅助舰船；还全歼了日本的一支护航运输队，上万名的增援部队也随之丧命。11月，麦克阿瑟为了加强岸基航空兵的力量，命令驻所罗门群岛的海军陆战队飞机前来进行航空火力支援，后来，还借调驻佩勒刘岛的海军陆战队飞机前来对付日机的夜间轰炸。
尽管作了种种努力，美军仍然未能夺回莱特岛的制空权。“神风”特攻机对第3和第7舰队的舰只频繁进行撞击。哈尔西舰队有6艘巡洋舰被撞伤，金凯德舰队有2艘战列舰、2艘巡洋舰，2艘登陆兵运输舰和7艘驱逐舰被撞伤。其中“艾布纳·里德”号驱逐舰被撞沉。在“神风”特攻机11月25日对第38特混舰队进行一次特别猛烈的突击后，第3舰队曾一度停止了在菲律宾海域的作战活动，这支舰队几乎在海上连续奋战了三个月。
日军不顾损失惨重，到11月中旬已在莱特岛集结部队约70,000人，与已经登上该岛的约100,000名美军相对抗。美军的鱼雷艇队负责阻止日军进行增援，有时迂回到莱特岛的西侧，去袭击日军的舰船，击沉日军输送部队的船只多艘，货船2艘、小型运输船2艘和巡逻艇2艘。第3舰队撤离后，金凯德命令扫雷艇队清扫莱特岛与保和岛之间的水道。后来，又数次派出驱逐舰专门进行夜间扫雷，以清扫乌目港附近水域的水雷。首次派去扫雷的驱逐舰在这一水域击沉一艘处于水面状态的潜艇；第二次派去扫雷的驱逐舰击沉一艘小型货船；第三次前去扫雷的驱逐舰袭击了日军开往乌目港的一支护航运输队，但也遭到日军飞机和2艘驱逐舰的猛烈反击。美驱逐舰击沉日驱逐舰一艘，可是另一艘日驱逐舰实施鱼雷攻击，有一条鱼雷击中“库柏”号驱逐舰，把该舰炸成两段，随即沉入大海。
截至12月1日，日军的死亡人数已大大超过它的增援兵力，而登上莱特岛的美军部队实际上已达183,000人。然而，美军只能使用一些泥泞难行的道路进行补给，战斗行动进展缓慢。此后，美军的骑兵第1师从北而南穿过群山连绵的地区，向乌目港疾驰。美军的步兵第7师则沿海岸从南向北推进，直指乌目港。为了加速进攻乌目港的进程，第6集团军司令沃尔特·克鲁格中将决定，在乌目港北线日军(正与骑兵第1师交战)和南线日军(正与步兵第7师交战)之间派兵从海上登陆，以便分割敌人，予以各个歼灭。12月6日，第77师的两个团战斗队搭乘登陆舟艇和驱逐舰，在第7舰队12艘驱逐舰的护航下，迂回到莱特岛西侧，7日晨，在乌目港以南3海里处开始登陆。
日军的守备部队企图阻止从南北两个方向同时发起进攻的美军，但因乌目地区的一大部分兵力已被调走，登陆的美军实际上未遭到任何抵抗。直到登陆兵安然上岸后日军才开始进行反击。然而，当时尚停留在登陆地域附近的海军部队，却遭到“神风”特攻机的猛烈突击，日机数量远远超过了担任空中掩护的美机数量；“神风”特攻机的撞击，使“马汉”号驱逐舰和“沃德”号运输驱逐舰受到重创，不久即沉没。数日后，“神风”特攻机又对盟军驶向这一登陆地域的护航运输队进行突击，击沉“里德”号驱逐舰，重创“考德威尔”号驱逐舰。“神风”特攻机飞行员的战术已有明显改进，这项示着盟军对日军的海上作战尚有艰险。
事实证明，美军在莱特岛西海岸登陆，对进攻该岛的进程具行决定性的作用。第77师攻克乌目港后，其主力立即转移，向乌目峡谷进发，12月21日，与向南挺进的第1师会师。这时，残存的大部分日军被困在西南半岛，其退路已被切断，但要将其歼灭至少还须4个月的时间。麦克阿瑟遂于圣诞节时宣布，日军在莱特岛的有组织抵抗已经结束。莱特岛附近防御比较薄弱的萨马岛，这时也被美军和菲律宾游击队解放了。
12月26日，罗伯特·艾克尔伯格中将接替克鲁格将军，担任驻莱特岛美陆军部队指挥官。该部队改称为美陆军第8集团军。这支部队更换指挥官和改变番号，与8月份第5舰队改为第3舰队的情况非常相似。在美军进攻莱特岛的过程中，日军守岛部队约有1,000人撤离，400人投降，约有68,000人战死、病死或饿死。美军在这次进攻的陆上战斗中死3,500人，伤12,000人。
重返吕宋岛
早在美军占领莱特岛之前，麦克阿瑟的参谋们就着手拟制了夺回马尼拉的计划。然而，要想夺回马尼拉，首先必须在吕宋岛附近夺取必要的机场，而且机场的位置应在菲律宾西部，即在季风降雨地带之外。因此第3舰队在乌利西岛休整两周后，于12月月13日再度出现在菲律宾以东海域，开始突击吕宋岛上的机场。这实际上是为盟军在莱特岛西北300海里的民都洛岛登陆实施火力准备。与此同时，第7舰队的一支登陆输送队，即民都洛岛登陆突击部队(地面部队12,000人，航空兵部队9,500人，后勤部队9,000人)，经由苏里高海峡、保和海及苏禄海，驶向民都洛岛。金凯德派出掩护部队担任海上警戒。掩护部队由6艘护航航空母舰及战列舰、巡洋舰、驱逐舰各若干艘组成。此外，还令第5航空队从莱特岛进行掩护和支援。
美登陆输送队在向民都洛岛接近的过程中被日军发现，并立即成为大批“神风”特攻机的突击目标。其中一架“神风”特攻机撞中登陆输送队的旗舰“纳什维尔”号，致使133名官兵死亡，190人负伤。后来该舰不得不返回莱特岛。另一架“神风”特攻机又重创一艘驱逐舰，使其返回莱特岛。但是，在护航航空母舰舰载机和莱特岛岸基航空兵的战术掩护下，以及在哈尔西快速航空母舰的战略支援下，突击部队于12月15日未遇到多大抵抗就登上了海滩。登陆突击部队上陆后，“神风”特攻机实施反击，击沉两栖作战编队的坦克登陆舰2艘。
12月14日至16日，前来空袭民都洛岛美军的日本飞机，都是从菲律宾中部地区起飞的。第3舰队派出舰载机在吕宋岛日军各机场上空实施持续46小时的封锁，使该地区的日军航空兵陷于瘫痪状态。在这次封锁过程中，第3舰队的舰载机击毁日军飞机近200架，其大部分日机是在地上被击毁的。之所以能够取得这一辉煌战果，是因为麦凯恩将军采取了一系列新的对策，从而保障了第38特混舰队免遭“神风”特攻机的威胁。他将大型航空母舰上的俯冲轰炸机减少到半数以下，而把舰载战斗机增加了一倍多。把舰载机的机种作了如上调整，就加强了航空母舰的突击兵力。因为“恶妇”式和“海盗”式战斗机已改装成战斗轰炸机，能够携带900公斤的炸弹。
这期间，日军竟没有一架飞机飞临第38特混舰队的上空。为了进一步加强防空能力，麦凯恩将所属的特混大队由原来的4个调整为3个，以便能够比较集中地使用对空炮火和空中掩护力量。此外，实施突击时，把担任雷达警戒的驱逐舰配置在目标方位线的两侧，比特混舰队先行60海里，以便尽早报告日机的来袭。担任雷达警戒的驱逐舰，有自己的巡逻机。按规定，完成空袭任务后返航的美机，必须在上述警戒舰只上空盘旋一周，所以，那些混在返航美机中去捕捉美航空母舰的“神风”特攻机就能识别出来而被一一击落。凡是不从警戒舰只的指定方位飞向特混舰队的飞机，均被视为日机，而予以截击。
12月17日，第38特混舰队为了补给燃料而撤离战场，向东驶去。但是，天气越来越坏，过午，哈尔西舰队不得不停止海上加油。18日晨，连探空站都未预测到的一次台风，虽然所及范围较小，但是风速很大，来势甚猛，给特混舰队造成巨大损失。“赫尔”号，“莫纳根”号和“斯潘塞”号3艘驱逐舰的舰长，因为急需补充已经消耗殆尽的燃料，没有及时向空油舱内注入海水稳定舰体。结果，这3艘驱逐舰在风暴最大时倾覆沉没。还有7艘军舰遭到严重损伤。舰载机有的被抛入海中，有的被风刮掉海里，还有的因相互碰撞而起火烧毁，损失多达186架。官兵丧生者约达800人。特混舰队犹如经历一场大规模的海战，受到很大损失。
由于台风的袭击和没有按时补充燃料，第38特混舰队未能按预定计划于12月19至21日对吕宋岛实施空袭。21日，台风正从吕宋岛上空通过，仍然无法进行空袭。因此，第3舰队返回乌利西锚地，舰员们进行必要的休整，第10后勤供应舰编队对在风暴中遭到损伤的舰只进行修理。麦凯恩及其参谋们利用在乌利西休整的短短几天时间，研究并提出了有助于提高第3舰队战斗力的各种措施。有几艘航空母舰增加了战斗轰炸机的数量，甚至还把海军陆战队航空兵所属的两个“海盗”式战斗机中队首次调到航空母舰上使用。他们还决定，以“企业”号和“独立”号2艘航空母舰为主体，以6艘驱逐舰担任警戒，组成一个专门的特混大队，隶属于第38特混舰队，专门实施夜间战斗，即于夜间执行轰炸、搜索、空中巡逻等项特殊任务。12月30日，第3舰队从乌利西锚地出航，前去空袭台湾，以支援即将到来的吕宋岛登陆作战。
这时，在民都洛岛上和在其附近水域的盟军部队正在继续作战，并不时遭到日军的零散攻击。12月21日，“神风”特攻队突击了运送军需补给的护航运输队，又击沉2艘坦克登陆舰。圣诞节前夕，日军的一支巡洋舰驱逐舰编队，即曾经参加过苏里高海峡海战的志摩部队，从法属印度支那的金兰湾出发，经由南中国海向东驶去。由于天气不好，这支编队进至民都洛岛以南200海里一带海域时，才被莱特岛的美岸基侦察机发现。当时，盟军在民都洛岛海域作战的舰艇兵力没有一艘是大于鱼雷艇的。12月26日深夜至27日凌晨，日军水面舰只驶抵民都洛海域，对机场进行了短时间的炮击，受到空袭后即撤退。撤退时有1艘驱逐舰遭到鱼雷艇的鱼雷攻击而沉没。这年年底，美军又向民都洛岛派去一支运送军事补给品的护航运输队，在航渡途中受到日军飞机的空袭，有4艘运输船被击沉。其中1艘军火船，引起剧烈爆炸后，舰体和舰员同葬海底。后来，这支护航运输队再次遭到“神风”特攻机队的袭击，又损伤4艘舰船。在尔后的几天里，还有3艘货舱在民都洛海域受到轰炸，1艘军火船遭1架“神风”特攻机撞击，立即爆炸，又是连船带人一起沉入大海。此后，日军的注意力为盟军对吕宋岛的进攻行动所吸引，突然停止了对民都洛岛一带的空袭。当时，在民都洛岛已有3个可供使用的机场。事实证明，这几个机场在支援吕宋岛的登陆战役中起了巨大的作用。
对吕宋岛的首次登陆预定在马尼拉北面的仁牙因湾进行。这里正是3年前日军登陆的地方。登陆部队预定于1945年1月9日实施突击上陆。其兵力编成与进攻莱特岛时大致相同，除第6集团军和第7舰队外，还有太平洋舰队的第3两栖作战编队予以加强。由摩罗泰岛、莱特岛和民都洛岛上的陆军航空兵负责掩护登陆输送队，并压制吕宋岛南部的日军机场。此外，登陆输送队还有伴随航行的护航航空母舰予以掩护。哈尔西第3舰队(当时只剩下第38特混舰队)则进行压制台湾和吕宋岛北部日军机场的任务。
对仁牙因湾登陆地域实施预先火力准备是由164艘军舰组成的一支强有力的支援部队。其中包括旧式战列舰6艘、护航航空母舰12艘、载运水下爆破队的驱逐舰10艘及扫雷艇63艘。这支部队将在奥尔登多夫中将的指挥下进入仁牙因湾，清扫水雷，测定接近岸滩的航道，在登陆部队到达之前，进行为期3天的舰炮火力堆备，以摧毁岸防工事。结果，这支火力支援编队竟成了“神风”特攻队的诱饵。“神风”特攻机对奥尔登多夫率领的这支先头部队频频进行撞击，在登陆输送队来到之前就已消耗殆尽了。
1月2日傍晚，奥尔登多夫的先头部队刚刚驶出苏里高海峡，就被设在棉兰老岛东北部某一教堂尖塔中的日军观察哨发现。日军接到报告后，次日立即派轰炸机飞往保和海，对该编队中的油船进行撞击，虽有两名船员伤亡，但对油船没有造成多大损伤。这对“神风”特攻队来说，是一个不祥之兆，但从投入战斗的飞机架数来看，“神风”特攻机在这次战斗中所取得的战果却是整个战争中最大的一次。
如上所述，当奥尔登多夫率领的编队到达苏禄海时，日军突然停止了对民都洛海域舰船的空袭，而去捕捉新的、更大的目标。1月4日下午，驶往仁牙因湾的火力支援编队经过班乃岛以西海域时，日军的1架双引擎轰炸机对“奥马内湾”号护航航空母舰的飞行甲板进行了撞击。该舰顿时烈火熊熊，引起舰内爆炸，舰体断裂，沉入大海。第二天，当这支编队到达马尼拉海域时，16架“神风”特攻机成功地突破了美军的空中掩护，撞击了澳大利亚的“澳大利亚”号重巡洋舰、美国的“路易斯维尔”号重巡洋舰，“马尼拉湾”号护航航空母舰以及护航驱逐舰和炮舰各1艘。此外，还炸伤了附近的另外4艘舰船。看来，为了击退盟军的进攻，“神风”特攻队的突击兵力，经过长期摸索，确实找到了一种切实可行的战法。
1月6日，大型舰只在扫雷舰的引导下，刚一进入仁牙因湾，就连连遭到“神风”特攻机的猛烈袭击。日军的空袭从11时45分开始，一直持续到日落，共击伤舰船11艘，击沉1艘。日机撞击了“新墨西哥”号战列舰，“加利福尼亚”号战列舰，“哥伦比亚”号巡洋舰，3艘驱逐舰，1艘担任运输的驱逐舰，1艘水上飞机供应舰及1艘扫雷舰。“路易斯维尔”号和“澳大利亚”号巡洋舰遭到两次撞击。“朗”号扫雷舰也被撞击两次，后部损伤严重，倾覆沉没。奥尔登多夫的编队离开莱特湾后，由于日机撞击而死亡325人，负伤约300人。尽管如此，打雷作业和对岸上目标的炮击仍按预定计划实施。
如果第3舰队1月4日或5日不在浓雾中坚持对台湾机场进行突击的话，日军对仁牙因湾火力支援编队的袭击定会更加猛烈。第3舰队的空袭使日本飞机不能从北面对吕宋岛实施增援。哈尔西的舰载机计划于6日猛烈轰炸吕宋岛地区的机场，但因天气一直不好，未能对日机场进行全面的压制。7日，根据金凯德的要求，取消了预定对台湾实行的夹击，再次空袭了吕宋岛。这次空袭是由第3舰队的航空母舰舰载机、第7舰队的护航航空母舰舰载机和陆军飞机联合实施的，几乎使吕宋岛的各机场都处于瘫痪状态。这一天，只有少量日机飞抵仁牙因湾上空，而且多被击落。然而，又有2艘扫雷舰分别被炸弹和航空鱼雷击沉。这时，日军决定把凡能从菲律宾撤出的航空兵全部撤走。因此，1月7日以后，日军几乎停止了对盟军有组织的抗击活动，仅有个别日机有时自发地对盟军舰船进行袭击。
这时，从南太平洋和西南太平洋等地集结起来的第6集团军的精锐部队正搭乘两栖作战编队的舰船向吕宋岛航进。在莱特湾，麦克阿瑟将军乘坐“博伊西”号轻巡洋舰已与指挥第7两栖作战编队部分兵力(策78特混舰队)的巴比将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第1军(第6师和第43师)。金凯德将军乘坐两栖作战编队旗舰“瓦沙奇”号，后来又与指挥第7两栖作战编队另一部分兵力的威尔金森将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第14军(第37师和第40师)。
此后，巴比率领所属部队沿着奥尔登多夫编队的航线驶往仁牙因湾。虽然经由圣贝纳迪诺海峡是条近路，但因日军在吕宋岛南部还有机场，所以不能走这条航线。1月7日凌晨，当巴比将军的编队经过民都洛海峡即将进入南中国海时，遭到日军飞机的袭击，“博伊西”号旗舰险些被击中。当天下午，1架“神风”特攻机突破密集的防灾炮火，撞到1艘坦克登陆舰上。次日晨，巴比编队刚一驶进吕宋岛海域，就遭到1架携带炸弹的战斗机的撞击，使“加达山湾”号护航航空母舰丧失了作战能力。尔后不久，另1架特攻机撞毁了1艘满载陆军部队的运输船。8日傍晚，威尔金森编队又遭受袭击，“基特昆湾”号护航航空母舰被特攻机撞中，受到重创。同一天，“澳大利亚”号重巡洋舰又先后两次在湾内被撞中。虽然奥尔登多夫令该舰不要再继续执行战斗任务，但它一直继续坚持战斗。
尽管遭到日机的拼死抗击，两栖作战编队仍按原定计划到达仁牙因湾。登陆输送队于1月9日日出时驶抵换乘海域几分钟后，飞来3架“神风”特攻机，其中1架撞断了一艘护卫舰的桅杆，另1架撞到已经受到重创的“哥伦比亚”号轻巡洋舰上。当天下午，“神风”特攻机对“密西西比”号战列舰进行了俯冲，死伤多人。而“澳大利亚”号更不走运，遭到了第5次撞击。
在此期间，登陆突击部队除受到登陆场北侧高地上的日军炮兵的抗击外，几乎未遇到其他抵抗就登上了岸滩。因为日军采用了新的抗登陆战术，仅在岸滩阵地配置有限的兵力迟滞登陆兵的行动，所以奥尔登多夫编队就不必使用大口径舰炮进行长时间的炮火准备。山下奉文已率领其大部分部队向北撤退，准备在山地进行抗击。到9日日落前，登陆部队已把登陆场向纵深扩大3英里。
夜间，当仁牙因湾内的舰船施放烟幕，企图避开日机的空袭时，约有70艘胶合板制造的日本摩托艇，携带着炸药冲向美军的水面舰只。这些摩托艇绝大部分被舰炮击退或击毁，仅有几艘把炸药送到美军舰船的舷侧后逃走。日军的这次水上特攻行动，使美军的1艘步兵登陆艇沉没，并使1艘运输船，1艘步兵登陆艇和4艘坦克登陆舰受伤。
1月9日夜至10日凌晨，哈尔西大胆地率领第3舰队通过巴林塘海峡，深入到南中国海。麦凯恩的航空母舰特混舰队负责压制吕宋岛北部的日军机场，但中间有一段空隙时间，“神风”特攻队便趁机飞临仁牙因湾，对出入该湾的登陆输送队的舰船进行了撞击。“神风”特攻机于1月10日击伤盟军船只2艘，12日击伤9艘，13日又击伤3艘。向时，也对第7舰队开始进行猛烈的袭击。1月3日至13日，日军飞机(其中大部分是神风特攻机)先后击伤盟军舰船43船，其中重创18艘，击沉4艘；击毙人员738名，击伤约1400人。
哈尔西率领舰队进入南中国海的目的是袭击日本舰队。据估计，包括“伊势”号和“日向”号战列舰在内的日本舰队，可能驻泊在金兰湾。哈尔西认为，只有歼灭这支舰队，民都洛岛至仁牙因湾的海上补给线才能确保安全。1月l2日，麦凯恩舰队的舰载机出动近1500架次，对印度支那沿岸附近海域进行了搜索，但未发现日本舰队的踪迹。其实，日本舰队早就对此有所察觉，不久前已经转移到林加锚地。大量的日本舰船集结在那一带海域，很容易遭到袭击。第38特混舰队的飞机在这次空袭中共击沉日舰44艘，其中包括12艘油船及“香稚”号轻巡洋舰。同时还击毁100余架日军飞机。15日，美航空母舰编队的舰载机又空袭了台湾西南部的高雄港，虽因能见度不良，战斗活动受到影响，但仍击沉驱逐舰1艘和运输船1艘，重创油船l艘，并击毁日机34架。
次日，这支编队对中国沿海地区，尤其是对香港集中进行了袭击。但由于恶劣天气的影响，战斗行动部分受阻，加上遭到密集防空炮火的抗击，损失飞机22架。这次空袭的战果是击沉货船1艘、油船1艘、重创船只4艘，击毁飞机13架。
1月17日，快速补给舰群在吕宋岛以西海域对第38特混舰队进行海上加油。后来，当东京电台向全世界广播“美第3舰队被困在南中国海已成瓮中之鳖”时，哈尔西便利用黑云密布的夜暗时间，悄悄穿过巴林塘海峡，再次出现在太平洋上。
根据统帅部的原定部署，哈尔西应率舰队回乌利西基地，以便把指挥权交给斯普鲁恩斯。在此之前，哈尔西率领舰队再次对台湾进行了空袭，击沉油船和货船各5艘，击毁飞机60余架。这一次，日军出动飞机进行了反击，1颗炸弹击中“兰利”号轻型航空母舰，“神风”特攻机撞击了“提康德罗加”号大型航空母舰和担任警戒的“马多克斯”母驱逐舰。“兰利”号的破损不甚严重，仍能坚持战斗。但是，遭到“神风”机撞击的舰只却不得不在警戒舰只的护航下，撤回乌利西群岛。第38特混舰队的其余舰只则往东北方向驶去，以便对冲绳岛进行照相侦察，为下一步的登陆作战进行必要的准备，1月25日，第3舰队在完成支援麦克阿瑟西南太平洋部队夺取菲律宾的任务后回到乌利西群岛。哈尔西对此感到非常满意，他在给第3舰队官兵的告别信中写道：“我为你们的功绩感到骄傲，这种心情是难以用语言表达的……你们打得太出色了。”
第3舰队返回乌利西锚地后，中太平洋部队和西南太平洋部队的进攻路线开始分开。长时间配属给第7舰队的大部分舰只重新归尼米兹指挥，以便向北发动攻势，直指日本本土。与此同时，麦克阿瑟则准备向南进攻，以便收复尚为日军占领的菲律宾所属岛屿，攻占荷属东印度群岛。
解放菲律宾
当第1军在仁牙因湾东北的丘陵地带牵制住山下奉文所属部队的时候，第14军便向马尼拉推进。1945年1月29日，第7两栖作战编队在吕宋岛西海岸的苏比克湾附近遣送约3,0000登陆兵上岸，而且也未遭到什么抵抗。这部分登陆兵上岸后，既可以阻止日军撤至巴丹半岛，又可以保障友军从北面攻入马尼拉。两天后，又有8000名美军在马尼拉湾南部登陆，以便从西南方向攻入马尼拉。第14军从北面发起的最后突击，在海军陆战队两个飞行大队的支援下进展迅速。航空兵对地面部队成功地进行了直接航空火力支援，从而消除了陆军指挥官的疑虑。2月4日，第14军已经进至马尼拉城下，日军在这里有16,000名海军陆战队和5,000名陆军部队负责守城。这里的巷战是逐条街道、逐个楼房进行争夺的，甚至进行白刃格斗，战斗整整持续了一个多月，直到守军全部被歼才告结束。马尼拉市已变成一片废墟。
在攻克马尼拉市的3个星期之前，盟军为夺取马尼拉的港湾而采取了积极的行动。2月15日，有一个团战斗队冒着日军的微弱抵抗，在巴丹半岛的最南端上陆。次日，一个由伞兵组成的团战斗队和一个营登陆队，密切协同，向哥黎希律岛要塞发动了进攻。出乎意料的是夺取该要塞的战斗用的时间较长，而且付出了巨大的代价。其原因之一是侦察情报不够准确。原估计日本守军为850人，而实际上比估计的人数多5倍。盟军于3月初才占领这个要塞，而马尼拉港口的其它几个岛屿直到4月才被占领。在清扫卡萨布兰卡、巴勒莫、那不勒斯、瑟堡和勒阿弗尔等港口的水雷障碍中曾发挥重要作用的威廉·沙利文准将，在此之前一直忙于指挥马尼拉港的清扫作业。对于沙利文来说，这次清扫作业是这次战争中最困难的一次，因为日军以几百艘沉船堵塞了该港。在马尼拉港恢复正常使用之前，从黎牙实比登陆的盟军部队已经占领了吕宋岛的东南半岛，这就使盟军的海上运输可以安全地通过圣贝纳迪诺海峡，保障了对吕宋岛上美军的补给。
在克鲁格将军的第6集团军把山下奉文的170,000名残余部队向吕宋岛的山区压迫时，金凯德的第7舰队便协同艾克尔伯格将军的第8集团军扫荡菲律宾各岛上的残余日军。但是，这一作战行动违背了参谋长联席会议的作战意图。参谋长联席会议原想把这项作战任务交给菲律宾人自己去完成。然而，由于麦克阿瑟所属的部队当时并无其它战斗任务，参谋长联席会议就没再提出什么异议。
自1945年2月下旬至4月中旬，巴比将军的第7两栖作战编队在菲律宾中部及南部地区，先后进行的登陆战斗不下于38次。但是，这些登陆战斗的规模都比莱特岛和吕宋岛两次登陆战役的规模小得多。虽有几个岛屿防守较严，但是日军统帅部认为菲律宾必定要失守了，所以几乎没再给予空中和海上的支援。而且根据新的战术原则，日军守备部队已不在水际滩头拼死进行抵抗，而是尽最大可能死守城市，迫不得已时，则将其炸毁，然后撤到山区。结果，大批日军死于饥饿和疾病之中，这比战斗减员还大得多。到战争结束日军投降时，幸存的守备队员已所剩无几。
在一次接一次的登陆战斗中，最初是2月28日在巴拉望岛实施登陆战斗，接着又于3月10日在棉兰老岛西端的三宝颜进行登陆。在实施这两次登陆作战时，盟军的航空兵阻止了日军水面舰艇编队从苏拉威西海及南中国海向菲律宾中部的袭击。此后，美军就相继收复了班乃岛、内格罗斯岛、宿务岛、保和岛及菲律宾中部的一些小岛。与此同时，盟军也从三宝颜向西南进军，几乎没有遇到什么抵抗就登上了巴西兰岛、塔威塔威群岛和苏禄群岛的和乐岛。这些岛屿以及巴拉望岛，都为麦克阿瑟下一步进攻婆罗洲提供了机场，以便进行近距离航空火力支援。
最后，美军才在棉兰老岛进行数次登陆作战。当时已有25,000名游击队员活跃在这个岛上，控制着岛上百分之九十五的地区，将42,000名日军守备部队围困在各城市和几个据点里。因此，美军登陆的主要目的是支援游击队完成歼灭日军的任务。美军分别从该岛的西海岸、北海岸和南海岸三个方向登陆，然后向纵深挺进，把日军分割开来，使其不能连成一片。接着，美军又把日军从城里赶到该岛的腹地，以利于菲律宾游击队对其进行围歼。这项作战一直持续到战争结束。
英国海军进入太平洋
1943年9月，意大利舰队投降后，英国海军总算向印度洋派来了几艘军舰。到1944年1月，詹姆斯·萨默维尔将军指挥的英国远东舰队才以锡兰斯里兰卡。为基地展开战斗活动。根据英国的要求，尼米兹将军把美国的“萨拉托加“号航空母舰暂时借给萨默维尔将军使用，以便向远东舰队传授航空母舰的作战方法。1944年春，萨默维尔率领包括“萨拉托加”号和“卓越”号英国航空母舰在内的舰队，奇袭了苏门答腊岛和爪哇岛的日军基地及其周围地区。
随着德国潜艇战的失败和盟军在法国登陆的成功，1944年夏季以后，英国海军在大西洋和地中海已无仗可打。因此，美国参谋长联席会议敦促英国派遣其海军部队，接替麦克阿瑟所辖的第7舰队前去支援澳大利亚部队的作战，准备在婆罗洲实施登陆。收复婆罗洲，既可夺回日军控制的主要油井和炼油厂，又可为远东地区的英、美舰队就近提供充足的燃料。
英军参谋长委员会同意了上述意见，并着手拟制收复婆罗洲的作战计划。然而，美国宣布要在1945年进攻日本本土的作战意图后，英国首相丘吉尔认为，英国应象美国参加北非、意大利和法国登陆战役那样，也参加进攻日本本土的登陆作战。为此，他提出在美方的指挥下，派遣英国舰队参加太平洋作战。罗斯福总统接受了他的要求。金将军和尼米兹将军对这一决定颇感震惊。在他们看来，第一，英国舰艇可在东印度群岛一带充分发挥它的作用，根本不需要来到太平洋战场。第二，英国的航空母舰既不是为了支援大规模登陆作战而建造的，也未受过这方面的训练。第三，尼米兹的后勤供应舰编队尽了最大的努力，才勉强满足美国太平洋舰队在后勒方面的需要。所以，金将军坚决主张，如果英国海军要在太平洋参加对日作战，就必须有自己的后勤供应船队。英国答应了这个条件。可是结果并非如此，英国太平洋舰队所属的补给船只，大部分仍是美国提供的；英国航空母舰的舰载机也都是美国提供的，因为英国舰载机的战斗活动半径太小，不适于远程作战。
经过丘吉尔首相同罗斯福总统的磋商，夺取婆罗洲的作战由澳大利亚部队和第7舰队负责，令麦克阿瑟任总指挥。英国海军最新的舰只经由印度洋开赴太平洋，编入尼米兹将军指挥的舰队。英太平洋舰队在航渡途中，于1944年12月和1945年1月，用航空母舰的舰载机对苏门答腊岛的炼油厂进行3次空袭。其目的在于，使入侵缅甸的日本守军失去航空燃料的来源，并借以获得对日作战的战斗经验。当时，留在印度洋的是英国和盟国的一些比较陈旧和航速较低的舰船，由这些舰船组成了东印度群岛舰队。
东印度群岛舰队的首要任务是对1945年5月初在仰光实施的登陆担任海上掩护，并支援英军在缅甸的作战。陆上作战的情况很快就朝有利于英国的方向发展，在英军尚未登陆之前，日军就撤离了仰光。此后不久，支援缅甸作战的5艘驱逐舰曾经大显身手。有一天，这支驱逐舰编队追击一艘日本军舰，据悉这艘日舰已被护航航空母舰的一架舰载机击伤，当终于追上该舰时，天色已黑，且已进入马六甲海峡水域。这时，英驱逐舰编队忽然在正前方发现一艘重巡洋舰，这就是莱特湾海战中栗田中央编队的“羽黑”号重巡洋舰。这几艘驱逐舰在日舰猛烈的炮火下，一面进行曲折运动，一面接敌，将日舰围在中间，从不同方向发射鱼雷，终于将其击沉。
婆罗洲作战
麦克阿瑟部队进攻婆罗洲(加里曼丹)的作战是从攻占该岛东海岸的打拉根开始的。其目的是占领油田和机场。第7两栖作战编队的部分舰艇一面规避日军的袭击，一面清扫上陆岸滩附近的水雷和障碍物，作业时间长达数天。1945年4月30日，一部分登陆兵首先在附近小岛上陆，在岛上设置火炮，以便支援主力部队登陆。5月1日(登陆日)拂晓，由美国和澳大利亚的巡洋舰及驱逐舰组成的突击舰群，在福雷斯特·罗亚尔美海军少将的指挥下，驶抵打拉根，把18,000名登陆兵送上岸滩，其中大部分是澳大利亚部队，其余的是英国部队与荷兰部队。日本守军约为2,300人，在战争的后期，他们通常不在水际滩头进行任何抵抗，而是一面向腹地撤退，一面进行顽强的抵抗，甚至进攻部队已经登陆了一个多月，还得请求派驱逐舰给予炮火支援。直到战争结束时，日军的部分残余部队仍在负隅顽抗。
6月10日，为在文莱地区实施登陆作战，罗亚尔的特混大队向文莱湾的北海岸遣送大批澳大利亚部队登陆。这次登陆战斗也和以往一样，首先是进行大规模的扫雷作业，然后是兵不血刃地登上岸滩，可是，越向腹地推进，遇到的抵抗就越大。唯一的变化是，有几架日本飞机进行袭扰，然而并未造成多大损失。7月1日，美军宣布占领了北婆罗洲。
同日，艾伯特·诺布尔美海军少将指挥第7舰队的一个突击大队，把澳大利亚的一个加强师遣送到盛产石油的巴厘巴板(濒临望加锡海峡)附近上陆。该大队编有护航航空母舰3艘、巡洋舰8艘(美5、澳2、荷1)和驱逐舰9艘。这次登陆作战的特点有三：第一，西南太平洋部队在这里突破了它在整个战争期间所遇到的最坚固的水际滩头防御工事。第二，在开始上陆之前进行了16天的舰炮火力准备，这是西南太平洋部队在这次战争中实施预先火力准备最长的一次登陆作战。第三，这也是西南太平洋部队所进行的最后一次登陆作战。
巴厘巴板的防御情况和诺曼底沿岸的奥马哈一带的防御相似，其工事构筑在险要的地段上，入口处水浅，海岸与丘陵地带相连。加之盟军航空兵为了阻止日军从该港向其它地方输送石油，在此之前的几个月个已向港内布设了许多音响水雷和磁性水雷。到这时，这些水雷反而对加强日军的防御大有用处。日本也在浅水区布设了大量水雷和障碍物，并在岸滩后面的高地配置了火炮，以便封锁登陆滩头。这样，日军守备部队便满有把握地认为，即使得不到空中或海中的支援，也能挫败美军即将实施的登陆。
可是从另一方面来看，美军两栖作战编队的战斗力是很强的。不论从哪里遣送部队上陆，日军的抗登陆部队都是阻挡不住的。航空兵清清楚楚地查明了日军在巴厘巴扳的防御部署，在登陆前的一个月里，投了3,000吨炸弹，对上陆岸滩进行了轰炸。6月17日，第7舰队的舰炮火力支援编队进至巴厘巴板海域，开始实施火力准备。截至登陆日止，对日军岸防工事共发射中口径炮弹38,000发、机关炮炮弹114,000发、火箭弹7,300发。在此期间，扫雷艇完成了文莱湾入口的清扫任务，水下爆破队清除了水中障碍物。进至浅水区扫雷的扫雷艇，因未得到炮火支援，成为日军炮击的目标。有3艘扫雷艇被炮弹击中，另外3艘在规避日军的炮火时，因误入雷区而被炸毁。
巴厘巴板登陆作战的预先火力准备是充分而有效的。因此，7月1日分编为17个艇波的登陆突击队在上陆过程中无一人伤亡。但是，登陆兵上岸后向纵深发展时，依然受到日军的顽强抵抗。巡洋舰大队为对岸上战斗进行火力支援，在附近水域逗留一周，共向日军阵地发射炮弹23,000余发。经过两周的反复争夺，终于迫使日本守军撤离这一地区。登陆部队向北推进约50英里，占领了油田和炼油厂地区。在这次作战中，澳大利亚部队共死229人，第7舰队因扫雷艇被击伤和击沉而死亡7人。
