后金的挑战
崇祯帝即位之时，朝廷面临的最大威胁是后金。
后金自万历后期迅速崛起，蚕食辽东，而朝廷却节节败退，防线不断收缩。至崇祯帝即位时，明朝在辽东的防线已退到山海关一线，几乎到了不能再退的地步。因此，在即位伊始，崇祯帝就把辽东问题看作是头等大事。能否解决辽东问题，事实上也是崇祯帝能否实现中兴梦想的关键。
为此，他于崇祯元年（1628）起用原辽东名将袁崇焕，总督辽东，全权处理辽东事务。而袁崇焕也是意气风发，夸下5年平辽复土的海口。但实际情形并不像崇祯帝设想得那么顺利。崇祯帝原以为只要有了袁崇焕，辽东问题的解决就指日可待。而事实上，袁崇焕也非万能，仅靠他一人并不能扭转乾坤。战场内外，原先存在的问题并没有彻底解决，甚至反而加剧。困难也依然存在，尤其是蒙古部落的降金，更使本已形同虚设的山海关以西的长城防线失去屏障，直接暴露在后金的攻击之下。更重要的是，此时由皇太极领导下的后金，其实力和抱负，也已非昔日可比。
朝廷的力量并没有增强，甚至有所下降，而对手却变得强大了。这样一来，原先相持的局面自然要被打破了。
崇祯二年（1629）十月，皇太极在明朝廷毫无思想准备之际，避过重兵防守的山海关防线，借蒙古之地突袭山海关以西的长城防线，撕开口子，杀入长城之内。
皇太极这一招，既快又狠，打得朝廷猝不及防，一片混乱。后金军队攻入长城之内后，在河北、京畿腹地攻城略地，如入无人之地，并两次围困京师，直到次年五月份才退出长城一线。期间，朝廷根本组织不起有效的反击，连连损兵折将，丢城失地，被弄得精疲力竭。更严重的是，自作聪明的崇祯帝，听信谣言，中了后金设下的反间计，竟在军情危急之时，逮捕了当时辽东的统帅，也是后金最感畏惧的名将袁崇焕，自毁长城，造成了不可估量的损失和严重后果。
袁崇焕被逮捕及最终遭残酷磔杀后，辽东前线由孙承宗统辖，然而这位昔日辽东名帅至此也无回天之力了。
当时朝中大权，已落到周延儒、温体仁等人手中，而原先东林内阁的成员，如韩鑛、钱龙锡、李标等纷纷去职，或回籍，或获罪。带有东林色彩的孙承宗不可能得到全力支持，反而处处受到掣肘。
由于战事不断，加派日甚，天下衰竭，民乱已起，朝廷疲于应付，犹如抱薪救火，弄得焦头烂额。对辽东前线的支持，无论是兵马还是粮饷，都是心有余而力不足，只能敷衍了事。在此情形下，孙承宗的防御战略根本无法实施，甚至连现状也难以维持，更谈不上反击、拓展了。
至崇祯四年（1631）八月，一直在与朝廷议和的皇太极，突然出兵围攻朝廷刚刚收复的大凌河城堡，于长山击败了从锦州出动的朝廷援军后，攻克大凌河。
是年十一月，孙承宗辞职。
一月之后即此年的闰十一月，原毛文龙的部将、登州游击孔有德叛乱，在攻陷登州后，投降后金，并率后金兵攻取重镇旅顺。
辽东形势继续恶化，朝廷根本无法控制。
至崇祯七年（1634）五月，皇太极故伎重演，绕开山海关，借道蒙古，于六月抵达长城脚下。然后兵分4路，杀入长城。京师再次告急。皇太极在内地左冲右突近两个月后，从容而退。
崇祯八年（1635），皇太极获得元朝传国玉玺后，宣布撤销女真名号，统称满洲。
崇祯九年（1636）四月，满洲、蒙古诸贝勒、汉军都元帅、总兵官及文武大臣齐集盛京（沈阳），举行盛大典礼。由多尔衮、土谢图济农巴达礼、孔有德分别上满、蒙、汉文表章。皇太极受“宽温仁皇帝”之号，正式称帝建国，国号大清，改元崇德，定都沈阳。努尔哈赤被追谥为承天广运武皇帝，依汉制上庙号太祖。
至此，一个强大的大清帝国已初具规模。皇太极的抱负也不再是辽东，而是与大明朝争夺天下，取而代之。自此以后，皇太极三次率兵攻入长城防线，在京畿、冀鲁地区大显身手，严重消耗了明朝的实力。而且还攻下了山海关外的四座重城，把前锋推到山海关前。此时，已离李自成攻破北京的日子不远了。
因此，在崇祯朝，明朝与后金的对峙，在某种程度上正是以袁崇焕的冤狱为分界线的。
宁锦大捷
要说到袁崇焕的冤案，就须追述一下天启朝以及崇祯帝即位前后的辽东形势和人事变动。
天启二年（1622）正月，努尔哈赤突然率兵反击明军。当时，辽东经略熊廷弼（天启元年六月复出任此职）和广宁巡抚王化贞（天启元年五月由参议升任）关系不和。王化贞凭着首辅叶向高、兵部尚书张鹤鸣等人的支持，不听熊廷弼调度，力主全线反击，荡平建州，并先后几次组织军事行动，但都劳而无功。努尔哈赤却在精心准备后打了王化贞一个措手不及。
努尔哈赤此次西击，先攻下西平堡，然后击败明军援军，占领了重镇广宁及远近40余座城镇。熊廷弼、王化贞竟率军全线溃退，弃关外之地而不顾。关西蒙古人喀尔沁诸部乘机占领关外5城72堡。
熊廷弼、王化贞被下狱论罪。后来魏忠贤利用熊廷弼，大杀东林党人。最后熊廷弼被枭首九边。直到崇祯初韩鑛为相时，熊廷弼的儿子还向朝廷吵着要他父亲的脑袋，以便回老家安葬。
熊廷弼被逮之后，王在晋任辽东经略。当时山海关外之地，尽被蒙古喀尔沁诸部控制，经略王在晋和蓟辽总督王象乾主张利用这些蒙古人守关外之地，作为官军与努尔哈赤之间的缓冲带。为此，他们请朝廷发给蒙古人粮饷，予以正式确认。同时，他们又主张在山海关外的八里铺修筑重城，驻兵4万，等等。
这时，有位名叫袁崇焕的宁前兵备佥事提出了不同意见，显示出他独到的军事战略眼光。
袁崇焕，广东东莞人（一说祖籍东莞，至袁崇焕时已迁居广西藤县），万历四十七年（1619）进士，曾任福建邵武知县。天启二年（1622），袁崇焕被监察御史侯恂推荐到兵部，破格担任职方主事。侯恂就是“明末四公子”之一侯方域（朝宗）的父亲，有东林色彩，后在镇压明末农民军的战争中被委以重任，提拔过名将左良玉，兵败后曾被逮捕入狱，后获释。后世对此人争议颇大，说法很多。不过在天启初，侯恂还是一位受人尊敬的东林官员。
袁崇焕能破格入兵部任职方主事，除侯恂的荐举外，可能还有一层关系，那就是他与韩鑛的关系。袁崇焕考中进士时，主考官就是韩鑛，当时他的官职是礼部右侍郎。因此，韩鑛与袁崇焕之间，有“座主”、“门生”的关系。这种关系，在当时官场上是一种很重要的人情渠道。至天启二年（1622）正月袁崇焕被破格调入兵部时，韩鑛正是在内阁阁臣的位置上，而且内阁首辅也是东林党人叶向高。
不过，袁崇焕能入兵部，不仅是因为有这层关系，而且更与他本人的条件有关。袁崇焕虽从小就习举子业，却同时对武略很有兴趣，这在当时是很少见的。本朝的习惯是重文轻武，武人在朝廷中，很难谋得与文官相等的地位，而社会的精英，也很少去走武人这一发展道路。话又说回来，即使想在武略方面有发展，也必须先通过科举谋得文官的资格。在当时，像兵部尚书、经略、巡抚之类率兵带将的高级职位，全由文官担任。就是说，文官做到一定时候，有可能统率武将，而武将却不太可能去统辖文官。当然，这种体制也有问题，因为文官去管军事，虽能约束武将，但能精通兵书同时又武略超群的毕竟是少数，一旦选人不当，像万历末的杨镐那样，就会误大事。因此，像袁崇焕这样既长期熟习兵书韬略，又关注边疆政治的文官，在当时的条件下能脱颖而出，也不算奇怪。
袁崇焕的胆子也够大的。他在王化贞广宁兵溃后，曾一人单骑走遍山海关内外，考察边情。当朝廷上下无不谈辽事而色变时，袁崇焕却在兵部扬言：
“予我军马钱谷，我一人卒守此。”
意思就是只要给我兵马粮草，我一人就能守住山海关。朝廷正愁没有这样的人，于是便再次破格，给他一个监军佥事的官职，把他推上山海关前线。袁崇焕赴山海关后，没过多久便得了个“铁胆”的称号。辽东经略王在晋也较倚重他，奏请任他为宁前兵备佥事，正式负责防守宁远（今辽宁兴城）和前卫屯二地。这在当时就是明军的最前线了。袁崇焕力主在此筑城，作为山海关外的屏障，而王在晋却提出收缩防线，在山海关外不远的八里铺筑城，两人发生了矛盾。
袁崇焕便越级向首辅叶向高禀告，从这一点也可以看出袁崇焕的不简单。叶向高接到报告后，也拿不定主意，便与另一位阁臣孙承宗商量。
孙承宗是万历三十二年（1604）的榜眼，天启帝即位后，以左庶子充日讲官，据说深得天启帝这位少年皇帝的赏识。天启二年（1622）初广宁失守后，辽东形势危急，孙承宗因平素通晓兵法，而被破格由礼部右侍郎提升为兵部尚书兼东阁大学士，参预机务。这在本朝历史上还没有多少先例。孙承宗的入阁，是由东林党魁、御史左光斗提议的，叶向高对此积极支持，所以孙承宗一般被认为是东林中的温和派人物或者是东林党的同情者。
孙承宗看到这种情形，便向朝廷提出自己亲自赴山海关，了解详情后再作定夺。孙承宗到达前线后，明确支持袁崇焕的计划。到了此年八月，孙承宗更是以兵部尚书兼东阁大学士的身份经略蓟辽，这在本朝也是少见的。
孙承宗在辽东筑城、练兵、屯田、造铠甲，并进行了一系列人员调整。天启五年（1625），已被提拔为山东副使、山东右参政的袁崇焕，以宁远为据点，向东开拓疆域2000余里，分遣将领据守锦州、松山、杏山、右屯及大凌河等，筑城设防，一时形势颇为有利。不幸的是，此年十月，孙承宗因遭到多方压力而辞职。魏忠贤乘机以其党羽兵部尚书高第取而代之，出任经略。
这位高第，虽是兵部尚书，但素无胆略。据说高第得知被任命为经略时，吓得直哭。他到前线后，认为山海关的战线太长，不易据守，便悍然下令全线退缩，撤入山海关。袁崇焕坚决反对，他说：
“兵法有进无退。锦州、右屯（原广宁右屯卫）动摇，则宁远、前卫必将动摇，山海关内也就失去了保障。”
袁崇焕的反对是有道理的。他的主张就是山海关外应有纵深防御，避免山海关直接受敌攻击。而这位高第大概是过于害怕，希望把全部力量收缩在山海关一线，孤注一掷。这与前面王在晋的想法是一样的。这样的战略有两大问题：一是山海关要直接承受敌方的攻击，一旦关破，京畿便无险可守，敌军的铁骑片刻就能到北京城下。二是即使山海关守得住，敌方也能绕过山海关，在山海关以西的长城防线上寻找攻击点，切入山海关之里的京畿之地。由于山海关外没有纵深防御，明朝的军队就无法对敌军进行堵截，破坏其战略实施。后来的情况也确实证实了这种推测。
可高第不管这些。他本来就不懂，加上胆子又小，所以要让他理解、接受袁崇焕的计划，真是太难为他了。因此，他不仅要撤掉锦州、右屯防线，而且要把袁崇焕的宁远、前卫一并撤入关中。袁崇焕急得都要跳起来，坚决反对。他说：
“我是宁前道，职守在此，死也要在此。我坚决不会撤退！”
遇到这种犟脾气的“铁胆”人物，高第也没有办法，所以宁远、前卫两城仍由袁崇焕驻守，没有撤退。朝廷为安抚袁崇焕，还提他做了山东按察使。但锦州一带的防守据点，如锦州、右屯、大小凌河、松山、塔山、杏山等，全部撤守，军民尽撤入关，哭声震天，米粟辎重被委弃者不计其数，明军实力大损。
依高第当时的想法，凭袁崇焕驻守的宁远、前卫两座孤城，大概也挡不住努尔哈赤的铁骑。你袁崇焕既然想逞能，不肯撤入关内，那就让你吃点苦头，到时候你就会乖乖听话了。没想到，袁崇焕竟然依靠孤城，立下了大功！
天启六年（1626）正月，努尔哈赤乘明军全线撤退之际，率兵西渡辽河，直逼宁远。袁崇焕得到谍报后，迅速召集将士，誓死守城；书写血书，激励士气；传檄山海关、前屯，凡自宁远城逃出者，全部斩杀，以肃军纪。全城人心始稳，誓死守城。
当时努尔哈赤所率军队，超过10，而袁崇焕在宁远的守军，仅万人，双方实力悬殊。袁崇焕在努尔哈赤围城之初，故意放弃外城，把敌军放进来。后金军队不知是计，便蜂拥而入，攻打内城。袁崇焕立即下令发射刚刚引进的西洋巨炮，配之以滚石矢木，后金军队吃了大亏，努尔哈赤本人也受了重伤，只得全线撤退。这就是“宁远大捷”。
当时的朝廷上下，谁也没想到袁崇焕能打这样一个大胜仗。袁崇焕一下子名声大震，先被提拔为右佥都御史，不久又被任命为辽东巡抚。而那位经略高第，因拥兵不救、折辱诸将而遭交章弹劾，被赶下了台。朝廷上下最痛恨的是高第在宁远激战时拥兵观望，不予救援。不过，在高第看来，他是不便去救。他本来就不同意袁崇焕守宁远孤城，现在仗打了起来，如果袁崇焕打胜了，不是证明他自己原先的战略是错误的吗？对这种打胜了却只能证明自己是错误的仗，像高第这样的人能去拼命吗？
高第之后，王之臣出任经略。王之臣与袁崇焕意见不合，朝廷为调和关系，干脆把辽东的防务一分为二，山海关内由王之臣负责，山海关外由袁崇焕负责。这种做法不免滑稽，因为辽东防务本是一体，现在却被活生生割裂。对这种划分，袁崇焕很不满意，他认为这是对他的不信任或猜忌；同时王之臣也不会满意，因为他职为辽东经略，本应全线统筹，而现在却只让他负责关内。朝廷的原意是调和两人关系，现在反而弄巧成拙。
在宁远大捷之后，形势一度对明朝有利。此年的八月，努尔哈赤因在宁远被击重伤，久治不愈而亡。努尔哈赤临终前曾对诸贝勒说：
“我自二十五岁以来，战无不胜，攻无不克，为何单单宁远一城却没有攻下？！”
努尔哈赤死后，其第八子皇太极接位。皇太极当时面临许多困难。自己以第八子身份接位，并无多大合法性，只不过是因为自己统辖2旗，实力最强。而且，努尔哈赤临终前曾明确告诫，要八贝勒共同治国。因此，当时皇太极急于巩固自己的地位。另外，宁远惨败，加之辖区内的长期经济衰败，皇太极也不太想在即位之初，就与明朝大动干戈。更重要的是，皇太极想借正面缓和之机，压服朝鲜，以解后顾之忧。
天启七年（1627）初，皇太极与袁崇焕之间互派使者，互换书信，进行商谈。皇太极在信中列述了“七大恨”，申诉女真在明朝统治下所受的冤屈，表示愿重修两国之好，互赠礼品。所谓互赠礼品，就是要明朝向后金纳贡。袁崇焕则要皇太极退出开战以来侵占的城池，归还被俘的军民等等，也就是要后金恢复到从前的地位。双方的筹码不一，很难达成一致。
就在和议进行之时，双方都采取了一些举措，各打着自己的算盘。
皇太极乘议和之机，出兵朝鲜，并攻击据守在皮岛（今朝鲜椴岛）的明朝将领毛文龙。朝鲜、皮岛同时告急，请求朝廷支援。
而此时的袁崇焕，正忙着布防筑城。当时经略王之臣已被罢职，经略一职空缺，由袁崇焕以巡抚的身份全面统辖辽东军务。袁崇焕掌权后，与总兵赵率教巡历锦州、大小凌河3城，并重新设防。正在此时，朝鲜告急，袁崇焕急命部将增援，而朝鲜却因敌不住后金军队的猛攻，已正式投降。朝鲜的投降，使皇太极解除了后顾之忧，而使明军失去了从东面夹攻后金的有生力量。
天启七年（1627）五月，已取得朝鲜之战胜利的皇太极，率兵向袁崇焕反扑，说是要报努尔哈赤之仇。在其攻势之下，大、小凌河守城之卒溃逃，皇太极乘势围住锦州。锦州守将赵率教、监军太监纪用遣使请和。袁崇焕急派祖大寿率精兵4000人，绕到敌后，又派水军东出，试图从背后发起攻击。援兵才出发，而敌兵已至宁远城下。袁崇焕故伎重演，用重炮打击攻城之敌。与袁崇焕不和的满桂，也率兵来增援，合击敌军。后金军队伤亡惨重，城外濠沟尸积如山，不得已而撤出宁远，集中力量攻打锦州。锦州守城之兵奋力抵抗，外部援军也纷纷赶到，后金军队便全面撤退，临撤时，毁掉了大、小凌河两座城池。这就是有名的“宁锦大捷”。
宁锦大捷，对皇太极是一个沉重的打击。而对于明朝来说，似乎是一个转机。不幸的是，朝廷内部的矛盾再次影响到了辽东局势。
宁锦大捷后，袁崇焕被魏忠贤手下的党羽交章弹劾。他们说袁崇焕没有及时救锦州，毛文龙遭后金袭击，也是因为袁崇焕与后金议和引起的，等等。袁崇焕当然受不了，愤然乞请致仕归里。朝廷顺水推舟，同意袁崇焕之请，而让王之臣复出，指挥辽东军事。
不过，尽管袁崇焕存在这样或那样的问题，但宁锦大捷还是要论功行赏的。朝廷文武，因宁锦大捷而被增秩赐荫者不下百人。魏忠贤的从孙魏鹏翼虽尚在襁褓之中，却也因宁锦大捷而被封了安平伯。至于袁崇焕，魏忠贤也格外加恩，给他增了一秩。对此，就连魏忠贤的心腹尚书霍维华也觉得太少了一点，因为毕竟是袁崇焕辛辛苦苦打了宁锦大捷，但魏忠贤对这种想法断然拒绝。后来梁启超读到这段历史，曾大发感慨说：
“古未有奸臣在内，而名将得立功于外者！”
其实，梁任公只说对了部分。奸臣在内，大概也希望名将能立功于外。魏忠贤在朝廷大杀东林党人时，东林党的同情者孙承宗、袁崇焕则在拼着命守住辽东。魏忠贤当然希望他们能立功于外，只不过功劳要算在或大部分算在自己这位“九千岁”头上，能为自己所用。一旦超出这个范围，就不行了。另外，名将不能立功于外，并不一定要有奸臣在内。袁崇焕这位名将，后来在崇祯帝这位明君领导下，不仅没有立功，反而丢了性命，而杀他的人，恰恰不是奸臣，而是崇祯帝这位明主。
袁崇焕复出
到了崇祯元年（1628）二月，蓟辽总督王之臣以罪罢免。在朝廷大臣们的纷纷要求下，崇祯帝任命袁崇焕为兵部尚书，督师蓟辽。此年七月份，袁崇焕至北京，崇祯帝在平台（宫城右后门）召见袁崇焕及群臣。在一番君臣寒暄之后，他即问袁崇焕：
“东兵跳梁，十载于兹，封疆沦没，辽民涂炭。卿万里召赴，忠勇可嘉。所有方略，具实奏闻。”
袁崇焕一听皇帝咨以方略，而且态度亲切诚恳，一副礼贤下士的样子，便头脑一热，说出了后来有点后悔的话：
“臣受陛下特眷，原假便宜，计五年，全辽可复。”
崇祯帝一听，龙心大悦，连连许诺袁崇焕说，只要收复辽东失地，不要说你可封伯封侯，就连你的子孙也可同沐圣恩。边上的群臣一听皇帝这样说，连忙异口同声地夸袁崇焕道：
“袁崇焕肝胆意气，识见方略，种种可嘉，真奇男子也。”
这一夸，直把袁崇焕夸得心花怒放，似乎辽东之复，已是指日可待！
崇祯帝此时已累，便先回便殿休息一会。皇帝一走，有位名叫许誉卿的给事中便向袁崇焕请教，问他凭什么只要5年就可复全辽？
袁崇焕被许誉卿这么一问，也只得老实回答：
“圣心焦劳，聊以是相慰也。”
袁崇焕的意思，就是考虑到皇帝为这事日夜操心，我姑且说5年可以复辽，宽宽他的心。许誉卿一听，知道袁崇焕其实也是心中无底，只不过是随便说说而已，因此他立即责怪袁崇焕道：
“上英明，安可漫对！异日按期责效，奈何？”
许誉卿说得也有道理。皇帝英明有为，不是糊涂之辈，你袁崇焕随口说5年可以复辽，到时候皇帝真得按5年之期来考核，你怎么办！许誉卿的话犹如一盆冷水，令袁崇焕冷静下来了。他想起以前治辽的经历，以及朝中的复杂、辽东的艰苦，不由得后悔刚才的失言。因此，当崇祯帝休息后重新踱出来时，袁崇焕的口气就有了很大的改变，他说：
“东事本不易竣，陛下既委臣，臣安敢辞难？但五年内，户部转军饷，工部给器械，吏部用人，兵部调兵迁将，须中外事事相应，方克有济。”
这时袁崇焕把价码抬高了，不像开始时那样轻率。他提的那些要求也是实情，如果没有朝廷上下一致，同心协力，辽东的仗就没有办法打下去。崇祯帝觉得有道理，便对身边的部臣说，要满足袁的要求。袁崇焕接着说：
“以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋。”
这些话很有分量，听得崇祯帝不知不觉站了起来，当即表示：
“卿勿疑虑，朕自主持！”
刘鸿训等阁部大臣见机，也向崇祯帝请赐尚方宝剑，假之便宜，崇祯帝立即同意。此时的崇祯帝，满怀希望，只要袁崇焕提出来的，他都答应。在他看来，只要辽东一平，中兴也就指日可待。而崇祯帝越是这样，袁崇焕越是担心。因此他在临赴任时，又给皇帝上了一个奏疏，把他心中的想法和担忧，一一写明。他说：
“恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，辽土养辽人，守为正著，战为奇著，和为旁著之说。法在渐，不在骤；在实，不在虚。此臣与诸臣所能焉。”
说完自己的用兵之策后，袁崇焕话锋一转，点出自己对朝廷在边疆用人方面的担忧。他接着说道：
“至用人之人，与为人用之人，皆至尊司其钥。何以任而勿贰，信而勿疑？盖驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多。诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。况图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难。臣非过虑，但中有所危，不得不告。”
袁崇焕这段话，似乎为他后来的命运埋下了伏笔。他所担忧的，后来几乎都变成了现实，而亲手杀他的，竟也是爱他知他的崇祯帝。
袁崇焕赴辽东遇到的第一件事，就是宁远兵变，十分棘手。
宁远兵变在袁崇焕赴任前就已发生。起先是镇守宁远的川湖兵因连续4个月未领到军饷，起兵闹事，其余13营也立即响应。叛兵们捉拿了巡抚毕自肃、总兵朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳，并把他们拘押在谯楼上，形势十分危急。
刚刚赴任的兵备副使郭广，与士兵们没有多少冲突，所以说话尚有些影响力。他竭力保护毕自肃，并千方百计筹集到抚赏等银两万余两，交给川湖兵。川湖兵仍不满足，郭广只得又向商民借贷，凑足5万两，才稍稍压住叛兵凶狠之势。巡抚毕自肃也得以逃到中左所（即塔山堡）。他大概是自感罪行深重，或许是对朝廷感到寒心，所以在上书自劾后，便上吊自杀，寻求解脱。
宁远兵变，反映出当时官军的脆弱。就体制而言，官军士兵主要是招募而来。明初的那种卫所制度及其兵源征募的办法，此时已名存实亡。既然是招募，则兵员素质首先就得不到保证。在当时，只有没办法的人才会去当兵，而且绝大多数人是冲着兵饷去的。这些兵，管得好就是朝廷的官军，一旦管得不好，那差不多就是盗贼。朝廷4个月不发饷，他们能不闹事吗？
这事也怪不得巡抚毕自肃。他虽有治兵不力之罪，但兵士哗变，最直接的原因是欠饷。说到底，是朝廷拖欠了前线的兵饷。毕自肃虽为巡抚，但本身拿不出钱，只有朝廷给钱，毕自肃才有银发饷。
袁崇焕得知宁远兵变后，立即赶赴宁远，与那位能干的郭广密谋对策。袁崇焕的做法，与别人不同。他竟然宽宥了这场兵变的首恶杨正朝、张恩顺，令其充前锋立功自赎，以稳住人心。但像兵变这样的严重谋反事件，总得有人去承担责任。袁崇焕便斩了15名从犯，又把预先知道川湖兵要发动哗变却没有及时上报的中军吴国琦处斩，并罢免了一批军官，以平群愤。当时只有都司程大乐统辖的一营兵士没有参加哗变，袁崇焕特予以奖励。在这些措施之下，宁远才算平静下来。
事态虽已平息，但军饷总得发下去，总拖着也不是长久之计。袁崇焕平定宁远后，立即上疏朝廷请饷。崇祯帝便召群臣商议。绝大部分大臣都请求崇祯帝发内帑充饷，以解燃眉之急，因为户部已无银可拨。崇祯帝一想到要动用自己的“内帑”之银，心中就不太情愿，但不好明确拒绝。正在崇祯帝为难之际，聪明的吏部侍郎周延儒体察到皇帝的心思，便出语惊人，发表了与众不同的高论：
“关门昔防敌，今且防兵。宁远哗，饷之。锦州哗，复饷之。各边效尤，帑将安给？”
崇祯帝一听，有道理！忙问道：
“卿谓如何？”
周延儒接着说道：
“事迫不得不发，但当求经久之策。”
什么是经久之策呢？周延儒几天后又说：
“饷莫若粟。山海粟不缺也，缺银耳。何故哗？安知非骄弁拘煽，以胁崇焕邪？”
这句话真是说到崇祯帝的心坎上了。当时崇祯帝正疑心边将以兵变要挟朝廷，请发军饷，给周延儒这么一点拨，更是豁然开朗。
周延儒这番话，很得崇祯帝欢心。只要能少出他内库的银子，他都听得顺耳。但周延儒的话，却害苦了带兵的将领们。当时的官军，都是招募来的，帮朝廷打一天仗，朝廷就得给一天银子，因此并不像周延儒所讲的那样，有粮无银也能应付。当时朝廷欠饷普遍，不仅欠辽东的军饷，也欠其他地方如陕西等地的兵饷。因此，袁崇焕在平定宁远后，便立即向朝廷请饷。鉴于当时辽东的形势和袁崇焕的面子，崇祯帝尚能基本满足。
袁崇焕随即着手整饬辽东的防务，调整人事安排。毕自肃自杀后，袁崇焕上书请求不要再设巡抚。后登莱巡抚孙国桢被罢时，袁崇焕又上书请求罢除不设。同时，袁崇焕把宁远、锦州合为一镇，由祖大寿仍旧驻守锦州，加中军副将何可刚都督佥事，代替总兵朱梅驻守宁远（朱梅已被解任），而将驻守蓟镇的赵率教移至关门。这样一调整，山海关外仅存两员大将，而袁崇焕自己则镇守宁远，基本上做到了事权归一，理顺了人事关系。
到了崇祯二年（1629）闰四月，崇祯帝以春秋两防的功绩，诏令加袁崇焕太子太保，赐蟒衣、银币，荫锦衣千户。袁崇焕意气风发，原先的小心谨慎已被抛之脑后。不久，他就做了一件令朝野大为震惊的大事，那就是诛杀毛文龙。
毛文龙被诛
这位毛文龙，也是当时的一位奇人。他的祖籍在山西太平。因其父到浙江杭州做生意，毛文龙生在杭州，便落籍杭州府仁和县。一般人都认为毛文龙是杭州人，而实际上他是个地道的山西人。
毛文龙虽生在杭州，但仍像当时的许多山西人一样，天生不爱读书，也不事生产，而是阅历江湖，空口谈兵，属于无赖不正之徒。到后来，他出走投奔他的叔父毛得春，世袭其职充百户，开始到军队中去发展。到天启元年（1621），他已是巡抚王化贞手下的练兵游击。
也就在这一年，毛文龙策动后金的镇江（九连城）守将陈良策反正，一举占领该城，侥幸成功。这次胜利被广宁巡抚王化贞称之为“镇江大捷”。王化贞立即组织兵力，准备一举剿灭辽东，结果是无功而还。不久，镇江城也被后金收复。
毛文龙因有“镇江大捷”，而被提升为副总兵，累加左都督。天启二年（1622）春广宁失守、辽东全线崩溃之后，毛文龙及其据守的皮岛就显得重要起来了。此年六月，朝廷在皮岛设东江镇，再升毛文龙为平辽总兵官，挂将军印，赐尚方剑。除皮岛这一基地外，毛文龙当时尚占据着朝鲜境内的铁山，设有营寨。
毛文龙一心一意经营他的东江镇。这皮岛（椴岛）居鸭绿江口之南，离朝鲜本土仅一水之隔，地理位置险要。岛上居民多是从辽东逃出来的汉人。毛文龙便招募一批手下，做他的“海外天子”。
平心而论，毛文龙仍是明朝的将领，因为他确实在打击后金，牵制敌军，而且还常常上书朝廷，慷慨激昂，说些中听的大话。如他在天启三年（1623）曾上书兵部，说“得饷百万，明年可以灭奴。”实际上他根本做不到。两年之后，他又说：“两年之间，有不平辽灭奴，复三韩之旧业，甘治欺君诳上之罪。”这些大话，他说了不少，不仅魏忠贤爱听，一般人也喜欢听。对于一个这样的朝廷来说，能说些大话的人毕竟还是有用的，至少符合气可鼓而不可泄的原则。况且，毛文龙也做了一些实事，为辽东的战局起到了某种牵制作用，尽管他把斩杀6人说成六万之众等等。
话又说回来，明末说假话、大话的人，也并非毛文龙一人，至少是真正说真话的人不多，因为朝廷上下愿听真话的人本来就不多。事实上，就算毛文龙不说大话，他也承担不起收复辽东的重任。朝廷的大军在关外尚且节节败退，何况毛文龙这样的乌合之众。
或许毛文龙本人就十分明白这一点。因此，他一方面不断与朝廷吹些大话，要官要饷，另一方面，也实实在在地为自己做事。他不断地要饷，不免也吃些空额，落入自己腰包。更严重的是，他还利用皮岛的地理优势和军队的特权，做些生意赢利，经营的商品中也有不少是违禁品。他还代朝廷征收过往商贾的商税，但不上缴。总的来说，毛文龙在皮岛，兵练得不怎么样，但钱赚得还可以，很有些经济头脑。
毛文龙赚的钱，除落入自己腰包外，开支也不少。手下的一大帮兵马要靠他养活，指望朝廷有时候也的确不可靠；朝廷那么多官员也得罪不起，需要打点。毛文龙在这方面从不吝啬，朝廷上下拿他钱的人不是一个两个，否则也不会有这么多人帮他说话。毛文龙的最大问题是得意忘形，失了分寸，忘了自己的身份。他总以为朝廷没有了他，辽东局势就会如何。他还以为他上下使了钱，朝廷的官员就都会帮他讲话，奈何他不得。在崇祯帝刚即位的天启七年（1627）九月，毛文龙上了一个措辞激烈的奏疏，说他“七年苦楚，百事勤劳，有不平者五事”，具体而言，则是衣服不足、待遇不一、赏罚各异、抹杀战功、传言不断等等，最后甚至以辞职相威胁。崇祯帝拿到这个奏疏后，不明真相，想想毛文龙也真是不易，便下了一个令毛文龙浮想联翩的诏书，称：
“文龙远戍孤悬，备尝艰苦，屡建捷效，心迹自明。东顾方殷，岂得乞身求代。还宜益奋义勇，多方牵制，以纾朕怀。”
崇祯帝的这种态度，无疑更加刺激了毛文龙的狂妄自大，以至发展到了肆无忌惮的地步。
后人在后金的“满文秘档”中还发现了毛文龙与后金往来的密信。毛文龙在密信中曾与皇太极议降，提出所谓“尔（指皇太极）取山海关，我取山东”之类的投降条件。假如这些档案的真实性没有问题的话，那么历史真是开了个大玩笑。因为明末不少人认为，袁崇焕斩杀毛文龙，就是为了投降后金，没想到毛文龙却曾有过降后金的举措。这真是冤杀了袁崇焕！
毛文龙此等狂妄，自认为朝廷缺他不可，不料朝廷新任命的辽东总督袁崇焕也是个敢作敢为的人。这位当时尚深受崇祯帝宠爱的袁崇焕，原本就与毛文龙有矛盾。在任辽东巡抚时，袁崇焕就曾提出撤销东江镇的建议，朝廷没有采纳。在天启七年（1627）皇太极出兵攻击皮岛时，袁崇焕的救援也在有意无意之间慢了半拍，令毛文龙吃了大亏，丢掉了铁山大营。袁崇焕也因此事而被毛文龙在朝廷中的那些代理人猛烈攻击，最终乞请致仕归里。
袁崇焕此次重掌辽东帅印，毛文龙的问题当然是绕不过去的。所以，在袁崇焕赴辽之前，大学士钱龙锡曾问及袁崇焕赴辽后的具体方略，袁崇焕明确表示：
“当自东江始。文龙用则用之，不可用则处之，易易耳。”
此言表明，袁崇焕在赴辽之前，就有除掉毛文龙的打算。
袁崇焕一赴任，果然就以毛文龙开刀。袁崇焕很精明，知道毛文龙的要害所在，因此他上了《策画东江事宜疏》，要求朝廷改变运往东江粮饷的饷道，并派兵部部臣参与皮岛的粮饷管理，以便用粮饷来控制住毛文龙。毛文龙当然不干，立即上疏抗辩，而且话说得很难听。他说：
“臣读毕，愁烦慷慨，计无所出。忽闻哭声四起，合岛鼎沸，诸将拥进臣署，言兵丁嗷嗷以至今日，望粮饷到、客商来，有复辽之日，各还故土。谁知袁督师将登州严禁，不许一舡出海。”
毛文龙的话虽有点夸张，但说的也是实情。袁崇焕把山东半岛一封锁，不仅粮饷之船来不了，而且商船也不能赴皮岛，加上朝鲜已降了后金，所以皮岛就成了海中孤岛。难怪毛文龙要说这是“拦喉切我一刀，必定立死。”
以毛文龙的禀性，话自然不会到此为止，更难听的话还在后头。他接着说：
“督臣策画舍近求远，弃易图难，臣竟不知故。今事实难做矣，臣之热肠冷矣，性命危于旦夕矣。每自譬于林畔一日七战时，今又多活数年，即死亦瞑目矣。只不愿如抚臣故事，又有非议于其后耳。督臣为臣上司，臣辩驳其疏，臣亦自觉非体、非理，听皇上或撤或留，臣随（遂）亲抱敕印，竟进登州候旨，逮臣进京，悉从公议，治臣以罪，完臣一生名节，免误封疆大事矣。”
这些话明显带有要挟的色彩，正在兴头上的袁崇焕自然是恨之入骨，杀心顿起。不过，毛文龙的这番话虽不中听，到是基本上在后来应验。他本人不久被诛杀，尽管未等到进京而是被袁崇焕立斩于帐外，应了那句“性命危于旦夕矣”。袁崇焕诛杀毛文龙，后来被视作是其降后金的主要步骤和罪证，应了那句“只不愿如抚臣故事，又有非议于其后耳”。
毛文龙在上此疏时，未必料到他自己真会丧命，而袁崇焕却真的在布置诛杀之事。崇祯二年（1629）五月底，袁崇焕乘舟泛海到达皮岛附近的双岛，名义上当然是检阅兵马。毛文龙在六月初一日由皮岛来到双岛，以下属的身份进谒，后又陪袁崇焕上了皮岛。酒足饭饱之余，袁崇焕也曾试探过毛文龙，给毛文龙一些台阶，如整治部队、返乡养老等等，让毛文龙能顺此体面收场。不幸的是，毛文龙仍是懵懂不解，失之交臂。于是，袁崇焕便准备痛下杀手。
六月五日，袁崇焕终于动了杀手。他预先在一座山上设置大帐，并在帐中埋伏了亲兵。接着，他邀毛文龙前来，一起上山。毛文龙赶到山下，袁崇焕与他寒暄道：
明天早晨我就要离开此地，你一人担负海外守御重任，请受我一拜！
毛文龙赶紧回拜。互拜之后，袁崇焕请毛文龙上山，却把他的随从兵卒挡在山下，只许一些将官跟随上山。袁崇焕边走边问那些从官的姓名，回答多为毛姓。毛文龙赶紧解释说，他们都是我的子孙。袁崇焕又笑着说：
你们远处海外，整日辛苦，为国效力，而每月米粮只有一斛，真是令人痛心，请再受我一拜！
毛文龙的从官吓得赶紧叩头答谢。就这样你一拜我一拜，一行人就进了大帐。一进大帐，袁崇焕把脸一翻，突然责问毛文龙违反朝命之事。毛文龙哪里受得了，立即反驳。袁崇焕喝令随从扒掉毛文龙的冠戴，捆绑起来，并从容不迫，历数其“十二斩罪”：
“尔有十二斩罪，知之乎？
祖制：大将在外，必命文臣监。尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩。
人臣之罪，莫大欺君。尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩。
人臣无将，将则必诛。尔奏有牧马登州取南京如反掌语，大逆不道，三当斩。
每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮，四当斩。
擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩。
部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千，走卒、舆夫尽金绯，六当斩。
自宁远还，剽掠商船，自为盗贼，七当斩。
强取民间女子，不知纪极，部下效尤，人不安室，八当斩。
驱难民远窃人参，不从则饿死，岛上白骨如莽，九当斩。
辇金京师，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩。
铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩。
开镇八年，不能寸土，观望养敌，十二当斩。”
这“十二斩罪”中，有的确实是事实，有的则有些牵强。如给魏忠贤行贿、在皮岛给魏忠贤塑像这一条，就算不上可斩之罪。当时给魏氏建祠塑像，是一种风气。袁崇焕自己也曾上书朝廷，要求在宁远给魏忠贤造生祠，不过由于种种原因没有造成而已。再如开镇8年未复寸土那一条，也有些勉强。毛文龙未复寸土是事实，但比起那些连连丢失疆土的大吏而言，也算不得弥天大罪。袁崇焕复出之后，好像也是未复寸土，只是一味防御。所以，要求毛文龙以一孤岛之乌合之众，去收复失地，不免苛求。不过，既然袁崇焕要斩杀毛文龙，那么，不要说是“十二斩罪”，就是更多的罪状也能找得到。因此难怪也有人说，袁崇焕捏“十二罪”，矫旨杀文龙，与秦桧以“十二金牌”，矫旨杀岳武穆，是古今一辙。
毛文龙至此已明白事态的严重性，便不再开口，只是一味叩头求免一死。袁崇焕问毛文龙的从官道：
“文龙罪当斩否？”
众官们吓得连连称该斩。但也有人为他辩护，说其数年劳苦。袁崇焕勃然大怒，斥责道：
“文龙一布衣耳，官极品，满门封荫，足酬劳，何悖逆如是？”
接着，袁崇焕跪下顿首，请旨道：
“臣今诛文龙以肃军。诸将中有若文龙者，悉诛。臣不能成功，皇上也以诛文龙者诛臣！”
此言一出，杀气腾腾，在场诸官谁也不敢出声。袁崇焕便取出尚方剑，在帐前斩杀毛文龙。毛文龙当时也有皇帝所赐的尚方剑，没想到自己却被另一把尚方剑斩杀。据说毛文龙曾祈过梦，在梦中，他的同乡前辈于谦授其一诗：“欲效淮阴，老了一半；好个田横，无人为伴。”当初大家都不解其意。直到毛文龙被斩，大家才恍然大悟，韩信27岁任大将，文龙52岁作元戎，老了近一半；田横死在荒岛，尚有500人殉死作伴，而文龙被斩时，却无人作伴。
袁崇焕随即对毛文龙的部队进行了改编，重新任命首领，并采取了一些安抚措施，算是稳住了毛文龙的旧部。
袁崇焕诛杀毛文龙，虽不像后来不少人所误解的那样，是出于降后金的目的，但此举确实有点过分。毛文龙也是一位由皇帝钦命的边塞大将，袁崇焕虽有尚方剑和崇祯帝“便宜行事”的圣旨，但也不能说杀就杀，不通过正常的程序。这一点袁崇焕本人也十分清楚，因此，他在诛杀毛文龙后，立即上疏为自己开脱，并向朝廷请罪。崇祯帝虽然没有追究，甚至还“优旨褒答”，但心中的震惊、疑虑是难免的。袁崇焕后来的命运，或许与此举有很大的关系。
