此案多少有点糊涂账的味道。刘鸿训即使有罪，也不至于要被处罚到这种地步。崇祯帝的这种做事风格，也令人不敢恭维。他大概是害怕廷臣结党营私，所以只要稍有迹象，便立即痛下杀手。这种做法，正好被刘鸿训、王在晋的对手所利用。
当时崇祯帝的心境很不好。他本以为像自己这样英明的君主，即位后用不了多久就可以扭转乾坤，实现中兴。可现实中的许多事情，并不像他想像的那样简单。坏消息要比好消息多得多。辽东发生兵变，浙江发生海啸，陕西的饥民闹起了事。到九月份。京师又发生了地震。而去年的十月，南京就发生过地震。即位仅一年，南北二京就都震了一次，这莫非是什么不祥之兆？因此，崇祯帝就更加谨慎从事，尤其对于吏治，更是盯得紧，不想让朝廷再出现以往那种结党营私的局面。
不过，当时朝廷的形势，加上崇祯帝自己的为政作风，党争的局面在所难免。到十一月，朝廷又发生了一件大事。
当时崇祯帝下令廷推阁臣。廷臣推举了吏部侍郎成基命、礼部侍郎钱谦益以及郑以伟、李腾芳、孙慎行、薛三省、盛以宏、罗喻义、王永光等12人，钱谦益名列第二。钱谦益是常熟人，人称“东林浪子”，当时很有些声望，一般都认为他入阁应没有问题。没想到未能入围、心中不满的吏部尚书温体仁、侍郎周延儒，猜测到崇祯帝对这一廷推结果有怀疑，便谋划攻击这些人中最具东林色彩的钱谦益，阻止他入阁。
温体仁突然上疏，揭发钱谦益在天启二年（1622）主持浙江乡试时，曾关节受贿，人品不佳，不应入阁。这一疏，真可以说是毁了钱谦益的前程。
这件事说起来还真有点冤枉了钱谦益。当时他主持的浙江乡试，确曾发生过舞弊行为，舞弊者已被惩处，主持乡试的钱谦益虽不知情，但因失察之过，也被夺俸两年。本来此事已过了7年，世人也已淡忘。而老谋深算的温体仁此时突然重提此事，就是为了迎合崇祯帝肃清吏治、严惩贪官的想法，击中了要害。
这一招果然厉害！崇祯帝在第二天就召集阁部科道大员进文华殿，并令当事人温体仁、钱谦益到场对质。
钱谦益根本就没有思想准备。到了皇帝面前，他虽想竭力与温体仁争辩，说清问题，但似乎言辞颇曲，底气也不足。而早已精心准备的温体仁，此时却口若悬河，言如泉涌。他慷慨激昂地说：
“我职非言官，本来不应该在此多说。而且这次会推阁臣，我也没有入选，就更应避嫌，不能说三道四。但是，在这种关系到宗社安定的选官枚卜大典举行之际，朝廷上下竟无一人站出来，揭发钱谦益结党纳贿的丑行！我实在不忍心皇上孤立于上，被人蒙骗，因此不得不说！”
这一番肺腑之言，说得崇祯帝连连称是。崇祯帝环视群臣，要他们表态。大部分大臣都说钱谦益无罪，帮他说话，只有周延儒帮着温体仁。他说：
“田千秋（指科场案中那位作弊的举子）关节是真！”
大学士钱龙锡等人则说：
“关节实与钱谦益无干！”
崇祯帝立即插话道：
“关节既真，他为主考，如何说不是他？”
有一位叫章允儒的吏科给事中争辩最力。他指责温体仁说：
“温体仁你是热衷大学士的位置，才会揭发钱谦益的。如果钱谦益应当惩处，你早就应该揭发，怎么要等到今天！”
温体仁马上反驳道：
“在此以前，钱谦益只不过是个闲曹轻职，问题不大，所以就没有揭发，而现在揭发他，正是因为他要入阁，关系重大，目的是要朝廷谨慎用人。如果真要像章允儒说的那样，在此以前就打击他，那才真叫党同伐异呢！”
章允儒不服，又影射温体仁道：
“党同伐异之说，是小人陷害君子的借口，天启朝之事可鉴！”
此时崇祯帝已经不耐烦了，大发脾气，下令把田千秋的那份弊卷拿上来，责问钱谦益作弊是否属实？作弊当然属实，白纸黑字俱在。问题在于钱谦益并未直接参与，而仅仅是失察，两者之间有本质上的区别。但崇祯帝认为，只要你钱谦益承认天启二年（1622）浙江乡试确有科场案就行了，至于上述的本质区别，他就不必深究了。面对皇帝这样的逻辑，钱谦益还有什么话可讲，只好认罪。既然认罪，崇祯帝更觉得他的判断是正确的。
崇祯帝至此连喊侥幸，庆幸自己明察秋毫，英明果断，没让钱谦益这样的人进了内阁。他大发感慨道：
“要不是温体仁，朕几乎就要犯下大错！”
他越想越气，因为对钱谦益这种人，竟还有这么多人为其如此出力。他叱令把那位叫得最凶的章允儒逮捕下狱，并严厉谴责了那班不识大体的群臣。
周延儒不失时机地向皇帝进言：
“会推的做法，表面上看起来公正，实际上作主的只有一二人而已。其他的人都不敢乱讲话，否则就会招来麻烦。况且田千秋之案已有定论，不必再费口舌。”
周延儒的话，犹如火上浇油。崇祯帝在当天就决定罢掉钱谦益的官，回籍听勘，最后的处罚是坐杖论赎。田千秋更是倒霉，原已判充军，才遇大赦，没想到又进班房再审，最后丢了性命。为钱谦益辩护的人，除上述的章允儒外，其他如给事中瞿式耜、御史房可壮等人，都坐了与钱氏结党之罪，被分别处罚。
温体仁、周延儒两人略施小计，就让崇祯帝上了当，从而把当时正得意的东林党人打得大败。
崇祯帝的本性，此时已开始暴露出来。尽管他登基以来，为政勤奋、辛苦，很有责任心，但他的许多致命弱点也越来越明显：他性格多疑、武断，甚至刚愎自用，听不得不同意见，缺乏良好的政治判断力，也不熟谙帝王的驾驭之术，除了罢官杀人之外，也没有什么有效手段控制局面。此时的他还只是听信温体仁罢免了钱谦益，上了一次小当。一年多后，他竟上了满洲人的大当，把自己最得力的辽东主将亲手杀掉。
既然这次廷推没有结果，崇祯帝便任命刚刚还朝的韩鑛出任了内阁首辅。
韩鑛属于东林派的官员，但处事温和老成。在天启年间，他曾出任过首辅，后因与魏忠贤集团不和，便辞职引退。崇祯元年（1628）五月，崇祯决定重新起用韩鑛。此时韩鑛才到京复职，便被任命为首辅。
韩鑛到京时，正逢大学士刘鸿训被重谴，韩鑛立即上疏申救，但崇祯帝没有给他面子。当时有御史，如毛九华、任赞化因不满温体仁攻讦钱谦益的做法，上疏攻击温体仁。崇祯便再召内阁及九卿诸大员质询。温体仁竭力攻击毛九华、任赞化是钱谦益的私党，崇祯帝同意这种看法。崇祯帝秉烛召韩鑛至内殿，严加训导说：
“进言者不忧国而植党，当重绳以法！”
韩鑛在退朝后立即上了一疏，劝诫崇祯皇帝。他说：
“做臣子的不可以植私党以事君主，但做君主的，也不可以随便以私党之类的名目来怀疑大臣。贬黜奖拔，应根据大臣的才品高下、朝事修废而定。如果朝堂官府，戈矛妄起，畛域横分，则不是朝廷宗社的福祉！”
韩鑛的意思，就是要皇帝不要动辄疑神疑鬼，不信任大臣，更不要偏听偏信，主观臆断，随便贬黜升迁官员，而应该根据正常的考核原则和手段来定夺。否则，不仅不能消除大臣植党营私的恶习，反而会引起文官的分裂，于朝政不利。
韩鑛一向以老成持重而闻名。他对朝廷政治体制及其本质的理解和领悟，自然要比年轻的皇帝精深得多。他深知，只有加强文官之间、文官与皇帝之间的相互理解、合作和信任，同舟共济，方能有希望渡过朝廷面临的重重难关。如果再这样吵闹下去，不仅不会有结果，反而只会于事无补，雪上加霜，使艰难的步履在沼泽中越陷越深。后来的局面，证明韩鑛的看法是十分有见地的。
大清洗
不幸的是，崇祯帝根本听不进此类劝告。在他看来，局面之所以恶化至如此地步，吏治是首要原因。要整顿吏治，大概也只有通过重典，别的办法没有什么用。因此，当这年年底有一位叫吴甡的山东御史提出利用崇祯二年（1629）的京察，进一步对阉党进行清算时，崇祯帝立即采纳了他的主意。
山东御史吴甡上疏说：
“京察就近在眼前了，因此十分担心魏氏余奸利用京察，蒙混过关。这些余奸的所作所为，已超出了考功之法的范围，也不是考功之法所能定夺的。因此有必要先令部院科道，把魏氏党羽的罪名，清理一遍，先行惩处之后，再开始正常的京察。”
吴御史的意思，就是先要把魏氏集团的成员或与之有关的官员的旧账先清一清，该处理的先行处理，不要与正常的京察混在一起。这样一来，许多官员势必要被京察前的清算所打击，连京察的机会也没有，其打击面是相当大的，朝廷的动荡也在所难免。
崇祯帝采纳了他的意见，认为此举不失是改变朝廷政治的一条出路。在崇祯帝看来，帝国的局面，经过他一年多的苦心经营，理应有中兴的迹象，至少也应有所改观，但实际上并非如此，仍多有掣肘，积重难返。原因到底是什么呢？他仍认为是吏治。因此，他便想借京察之机彻底整肃一番，且选定魏、崔集团的成员或有关联的那些人为目标，当时他也只能选此为目标。
崇祯二年（1629）正月二十四日，主意已定的崇祯帝召阁臣韩鑛、李标、钱龙锡及吏部尚书王永光到文华殿。崇祯帝给他们交待了任务。他明确表示要追究天启时那些附逆人员的罪行。为了确定证据，他发下当时那些有关给魏忠贤建祠称颂的奏疏，要求上述4人与左都御史曹于汴在内阁秘密评阅，确定名单，分定罪行，并再三叮嘱，不许让中书舍人之类的人员参预。至于具体的范围和依据，崇祯帝说：
“如事本为公而势非得已，或素有才力而随人点缀，须当原其初心，或可责其后效。惟是首开谄附，倾陷拥戴，及频频颂美，津津不置，并虽未祠颂而阴行赞导者，据法依律，无枉无徇。”
崇祯帝的话说得很漂亮，意思是只惩处那些骨干成员，而对那些附和之人，则不予追究。但具体执行起来，不可能如此，而且崇祯的真实想法，也不像说的那样好听。
首辅韩鑛、内阁大学士钱龙锡等都不太同意皇帝这种大兴刑狱的做法，因此在开始时仅列了四五十位众所周知的名单，上交皇帝。
当时不少人，甚至包括皇帝本人在内，都认为韩鑛、钱两人这样做，是怕结怨太多。这当然是一个原因。但更重要的，恐怕还是这两位熟谙朝政的大臣，不想因此再次造成文官集团的动荡。试想：魏氏擅权时，真正能不与魏忠贤发生关系的大概只有两种人，一种就是东林党中的那批人物，另外一种或许就是魏忠贤等人用不着、看不上的人物。真正能像东林君子那样不顾身家性命而去抗争的人毕竟是少数！大部分人还是去迎合、应付，这也是文官集团的一种传统、性格。除那些心怀不轨、借机往上爬的人外，大部分迎合魏忠贤的文官，也不见得有多大罪恶。读书人总想功成名就，希望在仕途中混出点名堂来，真正能看破名利的又有几个！更何况魏忠贤当时脸上并没有刻上大奸大恶之类的字样，反而是当时的“圣人”，皇帝的宠臣，他所做的事情，也都是以皇帝的名义去做的。若真论起来，最大的附逆者应该是天启皇帝！
崇祯帝早已忘了当初进宫接受皇兄遗命时，口口声声称誉魏忠贤劳苦功高的情景；也忘了他刚即位时对魏忠贤的态度。当然，也有人说崇祯帝是迫于形势，故作姿态，为的是日后翦除魏逆，这足以见其英明之至。那么试问：崇祯位尊天子，尚且迫于形势，故作姿态，而地位低得多的群臣是否也可以如此呢？崇祯帝这样做是英明之至，而群臣们这样做就是附逆，这就是无情的宫廷政治逻辑！
这样说并不是不分是非，一概而论。事实上，天启朝时确实有一帮无耻之徒，通过种种不齿手段，希图侥幸。这些人应该受到惩处，付出代价。但崇祯帝打击的范围，远不止这些人。因此，当他看到韩鑛等上交的名单时，大为不满，下令再议。
韩等人只得再议。在增加了数十人后，又把名单交给了皇帝。
这次崇祯帝被激怒了。他明令韩鑛等人，以“赞导”、“拥戴”、“颂美”、“谄附”为目，分类扩大范围，增加人数。他气呼呼地说：
“魏忠贤小小一位宫内宦竖，如没有外廷助虐，何能到这种地步？另外，那些追随他的内廷党羽，也要列入。”
崇祯帝说这话时，大概没有想到他在几年后竟又重用宦官，最信任宦官。韩鑛不服，不软不硬地顶了一句：
“外廷不知内事！”；
崇祯帝立即斥责道：
“岂皆不知？特畏任怨耳。”
意思是你韩鑛对内廷之事，岂能事事不知？只不过是怕招惹是非怨恨罢了。
到了二月初九日，崇祯帝又把韩鑛等人召入便殿。韩鑛等见桌上放着一个黄袱包，内装许多奏疏。原来，崇祯帝竟不辞辛苦，把那些红本奏疏亲自翻出，要韩鑛等依此红本一一取录入案。韩鑛见状，大吃一惊，知道皇上是想借此大兴株连，便立即推托说：
“臣等职在调旨，三尺法非所习。”
意思是我不熟悉刑名，胜任不了这项工作。崇祯帝便又把吏部尚书王永光召进来询问，王永光据实回答说：
“吏部只习考功法，不习刑名。”
王永光讲的是实话，他虽是吏部尚书，但只习考功法，同样不习刑名，意思是他本人也与韩鑛一样，不能胜任。王永光的态度之所以也不积极，是因为他自己正被言官弹劾，说他是“阴附阉党”。在这种情况下，他能积极么？崇祯帝所定下的标准中的那条“虽未祠颂而阴行赞导者”，真是可以无限发挥：即使你未参加祠颂，也可以把你归入“阴行赞导”之列，因为“阴行赞导”的范围实在太大了。除了那些公开跳出来反对魏氏的英雄外，其他人大概都属于广义上的“阴行赞导”的范围！王永光就是吃了这个亏！
既然韩鑛、王永光都这样异口同声，崇祯帝也不好再深究下去了。于是他又诏令刑部尚书乔允升、左都御史曹于汴两位懂刑名的大员加入，负责定罪。
韩鑛等人此时只好遵旨从事，逐一审看奏疏原本、红本，并根据吏部、都察院两位长官开进的官员名单及具体事迹，互相参照对比，再按照皇帝钦定的名目分类抄录，列出名单，酌情拟议，最后由刑部尚书依据律例，各附本款。
到二月二十六日，皇帝再次召见内阁、部院大臣，把原本、红本中未列入的65人名单发下，令入案中。皇帝还钦定逆案中各类人等的量刑标准，依次是：谋大逆，判处凌迟；首犯、首逆、同谋、党孽，判处斩首；逆孽，判处充军；颂美，判处罢职为民等等。崇祯帝做事十分仔细，他竟发现漏了来宗道、张瑞图和贾继春。他便责问道：
“张瑞图、来宗道为何不在逆案？”
韩鑛立即回答：
“张瑞图、来宗道没有实状。”
意思是这两位没有什么具体证据。但崇祯帝立即反驳道：
“张瑞图擅长书法，为魏忠贤所爱；来宗道为崔呈秀的父亲请恤典时，奏疏中有‘在天之灵’之语，难道不是证据吗？”
崇祯帝又问道：
“贾继春为何没入逆案？”
贾继春就是那位在杨涟等人力主移宫后提出要善待李选侍的御史。韩回答说：
“贾继春当时请善待李选侍，不失厚道。后虽有所改口，令人稍觉反复，但持论也有可取之处。”
崇祯帝随即说了一句：
“惟反复，故为真小人！”
在崇祯帝的亲自过问下，这3位漏网之鱼也被补进逆案。
就在这个月，崇祯帝的长子慈烺出生。这当然是件大喜事，崇祯帝依例大赦天下。但逆案中的人物似乎没有沾到一丝喜气。定案工作仍在有条不紊地进行。
三月十五日，韩鑛等呈上了逆案名单及其事迹、按律拟定的罪名。随后南京确定的逆案材料也报到北京。三月十九日，朝廷正式公布《钦定逆案》。崇祯帝告谕廷臣道：
“竖逆魏忠贤，狷狡下材，备员给使，倾回巧智，党籍保阿，初不过窥颦笑以市阴阳，席宠灵而饕富贵。”
像这样一位原本只是为“市阴阳”、“饕富贵”的“下材”、“给使”之类的宫内宦官，何以有后来那种权倾朝野的局面？用崇祯帝的话，就是“使庶位莫假其羽翼，何蠢尔得肆其毒”。
崇祯帝把原因归结到外廷官员的身上。他说：
“乃一时外廷朋奸有徒，实繁有徒。或缔好宗盟；或呈身入幕；或阴谋指授，肆罗织以屠善良；或密策合图，扼利权而管兵柄。甚至广兴祠颂，明效首功，倡和已极于三封，称谓浸拟于亡等。谁成逆节，致长燎原？”
因此便有《钦定逆案》，以示惩处！崇祯帝的话说得一点不错，如果没有外廷这么多人追随魏忠贤，助纣为虐，魏忠贤是不可能权倾朝野的。但他不知想过没有，当时天下的官员又为什么要去追随魏忠贤呢？魏忠贤又是如何能步步登天的呢？这样一位一手遮天、无所不能的大奸臣，怎么在新皇帝上台后仅凭一纸诏书就可让他命归黄泉呢？魏氏擅权的根本原因，就是朝廷体制方面存在着漏洞，这位大奸臣的最大后台，就是皇权本身！
《钦定逆案》对朝廷官员进行了一场大甄别、大清洗。除魏、客两位依“谋反大逆律”磔死之外，又分6等：
“首逆同谋”6人：崔呈秀、魏良卿、侯国兴，加上太监李永贞、李朝钦、刘若愚，依谋大逆减等论斩。
“结交近侍”19人：刘志选、梁梦环、倪文焕、田吉、刘诏、孙如洌、曹钦程、许志吉、薛贞、吴淳夫、李夔龙、田尔耕、许显纯等等。其中只有一位级别很低却能跻身此列的，就是那位提议要把魏忠贤与孔子并祀的监生陆万龄。依照诸衙门官吏与内官互相交结、泄露事情、夤缘作弊而扶同奏启者俱为谄附之例律，这些人被判以斩首，秋后处决。
“结交近侍次等”11人：魏广微、徐大化、周应秋、霍维华、张讷、阎鸣泰、李鲁生、杨维垣、潘汝桢、郭钦、李之才（孝陵太监）。依照交结近侍官员引名之例律，减等充军。
“逆孽军犯”35人：其中魏家占了8人。这些人都是武官和担任武官职务的太监。全部充军。
“谄附拥戴军犯”15人：全是内监，判处充军。
“结交近侍又次等”129人：像冯铨、顾秉谦、张瑞图、来宗道等等。此等人数最多，都依交接近侍官员引名之例律，减2等，坐徒3年，纳赎为民。
“结交近侍减等”（又称“末等”）44人：像黄立极、施凤来、杨景辰等。对这些人处罚最轻，仅依照考察不谨例，冠带闲住。人们往往不把此等与前述6等相提并论。
另有魏忠贤亲属及内官党附者50余人。
对《钦定逆案》到底如何看，历来说法不一。但大部分人都认为这是崇祯帝“除恶务尽”的杀手之着，英明之至。在具体操作上，则有不少分歧。有人说太过了，有人却说还有漏网之鱼。有人说某某不应入案，处罚也太重，有人却说不仅该入，而且等级还应提高，处罚更应加重。如此种种，不一而足。
其实，《钦定逆案》该不该这样去办，以及该不该在这种时候办，本身就成问题。对魏忠贤及其集团的清算无疑是肯定的，换了别人做皇帝也是如此。问题在于，这样大范围的清算是否适宜，朝廷能否承受得起文官集团这样的动荡和分裂。如果崇祯帝换一种做法，在把逆案迅速定下来的同时，不要过分兴刑狱，缩小打击面，以换取朝廷政治的安定团结，集中精力，上下一致，处理大事急事，结局可能会好一些。
现在再来看看这份《钦定逆案》的名单，也确实让人感到有点不伦不类。这么庞大并且长期把持朝政的叛逆集团，其领导人一位竟是大字不识几个、出身底层市井之徒的太监魏忠贤，另一位则是因为奶水充足而凑巧选入宫中做奶娘的农村妇女。一位不男不女的太监、一位乡村老妇，竟能领导这么多的大学士、部院大臣之类社会上层分子，这本身就值得深思。如果把天启帝作为这个集团的主犯，反而会更合适一点。事实上客、魏靠的就是他和他的皇权。那么，天启帝造谁的反、谋谁的逆？难道造他自己的反、谋自己的逆？当然不是！逻辑上也说不通。因此，说到底，还是朝廷的体制方面存在根本问题！
崇祯帝当然不会十分明白这个问题，也不可能从根本上改变这种体制。但有一点他当时就能做到，那就是依靠自己的努力，避免体制方面的不足和后果，最大限度地调整理顺关系，发挥出体制的最大能量，去应对危局。
不过，崇祯帝的做法，似乎并不是如此。这或许有客观条件方面的因素，但也有他本人的主观原因。也正因为如此，弄到后来，连崇祯帝自己都不敢相信、更不能理解这样的局面：即位以来，朕那样辛苦勤政，而局面却无一点起色，反而越弄越糟。
崇祯帝即位之初，对宦官擅权最为痛恨，严惩不贷。没想到不久以后，他又走上了依凭宦官的旧路，其程度虽比不上其皇兄，但在整个明朝中也是数得上一流的。
崇祯帝即位之后，严禁大臣结党，并屡屡痛惩，没想到却是越禁反而党争越烈，而且他本人似乎也在其中起了很大作用。
崇祯帝即位伊始，便口口声声说要重用人才、选拔人才，为什么弄到后来却是朝署之中乌合之众甚多？除了开国皇帝太祖之外，本朝还没有哪位皇帝如此重惩过文武百官。真是贬杀愈多，吏治越坏，局面愈糟。
这种理想与现实的冲突、矛盾，始终贯穿于崇祯帝执政的17年中。除了客观因素的作用外，崇祯帝自己应该负多大的责任呢？
在钦定逆案之后，朝廷经过了一段大清洗的动荡时期，最终总算初步稳定下来。
当时韩鑛任首辅，李标、钱龙锡等任大学士，所以便有“东林内阁”之称。东林内阁执政时期，朝廷诸事尚能勉强维持。尽管崇祯帝是急于事功，举措常有失误，但因有老成持重的韩及其群辅们的辅佐，在一些大事的处理上，还算妥当，朝廷仍能相对平稳。
不过，随着外敌内乱的不断加剧，崇祯帝的毛病竟又重犯，而且犯得极不是时候。在满洲军队于崇祯二年（1629）十一月突破长城防线，威胁京畿的关键时刻，这位自命不凡的崇祯帝，竟然没有识破满人从《三国演义》中学来的反间计，逮捕了辽东前线的总指挥袁崇焕，并按照他自己的逻辑，判处袁崇焕极刑，导演了一幕千古奇冤。
袁崇焕之事一发，朝廷政局陡然逆转。周延儒于此年十二月以礼部尚书兼东阁大学士的身份参预机务，进入最高决策层。大学士钱龙锡却于此月被罢免。崇祯三年（1630）正月，首辅韩鑛被罢免。三月，另一位大学士李标致仕。六月，温体仁入阁。不久，周延儒被任命为首辅，原先接替韩鑛出任首辅的成基命被罢免。至此，东林内阁彻底解体。
袁崇焕之事，影响如此之大。那么事情的经过又是怎样的呢？
