但毕竟李斯良知尚存，他对胡亥修阿房宫征发徭役的行径实在看不下去了，就同右丞相去疾、将军冯劫劝秦二世胡亥停建阿房宫，减少一些徭役。当时，秦二世正与宫女宴饮作乐，见李斯等人上书十分恼怒，下令将他们逮捕入狱。
李斯在狱中高呼："大秦要亡了，如今反者已有天下之半了，昏君之心尚未领悟，奸臣赵高仍被重用。我不久就会看到，盗至咸阳，麋鹿游于宫苑。"
李斯一生的醒悟直到此时才刚刚开始，只不过上苍不再给他机会了。赵高也终于窥伺到扳倒李斯的机遇。他趁机诬陷李斯与其儿子李由谋反，对李斯严刑拷打，刑讯逼供。李斯挨不过皮肉之苦，屈打成招。李斯荣耀的"仓鼠"的一生，在血溅刀刃的腰斩酷刑中草草收场。
后人在评价秦朝的功绩的时候，往往称颂秦始皇，而忽视李斯，但李斯的历史功绩是不容抹煞的。明人李贽曾说："秦始皇出世，李斯相之，天崩地坼，掀翻一个世界。"可见秦始皇显赫的历史功绩中，李斯的作用不容小觑。
但李斯注重名利，甚至为了自身利益不惜牺牲人格尊严，与赵高同流合污，阿谀二世胡亥，千古以来遭人唾骂，自己也因此身败名裂，腰斩街头，令人悲痛。假如在沙丘，李斯能绝交赵高，挺身而出，阻止政变，诚如司马迁所言"斯之功，且与周、召列矣！"
李斯也曾有过思考。有一次，李由回到咸阳，李斯摆设家宴，百官都来赴宴祝酒。在这种热烈的酒席上，李斯想起了他的老师荀卿告诫他的"物忌太盛"这句话，感慨地说："我以前是个平民百姓，今天却做了丞相，可以说是富贵到了极点。但是，物盛则衰，我还不知道将来会有什么样的结局呢？"
但李斯的思绪一闪而过，那不是深刻的清醒，而是一时的感慨。直到临死，李斯才真正彻悟了，在狱中发出了震人发聩的绝响。但一切都晚了，徒作"牵犬东门，岂可复得！"之叹。
李斯生活的时代，战国的历史已接近了尾声，秦国一统天下成了大势所趋。李斯就是在这样的大背景下，从楚国的一名小吏西入秦国成了秦相国吕不韦的幕僚，后又伺机一跃成为秦王嬴政的客卿，最终当上了中国历史上第一个封建统一王朝--秦朝的丞相。纵观李斯一生，毁誉参半。他在秦始皇统一全国的过程中立下了汗马功劳，可是秦朝的昙花一现他也难脱干系；他为后世留下了精妙的小篆书法，也为后世伏下了诸多隐患，最终造成了中华民族封建时代的衰落。回瞻李斯的生命轨迹，真可谓其兴也勃焉，其衰也忽焉。曾经的不可一世，终究难以抵消临死前"东门黄犬"的遗憾。
李斯最大的错，在于原则问题。一个人要讲原则，没原则就会行为失准，做出不讲道义的事情。在赵高策谋立胡亥为帝，拉拢李斯的时候，李斯就应该义正严词地拒绝，主持正义，迎立扶苏为帝，联合蒙恬，然后大旗一挥，直指赵高、胡亥夺嫡的阴谋，号召天下有识之士共同讨之，事情就是另一番样子了。赵高、胡亥也未必有勇气将阴谋继续下去。而且，少了李斯的支持，赵高的阴谋也不好实现。因此，秦末的变乱，李斯起着至关重要的作用。
李斯思及自身利益的时候，便罔顾原则，做出了错误的决定。他担心蒙恬会取而代之是没有道理的。一是，蒙恬是领兵将领，长期在外作战，对宫内的权力之争不甚明了，不会毫无顾忌地牵涉进去，虽然他和扶苏走得很近，但那是正当的，丝毫没有结盟的意思，相比胡亥和赵高的阴谋勾结，自然要高尚许多。二是，以李斯当时的影响，蒙恬取而代之的可能性是微乎其微的，可以说秦始皇死后，李斯的态度在很大程度上起着决定作用，无论是对扶苏还是胡亥来说，谁得到了李斯的支持，谁的胜算就大，而人心所向的乃是希望扶苏能出来继位，扶苏只能依靠李斯，而不会冒失地让蒙恬取代他，自绝优势。故此，李斯的顾忌是多余的。
李斯一旦就缚于名缰利锁，眼光和胸襟就会变得狭窄，丧失衡量事情的尺度。赵高对他非常了解，因而对症下药，提出蒙恬可能取而代之的问题，正戳中了李斯的痛处。李斯思来想去，没能守住原则，向赵高这个阴谋家倾斜了。可是，正因为丧失了原则，李思堕入赵高的套中，事成之后（胡亥如愿以偿登上帝位），赵高把脸一翻，李斯便锒铛入狱。身陷囹圄的李斯才有所悔悟，可为时已晚，既然赵高把他送进来了，就没想着再把他放出去。对此，李斯的心里比谁都明白。
当李斯知道自己要被腰斩的时候，才知道自己为丧失原则付出的代价太大了。于是，后悔了，想起没当官的时候，带着儿子去上蔡东门驱逐狐兔时的光景，真是惬意啊。人只有到临死的时候，才懂得平淡和淡泊名利的可贵。只可惜，即使李斯此刻悔悟了，也再不能回到过去的岁月了，只能把教训留给后人，把遗憾和感叹让后人品味。
李斯当死之时，耳旁萦绕着庄子那句"我仍愿做一只活在水里、拖着尾巴、吹着气泡的龟。"悔恨的泪水无声飘落。是啊，泥水中虽然污浊，但总可以自由地呼吸、自由地摇头摆尾。一旦戴上名缰利锁，为之汲汲驱驰奔逐，为之牺牲一切可贵的东西，到头来却只能身死名丧。如果李斯当初醒悟，仔细咂摸一下先贤庄子的那句话，宁肯和儿子在上蔡东门逐一辈子的狡兔，也不会涉足名利这场浑水了！
可惜，一切都太晚了！窦婴--不识时务，乃真丈夫窦婴--不识时务，乃真丈夫
