果然，不久便有人跳了出来。
国子监司业朱三俊，上疏弹劾监生陆万龄、曹代请祠魏忠贤国学罪。在几个月前，监生陆万龄上书天启帝，说魏忠贤的功劳已可以与孔子相提并论，要把魏忠贤移入国子监与孔子并祠。天启帝也同意了。不过因当时有人提出，假如某一天皇帝驾幸国子监，例应拜祭孔子，而魏忠贤的像就在孔子边上，拜孔子也就是拜魏忠贤，似乎不太方便。所以这个提议就没有实行。此时，朱三俊便以此事弹劾陆万龄等人。崇祯帝随即下令把陆、曹两人下了狱。先前还有一位叫李暎日的监生，也上过一疏，把魏忠贤比作是周公。崇祯帝正好翻到了这份奏疏，也随即下令把那位李监生逮问。
崇祯帝的这些做法，是否算是敲山震虎，就不得而知了。不过魏忠贤却坐不住了。
九月二十五日，魏忠贤上疏奏请停止全国各地为他建造生祠。崇祯帝的答复是优礼有加，他说：
“先前已经赐额同意兴建的那些生祠，继续照常修建。其他的就停下来吧。”
崇祯帝还进一步解释说：
天下为魏忠贤建生祠，是出于公心，而魏忠贤居然有功不居，要求停建，真是难得！因此让后面的那些生祠停下来，是为了成全魏忠贤的劳谦之美，而并不是为了其他。
几天之后，糊里糊涂的江西巡抚杨邦宪、巡按御史刘述祖，分别上奏崇祯帝，称魏忠贤功德巍巍，请求在江西为他建生祠。他们为建生祠，也在南昌作了些准备，顺手拆掉了三贤祠之类的古迹。据说崇祯帝拿着奏章，边看边笑，最后写下“已有旨了”几个字，算是答复。魏忠贤非常紧张，奏请将这笔造祠钱粮解充辽饷，崇祯帝答应了。那两位江西的官员，真有点不识时务，出错了风头，到这种时候仍做这种蠢事。魏忠贤倒台后，这两位官员很是尴尬，吃了大亏。
到了十月初，崇祯帝还先后几次给魏忠贤、王体乾及其党羽叙功加荫。宁国公魏良卿、安平伯魏鹏的免死铁券做成后，崇祯帝仍命赐给。这些做法，多少打消了魏忠贤等人的疑虑，迷惑了他们。不过魏忠贤等人做梦也没想到，率先攻击弹劾他们的，却是自己阵营中的人。
率先上疏攻击魏忠贤党羽的是新任南京通政使的杨所修。这位杨所修，本是魏忠贤的党羽，因不满自己被外放南京这个清闲之地，加上也预计到魏忠贤集团不会长久，所以反戈一击，突然发难，弹劾“崔呈秀夺情，周应秋贪墨”。崔呈秀当时任兵部尚书兼左都御史，周应秋任吏部尚书，都是魏忠贤集团中身居要职的骨干。杨所修的突然发难，令崔、周措手不及：崔呈秀立即出面应付。崇祯帝大概认为时机未到，便仍不动声色。他说：
“群臣流品，经先帝分别澄汰已精。朕初御极，嘉与士大夫臻平康之理，不许揣摩风影，致生枝蔓。”
意思是群臣都是皇兄澄汰过的，不致有错。不要捕风捉影，无事生非！
话虽是这么说，不过既然已有人出头，自然就会有人跟上来，无人能挡住！
继杨所修之后，另一位原跟魏忠贤不错的云南道御史杨维垣，也突然上疏，公开弹劾崔呈秀，话说得也很难听，而且涉及到了厂臣。崔呈秀依例上疏辩白，并请求回家守制，崇祯帝没有批准。杨维垣再次上书，揭发崔呈秀的罪行。工部都水司主事陆澄源也参崔呈秀“夺情为安，忍于无亲”。御史贾继春更是骂崔呈秀道：
“说事卖官，娶娼宣淫，但知有官，不知有母，三纲废弛，人禽不辨。”
话说到这种分上，崔呈秀再也无颜面在官位上呆下去了。他三次上疏乞归守制，崇祯帝终于同意他回家丁忧。
身为兵部尚书的崔呈秀，几年来一直是魏忠贤在外廷最得力的同盟者。他的离职使魏忠贤仿佛被斩断了一条膀子。不仅如此，崔呈秀的下台，也给了朝廷许多官员一种信号，即魏忠贤失势的日子已不远了。
许多官员闻风而动，攻击的矛头也开始指向魏忠贤。到了十月二十五日，有一位叫钱元慤的主事上了一份措辞激烈的奏疏，公开弹劾魏忠贤，把魏中贤与历史上的王莽、梁冀、王衍、董卓、赵高、武则天等人物的罪行一一作了对比。这位钱主事还为魏忠贤及其党羽魏良卿等人安排了归宿，要求崇祯帝或贬或诛，尽快处理。崇祯帝阅过奏章后，仅批了一句话：“钱元慤小臣，如何又来多言，姑不究。”这种态度无疑是鼓励。
到了十月二十六日，有一位名叫钱嘉征的嘉兴贡生上疏，公开揭露魏忠贤的“十大罪状”，语言更为犀利尖锐，事实更为详尽。“十大罪状”依次是“并帝、蔑后、弄兵、无君、克剥、无圣、滥爵、滥冒武功、建生祠、通关节”。钱嘉征最后称魏忠贤的“种种叛逆，罄竹难书，万剐不尽”！
自杨涟首劾魏忠贤“二十四大罪”惨遭毒手之后，还没有人敢如此公开尖锐地弹劾过魏忠贤。按理，钱嘉征只是一位贡生，本无资格给皇帝直接写奏章，所以这位钱贡生在开始时是把奏章送到通政司，按例通政司应负责封进转呈。可能是担心这份奏章会惹麻烦，通政使吕图南便以奏章的格式称谓有毛病为借口，要求钱贡生重新誊写，实际上就是不想封进。血气方刚的钱贡生一不做、二不休，干脆又弹劾吕图南是“党奸阻抑”，吕图南自然不服，上疏争辩，把事情闹到了崇祯帝那里。崇祯帝便乘机下令把钱贡生的奏疏呈了上来。
崇祯帝在那份奏疏上的批语写得很温和，只是说，魏忠贤之事，朕自有独断。钱嘉征区区一位贡生，不懂规矩，姑且饶过这一回。一位贡生，竟敢这样弹劾一人之下、万人之上的魏忠贤，而天子竟以不懂规矩为理由，不予追究，这种做法，明眼人自然不难从中揣摩出崇祯帝的倾向。魏忠贤更是意识到事态的严重。
魏忠贤跑到崇祯帝面前，连呼冤枉，痛哭流涕。虽说男儿有泪不轻弹，但魏忠贤可能已算不上男儿，而且痛哭流涕也是其家常便饭。想当初，杨涟上疏弹劾魏忠贤，魏忠贤就是用痛哭流涕来取得天启帝的支持，从而反败为胜的。不过这一次在崇祯帝面前，他却失算了。崇祯帝似乎不怕他的眼泪，反而让手下当场诵读那位钱贡生的奏疏，而且还要魏忠贤亲耳聆听。魏忠贤当时的心情如何，就不难想象了。
魏忠贤立即上疏，以患病为由要求辞职。病真是一件好东西。说有就有，要无即无。明明有病，却可以说没病，甚至十分健康；而本来无病，也可以立即称病。其目的都一样，就是为了掩人耳目，利于进退。魏忠贤本想以病为托词，躲过风头，以退为进。没想到崇祯帝将计就计，竟成全了他，收回了司礼监和东厂印信，令他到白虎殿守灵。随后，魏忠贤像赌气似的，疏辞公、侯、伯三爵以及诰券田宅，崇祯帝也得理不饶人，竟一一同意。对其党羽之类似要求，崇祯帝也是一一依此照办，并乘机调整人事安排。
魏忠贤这次彻底失算了。他或许是想以退为进，寻机再起；或许是想远离荣华富贵，以哀兵之形求得同情，侥幸过关；或许是过高估计了自身的影响，没有预计到自己会有这么多的敌人。无论如何，他绝对是走错了棋。他大概忘了官场上的原则，即只有锦上添花，绝无雪中送炭。既然魏忠贤已是将倒之墙、落水之狗，那么就绝无不推、不打的道理。
其实，这也不能全怪别人！因为别人也有自己的道理。像东林党人，以前吃尽了苦头，到了这种时候，哪有不跳出来的道理。而当初为了利益而追随魏忠贤的那些人，一见魏忠贤已指望不上了，自然要另寻活路，反戈一击也在所难免。更有不少人则希望在这大是大非的关键时刻，奋起一击，立功树名，挣下点出人头地的资本。这样一来，除了那些与魏忠贤牢牢捆在一起的骨干分子以外，还有谁会不倒魏忠贤呢？当然，也有个别官员例外，如前述的那两位江西官员，到了这种时候，还要奏请在南昌为魏忠贤建生祠，如果不是因为江西闭塞、京师信息不通的话，那么这两位官员真是糊涂到了极点。像这种糊涂虫，也活该倒霉！
魏忠贤的大错就是过早地卸职。如果他能顶住当时的压力，保住其阵营的完整，压住阵脚，不这么急促地卸职，那么，朝廷上下也不致一下子有这么多人敢跳出来攻击他，他也不致败得这么快。魏忠贤在短短的两个多月中，败得如此迅速、彻底，总让人在拍手称快之余，不免有这样的疑问：天启朝时的魏忠贤，是否真的像人们常说的那样，拥有如此大的权力？这其中是否存在有意或无意的夸大？这种夸大是为了加重魏忠贤的罪行，还是减轻天启帝的过失？
魏忠贤既然失势，那么天下倒魏的奏章自然就像雪片一样飞进宫中，到达崇祯帝的手中。或许崇祯帝要的也正是这种效果！这位少年老成的崇祯帝明白，只要大局一定，舆论便会迅速取得惊人的一致。这也是本朝政治的特点。几年前诛杀东林党人时，天下也是口诛笔伐，几乎人人喊杀；与此同时，对魏忠贤则是歌功颂德，无以复加。当然，以天下之大，总有那么一小撮人不合潮流，要唱反调。不过这也没多大关系，因为这些人已绝无机会发表他们的谬论，而且迟早要被顺手打倒。
既然魏忠贤的罪行已经被揭发到了这种程度，那么清算的时机就已经成熟。在十月底，崔呈秀已先被交吏部勘处。到十一月初一日，崇祯帝便公开告谕魏忠贤的罪行。他说：
“朕闻去恶务尽，驭世之大权；人臣无将，有位之炯戒。我国家明悬三尺，严惩大憨，典至重也。朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，俱已洞悉。窃思先帝以左右微劳，稍假思宠，忠贤不报国酬遇，专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举，略数其概……”
接着便是魏忠贤的具体罪行。最后，魏忠贤被发配到凤阳祖陵司香，客氏被送到浣衣局监管，两人家产全被籍没入官。
至此，魏忠贤、崔呈秀、客氏等人已被打垮。不过这样的处理绝对不是最终的结果。弹劾他们的奏章仍是络绎不绝，纷纷要求进一步严惩。这也不难理解。一来是魏忠贤已成落水狗，不打也说不过去。二来魏忠贤虽然已成了落水狗，但大家仍心有余悸，担心突然有一天他会爬上岸，再来咬人，所以要痛下杀手，除恶务尽。就连崇祯帝也有点类似的担心。
魏忠贤当时的做法，也确实授人以话柄。据说他离开北京时，用40辆大车载着珠宝，并有战马千匹、壮士八百随行，依旧是威风八面，那情形，不像是被贬发配，倒像是赴凤阳做什么大官。这还了得！群臣纷纷攻之，崇祯帝大为震怒，下决心彻底铲除。十一月初四日，他告谕兵部道：
“朕御极以来，深思治理，而有逆恶魏忠贤，擅切国柄，蠹盗内帑，诬陷忠直，草菅人命，狠如虎狼。本当肆市以雪众冤，姑从轻降发凤阳。不思自惩，将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然。”
崇祯帝下令锦衣卫派员对魏忠贤严加押送，赴凤阳交割，而对跟随的余党，立即擒拿。
魏忠贤的死党李永贞得知崇祯帝的谕旨后，连夜派心腹李朝钦飞骑追赶魏忠贤密报。李朝钦在一个名叫新店的地方赶上了魏忠贤一行。此日晚上，他们一行人到达阜城（今河北阜城，当时属京畿）投宿。魏忠贤住在尤克简家。他与李朝钦两人举杯痛饮。据说两人酒至酣处，忽听窗外有人唱起一首小曲《挂枝儿》。曲云：
“听初更，鼓正敲，心儿懊恼。想当初，开夜宴，何等奢豪。进羊羔，斟美酒，笙歌聒噪。如今寂寞荒店里，只好醉村醪。又怕酒淡愁浓也，怎把愁肠扫？
二更时，辗转愁，梦儿难就。想当初，睡牙床，锦绣衾裯。如今芦为帷，土为炕，寒风入牖。壁穿寒月冷，檐浅夜蛩愁。可怜满枕。凄凉也，重起绕房走。
夜将中，鼓冬冬，更锣三下。梦才成，还惊觉，无限嗟呀。想当初，势倾朝，谁人不敬？九卿称晚辈，宰相谒私衙。如今势去时衰也，零落如飘草。
城楼上，鼓四敲，星移斗转。思量起，当日里，蟒玉朝天。如今别龙楼，辞凰阁，凄凄孤馆。鸡声茅店月，月影草桥烟。真个目断长途也，一望一回远。
闹嚷嚷，人催起，五更天气。正寒冬，风凛冽，霜拂征衣。更何人，效殷勤，寒温彼此。随行的是寒月影，吆喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死！”
据说这是京师一位姓白的书生所作。当时魏忠贤、李朝钦在房中喝酒时，这位白书生在外厢房彻夜吟唱，听得魏忠贤是无限感慨，万念俱灰。现在看来，这首小曲似乎更像是在魏忠贤死后而作的。不过，这首小曲确实唱出了魏忠贤临死的心境：
“似这般荒凉也，真个不如死！”
魏忠贤选择了死！这天凌晨，魏忠贤在寓所上吊自杀，他的死党李朝钦也追随而去。17年后，崇祯帝在煤山也以同样的方式走上了绝路，身边也只剩王承恩一人追随而去。这真有惊人的相似之处。不同的是，后人在崇祯帝自杀的煤山，还立了一块写有“思宗殉国处”字样的石碑，供人凭吊；而在魏忠贤上吊自杀之处。恐怕就不会有类似的东西。阜城人或许至今仍在耿耿于怀，嫌魏忠贤玷污了他们的宝地。假如说历史有什么公正的话，这大概就是公正的一部分。
魏忠贤死时，身边虽不乏李朝钦这样的人物随他而去，但更多的人却不是这样，可谓是应了那句古语：树倒猢狲散。当时押送魏忠贤的两位太监刘应选、郑康升，原都是魏的部下，关系都不错。据说刘应选早上起来，看到魏忠贤已死，便把魏氏随身所带珠宝席卷一空，还假装着说：“魏忠贤跑了，我去追！”便带着心腹几人扬长南去。郑康升倒还算上路子，立即报官，申文上司，等候发落。
魏忠贤一死，其党羽人人自危。崇祯帝借此机会，在群臣人人喊打声中，对其党羽进行大规模清算。
十一月初九日，崇祯帝下旨，命削崔呈秀籍，“追夺告身”。当时已归蓟州的崔呈秀，已知魏忠贤自尽之事，明白大势已去。据说他当时把姬妾招呼到身边，把珍宝都放在眼前，呼酒痛饮，然后也上吊自杀。他最宠爱的小妾萧灵犀也伏剑自杀。
十一月十七日，崇祯帝下令在浣衣局掠死客氏，逮捕其子侯国兴。
到了崇祯元年（1628）正月，崇祯帝又下令对这3位罪魁祸首进一步加重处罚，不过3位罪犯本人已死，因此只能由他们的尸体来承担这种严厉的处罚。好在当时正处冬天，尸体尚不致腐烂。结果是魏忠贤之尸被寸磔，即所谓“凌迟”（民间俗称“杀千刀”），斩崔呈秀的尸体于蓟州，又斩客氏之尸，并把客氏之尸发净乐堂焚化。这些做法，后人或许体会不到其中的严厉，不过在当时确实已是赶尽杀绝的了。
受到严厉惩罚的还有魏良卿、侯国兴。魏良卿、侯国兴被立即处斩弃市。其家属也受株连，不分老幼，满门抄斩。据说当时被押赴刑场时，有的孩子还熟睡在母亲的怀抱之中，不知祸之将至。当时的人认为这是魏、客惨毒的报应，感到人心大快。现在看来，这未免有些太过。不过话又说回来，古人这样做大概也有古人的道理。试想：如果一人得势时可以为所欲为，恶事做绝，好处占尽，东窗事发后却只要一人承担，本人一死了之，全家富贵依旧，甚至是痛苦一时，痛快一生，那么敢以身试法、心存侥幸的人大概仍会不少。所以古人便定下了这样严厉的株连之法，以示警戒，也让人有后顾之忧。
清算的范围越来越大。在魏忠贤时代春风得意的那班人所共知的骨干，纷纷落马。内阁首辅黄立极在这年年底被罢免。部院大臣中先后被罢的有周应秋、张续我、孟绍虞、田吉、阎鸣泰、刘绍、苏茂相、杨梦衮、孙杰、孙贞、薛凤翔、刘廷元、吴淳夫、李夔龙等。锦衣卫等一些重要部门也被大换血，田尔耕、孙云鹏、张凌云、陈大同、梁梦寰、白太始、魏抚民、李永贞、李实、涂文辅、王国泰、崔应元、王莅民、魏持衡等等，也先后被罢。其余如巡抚单明翊、朱童蒙，提督刘志选等也先后被革职。其中田尔耕、许显纯先被“论死”，后被处死抄家。李永贞也被斩。崔应元、孙云鹤、杨寰等被充军戍边。客光先、客璠、杨占奇被判“永戍”等等。随着清算的加剧，其中有些人所受的惩罚又进一步升级。
在大批罢免魏氏党羽的同时，崇祯帝还做了一些其他的事。如他下令召回诸边镇的镇守中官，使宦官不能再拥有兵权。不久。他又下令宦官非奉命不得出宫门，让宦官失去交接外廷的机会。即位之初的崇祯帝，对宦官深具戒心，所以有如此禁令。不过到了后来，这位痛恨宦官的皇帝，竟然又重新倚靠宦官，看来宦官之祸，确实是有体制方面的原因。崇祯帝还下令免去那些在天启朝被逮捕处死官员的“赃款”，释放他们的家属，为后面的抚恤埋下伏笔。
还有一件事也值得一提，那就是选拔阁臣。
天启七年（1627）的十二月，崇祯帝为了选拔内阁大学士，竟然用了抽签的办法。他先是把九卿科道诸官员召入乾清宫，并把候选人的名单做成签条放入金瓯，然后焚香肃拜，依次从金瓯中拿出签条，被抽到的就算是入阁。依此法第一批被抽到的依次是钱龙锡、李标、杨景辰、来宗道。后来大家觉得入选者太少，崇祯帝便又从瓶中抽出两签，周道登、刘鸿训两人被抽中。这6人便被任命为礼部尚书兼东阁大学士，参预机务。
选拔内阁大学士这样的最高级官员，崇祯帝竟然要用抽签的办法来决定！这不仅反应了这位年轻皇帝对朝廷大臣结党营私的做法深怀戒心，也反映了他为政方面的特色。这种特色，随着时间的推移，会越来越明显。
不久，崇祯帝迎来了用自己的年号命名的时代，即崇祯元年。这位年轻的皇帝，将在这新的一年中，如何来中兴他那步履艰难的帝国呢？
倪元璐出头
大明帝国步入崇祯时代，面临着许多严重的困难，真可说是到了百废待兴的关键时候。这里仍先说中央朝廷政治，其他如外敌、内乱等，留在后面再论。
魏忠贤等人虽在肉体上被彻底消灭，他的骨干党羽们也被纷纷削职惩处，但魏忠贤的阴影仍笼罩在朝廷之上。朝廷对魏氏集团的清算，到底要做到什么地步，仍是亟待解决的大问题。
原先与魏忠贤有些瓜葛的人，此时仍有不少位居要职。他们此时的目的很明确，就是让魏忠贤一案到此为止，不要再深挖下去了，表面上说是稳定人心，实际上还是怕牵连自己。为了达到这一目的，他们一方面大造舆论，另一方面也竭力阻止东林党人的复出。他们深知，只要东林党人复出，朝廷局面就会立即改观。因为东林党人吃魏忠贤的亏太大了，复出后肯定还要继续深究，而且肯定要牵连到与魏忠贤有瓜葛的朝中大臣。
那位首先跳出来弹劾崔呈秀的云南道御史杨维垣，此时就力主魏案到此结束，同时竭力阻止东林党人复出。用他的话来说，就是东林党人与魏忠贤、崔呈秀等人也差不多，都是“邪党”。不能因为魏忠贤主持局面、迫害过东林党人，就能证明东林党人不是奸党。东林党这个前朝钦定的案子不能翻！
对魏忠贤之流，此时大概已没人会笨到去帮他们讲话的地步。事情明摆着，谁讲谁沾腥，魏逆爪牙之类的帽子正愁没人去戴！但对东林党人，情形就不同了。被迫害致死的骨干分子前后也只有十几位，而大批被打击的东林党人虽都被削职，但人还在，心也未死。虽然此时他们还没有重大的发言权，但他们的许多同情者自然会为他们出头说话。
崇祯元年，终于有一位叫倪元璐的京官出头为东林党人说话了。
倪元璐，浙江上虞人，天启二年（1622）壬戌科进士，被授翰林院庶吉士。崇祯即位后，升为编修。这位倪编修看不惯杨维垣的这种做法，便给崇祯帝上了一疏，为东林党辩护。他说：
“今世界已清，而方隅未化；邪氛已息，而正气未伸。”
这两句话掷地有声，画龙点睛。然后笔锋一转，指出东林党人与魏忠贤、崔呈秀的本质区别：
现在攻击崔、魏者，都把他们与东林并称为邪党。如果称东林为邪党，那么魏、崔之流又算什么？魏、崔既是邪党，那么抗击魏、崔的东林岂能算作是邪党？东林是天下才薮，错在过于刻薄，但绝不是狂狷邪党。
倪元璐接下来的话，对有些人就不那么中听了。
他说，读书人处世立身，宁可矫激，也不能忘廉耻。如果以“假借”、“矫激”为大错，那么就会有人公然背叛名义，忘却廉耻，所以会有天启年间那种天下为魏、崔歌功颂德的场面。而大家还自我安慰，说什么“无可奈何，不得不然耳”。正是这种无可奈何、不得不然之心，造成了天启年间无所不为的局面。现在朝廷竟能原谅这些随波逐流之辈，却不肯替那些刚正不阿的东林党说句公道话！
最后，这位倪编修竟敢点出别人不敢说出的关键，把话说白了：
经过天启大狱，幸存下来的东林党人实在难得。皇帝多次说要酌情起用这批人，而“当事者”却不肯为东林党人翻案，不肯让他们复出。这种做法是怕东林党人复出后报复吗？！如果有这样的想法，则我认为是过虑了。那些借东林之案而媚崔、魏的人，近来已纷纷落败，难道还要等到东林党人复出后来报复！？那些原本不附崔、魏，并为击败崔、魏出过力的人，实在是难能可贵。对这些人，即使东林党想要报复，也报复不到！
倪元璐的胆子是够大的！他竟敢第一个跳出来，为东林党这样的钦定逆案公然翻案。让人听了心惊胆战。
崇祯帝当时看了他的奏疏后，就不太高兴。
此时的崇祯帝，正为自己一举粉碎崔、魏集团的英明果断而沾沾自喜，天下臣民也是赞颂不已，而这位倪编修竟说什么现在是“方隅未化”、“正气未伸”，大有藐视明主之意，这还了得。崇祯帝被泼了一头冷水，当然很不高兴。他给倪编修的奏疏下了一个结论，说是“持论未当”，并批评倪元璐说：
朕屡屡下旨，秉公斟酌，起用官员，有什么“方隅未化”、“正气未伸”？！
崇祯帝这样的态度，也自有他的道理。皇兄天启帝临终前谆谆叮嘱，要他重用魏忠贤之流。而自己却在皇兄尸骨未寒之际，把魏氏之流一网打尽。在他看来，已是不易，再搞下去，范围不仅越来越大，涉及的人也势必越来越多。更麻烦的是，魏忠贤所做的事，都是借天启帝的名义，现在用魏忠贤等人去充当替罪羊，还勉强过得去，但要再深究下去，天启帝大概也脱不了干系。别人就要说闲话了。况且，在崇祯帝眼里，东林党人也算不上什么好东西。
正因为如此，崇祯帝此时不太愿意再有大举措。对东林党人，他不愿予以彻底平反，仅是免去仍然欠着的“赃款”，释放被株连的家属。对那位很有可能是受东林余孽指使而出面攻击首辅黄立极的山阴籍监生胡焕猷，崇祯帝也下令把他除名，以示警戒。在崇祯元年（1628）正月，崇祯帝还下令册封天启帝的皇后为懿安皇后，也多少有点安抚未亡人的意思。
倪元璐的奏疏还令许多人不安。在当时朝廷之中，许多人都与魏忠贤集团多少有点瓜葛。“九千岁”，大家都跟着喊过，“生祠”，大家也都去拜过，不少人甚至还走过魏忠贤等人的路子，这叫做“无可奈何，不得不然”。现在事情过去了，一切往前看，不要再纠缠这些说起来令人难堪的往事了，大家相安无事算了。这是当时许多人的共同想法。而倪元璐竟又重提旧事，这不是挑起事端，破坏朝廷的安定团结、同舟共济吗？所以很多人开始感到不安。大学士施凤来给皇帝拟旨时，第一条就称倪元璐“持论未当”。杨维垣更是上疏指责倪元璐说：
“词臣（指倪氏）持论甚谬，生心害政可虞！”
这位杨维垣也是犟脾气，后人对他的评价不高，就是因为他在这方面的表现。魏忠贤时代，是他力主修《三朝要典》，把东林党人彻底打倒。崇祯上台后，他又首劾崔呈秀，高举倒魏旗帜。现在他又跳出来，要维持旧局。当时朝中，与魏忠贤有瓜葛的大有人在，而他却偏偏要跳出来出头，招来一身是非。他的所作所为，固然考虑到他自身的利益，但也与他的性格有关。大概正因为如此，当后来清军攻破南京时，这位当时已是被人不屑一顾的魏氏余孽，竟也自杀为朝廷尽忠！他的表现并不比那些正人君子差，甚至还比其中的一些好。你说他是忠臣还是奸臣？说不清！
偏偏倪元璐也是犟脾气。他不服！他竟再次上疏抗争。在他的第二疏中，倪元璐笔锋犀利，用词刻薄，把历史老账全给抖了出来，弄得许多人下不了台，真有点骂人揭短、打人上脸的味道。
倪元璐的第二疏内容过多，不能一一列出。这里只能择其要者，录出一二。
倪元璐很聪明，他首先声明上次的奏疏是针对杨维垣而发，言下之意就是说并不是针对皇帝的，他也不敢。然后他开始逐条反驳：
圣上说“分别门户，已非治征”、“化异为同”、“天下为公”。而第一个提出孙党、赵党、熊党、邹党之说的正是杨维垣。因此，“陛下于方隅无不化，而维垣实未化；陛下于正气无不伸，而维垣不肯伸。”
杨维垣指责我盛赞东林，理由是东林曾推选过李三才，也拥护过熊廷弼。殊不知东林中也有力击魏忠贤的杨涟、首劾崔呈秀的高攀龙之类的人物！魏氏穷凶极恶，杨维垣竞口口声声称“厂臣公”、“厂臣不爱钱”、“厂臣为国为民”，那么东林人推选李三才，则何罪之有？至于熊廷弼行贿之说，实是魏忠贤用来诬陷清流，迫害杨涟、左光斗的借口，天下无人不知，而杨维垣犹因循旧说！
杨维垣指责我盛赞文震孟。文震孟忤珰（指魏忠贤）削夺，“破帽策蹇，傲蟒玉驰驿”，确实令人敬佩。试观数年来，“破帽策蹇”的气节之士，与那些孜孜求利之徒，孰荣孰辱，不辩自明。正是那些不愿“破帽策蹇”之辈，竞相歌功颂德，倡建生祠；也正是那些希望“蟒玉驰驿”之徒，口呼“九千岁”而能恬不知耻。
杨维垣指责我盛称邹元标。如果说他在京城讲学之举有错则可，如果说他讲学是别有用心则不可。当时魏忠贤驱逐诸人，毁废书院，目的正是钳制学士、士大夫之口，恣行不义。正是从邹元标被以“伪学”之名驱赶出京以后，魏忠贤才以真儒自命。国子监内，魏忠贤俨然与孔子平起平坐。如果邹元标等人仍在，能如此吗？
杨维垣驳斥我“假借”、“矫激”。当初魏、崔得道时，个个任真率性，颂德建祠，如果有一人敢“假借”、“矫激”，而能不颂不建，局面或许会有所改观。
杨维垣竟然说什么，真小人到其恶贯满盈时，自然就可攻而去之。我认为这不是长久之计。如果要等到恶贯满盈，那坏事已做绝，即使翦除，不也太晚了吗？即使像崔、魏之流，恶贯满盈已非一日，如果不遇圣明之主，谁能翦除！
杨维垣还始终以“无可奈何”为那些替魏忠贤颂德建祠者开脱，我认为这也说不过去！如果只有崔呈秀一人献媚称臣于魏忠贤，魏忠贤能成这样的气候吗！？如果魏忠贤以武力挟持诸臣叛逆造反，诸臣亦能以“无可奈何”而靡然从之吗！？
杨维垣还说什么，今日之忠臣，不应当以反不反崔、魏作为标准，我认为就应该以此为标准。只有通过崔、魏之案，才能确定人品。因此东林之人，反对崔、魏而遭迫害者，当然是正人君子。即使是那些攻击过东林，但因不附崔、魏而遭贬被逐之人，也可算是正人君子！杨维垣不以崔、魏定邪正，是因为他不敢这样做！
最后，倪元璐提纲挈领地说，东林得罪魏逆最深，受到的迫害最酷。时至今日，应当体谅他们被杀被压之苦，而不应当抓住他们的小节不放。魏忠贤之流曾以贬杀东林为首功，而东林党人今天竟然与魏忠贤之流一样，同为邪党恶逆，这算什么逻辑？倪元璐大声疾呼：
“人才不可不惜，我见不可不除，众郁不可不宣，群议不可不集。”
倪元璐之疏，撕开了脸面，把该说的都说了出来。崇祯帝当时尚不想依倪元璐的办法去扩大打击范围。如果依倪编修的严格标准，那么在魏忠贤当权时在台上的官员，大部分都脱不了干系，要是个个严查，打击面自然很大，人事变动就相当剧烈。因此，崇祯帝也就遵从那些稳健派官员（大多是与魏氏有些瓜葛的人）的意见，表达了他不想进一步扩大打击面的想法。他做出批示，说：
朕总揽人才，公正清明，你们这些大臣，同舟共济吧，不要再互相攻击，纠缠于门户之见了。
但既然开了口子，想压下去就不太容易了。继倪元璐之后，又有一位叫瞿式耜的官员，上了一疏，为东林党鸣不平。瞿式耜，常熟人，万历四十四年（1616）进士，当时居官户科给事中。他在此疏中，大言他有“六不平”，对往事大发议论，要求把清算运动推动下去。这在当时代表着一种政治呼声。
政治运动一经开始，便会层层深入，刹不住车，想挡也挡不住。既然崇祯帝倒掉了魏忠贤集团，那么许多与魏忠贤有关的人和事，就得重新评价。既然魏忠贤是十恶不赦之徒，那么反对魏忠贤而遭贬杀的那批人就要平反复出。只要案子一有松动，而有人能为他们讲话，或有人复出，自然又要牵动一片，继续造成人事上的变动。原先遭打击的人越来越多地复出，原先在台上的人则自然要被贬被罢，而这种人事变动又会推动运动的继续深入。因此，在魏忠贤刚倒台时，像杨维垣之类还是倒魏的功臣，但随着运动的深入，杨维垣之流最终成为了运动的对象，沦为魏氏的党羽或倒魏运动的绊脚石，从而被清除出局。
不知崇祯帝是否清楚这一点。不过他的态度不久便有了改变。至崇祯元年（1628）三月，崇祯帝下令追恤天启时遭冤屈陷害而被迫害至死的诸臣，像杨涟、左光斗、魏大中、周顺昌等被魏忠贤直接逮捕迫害而死的，都被平反昭雪。而像冯从吾、邹元标、高攀龙等被魏忠贤贬削的旧臣，也都有赠恤。那位敢说敢讲的编修倪元璐出了大名，崇祯帝也没有过分追究。在当时的氛围中，这无疑是一个鼓励。
当时力主调和并阻止给东林党人平反的内阁大学士施凤来、张瑞图，至此也被罢免。出头攻击他们的是御史罗元宾。这位罗御史措词激烈地说，施、张两位，身为大学士，却在魏忠贤擅权之时，贪图高位，一味迁就迎合，让魏氏为所欲为：赏公封爵，颂德建祠，诛杀削夺，无恶不作。这实在是误国徇私！施、张两位坐不住了，要求辞职，崇祯帝立即同意。这两位阁臣的去职，更有利于运动的深入。
到了四月下旬，那位出了大名的倪元璐，再次出头，上疏要求崇祯帝焚毁那部给东林集团定性的《三朝要典》。这又是一个惊人之举！
《三朝要典》的内容包括万历后期的梃击案、泰昌时期的红丸案及天启即位之际的移宫案。魏忠贤通过《三朝要典》的编修和刊印，不仅给东林党人定了性，为其贬杀东林党人提供了历史和现实依据，而且还把自己大大美化一番。当时为了奉承魏忠贤，有人竟把魏忠贤抬高到与孔子一样，同是圣贤，列举的理由就是魏忠贤杀东林、修《三朝要典》，与孔子诛少正卯、编《春秋》可以相提并论。此说虽荒唐，但也足见《三朝要典》的分量。现在魏忠贤既败，东林人要彻底翻案，就必须搬掉这块绊脚石。倪元璐是聪明人，所以提出毁掉《要典》。
问题在于要毁《要典》，谈何容易？天启皇帝曾为这部书御制了序言，给定了性。《实录》中有关三案问题的记述上，全都参照了《要典》。更重要的是，主张修《要典》、参与修《要典》的当事人，不少仍在位，当时的内阁大学士来宗道、杨景辰就是天启朝编修《要典》的副总裁。
因此，当倪元璐提出毁《三典》时，大学士来宗道赶忙票拟圣旨道：
“所奏关系重大，着礼部史馆诸臣详议具奏。”
崇祯帝看了不太满意，便笔一挥，添了一句：
“听朕独断行。”
这句话已有明显的倾向性，所以礼部与史馆诸臣商量的结论也就不难预料。就像来宗道这样的当事者，见风向已变，也竟然要求毁掉此书。当时只有两人公开站出来反对。一位是翰林院的侍读孙之獬，一位是协理京营戎政兵部尚书霍维华。
孙之獬当时跑到东阁，力主不能毁《要典》。话说得相当难听：
“皇上同枝继立，非有胜国之扫除，何必如此心狠手辣？于祖考则失孝，于熹庙则失友。”
孙之獬的话分量很重，意思也很明白：崇祯皇帝你是以兄终弟及的身份继位的，即位前你也是天启帝的臣民，即位后更应心存感念，你何必如此心狠手辣，在皇兄尸骨未寒之际，竟要毁掉《要典》这部由天启帝钦定的传世之作，叫天启帝颜面何存？
当时孙之獬情绪很激动，说完之后失声痛哭，响彻殿廷内外。而且他立即要求辞职，不干了！这位孙之獬或许是通过此事看穿了世事的多变。清军入关后，他降了大清，最后入了《明史·贰臣传》。
霍维华也力主不可毁《要典》，不过不像孙侍读那样激动。其实，当时与《要典》有染的在朝官员，大有人在。像前述的两位大学士，像这位霍维华，都是《要典》修撰的“功臣”，因此也实在用不着像孙之獬这位侍读那样大出风头，痛哭流涕，弄得贻笑后世。不过，在那种大气候下，孙之獬竟敢如此出头，且不论其动机如何，单凭其勇气而言，也是难能可贵的。
崇祯帝倒没有深究孙之獬，只是让他解职回乡，尽管请求严惩孙之獬的不乏其人。当时崇祯帝面临的最大难题，就是如何做到既要把运动向前推，又要不太伤了皇兄天启帝的面子。孙之獬的话虽然偏激，但也有几分道理。到了五月上旬，崇祯帝终于下定了决心，下令销毁《三朝要典》。不过他出言仍相当谨慎，说天启帝“止慈止孝，炳若日星”，不过这些光昭盛美的“功绩”，已载于《实录》，不必再用《三朝要典》这样的书来重复，因此《要典》也就没有存在的必要了，毁掉算了。这些当然都是废话，但又不得不说。最重要的也并不是这些，而是后面的几句话：
“自今以后，官方不以此事定臧否，人材不以此书定进退，惟是三朝原无遗议，绍明前烈，注意编摩。诸臣各宜捐去成心，勿滋异论，务衷朕清平之治。”
此话一出，套在东林党人头上的紧箍咒便失去了效力，等于给东林党人彻底平了反。东林党人大批复出立即变成可能。至于崇祯帝所说的“诸臣各宜捐去成心，勿滋异论”之类的客气话，则恐怕就是一厢情愿了。复出后的东林党人，能放过那些魏氏旧党吗？
内阁大换血
首辅李国？在此年五月致仕。他是魏忠贤的同乡，能入阁多少沾了点魏忠贤的光，别人一般也是这样想的。但李国？做事，尚有分寸，每持正论。他继黄立极出任首辅5个月，日子极为难过。朝廷对魏忠贤集团的清算愈演愈烈，而他却是天启旧臣，靠魏忠贤提携才入了阁，因此有些话也说不出口。到五月初，他见事已不可为，便上疏乞归，返乡不久后就去世。临去职前，他推荐了韩鑛、孙承宗这两位带有东林色彩的大臣代替他。
李国？去职后，来宗道出任内阁首辅。这位来宗道与魏忠贤的关系也说不清楚。他做事诡秘，为人圆滑。在魏忠贤时代，他与另一位内阁大学士杨景辰出任过《三朝要典》的副总裁，而到崇祯帝要毁该书时，他也举双手赞成。他对东林一案的平反，态度不是很积极。他曾笑着对倪元璐说：
“你这人也真是多事！按照成例，像你这样的翰林编修，只是香茗一杯而已。”
意思是怪倪元璐为东林出头，是过于多事。因此当时朝野给了来宗道一个“雅号”，称他是“清客宰相”。当时朝廷的气氛，自然容他不得。东林派的官员，纷纷上疏弹劾。来宗道便与杨景辰一起，在六月被罢免。
也就是在这个月，魏忠贤原先的两位干将魏秉谦、冯铨被削籍。这两位干将在魏忠贤擅权时，便因内部矛盾，卸职不干，至此也被处罚。另一位干将许显纯也在此时被斩首。据说在会审许显纯时，后来成为大思想家的黄宗羲，乘隙上去用铁锥狠狠地刺了一锥，算是为自己惨死在许显纯手里的父亲黄尊素报了一锥之仇。
来宗道下台后，刘鸿训实际上就是内阁的当权派。这位刘鸿训做事刚正果断。他利用当时朝廷的局势，毅然罢斥杨维垣、李恒茂、杨所修、孙之獬、阮大铖等人，据说是人心大快，但也引起了对手的仇恨。到了十月份，刘鸿训竟被赶下了台，落得个充军戍边的惨局。
刘鸿训在开始时深得崇祯帝的欣赏，也多次给崇祯帝出谋划策，所以他的对手一时也奈何他不得。但到了十月份，他最终还是被对手抓住了把柄。
刘鸿训栽在一件可大可小的事情上，说起来也是够冤的。
当时惠安伯张庆臻被命总督京营，但在皇帝给他的诏书中竟有“兼辖捕营”这样的内容。按朝廷成例，总督京营者不得兼辖巡捕军，免得兵权过于集中。因此上述的任命是严重违制行为，有一位名叫郑其心的提督立即向皇帝提出非议，认为这是不合适的。
崇祯帝很生气，立即要追究责任。当然他不会追究自己的责任。虽然诏书是以他的名义下的，但事实上却由内阁预先起草好的。皇帝总揽天下大事，日理万机，像京营总督不能兼辖巡捕军这样的琐事，他很有可能就不太清楚，这也情有可原。但对内阁及兵部而言，这样的事就是大错误了。官已做到大学士这分上，就应该知道这些具体规定，绝不应该出错。现在出了这样的错误，说轻一点是疏忽，说重一点则是难以开口的大问题了，因为这涉及到京师的兵权。
处理的结果是一位叫田嘉壁的中书舍人，被逮捕下狱，罪名是妄改敕语。这多少有点冤枉，这位中书舍人纵有天大的胆子，也不敢妄改这样的文件，而且中书舍人也只是负责誊写，即使想改，恐怕也无从改起。这一点明眼人一看即知。
刘鸿训的对手们自然也知道这点。他们立即抓住这一把柄，猛攻刘鸿训。给事中李觉斯上疏说：
“此事由兵部拟稿，再送内阁辅臣审定，中书舍人缮写。因此仅处理中书舍人一人，不合情理。内阁和兵部也应追究责任！”
多疑的崇祯帝仔细一想，此言也有道理，便亲自赶到便殿询问那些内阁大学士，到底是怎么回事。大学士们个个说不知道。崇祯帝不禁大怒，令廷臣劾奏。这样一来，朝廷就像炸开了锅，热闹非凡。
李觉斯立即上书，说刘鸿训接受了惠安伯张庆臻的贿赂。御史吴玉也上疏说妄改敕书一事，是由刘鸿训一手操纵的。细心的崇祯帝则去查阅内阁的有关文书，发现在兵部呈进内阁的揭帖原件上，清清楚楚地写着刘鸿训的批语：“批西司房。”这说明刘鸿训是看过这份文件的，并明确批示把这份揭帖下到西司房（即制敕房）去的。崇祯帝立即下令内阁说：
“事情已十分明白。内阁立即拿出处理的意见来！”
内阁这下子慌了，全体大学士马上合奏申辩，但崇祯帝此时已听不进了。他立即下令，大学士刘鸿训撤职削籍，谪戍代州，最后死在戍所。兵部尚书王在晋削籍，惠安伯张庆臻因是世袭之臣，被停禄3年，以示处罚。
