焚书坑儒事件的发生，对中国历史的进程，尤其是中国思想文化史的进程是一场难以形容的灾难。儒生的主张虽然不合时宜，但他们本身并没有错，他们所读所学所信仰之学说没有错，而李斯揣测秦皇意图，以报当日儒生阻挠实施郡县制的仇恨，竟建议焚诗书、坑群儒，其内心之黑暗可见一斑。从此，秦国的文化与公正、理性渐行渐远。
这一切，李斯难辞其咎。
比李斯早些时候的庄子，曾在濮水边垂钓，楚王派遣两位大臣先行前往致意，说："楚王愿将国内政事委托给你，愿你不辞其劳！"
庄子手中握着钓竿，头也不回地说："我听说楚国有一只神龟，已经死了三千年了，楚王用竹箱装着它，用巾饰覆盖着它，珍藏在宗庙里。那么这只神龟是宁愿死去，留下骨骸进而得到配享宗庙的尊贵呢，还是宁愿活着在泥水里摇着尾巴吹气？"
两位大臣说："宁愿活在泥水里摇着尾巴吹气。"庄子说："你们走吧！我仍愿做一只活在水里、拖着尾巴、吹着气泡的龟。"
言犹在耳，却很少有人领悟其中的深意。
几十年后，李斯全家被押赴刑场。
在赴死的途中，李斯回过头来看了看他的儿子，充满悔恨地说："吾欲与若复牵黄犬俱出上蔡东门逐狡兔，岂可得乎？"说罢，父子相抱痛哭。
就在这一天，李斯在咸阳街头被腰斩，全家大小三族全被杀害。
对于李斯的死，其自身的原因起决定作用。秦始皇重用李斯，李斯则依靠严苛的刑法治理国家，不注重与民休息，使得百姓困顿，民生沸腾。这也是为什么汉高祖灭秦后采用道家休生养息、无为而治的政策使国家逐渐恢复并强盛的原因。
秦国的草创阶段，法家严苛的政策具有致命性的危险。再加上秦始皇自身性格暴戾，实行独裁统治，更使国家疲惫不堪。国家内部反抗浪潮迭起，秦朝统治岌岌可危。
秦始皇觉察到有人在皇位下面点火，不但不反省，反而先后五次远途巡行，到各地耀武扬威，加强控制。尽管如此，反抗还是不断发生，曾有人拦截皇家使者，还有人公开咒骂"今年祖龙死！"
最后一次巡行，丞相李斯和秦始皇宠爱的小儿子胡亥、胡亥的老师赵高等一同前往。秦始皇从咸阳出发，出武关，沿丹水、汉水流域到云梦，再沿长江东下直至会稽。登会稽山，祭大禹，并刻石留念。在北归的时候，秦始皇得了重病，不久死在沙丘。
秦始皇死后，李斯怕引起天下大乱，每日照常令人送水送饭，不让外界知道死讯。然而，围绕皇位继承的问题，李斯和赵高勾心斗角，最终联手策划了一场阴谋，而李斯也最终成了这场阴谋的牺牲品。
按照惯例，应由秦始皇长子扶苏继位。扶苏思想倾向于儒家，不同意秦始皇的焚书坑儒，当面提过意见，惹得秦始皇生气，把他派到西北大将蒙恬那里。
而宦官赵高极力想拥立胡亥，那样他就可以大权独掌。但李斯的存在让赵高有所顾忌，赵高想要胡亥继位没有李斯的支持是不行的。因此，赵高便千方百计地拉拢李斯。
赵高口才极好，善于雄辩，他对李斯说："皇帝临死前，召扶苏参加葬礼的这封信，还没来得及送出去，现在胡亥手里。决定由谁来继承皇位，全由你我说了算，你意下如何？"
李斯听后非常惶恐地说："这是亡国的言论，不是人臣应该议论的。"李斯的这句话对赵高是有所防范的，但赵高对李斯的弱点了如指掌，他让李斯和蒙恬进行对比，李斯自觉不如蒙恬，赵高乘机又说："扶苏刚毅而勇敢善战，他继位后必将任用蒙恬为丞相。"
这句话一下子戳中了李斯的要害，李斯最怕有人将他取而代之。一下子他的心理防线崩溃了。李斯一见形势将危及自身的利益和性命，无奈只好听从赵高的调遣了。
于是，篡改遗诏的好戏上演了。胡亥、赵高将秦始皇召扶苏来咸阳送葬的书信，改为斥责扶苏"无尺寸之功"、"不孝"的信，令他自杀，同时责备蒙恬"不忠"，也令他自杀。结果扶苏乖乖地自杀了，蒙恬不肯自杀，但后来被囚禁，服毒而死。
在李斯的合谋下，胡亥继承了帝位。但胡亥比他老爹有过之而无不及。他没有他爹的雄才大略，却有比他爹更加残暴的统治手段。
李斯看到灭亡秦朝的引火线不断地燃向炸药包，再不出面规谏，秦朝恐怕要成短命王朝。但为了保存自己的身家性命和既得利益，李斯徒作哀叹，不敢规劝胡亥
