十三世达赖喇嘛土登嘉措圆寂后，藏族群众对他的哀悼就开始了。在哀悼期间，男男女女没有一个穿新衣服的。男人们把左耳上表明身份地位的长耳坠取了下来。妇女们卸掉了她们的装饰品，如头饰、带在胸前的噶乌（护身盒）等等。传统的藏戏演出被禁止了，男女歌舞也禁止了，甚至干活时也不许唱歌。人们只穿各种颜色的旧衣服。
拉萨的房屋都是平顶的平房或楼房，这时每家都要在各自的房顶上点起一排酥油灯，至于拉萨的大喇嘛们则在十三世达赖喇嘛的遗体前不停地进行祭祀。撰写灵童尽快转世的祈祷文，并把它巧加装饰，分发给各个寺庙。
十三世达赖喇嘛的遗体先用香料涂过，然后不时地用盐水涂抹。来遗体前献祭品的不仅有喇嘛和官员，还有许多平民百姓。他们献祭品时，眼睛里充满了眼泪心中充满了痛苦，人人都哭喊着请他尽快转世，回转人间。
对达赖喇嘛的哀悼一般要延续7 个星期，但藏族群众对十三世达赖喇嘛的哀悼，只进行了4 个星期就结束了。据说这样仓促地终止哀悼是个好兆头，有利于转世真神尽快到来。
达赖喇嘛圆寂后两个月，噶厦地方政府任命热振寺的堪布热振活佛担任了摄政王。这位年轻的摄政王此时才23 岁。
据《十三世达赖喇嘛传》记载，噶厦地方政府和三大寺的代表开了一次重要的会议，商议为十三世达赖喇嘛修建一座灵塔。因十三世达赖喇嘛的政教业绩和声望都可与五世达赖喇嘛相媲美。
按照习惯，每个达赖喇嘛都要为建造自己的灵塔筹备资金。十三世达赖喇嘛几乎比以前所有的达赖喇嘛都活得长，也比他们任何一位统治的时间长。因此，他所聚集的财富相当可观。据藏文史料记载，他的宝库中放满了取之不尽的金银、丝绸和各色珠宝，象天宫的宝库一样，其中有藏族群众大量的捐赠。因此，所有的官员一致同意用金子来为他建造一座灵塔，而且要和五世达赖喇嘛的灵塔一样大。
布达拉宫的顶上，是一些宝塔式金光闪闪的殿堂，殿堂里设有灵塔，灵塔内放置着香料处理过的历代达赖喇嘛们的遗体。十三世达赖喇嘛的灵塔在北面，纯银结构，表面上覆盖着一层精工细做的金箔，装饰着玛瑙鼻烟盒，一串串的琥珀和珍珠、绿松石头饰、护身符盒、石英、珊瑚和其他贵重的宝石。灵塔的台座四周是阶梯形的，上面放置着更为贵重的东西：蒙古和汉地一些大寺院以及拉萨显贵世家送的礼物。其中有金器皿、很多银碗和酥油灯，一些巧夺天工的景泰蓝制品，罕见的瓷器和花瓶，精心编制的金属制品和玻璃框里栽着的奇形怪状的植物。灵塔的一面墙上是各式各样的佛像，神龛中放满了经书，而灵塔的前面许许多多的大小酥油几乎长明不灭，以纪念这位政教领袖。
达赖喇嘛喜爱的动物，还象以前一样养在布达拉宫西面拉萨河北岸的罗布林卡林园里，其中有牡鹿、雉、斑文雁、婆罗门鸭、黑而凶猛的藏狗等等。它们好象都在等待着这位活佛的归来。罗布林卡的各个殿堂，都保持着清洁。
他的转经筒、手铃和金刚杵等法器，仍放在一张小桌上。桌上还依旧放着十三世达赖喇嘛的茶杯和一钵水果，好象他随时都可能归来。
一个活佛已经圆寂升天，而另一个活佛班禅又远在青海。人们一个劲地进行祷告，因为他们真心实意地相信祷告的效力，相信达赖喇嘛转世灵童很快就会被找见并回到他们中间。
实际上就在十三世达赖喇嘛圆寂后的第一年，噶厦地方政府就派三路人马按乃穷活佛降神时，把一条白哈达朝着太阳升起的方向投去的神示，在藏东的方向一连奔波了两年，但寻访毫无结果。后来经过摄政王热振活佛观看圣湖显影，另外三个寻访小组中的一组，才在青海湟中找到了转世灵童。小灵童乳名叫拉木登珠，出生在一户农民家庭。父亲叫祁却才仁，母亲叫德吉才让，大哥叫土登居美诺布，二哥叫嘉乐顿珠，三哥叫罗桑三木旦，小灵童是老四，他有一个弟弟是阿里活佛，一个姐姐叫才仁卓玛。他另外还有一个妹妹，叫益喜白玛。当小灵童被认定为十四世达赖喇嘛后，他的一家人都跟随他到了西藏，噶厦地方政府按照旧规也拨给他家许多封建庄园和农奴，于是小灵童一家也成了西藏的大贵族，民间一般称为“达拉”。
当格桑大活佛率领的寻访队伍对小灵童进行反复验证之后，这批喇嘛终于认定这个小孩便是他们要寻找的达赖喇嘛的转世灵童。随后他们向西藏噶厦政府发了一封密报。大约在1938 年的夏天，西藏地方政府给了格桑活佛答复，叫他把那个小孩带到拉萨，以进一步察验。
找到灵童以后，格桑活佛等人向青海省政府要求，迎回西藏“供养”，但遭到了马步芳的拒绝。从中国第二历史档案馆的档案记载看，在灵童确定之后，西藏最初是想秘密地将这位灵童迎回西藏。这份档案说：
“新达赖喇嘛行将秘密返藏。西藏拉萨当局于上年派高僧喇嘛格桑、克迈赛、索安旺德等来青寻访达赖喇嘛，历时半载，于塔尔寺附近汉族赵某家中找出。据拉（护法神）占卜及去岁班禅太（大）师之探访，确证系再生之达赖喇嘛。故来青之高僧等，即负责供给一切。惟恐将来迎返时发生阻碍，故至令严守秘密，以便今夏秘密迎请返藏..”
但是青海省主席马步芳终于获得了这一消息，格桑活佛只得向青海政府公开提出了迎请灵童的要求。但马步芳仍然迟迟不给答复。这位青海省主席为什么要这样做呢？据目前所知的材料，说法是很不相同的。
从《十三世达赖圆寂致祭和十四世达赖转世坐床档案选编》提供的许多鲜为人知的档案看，当时的情况是比较复杂的。当马步芳获得寻访人员将密迎灵童回西藏的情报后，于1938 年6 月5 日，给当时的行政院院长孔祥熙去了一封密函，内称：“近闻新达赖喇嘛将有秘密返藏事情，殊属不合，亟应严密注意，并婉劝寻访人员将经过情形呈报政府，听候核办。在未经呈报办理各项手续以前，严防其秘密迎往西藏，以免意外。”
国民党政府得知这一消息后，根据清政府的传统，命令蒙藏委员会迅速与西藏地方政府取得联系，商谈灵童掣签的有关事宜。 1938 年12 月18 日，经噶厦地方政府同意，西藏驻南京办事处向蒙藏委员会委员长吴忠信发出了噶厦接受中央所定达赖转世掣签办法的电文。但是马步芳仍然一再拖延灵童启程的时期。摄政王热振活佛只好亲自出面给吴忠信去了一封急电，电文如下：
吴委员长勋鉴：
祭密。关于西宁灵儿，前承中央电令马主席催促纪仓佛立即送藏；并奉钩会电令，该灵儿今年内定可启程入藏，此事决能办到，无庸注念各节，欣感奚如。惟近据马主席转来塔尔寺僧民妄称欲将未签定之灵儿先要就地定妥，又称要照七辈达赖，行种种支离荒诞措词推诿；马亦借故迁延，至今尚未启程。现藏历新年已过，若再如此，则对各护法所示达赖本身大有灾殃之忏语，尚不知出何不祥之事，则谁负其咎？事关重大，请中央派员立即飞青，速将灵童督促送藏，至感至祷。特此电陈，敬候示复。
西藏摄政、司伦、噶厦公叩。
正是在这一重要的关头，当时任中央政府首脑的蒋介石开始出面干预此事，他亲自电令马步芳速护送灵童入藏，至此，这场迎请灵童纠纷案才得以解决。
1937 年6 月，国民政府再次致电马步芳，令其派兵护送灵童入藏，并拨给灵童护送费10 万元，马步芳这才派了一营骑兵，由师长马源海率领，护送灵童启程。这一年正好是1937 年的7 月。
3 个月以后，四位寻访活佛，偕同他们的佣人、商队、神童以及他的全家，浩浩荡荡地抵达了离拉萨还有10 天路程的那曲藏北草原。在那里，他们受到一个噶伦和一些官员的迎接，他们还带来了达赖喇嘛的轿子。在那曲镇一个精心搭起的大帐篷里，这个小孩被引上了一个临时的金座，那位噶伦在他面前磕了三个长头，呈上了摄政王热振活佛的一封信。
10 月初的一天，灵童和随行人员到达拉萨，西藏僧俗欢喜如狂，入城之日，远道来此朝佛的人远远超过万人。当他们来到西郊的罗布林卡林园时，小灵童受到了拉萨僧俗的公开朝拜，俨然像一位小达赖喇嘛。
但此时，这位青海灵童的命运还没有完全确定，他现在还不能算一名正式的十三世达赖喇嘛转世灵童，按照传统的惯例，还需完成金瓶掣签这一政治手续。
2.金瓶掣签
金瓶掣签制度是乾隆皇帝亲自制定的，这是对藏传佛教活佛转世制度的一项重大改革。我们知道，西藏自形成活佛转世制度以来，到乾隆年间已有500 多年的历史，并且已形成了比较完善和系统的体制，可是乾隆皇帝为什么会在1792 年要实行这一改革呢？此事还得从沙玛尔巴活佛叛国一案说起。
早在1788 年，居住在西藏日喀则聂拉木边境南端的廓尔喀人就开始侵扰西藏边境。1788 年以后，一个自称为是廓尔喀国的国王拉特纳巴都尔，派兵2000 余人突然侵入西藏，他的理由是聂拉木边境的西藏税务官增加了对廓尔喀商人的税收数目。很快这支来自喜玛拉雅南麓的异族人攻占了济咙、聂拉木等三个宗，并围困胁噶宗。
八世达赖喇嘛强白嘉措和驻藏大臣庆麟向乾隆皇帝上奏告急，很快一支由3000 人组成的满汉部队踏着高原的冰雪到达了拉萨。然而这支远道而来的清军队伍的首领理藩院侍郎巴忠却没有再命令他的军队西进，而是只派噶伦丹津班珠尔前往聂拉木议和，秘密答应每年由西藏赔偿廓尔喀人元宝三百锭，合银俩9600 两，并私下给了对方一张字据，廓尔喀人才心满意足地离开了他们占领的土地。尽管八世达赖喇嘛和噶厦政府都不同意这样做，但巴忠和他的另外两名军官却为了将就了事，贪功邀赏，向乾隆报告说已将失地收复，准备凯旋。
一年以后，廓尔喀人拿着那张字据讨取赔偿来了。达赖喇嘛和噶厦地方政府无意支付。 1791 年7 月，廓尔喀人重新占领了聂拉木和济咙宗，抓走了噶伦丹津班珠尔，并一直打到日喀则和札什伦布寺。要不是驻藏大臣保泰在慌忙之中提前把七世班禅移到拉萨，这场灾难的后果就不堪设想了。
当时八世达赖喇嘛的弟弟正好在北京，经军机大臣询问，才将巴忠等人调停贿和的情况告诉了乾隆皇帝。此时巴忠随皇帝正在避暑山庄承德。听到这个消息后，畏罪跳湖自杀。
巴忠虽然死了，但促使这次廓尔喀入侵西藏的真正的帮凶却是噶举派噶玛巴第十世红帽法王沙玛尔巴。据藏文史料记载，六世班禅有弟兄三人，一个是当时札什伦布寺的札萨喇嘛仲巴呼图克图（活佛），掌管札什伦布寺的政教大权。而另一个就是沙玛尔巴，法名确珠嘉措。
1777 年，六世班禅由西藏到达青海，第二年又由内蒙到达热河承德避暑山庄，为乾隆帝70 大寿祝寿，沿途获得蒙藏僧俗群众供奉的金银财宝和牛羊马匹不可胜数。当六世班掸在北京圆寂后，这些财产都由仲巴活佛运回西藏，除将一部分牛羊马匹交给札什伦布寺外，其他珍宝全部占为己有。沙玛尔巴因属不同教派，没有得到分文。为此十分愤怒，遂萌发了投靠廓尔喀人的念头。1784 年，沙玛尔巴到达加德满都后，将西藏防务空虚，札什伦布寺财富甚多等情况告诉了廓尔喀王，竭力怂恿他出兵西藏，抢夺札什伦布寺财宝。
1791 年，廓尔喀人直扑札什伦布寺时，事先仲巴活佛已得到消息，携带贵重之物弃寺逃之夭夭。这时七世班禅也已移驻拉萨，全寺无首人心慌慌，只好降神占卜，卜曰：十日不可与贼拒战。于是寺僧四散。
这时驻藏大臣保泰和雅满泰在惊慌中竟奏乾隆帝要将达赖喇嘛和班禅移到泰宁。清高宗见两位驻藏大臣竟是无能之辈，如此心慌胆落，一怒之下，将他们革职。1792 年，嘉勇公福康安为大将军，超勇公海兰察为参赞大臣，率兵17000 余名收复了所有的失地，廓尔喀人投降，沙玛尔巴服毒自杀。战争结束后，遵照乾隆皇帝的命令查抄了沙玛尔巴主持的寺院并不准其转世。
就在这一年，福康安遵照乾隆皇帝的旨意，与达赖喇嘛和班禅两方面的重要僧俗官员，共同研究，议定了《二十九条钦定章程》，并得到了乾隆帝的批准。就在这个章程的第一条中，乾隆帝提出了金瓶掣签认定达赖喇嘛、班禅及其他活佛之转世灵童的制度：
“关于寻找活佛和呼图克图的灵童问题，依照藏人例俗，确认灵童必须问卜于四大护法，这样就难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法，将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问的活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼佛像前正式确认，假如找到的灵童仅只一名，亦须将一个有灵童名字的签牌，和一个没有名字的签牌，共同放进瓶内，假若抽出没有名字的签牌，就不能认定已寻得的儿童，而要另外寻找。达赖喇嘛和班禅额尔德尼像父子一样，认定他们的灵童时，亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行，这些都是大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄假作弊。这个金瓶常放在宗喀巴佛像前，需要保护净法，并进行供养。”
根据一些学者的研究，乾隆皇帝当时之所以要这样做，其原因主要是看到六世班禅、札什伦布寺的札萨喇嘛仲巴呼图克图、噶举派噶玛巴第十世红帽活佛沙玛尔巴都出自一家，而且都是通过“降神问卜”寻访认定的，其中必有串通作弊的事情，所以才制定了金瓶掣签制度。
据汉文史料记载， 1792 年，乾隆皇帝谕军机大臣：“..向来藏内出呼毕勒罕（转世灵童），俱令拉穆吹忠降神附体，指明地方，人家寻访，其所指呼毕勒罕不止一人，找寻之人各将所出呼毕勒罕生年及伊父母姓名一一记明，复令拉穆吹忠降神祷问，指定真呼毕勒罕，积习相沿，由来已久。朕思其事，近乎荒唐，不足凭信。拉穆吹忠往往受人嘱托，假托神言任意妄指，而藏中人等因其事涉神异，多为所愚，殊属可笑。此等拉穆吹忠即系内地巫师，多以邪术惑人耳目。而拉穆吹忠降神时，舞刀自扎，身体无害，是以人皆信之。此等幻术，原属常有。但即使其法果真，在佛教中已最下乘。若使虚假，则更不值一噱。其妄诞不经，岂可仍前信奉？福康安等现在整饬藏务，正应趁此破其积弊，莫若在藏即令拉穆吹忠各将其法试演，如用刀自扎等项果能有验，则藏中相沿日久，亦姑听之。若福康安亲加面试，其法不灵，即当将吹忠降神荒唐不可信之处对众晓谕，俾僧俗人等共知其妄，勿为所愚。嗣后出呼毕勒罕，竟可禁止吹忠降神，将所生年月相仿数人之名，专用金奔巴瓶，令达赖喇嘛掣签指定，以昭公允”。
乾隆皇帝的想法很清楚，拉穆降神一不可信，二易被人操纵，必须改革。但他并不是急于行事，而是先礼后兵，让福康安亲自面试拉穆护法神的法力，然后再视其结果具体处理，从这些方面看，乾隆帝的考虑是很有道理的，西藏自佛教传入以后，到乾隆帝执政时，已有1000 多年的历史，而独特的活佛转世制度就是产生于这块独特的佛教文化土壤，并且经过500 多年的发展，已经系统化、固定化和理论化，人们基于自己的信仰从来没有怀疑过他们的护法神和活佛转世制度本身。现在一下要完全冲破这个传统是不现实的，再说乾隆帝也没有亲眼见过拉穆护法的降神，真伪如何他也把握不准，只能根据福康安进行面试再酌情沿袭旧制或实行金瓶掣签。
一年以后，乾隆帝得到了福康安的消息，他于乾隆五十八年三月辛丑，指示军机大臣说：“至藏内拉穆吹忠一事，前据福康安等续奏，亲加试验，俱不能用刀自扎，以舌舐刀。但若竟革去吹忠，势不能将前后藏略具聪明之幼孩遍加试验等语。所奏尚属未当。吹忠等所习幻术尚不及内地之师巫，积习相沿，最为可笑。若仍由该吹忠等降神指认，伊等皆可听受嘱托，假托神言，任意妄指，虽由金奔巴瓶内签掣，而所掣之人仍不能无徇情等弊，不过系一二权势之人主谋，而吹忠四人内大约即系拉穆一人主持，其弊亦也概见”。
基于福康安面试的结果以及拉穆吹忠四大护法存在假托神话，弄虚作假的实际情况，乾隆皇帝在谕示中明确指示，今后指定转世灵童，不准拉穆吹忠等人插手，完全由金瓶掣签最后决定。于是，他决定制造两个金瓶，一个放置在北京雍和宫，供蒙古藏传佛教活佛“转世”认定使用，另一个放在拉萨的大昭寺，供西藏及青海、西康等地认定转世灵童时使用。
金瓶制好以后，乾隆皇帝又专门谕示福康安等说：“今朕送去一金瓶，供奉前藏大昭寺内，嗣后达赖喇嘛、班禅额尔德尼、哲卜尊丹巴、噶勒丹锡勒图、第穆、济隆等，并在京掌印大呼图克图及藏中大呼图克图圆寂，出有呼毕勒罕时，禁止拉穆吹忠看验龙单（占卜一类的预言）着驻藏大臣会同达赖喇嘛、班禅额尔德尼将所出呼毕勒罕有几人，令将伊等乳名各书签放入瓶内，供于佛前虔诚祝祷念经，公同由瓶年掣取一签，定为呼毕勒罕（转世灵童），如此佛之默佑，必得聪慧有福相之真正呼毕勒罕。能保持佛教，朕尚且不能自主，拉穆吹忠更不得从中舞弊，恣意指出，众心始可以服。”
1792 年（乾隆五十七年）9 月，乾隆帝特派御前侍卫惠伦等人把金奔巴瓶送往拉萨。据福康安的奏折看，御前侍卫惠伦、乾清门侍卫阿尔塔锡等，经过3 个多月的长途跋涉，于11 月20 日护送金奔巴瓶到达拉萨，福康安率领清官及济隆呼图克图、各寺的活佛和大喇嘛、噶伦等前往迎接，这一天，八世达赖喇嘛强白嘉措为感谢乾隆帝的圣恩，也提前离开布达拉宫，在大昭寺恭侯。当迎接金瓶的队伍来到大昭寺后，达赖喇嘛特派喇嘛等执香花幡幢在前引路，福康安与惠伦等恭送金奔巴瓶在大昭寺佛楼上的宗喀巴佛像前，敬谨供奉，随后，达赖喇嘛率领憎众顶礼赞颂，极为虔诚严肃。
我们应该怎样看待乾隆皇帝制定的“金瓶掣签”制度呢？著名的民族学家、藏学家牙含章先生在他的《班禅额尔德尼传》中是这样说的：
“..从世界观的角度来看，‘金瓶掣签’与‘吹忠降神’（护法降神）并无本质上的区别。因为清高宗并不是无神论者，他也承认人死以后‘灵魂’继续存在，而且还可以‘投胎转世’，在这个佛教的‘神不灭论’的基本观点上，清高宗与拉穆吹忠是一致的，并无分歧。
但是从政治的角度看，就有重大的不同。拉穆吹忠‘降神’，特别是在决定达赖继任人选时，‘降神’一般都是事先由西藏的大贵族暗中决定的，那位贵族权大，钱多，拉穆吹忠就会被那位收买，就会指定这个大贵族，或与这个大贵族有亲密关系的家庭中出生的孩子，成为达赖的继承人。但往往发生下述情况，即几大大贵族势均力敌，各不相让，在这种情况下，争夺达赖的大贵族之间采取妥协的办法，即让达赖‘转世’到西藏以外的地方，十世达赖楚臣嘉措‘转世’在西康理塘地方，十一世达赖凯珠嘉措‘转世’在西康康定地方。只有十二世达赖‘转世’在西藏。但是以上四世达赖的寿命都不长，九世达赖只活了11 岁，十世达赖只活了22 岁，十一世达赖只活了18 岁，十二世达赖也只活了20 岁。班禅的情况与达赖的情况有所不同。在宗教上，达赖、班禅虽然平等，但实际上，正如作者在本书‘序言’中指出的，西藏地区的政教大权主要在达赖世系，所以班禅一般都较长寿。对于这些情况，历任驻藏大臣都是清楚的，清高宗也是清楚的。
‘金瓶掣签’的政治意义在于，它把指定由谁继任达赖和班禅的大权，由拉穆吹忠‘降神’决定转移到清高宗制定的‘金瓶掣签’决定，实质上讲，就是把决定达赖、班禅继任人选的大权，由西藏地方集中到清朝中央。这是清朝对西藏行使主权：使西藏的宗教和政治上的最高领袖——达赖和班禅的任免大权，完全集中到清朝中央政权，从而更加明确了西藏地方与清朝中央的从属关系。”
由于“金瓶掣签”的制度得到了象八世达赖喇嘛等西藏广大僧俗的拥护和支持，很快就开始在西藏和其他藏区及蒙古地区实行。但是，从灵童转世方向的确认，到观看圣湖显影等方面，护法神仍然起着重要的作用，这是执行“金瓶掣签”制度过程中还存在的一个重要问题。但是，不管怎么说，“金瓶掣签”制度毕竟成了藏传佛教活佛转世制度中的一个致关重要的环节，尽管西藏历史上，也有一些达赖或者班掸“转世灵童”的认定，是免予掣签的。但免与不免的决定权，仍在清朝中央，仍在清朝皇帝，到了民国时期，也依然如此，决定权仍在中央政府。
西藏历史上，第一个被免予金瓶掣签的是九世达赖喇嘛；第一个经金瓶掣签认定的是十世达赖喇嘛。
1804 年8 月18 日，曾亲自在大昭寺迎接金奔巴瓶的八世达赖喇嘛在布达拉宫圆寂，而他的转世灵童也将首次用金瓶来决定。但是，七世班禅、摄政济隆呼图克图、三大寺代表、全体噶伦等领衔，请驻藏大臣玉宁写了一道奏折转呈嘉庆皇帝。内容是邓柯灵童，确系第八世达赖喇嘛的转世，请求免予“金瓶掣签”。驻藏大臣也向嘉庆帝奏称，经过种种核验，实系第八世达赖喇嘛复出无疑，请求“俯允所请，免其入瓶掣定”。嘉庆帝批准了这一请求。但是，为了不让西藏和其他藏区以此为例，事后，他又下了一道谕旨说：
“从前指称呼毕勒罕出世，率多牵强附会，或仅小著灵验，不足凭信。仰蒙高宗纯皇帝特赏金奔巴瓶，饬令书名封贮，诵经签掣，以防弊混。今达赖喇嘛甫逾二岁，异常聪慧，早悟前生，似此信而有证，洵为从来所未有。设当高宗纯皇帝时，亦必立沛恩施，无须复令贮瓶签掣。但此系仅见之事，且征验确凿，毫无疑义，嗣后自应仍照旧章，不得援以为例”。
嘉庆帝的意思很清楚，金瓶掣签是先帝所立，这个规章是不能违背的，否则各地都如法炮制，请求免予掣签，这项重大的活佛制度改革就会遇到困难。果然，九世达赖喇嘛圆寂后，类似的情况又发生了。
1815 年2 月11 日，年仅11 岁的九世达赖喇嘛隆朵嘉措突然在布达拉宫暴亡。嘉庆帝下令一面寻访转世灵童，一面由掌办商上事务的第穆呼图克图任摄政。对九世达赖喇嘛的去逝，嘉庆感到非常意外和懊悔。当时因为驻藏大臣奏称九世达赖喇嘛经过种种“徵验”，确为第八世达赖“转世”，嘉庆帝才免予掣签的，可是“如果所称徵验，俱属确实，自应长久住世，宣扬黄教，何以不能永年？可见前次玉宁所奏，多有不实，朕一时轻信，至今犹以为悔”。由于西藏在十世达赖喇嘛转世的问题上又请“免予掣签”，嘉庆帝立刻谕示驻藏大臣玉宁、珂实克二人“不先加驳回，实属错误，均著传旨申饬”。指示十世达赖喇嘛转世灵童的认定必须经过“金瓶掣签”的手续，才能认定。
据藏文史料记载，噶厦和三大寺的代表在今天的四川藏区找到了三个“灵童”。这时嘉庆皇帝已经去逝，道光皇帝继位。这位皇帝比起嘉庆帝来，更加坚定地执行了乾隆皇帝制定的金瓶掣签制度，他于1821 年，谕示军机大臣说：
“..前据玉宁等奏里塘幼孩有灵异之迹。今察木多所属复出有幼孩二人，均有吉祥佳兆。前后共得三名，令其亲丁师傅等携至前藏，文干等会同噶勒丹锡呼图萨玛第巴克什等确加试验。如均有灵异之性，即照例写签入瓶，对众讽经掣定，核实奏闻。若试验未确，仍令另行访查，俟灵异幼孩数足三人再行照例办理可也。将此谕令知之”。
1822 年1 月15 日，根据道光皇帝的命令，七世班禅专程从札什伦布寺赶到拉萨主持十世达赖喇嘛转世灵童的“金瓶掣签”仪式。掣签仪式在布达拉宫的皇帝牌位前举行。此前，三名“灵重”都住在聂塘寺，驻藏大臣文干和帮办大臣保昌与七世班禅共同决定，由摄政、七世班禅、驻藏大臣等亲赴聂塘寺，将三名“灵童”带到布达拉宫。掣签仪式由驻藏大臣文干和帮办大臣保昌亲自主持。结果抽出西康理塘生的小孩为十世达赖喇嘛，他就是西藏第一位通过金瓶掣签认定的达赖喇嘛楚臣嘉措。此外，经金瓶掣签认定的还有十一世和十二世达赖喇嘛。
金瓶掣签仪式是如何进行的呢？
一般情况下，驻藏大臣、帮办大臣、达赖喇嘛或班禅、摄政等进门后，先要按职位或者是传统的习惯依次入座，随后是近侍献清茶和酥油茶。当这项传统的礼节结束后，开始当众核对入掣象牙签上用满文、蒙文和藏文写的“灵童”的名字、生年，然后送给达赖喇嘛或班禅复看后，又让每位“灵童”的家人跪看牙签的名字、年岁有无错误。当一切都准确无误后，用黄纸包好，供在瓶前。这时，喇嘛们开始念经，等诵经仪式结束后，帮办大臣来到金瓶前，跪下叩首三次，然后，用双手将象牙签举过头顶放入金瓶内，再用手旋转两圈，盖好金瓶盖，起立重新回到自己的位置。这时，喇嘛们又开始念经。念经仪式结束后，驻藏大臣走到金瓶前，也跪下叩首三次，然后跪着打开金瓶盖，用手旋转多次，掣出象牙签一支。此时在左边恃立的帮办大臣，打开黄纸，当众宣看。被认定为转世灵童的家庭人员在跪听掣签结果后，一般还要观看象牙签，然后再送给达赖喇嘛或班禅审看，再将签供在金瓶前。剩下的没有掣中的象牙签此时也要从瓶中抽出，给在坐的官员和高僧观看，最后这些“灵童”的家庭成员也要被召进观看，除去疑义，并用纸擦去。金瓶掣签仪式就此全部结束。
3.最后认定权
是否对十三世达赖喇嘛转世灵童实行金瓶掣签，西藏僧俗的意见是比较一致的，那就是朗敦的灵童已经各方复查筛选，确实是十二世达赖喇嘛的转世灵童，希望清政府免予金瓶掣签。为了实现这些意愿，当时的摄政功德林活佛给八世班禅去了一封信，希望他出面，请求清帝免予金瓶掣签。信中说道：从各方面再三考虑，朗敦之子确比上报的其他灵童更为灵异。从一世达赖喇嘛根敦朱巴至八世达赖喇嘛强白嘉措，均未入金瓶掣签，其中除四世达赖云丹嘉措和六世达赖仓央嘉措之外，其他几位达赖喇嘛寿命都较长。乾隆帝赐金瓶掣签，是为确认活佛之意，而浊世众生福浅，近代几位达赖喇嘛均年幼夭折，极为不幸。此次灵童若不能符合众意，僧俗人等将更加痛心。况且达赖喇嘛素为蒙藏所崇敬，皇帝也极重视，达赖喇嘛系佛教之根本，黄教之教主，其转世灵童，更应极其优异，为众望所归者。朗敦之灵童年龄虽最小，但相貌举止等各方面都完全是胜王金刚持之化身。倘若金瓶掣签掣不出众所公认的朗敦灵童，则悔恨莫及，贻误大事。特请班禅大师祈求皇帝谅解，务使汉藏臣民均能满意，绝不能草率从事。
与此同时，摄政功德林活佛又给驻藏大臣松■递交了一份呈文，再次详述了转世方向、父母名称、打卦问卜、观湖显影、上报查验等重要情况，指出，有关灵童出生前后之梦兆、征兆等均极祥瑞。朗敦之子，异常聪慧，容貌端庄，举止大方，经反复查验，全藏僧俗皆倾心悦服，一致认为朗堆之子为十二世达赖喇嘛之转世灵童，请免予金瓶掣签予以认定并准予坐床。
为慎重起见，功德林活佛在向驻藏大臣递交了呈文后，又下令再次查验。各大活佛再次卜卦，结果僧俗仍然一致认为朗敦之子为十二世达赖喇嘛之转世灵童，并请驻藏大臣将西藏全体僧俗官员的公禀转奏皇帝予以认定并批准坐床。
1877 年6 月，光绪皇帝得到了驻藏大臣松■的奏折后，批准了西藏僧俗的一致要求，十三世达赖喇嘛成了又一名免予金瓶掣签的大活佛。
十四世达赖喇嘛出生和认定的时间是本世纪30 和40 年代的事情。此时，清朝封建统治早已不复存在。尽管如此，在十四世达赖喇嘛的最后认定权上，国民政府依然还是沿袭乾隆皇帝的旧制。
据藏汉文吏料上记载，当十三世达赖喇嘛圆寂后，国民政府就特派参谋本部次长黄慕松为致祭专使前往拉萨，追赠十三世达赖喇嘛为“护国弘化普慈圆觉大师”，在达赖喇嘛座前献了中央所颁赐的玉册玉印；不久又在布达拉宫达赖喇嘛灵堂举行了致祭仪式。
1935 年，当热振活佛就任西藏摄政后，国民政府册封他为“辅国普化禅师”，热振活佛愉快地接受了册封。
上述两件事，一方面说明国民政府在西藏问题上的积极态度，另一方面也说明中央政府对西藏的主权，同时也为国民政府主持达赖灵童掣签坐床创造了有利的条件。
据中国第二历史档案馆提供的档案看，十三世达赖喇嘛圆寂以前，国民政府就曾制定过有关活佛转世的规定。当国民党中央政府得知西藏已在青海寻获三名“灵童”后，就开始着手积极准备有关金瓶掣签的事宜。
1938 年8 月18 日，蒙藏委员会委员长吴忠信在给行政院院长孔祥熙的信中说，活佛转世非同一般小事，处理时稍有不当就会引起争执，所以，蒙藏委员会成立以后，曾参考清代乾隆皇帝制定的达赖、班禅转世办法，结合当时的情况，制定了专门的《喇嘛转世办法》。至今，在内蒙古、青海已有多名转世活佛照此办法办理了认定手续。现在，既然已在青海境内找到了三名灵异神童，就应该依照乾隆定制，举行掣签手续，最终确定谁是十三世达赖喇嘛的转世灵童。
吴忠信所说的《喇嘛转世办法》有十三条内容，其中第三条说，达赖喇嘛、班禅大师等活佛圆寂后，应向当地最高行政机关报告，转报蒙藏委员会备案；并由其高足负责寻访灵异同龄幼童二人以上，作为转世灵童候补人，报当地最高行政机关，转报蒙藏委员会查核后，进行掣签认定。第六条进一步强调指出，达赖喇嘛、班禅大师之转世灵童掣定以后，由当地最高行政机关呈请中央批准后派大员前往照料坐床。
从《喇嘛转世办法》的内容看，国民政府对蒙藏活佛转世制度的管理是有章可循的，它除了涉及达赖喇嘛、班禅大师转世灵童的认定制度外，其他活佛的转世认定办法也包括其中。是一份非常珍贵的历史文献。
吴忠信给孔祥熙去信后不久，蒙藏委员会就根据国民党中央的指示，拟定了《十四世达赖喇嘛转世掣签征认办法》，并呈报行政院院长孔祥熙。
蒙藏委员会在《十四世达赖喇嘛转世掣签征认办法》中首先指出，自从清朝乾隆皇帝制定金瓶掣签制度后，从八世达赖喇嘛开始，除九世和十三世达赖喇嘛奉圣旨免于金瓶掣签外，其余各世均遵照定制掣签认定。这是中央对西藏的固有主权，也是统治西藏的重要方法，决不能放弃。最后，蒙藏委员会提出了三点具体的掣签征认办法：
1.国民政府特派大员前往拉萨，会同热振活佛主持十四世达赖喇嘛转世灵童掣签事宜。
2.国民政府特派大员会同热振活佛主持十四世达赖喇嘛转世灵童掣签仪式，并由该大员指派代表就近办理有关事项。
3.国民政府特派蒙藏委员会委员长吴忠信会同热振活佛主持掣签仪式。
1938 年10 月20 日，行政院秘书长魏道明通知蒙藏委员会：行政院第385次会议认真讨论了《十四世达赖喇嘛转世掣签征认办法》，一致认为，事关重大，先由蒙藏委员会与西藏会商，再呈报行政院核定。
很快，蒙藏委员会通过国民政府驻藏长官张咨议与噶厦和热振活佛取得了联系。1938 年12 月12 日，热振活佛致电重庆，接受中央派员主持掣签仪式。
1938 年12 月31 日，行政院院长孔祥熙通知蒙藏委员会，国民政府同意特派蒙藏委员会委员长吴忠信会同热振呼图克图主持第十四世达赖喇嘛转世事宜。从事态的发展来看，一切都在顺利地进行，可是在护送青海灵童入藏的事情上又出现问题。西藏此时虽然接受中央派员会同热振活佛主持达赖喇嘛认定掣签仪式，但另一方面又只准中央和青海各派委员一人护送灵童至西藏边境。
在此紧要关头，班禅驻京办事处于1939 年2 月11 日向蒙藏委员会递交了一份呈文，坚决支持中央派员入藏，主持金瓶掣签。
当蒋介石得知这一消息后，也知事态的严重性，亲自电示蒙藏委员会委员长吴忠信说：恩久活佛从青海来电报告说，西藏拟请中央及青海各派一人护送青海灵童至西藏地界，再由西藏自行与其他两名灵童一起举行掣签仪式。据查，达赖转世，事关中央与西藏的前途，并且掣签仪式历来必须由中央驻藏大员监督主持，现在西藏只许中央派人护送灵童至西藏地界，公然藐视祖国，破坏教规，使达赖与祖国断绝关系。查此转世灵童经九世班禅亲自认定，蒙藏僧俗，远近咸钦，若经中央册立，既使不入藏掣签，也为世人所公认。
由于中央政府的一再坚持，西藏地方政府于1939 年4 月7 日在布达拉宫召开了由僧俗官员参加的紧急会议。第二天早晨，当国民党驻藏长官张威白前往热振活佛住处时，热振活佛告诉张威白说：中央爱护西藏无微不至，吴委员长亲自来临，均表欢迎；务恳迅速飞青，与灵儿一同入藏..至此事情才圆满解决。
1940 年1 月15 日，吴忠信委员长、秘书长罗良鉴、顾问曹经沅等一行10 余人抵达拉萨，受到热烈欢迎。据随行秘书周昆田当日发给中央通讯社的电讯所载，热振活佛的代表噶伦丹巴嘉样、彭休、彭康以及西藏其他高级僧俗官员70 余人，在拉萨西郊约4 公里的哲蚌寺山脚下设帐欢迎，仪式隆重。旅藏的甘、青、川、滇、北平、新疆的商民以及尼泊尔的代表都分别前往哲蚌寺远迎。此外，驻拉萨的藏军700 余人，也全体出城列队在路旁欢迎。下午4 点左右，由藏军和各欢迎人员在前引路，吴委员长乘大轿相继入城。当浩浩荡荡的欢迎队伍来到城内时，开始鸣礼炮二十七响。周昆田在电讯中还说，当时队形整肃，衣冠济济，极一时之盛。沿途民众观者如潮，热烈景况为藏汉历史上所罕见。
吴忠信委员长当日下榻于预先布置好的行辕内，并先后接见丹巴嘉样、彭休、彭康三位噶伦及其他高级官员。
可是就在吴忠信到达拉萨以后，在灵童的问题上又发生了变化，原先的三个灵童现在只剩下一个灵童了。原来西藏僧俗认为青海灵童灵异显著，经民众大会决议，公认为十二世达赖喇嘛的转世真身，不再举行掣签仪式。吴忠信得知这消息后，当即表示此事须呈报中央最后审定，本人只能负责转呈，不能马上作出决定。经双方一再磋商后决定：由吴忠信事先查看灵童是否灵异；由热振活佛正式呈请中央，办理免除掣签手续。
1940 年1 月26 日，热振摄政向民国政府提交了一份长达数页的文件，请求中央免除青海灵童的掣签手续。文件写道：
..木猪年，一女神在布达拉宫达赖喇嘛的卧室以神丸占卜明示：十四世达赖喇嘛灵童已经转世；转世情景、父母、房屋等明见于曲科吉神湖之中。为使僧俗深信不疑，身为摄政的热振活佛在布达拉宫的释迦牟尼像前亲自占卜，询问观看圣湖的时机到否，卦示已到。于是，在十三世达赖喇嘛灵塔完工后不久，热振活佛主仆一行不辞劳苦，前往曲科吉圣湖观看显影。寻访人员在康汪母女神像前供奉无数盏祭灯，虔诚祷告，随后热振活佛开始凝视神湖，果然看见“阿”、“噶”、“麻”三字（藏文的三个字母）；灵童诞生的房屋、山野的形状等都非常清晰。观完圣湖，热振活佛一行前往南部各寺祭神朝佛。在著名的桑耶寺，敬请降仔乌马布神降神占卜，当神灵附体时，桑耶护法神将哈达抛向东方。此前，噶东神（噶东护法神）也先后占卜明示灵童将在东方转世，乃穷护法神在达赖喇嘛卧室初次降神占卜时，也将哈达抛向东方。
..十三世达赖喇嘛在卧室面向东北圆寂，当移灵柩去俄察白期宫殿时，在石路上，达扎活佛看见达赖面向东北天空微笑。另外，当达赖喇嘛灵体移放俄察白期宫和布达拉宫各宝座时，灵体都是向南，但无人移动竟自动转向东方。这些异常现象，均被当时的办事人员普觉荣尊活佛和其他在场的念经活佛看见。
根据以上这些奇兆，十四世达赖喇嘛转世灵童必诞生于拉萨以东地区。
于是乃穷护法神从西藏各大小寺院中挑选了三名有缘的活佛前往东部寻访。临行前，热振活佛经过占卜确定了三路寻访人员：北方及达布一带，由普觉活佛寻访；安多、阿里、安多下部、宗喀等地由纪仓活佛负责寻访；昌都、察雅、工布一带，由色拉吉巴康萨活佛负责寻访。
十三世达赖喇嘛非常喜欢纪仓活佛，水鸡年达赖喇嘛生病，让纪仓活佛用经水洗濯头顶。纪仓活佛不敢用手，以铜镜代替，达赖喇嘛准许他用手拂洗自己的头顶。去曲科吉观看神湖显影时，纪仓活佛与热振活佛同行。观湖时，纪仓活佛曾见一座山和山顶小石堆上所竖的经旗，还有旷野上漫漫的长路。噶厦为寻访达赖真身，请降仔乌马布神降神占卜时，降仔神手拿佩戴的护身盒和阿西哈达作投向东方之状，然后交给纪仓活佛，因此，人们断定纪仓活佛有寻访和迎请转世灵童的缘份..
果然纪仓活佛一行访得灵异孩童14 名。根据噶厦之命，纪仓活佛让所有灵童辨认了十三世达赖喇嘛的遗物，都能认出真假，所有奇兆也证实无疑。但是事关重大，噶厦又再次把乃穷活佛迎至达赖喇嘛的经堂举行降神占卜仪式。乃穷活佛没有详看卜文，就将它插入帽中，然后明示称：要问本神上师转世何方，预示已得到验证，青海大泽祁家之灵儿为十三世达赖喇嘛真身。说完又向东投献哈达。
热振活佛在文件的末尾进步强调说，他在圣湖中所看见的显影以及乃穷活佛等诸多护法神的卦示等与实际寻访的青海祁家灵童十分吻合，因此，西藏僧俗大众都深信他为十三世达赖喇嘛之真身。不须掣签，照例剃度受戒。此事已呈报中央在案..
虽然热振活佛已正式呈请中央，免除青海灵童的掣签手续，但是在“察看”灵童的问题上，又节外生枝发生了波折。当吴忠信派人赴罗布林卡和古觉大堪布交涉时，古觉大堪布提出要吴忠信在达赖灵童登座时，“上殿参拜”。并说：“灵童坐殿，系经西藏民众大会决议，殿见也系西藏之惯例。”又说：“经民众大会决定者，不能变动。”其含义在不承认吴忠信有“察看灵儿”之权。
随行人员向吴忠信报告了此事后，吴忠信颇感不快，立即派人叫来贡觉仲尼，语气非常严厉地令他马上向热振活佛转告，必须照旧议办理，否则中央人员不惜全体离藏。据《拉萨见闻记》一书载，热振活佛经此转折后，态度顿趋软化，翌日即派人来道歉，说明古觉大堪布不明情况造成误会，请吴忠信指定察看时间和地点。最后吴忠信决定2 月1 日在罗布林卡荷亭内查看。据史料上记载，查看的时候，吴忠信给灵童送了四种礼品，表示了承认。
就在吴忠信去罗布林卡查看青海灵童的头一天，也即1940 年1 月31，行政院第450 次会议通过了特准青海灵童拉木登珠继任第十四世达赖喇嘛，并发给坐床大典经费40 万元的决定。2 月5 日，国民政府颁布府字第898 号令：
