而郡县制则不同了。郡县制是中央集权的象征，它不再分封诸侯，而是直接由国君任命的官员去执行，郡守只对国君负责。这样的话，统治体系就由原来的圆形体系而变成金字塔体系。金字塔体系的一切元素或部件只对位于塔尖的国君或皇帝负责。
但对于新事物，守旧的人总是嗤之以鼻。秦统一后，勋旧派首领丞相王绾首先提出全国地方太大，难以管理，要求像周代那样，封秦始皇诸子为王，分封到各地替皇帝管理天下。
秦始皇是一个锐意进取的帝王，他也一直在思索这个问题。王绾将这个问题表面化以后，秦始皇便召集群臣讨论，群臣都赞同王绾的意见，只有李斯提出不同的意见。
李斯认为：周朝建立的时候，文王、武王分封的子弟很多，后来一个个都疏远了，互相视为仇雠，经常发生战争，天子也不能禁止。现在天下统一，应该实行郡县制，皇帝的子弟和功臣，都用国家的赋税进行赏赐，这种制度是很合适的。天下没有二心，才是安定国家的根本，分封制过时了，不再适合国家的形势。
秦始皇颇欣赏李斯的建议，他说，天下苦于无休止的战争，就是因为诸侯王互相攻伐的原故。朕依赖祖宗宗庙完成天下统一，再立许多国，这不是自我树敌、自掘坟墓吗？分封诸侯国，既不利于统一，安宁也没有保障，所以支持李斯的意见。
李斯最后战胜了勋旧派。郡县制的实行影响深远，成了中国两千多年封建社会的基本制度之一。尽管知道现在人们还在讨论郡县制的优劣功过，但不可否认在封建社会的草创阶段，郡县制的功劳的是大大的，既加强了中央集权，又免去了诸侯战乱，可谓一举两得。其间，李斯的历史功绩不容抹煞。
在李斯的建议下，秦始皇把全国分为三十六郡，郡以下为县。把百姓改为"黔首"，收集天下的兵器，聚在国都咸阳，熔铸成巨钟，又铸造了十二个巨硕的铜人，每个重一千石，安置在宫廷里。
秦始皇想借此一是毁灭六国贵族复辟的念想，二是削弱民众的反抗力量，可惜国家机关成了实施暴虐的工具，在李斯的辅佐下，刑法严苛，最终导致陈胜吴广起义，"一夫作难而七庙堕"，为后世留下了笑柄。
秦始皇三十四年（前213年），群臣又一次聚在咸阳宫，为秦始皇歌功颂德。独裁的皇帝大都有些好大喜功，秦始皇也不能免。
有一个博士仆射，叫做周青臣，称颂秦始皇消灭六国诸侯，在天下实行郡县，统一了中国，铲除了战争的祸根，认为这是前无古人的事业。这些既是实情但听起来让人倒胃口的阿谀之词，令始皇帝心情大悦。
偏偏这个时候，另一个博士淳于越很不知趣，对秦始皇说："殷周之所以存在千年，是因为它把天下分封给子弟和功臣。现在天下如此之大，宗室子弟没有封地，和百姓一样，万一发生了田常、六卿之变，又有谁来相救呢？没听说过不以古为师而天下能长久的。"
就这一句，秦始皇愉悦的心情顿时一扫而光，脸上却顿时阴云密布。秦始皇最反对以古论今，以古非今。淳于越是以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不入，使得秦始皇大为不满。
李斯一看淳于越要推翻自己的主张和立场，又看到秦始皇十分不悦，隐忍心中的怒气，他便心中有数了，皇帝不喜欢这些酸腐守旧的儒生，皇帝要创造前人未有的基业。
于是，李斯向秦始皇阐述了自己的观点。他认为"时代变了，政治制度也要随着改变。淳于越吹捧的夏、商、周三代旧制，根本不值得效法。现在天下已定，法令一统，百姓努力生产，读书人只须学习政府法令。可是那些读书人不学习当代的东西，却专门推崇古代的东西。他们标榜私学，攻击政府法令，入则心非，出则巷议，诽谤朝政，惑乱人心。如果不加禁止，陛下的威信就会降低，他们就会结成私党，聚众闹事。"
最后，他又把这一切都归罪为读书的缘故，建议秦始皇下令焚书。公元前213年，李斯上书秦始皇道："臣请史官非秦记皆烧之，非博士官所职，天下有藏《诗》、《书》、百家语者，皆诣守、尉杂烧之。"嬴政对此建议的批阅是："可。"
于是，秦始皇下令焚书，先秦许多文献古籍都被烧掉了，使中国文化遭到了巨大的损失。
在焚书的第二年，即秦王政三十五年，秦始皇对儒生又进行了迫害。他下令将咸阳的四百六十多个儒生活埋，这就是历史上的"坑儒"事件
