另外，从当时的敌我情形而言，袁崇焕诛杀毛文龙，也是失策。尽管毛文龙有种种不是，但他仍然是明朝的总兵，他驻守的东江镇，在朝鲜降后金之后的崇祯初年，是朝廷惟一能在敌人腹背起牵制作用的重镇。而毛文龙一死，东江镇失去约束，不久便土崩瓦解。毛文龙的许多部下也纷纷投敌。其中尚可喜、耿精忠、孔有德等，成为后来清兵入关的急先锋，立下赫赫战功。不过令人奇怪的是，这些人帮明朝打仗时似乎不怎么样，但到打明朝时却是胜多败少。
诛杀毛文龙之后不久，辽东的战局便急转而下，战火蔓延到了京畿。袁崇焕的末日也就不远了。
大冤案
崇祯二年（1629）十月下旬，一直与袁崇焕商谈议和的皇太极，突然率兵绕开宁远、山海关一带的明朝防线，由蒙古境内开拔，抵达老河。然后兵分3路，分别从大安口、龙井关、洪山口突袭长城防线，并迅速得手，至十一月初二日，皇太极的3路兵马已到达了遵化城下，形势告急！
皇太极这次突袭，有内外双重因素。崇祯二年（1628），不仅新附后金的蒙古诸部遭受严重灾荒，后金本身也遭重灾，日子艰难。皇太极为了摆脱经济困难，巩固汗位，急于开战。而当时的形势，也有利于进攻。虽说袁崇焕统辖的宁远、山海关防线不容易攻破，但由于蒙古已经归附后金，后金的军队可以在蒙古军的协助下，选择山海关以西的薄弱之处，作为突破口，攻破长城防线。而且此时朝鲜也已归附后金，皇太极不必像原先那样担心朝鲜人在后面攻击他的大本营，没有了后顾之忧。
当时明朝在山海关以西的长城防线十分薄弱。在蒙古喀尔沁等部尚未依附后金前，这段防线尚有缓冲地区，形势不算严峻。但至蒙古诸部归附后金之后，情形就大不一样了，因为这段长城防线直接面临着后金的威胁。对此，袁崇焕已清醒地意识到了，所以，他一再上书朝廷，要求在这一线增兵，尤其要用重兵把守蓟州镇（今河北迁西）、遵化（今河北遵化）、蓟州（今河北蓟县）等要地。但朝廷未能依此具体实施。究其原因，一是因为朝廷无力布防，二是因为崇祯帝及朝廷上下都认为，对付后金只要袁崇焕就行了，不必再另作筹划。没想到，袁崇焕担心的事，皇太极也想到了，而且迅速实行并一举成功，把明朝打了个措手不及。
山海关总兵赵率教得知长城防线被攻破的军情后，立即率守关兵马飞驰3昼夜，赶到迁西西北的三屯营，却被驻守此镇的总兵官朱国彦阻止，不得入城。赵率教无奈之下，继续西行，遇后金军队伏击，双方激战，结果赵率教战死，其部也全军覆没。
打掉援军的后金军队，乘胜攻打遵化城。巡抚王元雅、保定府推官李献明、永平推官何天球以及现任、前任两位知县和几位武官，或自尽，或战死，遵化沦陷。
遵化一破，三屯营随即军心动摇，一批守将临阵脱逃。总兵官朱国彦愤怒之余，在城中张榜公布逃跑将领的名单，并散尽家财，与妻子张氏双双上吊自杀。形势十分危急。
袁崇焕在十一月初一日赶到山海关后，才得知后金军队已从蒙古攻入长城的有关详情。他立即调兵遣将，进行堵截，自己则亲率祖大寿、何可刚入卫，于十一月十日赶抵蓟州。崇祯帝对袁崇焕“温旨褒勉”，并发内帑犒赏将士，令袁崇焕统率各路兵马。袁崇焕立即作了布置：
以原总兵朱梅、副总兵徐敷奏等守山海关；参将杨春守永平，游击满库守迁安，都司刘振华守建昌，参将邵忠武守丰润，游击蔡裕守玉田、昌平；总兵尤世威仍还镇护诸陵；宣府总兵侯世禄守三河，扼其西下；保定总兵曹鸣雷、辽东总兵祖大寿驻蓟州遏敌，保定总兵刘策还驻密云。
同时，袁崇焕命游击钟宇，中军王应忠、李应元为右翼，继副总兵张弘谟而进；中军何可刚，游击靳国臣、赵国忠、孙志远、陈景荣、陈继盛，都司刘抚民组成中权，继朱梅而进；祖大寿为后援，继何可刚而进。袁崇焕自己率军居二线之中策应。
朝廷当时一片混乱。当后金军队突破长城防线的消息报到京师，毫无准备的朝廷上下大为震惊。崇祯帝立即下令京师戒严。遵化沦陷后，京师大震，人心惶惶。崇祯帝任命吏部侍郎成基命为礼部尚书兼东阁大学士，参预机务，又召原先赋闲在家的孙承宗任兵部尚书兼中极殿大学士，督理兵马，负责京师防卫。一时间，只要听说有能用之人，崇祯帝便毫不吝啬，立即给官给钱，予以实权，可见崇祯帝当时的心态。而原任兵部尚书的王洽，则倒了大霉，被逮捕入狱，不久便死于非命。这位王尚书，本是位不错的文官，没想到却丢了性命。王洽被杀，与周延儒有很大关系。在遵化失陷后，崇祯帝召见群臣，周延儒阴森森地说了一番话，而正是这番话要了王尚书的命。周延儒是这样说的：
“世宗斩一丁汝夔，将士震悚，疆敌宵遁。”
此言就是要崇祯帝杀一儆百。崇祯帝认为言之有理，便把王洽下了狱。这位周延儒，总是出这样的鬼点子，害了不少人，最终也害了自己。崇祯帝实用主义的做事风格和变化无常的性格，由此也暴露无遗。
皇太极攻陷遵化后，并没有像袁崇焕所预计的那样强攻蓟州城，而是与蓟州城稍有接触之后，便绕城而过，迅速向西挺进，连陷玉田、三河、香河、顺义等县，直逼京师。在通州以北20里处扎营后，又分兵向彰义门、天津、密云、居庸关、良乡、固安推进。形势已是十分严峻。
袁崇焕弄清了皇太极的意图后，立即率兵火速向京师靠拢，于十五日赶到了通州附近的河西务。当时朝廷上下已有谣言说袁崇焕勾结后金，所以朝廷命袁崇焕的驻地不得越过蓟州，而袁崇焕此时已越界到了通州附近。因此，部将中有人提醒他，干脆就把部队停驻在河西务，不要再往京师靠近，视敌情而作攻守进退。但袁崇焕勤王心切，没有采纳，反而亲率9000兵马，于十六日抵达左安门（外城即外罗城的东南门。外城在内城之南，呈长方形，环抱内城东西角楼，共有7个城门）。
除袁崇焕这支军队外，京师附近尚有孙承宗驻屯通州，大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄也率援军赶到了德胜门外驻扎。京师的守卫则由新上任的兵部尚书李邦华、右侍郎刘之纶主持。督师袁崇焕赶到后，崇祯帝仍赐彩币和玉带，命其统辖各路兵马。
十九日，皇太极率兵进至京师之北土城关之东。皇太极巡视京城外围之后，进兵关厢二里列营进击。宣府总兵侯世禄避其锋芒，不与之战。大同总兵满桂则独自率领自己带来的5000骑兵迎战。在德胜门城楼上督战的兵部尚书李邦华，急令开炮助战，没想到炮弹无眼，误伤了满桂。满桂被抬下来休息。后来有人误把伤满桂的账算到袁崇焕头上，这的确是冤枉。
袁崇焕急忙令都司戴承恩在广渠门（外城之东门，俗称沙窝门）择地布阵，祖大寿在南，王承胤等在西北，自己在西，严阵以待。此日午时，后金兵马在外城以东发起攻击，先由东南方向进攻，祖大寿等人力战却敌。后金兵转而由西面攻击，袁崇焕亲自上阵督战，战斗十分激烈。在敌住后金军的攻势以后，袁崇焕挥师合击，进行反扑，敌军退却至浑河。皇太极鸣金收兵，移营南海子。攻城之势稍稍缓和。
在京师被攻之际，崇祯帝诏天下镇巡官勤王。崇祯帝此时真是有点急了，担心京师守不住，所以才严令各地率师入卫勤王，一时间天下震动。各地援军纷纷向京师集结，围攻南海子，后金军队开始后撤。
十一月二十三日，崇祯帝在平台召见袁崇焕、满桂等人，对袁崇焕依然是态度和蔼，且有赏赐。当时袁崇焕鉴于局势危急，自感不安，便将传旨的太监留在营中，自己则青衣玄帽独自入城进见。依袁崇焕的初衷，他原准备向皇上提出议和的建议，所以开始时把敌情说得很严重，让崇祯帝等人听得直发慌，但他最终还是没敢提出议和的建议。后来有人说袁崇焕把传旨的太监留在营中，是扣为人质，以防不测，真是妄语。
不过，此时崇祯帝心中已对袁崇焕起了疑心，尽管他不露声色。因此，当袁崇焕提出要率兵入城时，崇祯帝便一口回绝。两天后，当袁崇焕再次提出把自己的部队开进外城休整，并请辅臣出援时，崇祯帝仍然拒绝。而大同总兵满桂的部队却可以驻扎在外城休整。袁崇焕至此已觉察到有些不对头了。
崇祯帝之所以不让袁崇焕入城，主要是怀疑他已勾结后金，入城叛乱。有关袁崇焕暗中勾结后金的传言，也已有些时日。袁崇焕斩杀毛文龙后，就有人说他是为了帮后金除掉心腹之患。他与后金之间的谈判，也可以被说成暗降后金的具体步骤。更有人说后金从蒙古犯边，正是袁崇焕的主意，并列出不少证据：身为督师，怎能不预知敌军这么大的动作？蓟州一战，后金出兵仅200余骑，而袁崇焕放炮，连敌人的毫毛也没伤着，双方交战如同儿戏，要不是预先勾结，怎会这样？朝廷明令袁崇焕不要过蓟州，而他却一直移师到京城脚下，来了以后也不认真备战，只是做表面文章，这哪像保卫京师？更有人说，袁崇焕的军队与后金的军队相邻扎营，形同友军，朝廷给袁崇焕的军饷，转眼便到了后金军营。满桂率军对敌激战，袁崇焕不仅无动于衷，反而乘满桂路过营门时，施放暗炮，射伤满桂等等。这些话难免传到崇祯帝耳中。崇祯帝开始尚将信将疑，但当他得到从南海子逃回来的两位太监的密报之后，便坚信不疑了。
这两位太监，一名杨春，一名王成德，职任大堤马房提督。后金兵驻南海子时，他们成了俘虏。皇太极当时正虑除不掉袁崇焕，便想借此二人使用反间计。此时的皇太极，已不像他的父亲努尔哈赤那样，只能从《三国演义》中借用谋略了，而是拥有无数汉人谋士为他出谋划策了。像反间计之类，已是小菜一碟，不在话下。于是，皇太极派副将高鸿中、参将鲍承先两位手下，来到羁押两位太监之处，乘他俩似睡未睡之机，故作耳语，却又让他们听到，意思是袁崇焕与皇太极已有密约，大事可成之类。第二天，高、鲍两人故意让出空当，放跑太监杨春、王成德。
杨、王两人回到宫中，急忙把这些重大情报向崇祯帝汇报。崇祯帝果然中计，深信不疑，并着手安排有关事宜。
十二月初一日，崇祯帝在安排妥当之后，便以议饷名义召见袁崇焕、满桂、祖大寿等人。袁崇焕一赶到平台，崇祯帝冷着脸劈头就问：为什么要杀毛文龙？援兵为什么逗留迟缓？崇祯帝好像忘记了他自己几个月来的言行：当初袁崇焕斩杀毛文龙，崇祯帝“优旨褒答”，并下令公布毛文龙之罪，收捕其爪牙，距今不过几个月；袁崇焕自山海关率军增援赶到蓟州时，崇祯帝还“温旨褒勉”，这也是20天前的事。就在不到10天之前，崇祯帝还给袁崇焕不少赏赐，以奖其功。
毫无准备的袁崇焕，被崇祯帝这么没来由地一问，连话都说不出来，根本无法辩解。其实崇祯帝也不要袁崇焕辩解，当场下令锦衣卫进来捆人，押赴诏狱。
阁臣成基命当时在场，预先对崇祯帝的计划一无所知。他见此情形，立即跪下叩头，请皇帝慎重。崇祯帝说：
“慎重即因循，何益？”
成基命再次叩头，说：
“兵临城下，非他时比！”
崇祯帝哪里听得进去。在他看来，正是因为兵临城下，才要果断行事，要不是自己英明无比，明察秋毫，岂不是让袁崇焕得了手，坏了大事！
他随即宣布由满桂总理各路兵马，节制诸将，马世龙、祖大寿分理辽东兵马。
这样一来，祖大寿就呆不下去了。祖大寿与不久前战死的赵率教，是袁崇焕手下最得力的两员大将。祖大寿与袁崇焕还有一层更深的关系。当初祖大寿曾犯过大事，罪可至死，全亏袁崇焕保全提携，才有今天。袁崇焕入狱，无论于公于私，祖大寿都咽不下这口气。
不仅如此，接替袁崇焕的满桂，原先也在辽东前线，后因与袁崇焕不和，才被调任。现在满桂统辖各军，祖大寿自然担心受其压制。事实上，祖大寿的部下已受到了歧视。他们在城下守城，而城上的人却向他们扔石头，砸死了几人。他的手下兵卒，动不动被作为间谍处死。甚至有人扬言要用大炮轰击他们。在很多人眼里，祖大寿的部队几乎就是叛军。
祖大寿没法，便不辞而别，突然率军离开京城，往辽东开拔，至山海关时，破关而出，直奔宁远。祖大寿这一走，不仅带走了守城的主力，而且还很可能谋反。
这一招令崇祯帝猝不及防。他一面指责袁崇焕的罪状，同时又褒扬祖大寿等人，说是两者有别，不搞株连，一面却又告谕孙承宗说，辽东的兵马，是我竭天下财力培养训成，又是卿旧日部曲，要孙承宗赶紧想办法。
孙承宗没法，命游击石柱国飞驰追赶祖大寿，但只追到了其部下，未能见到祖大寿本人。
同时，阁臣成基命给皇帝出主意，建议请狱中的袁崇焕给祖大寿写信，以袁、祖之间的私交和上下级关系，来阻止祖大寿谋反。袁崇焕依令写了信，朝廷立即遣都司贾登科追赶祖大寿，把此信交给了他。有意思的是，崇祯帝以叛逆罪把袁崇焕下了诏狱，却又令袁崇焕写信劝其部下不要谋反，真不知是什么逻辑！
孙承宗还趁热打铁，写密信给祖大寿出主意。他要祖大寿立即上章自列，并且为朝廷立功，帮袁崇焕赎罪，并承诺为祖大寿在皇帝面前开脱。
既有袁崇焕的信函，又有孙承宗的许诺，祖大寿便上疏朝廷，自列请罪。崇祯帝当然不会追究，便下诏把祖大寿安慰一番，让他继续镇守宁远。到后来，崇祯帝还命孙承宗、马世远移镇山海关。孙、马在辽东将士中很有威信，由他们出面，能安定辽东将士的心。
诸招并下，辽东兵马才稍稍安定下来，没有进一步生出事端。
袁崇焕既然被下了狱，入卫的各路兵马就失去了统帅。于是朝廷又设文武经略，分别由尚书梁廷栋、满桂充任，并各赐尚方剑，分驻西直门和安定门，以加强防御，协调各军。
此时的皇太极，仍率兵在长城之内游弋待机，并两次派使者与明朝廷议和。后金兵马，本是长期游牧的部落，很习惯这种且猎且行的生活。当皇太极得知反间计奏效、袁崇焕下狱后，欣喜若狂。他实在没想到崇祯帝会这么轻易地上了他的当，自毁长城。
欣喜之余，皇太极随即挥师攻下京师西南的良乡城，知县党还醇等战死。他的另一支兵马攻下了固安城，然后回兵芦沟桥。当时驻守芦沟桥的是副总兵申甫、监军金声。这位申甫，本是位僧人，平时好谈兵。时局危急后，崇祯帝下令破格选才。庶吉士金声就把这位申甫推荐给朝廷。崇祯帝立即召见申甫，并参观了申甫的战车，觉得申甫是难得的人才，便提拔他做了副总兵，给他钱粮招兵买马，修建战车。庶吉士金声也因推荐有功，被提拔为御史，做了申甫的监军。
申甫招的人马，都是些地痞无赖，根本没经过训练。而他的新式武器战车，能有多大用处，也只有天知道。就是这群乌合之众，竟被派去驻守京师外围的重地芦沟桥。结果是在后金兵马的锐利攻势之下，这支军队被全歼，申甫战死，他的战车当然也没什么用处。
占领芦沟桥后，后金军乘胜推进到京师的永定门（京师外城正南门）。满桂正率兵驻扎在外城之内，他自知兵力薄弱，敌不住后金兵锋，所以想依托城墙工事坚守。但崇祯帝严令满桂出城迎敌。无奈之下，满桂挥泪率5000兵马出城布阵。至十七日黎明，潮水一般的后金兵马向满桂发起猛攻，前后十余战。满桂身先士卒，骁勇无比，终因寡不敌众，节节败退。此役满桂战死，副将孙祖寿及参将周旗等30余将阵亡，总兵官黑云龙、麻登云等被擒，最后投降。
到此时，原先在辽东前线最能打仗的4员大将，已被折腾得差不多了。袁崇焕被下了狱，赵率教、满桂战死，祖大寿被逼走，差点谋反。若要论起来，崇祯帝就是最大的罪魁祸首。
皇太极打败满桂以后，其手下纷纷要求攻打京师。皇太极却不急，他笑着说：
“城中痴儿，取之若反掌耳。但其疆圉（域）尚强，非旦夕可溃者，得之易，守之难，不若简兵练旅，以待天命可也。
若是让崇祯帝听到这番话，真要当场昏过去。他自命不凡，以明君自居，没想到在皇太极眼中，仅是一位“痴儿”而已。
皇太极自知后金实力尚不足守住中原之大，于是再次致书崇祯帝，重申议和之意，然后解了京师之围。
崇祯帝此时仍根本不把皇太极放在眼里。在他看来，堂堂天朝，怎么能屈尊与这小小的建州藩属议和呢？因此他绝对不予考虑！他仍要求各路兵马剿灭皇太极。在当时的形势下，这根本不可能。没有一路兵马能挡得住后金的锋芒，更不用说能组织起进攻了。
皇太极从京师撤围后，先挥师攻良乡，击溃山西巡抚耿如杞的援兵，再到京师东南的房山，拜谒后金太祖陵，然后挥师向东趋通州，攻下通州以南的张家湾，再东渡运河，攻下香河、三河、玉田、永平、滦州，最后驻扎在三屯营。明朝官员将领几十人战死，而各路援兵却不敢前往救援。
当时只有兵部侍郎刘之纶敢率兵去碰后金军队。
这位刘之纶，原本是翰林院的庶吉士。他看到官军节节败退，心里着急，便给皇帝上疏陈方略、出计谋，而且还借钱制造小炮、战车。崇祯帝认为他是个人才，便破格提拔他做兵部侍郎，协理京营戎政，给他一个空头官做做。刘之纶要钱没钱，要人没人。到满桂战死后，刘之纶向皇帝请兵一万，出城迎战后金，崇祯帝哪里有这么多人给他。因此刘之纶的部队也是些乌合之众。当他带着部队赶到通州时，皇太极开始已过通州，连下香河、永平，势不可挡。这位书呆子率兵急赶遵化，在遵化城外八里的娘娘庙上扎营，为了牵制皇太极，他还联络总兵马世龙、吴自勉，要他们增援。
皇太极派出3万骑兵迎战。马世龙虽在不远的蓟州，但就是拥兵不救。刘之纶只好单独应战，先用自制的小炮轰敌，开始还有点效果。但时间一长，小炮因质量不过关，纷纷自爆，军队大乱。手下人一看大事不妙，请求撤退。刘之纶不肯，大声说道：
“吾受天子厚恩，誓捐躯以报。战不捷，死耳！敢言退者斩！”
此言一出，无人敢退。战斗自辰时打到酉时，异常激烈，刘之纶身先士卒，带领部下殊死力斗，弓箭射尽，则短兵相接，近身肉搏。打到后来，刘之纶自知必死，大呼：
“死！死！负天子恩！”
说完，便解下佩印，交付家人，嘱其交还朝廷。不久，他便中矢身亡，其部下也几乎是全军覆没，十分壮烈。
攻下遵化后，皇太极以遵化、永平、迁安、滦州为据点，分兵把守。当时朝廷的主力有两支：一支由孙承宗、祖大寿率领，在敌军之东，被敌军切断了与京师的联络；一支由马世龙率领，在敌军之西。两支军队之间根本无法联络。孙承宗只知京师危急，急募敢死队绕过敌占区，沿海边直趋京师，到了京师后，才知京城并没有战事。孙承宗分别派兵驻守开平营（在今唐山市西北）、收复建昌营（在迁安城西北），才算打通了与西路军的联络。
到了此年的三月初，在关内已转了近半年的皇太极开始撤退。从冷口（长城关口之一，当时属迁安县）出长城进入蒙古境内回沈阳。他临撤之前，再次遗书明朝廷，表达了议和的意向，把事情做得有条有理。不久，他又派遣大贝勒阿敏、贝勒硕托率5000兵马前去换防，驻守永平、滦州、迁安、遵化。至五月初，孙承宗先后收复4城，把后金兵赶出长城，局势才稍稍平息。阿敏在撤退时，下令对永平、迁安进行了残酷的屠城，给明朝只留下了空城。
活剐袁崇焕
与皇太极相比，崇祯帝的表现要差多了。
各路兵马的败报频繁传来，令崇祯帝又急又恨，而更多的是无奈。他一度竟躺倒不干了。他不理朝政，不见群臣，急得大臣们直跺脚，顺天府尹刘宗周上疏劝说道：
“国势强弱，视人心安危。乞陛下出御皇极门，延见百僚，明言宗庙山陵在此，固守外无他计。”
刘宗周说得很对。在这种时候，你做皇帝的一举一动，对人心士气影响很大，只能鼓气，绝不能泄气。这位刘宗周，也是犟脾气，他从清晨把奏疏呈上去后，就跪在宫门外，等候崇祯帝的答复，一直跪到太阳落山，崇祯答应召见群臣后才站起来。
战局的每况愈下，又令朝中的党争激烈起来。
袁崇焕被逮捕后，便有人跳出来挖他的后台。有两位御史，一姓高，一姓史，率先跳了出来，攻击阁臣钱龙锡。这两位御史，本是阉党，在被起用时，钱龙锡曾竭力反对。因此他们便用袁崇焕之事来攻击钱龙锡，说袁崇焕斩杀毛文龙，与后金议和诸事，都是钱龙锡幕后指使，要求皇帝治其罪。双方吵得不可开交。最后钱龙锡称病辞职。
由于钱龙锡辞职，崇祯帝便命礼部右侍郎周延儒任礼部尚书兼东阁大学士，入直文渊阁。不久再命何如宠、钱象坤并为礼部尚书兼东阁大学士，入直文渊阁，两人开始不干，崇祯帝严令立即入阁办事。周延儒从此得势。
到崇祯三年（1630）正月，有一位靠捐资升官的中书舍人加尚宝司卿的原抱奇，跳出来攻击首辅韩鑛，说韩鑛属无能之辈，又是袁崇焕的座主，请求皇帝罢免他。韩鑛的门生、左庶子丁进和、工部主事李逢申也反戈一击，攻击韩鑛。韩鑛感到心寒，再三要求辞职，崇祯帝最终同意。
韩鑛素以稳重老成、办事干练著称。由他任首辅，文官系统尚能维持。而崇祯帝放他一走，朝政便急剧恶化，正人君子一个个不安其位了。
二月，都察院左都御史曹于汴，被迫辞职。
三月，首辅李标即任不到两个月，也辞职归里。
与此同时，周延儒逐步把持朝政。此年六月，温体仁与吴宗达一起被任命为礼部尚书兼东阁大学士，参预机务。温体仁因诬陷钱谦益，引起不少人的厌恶，朝臣纷纷上书揭发他的丑事。然而，攻击越多，崇祯帝反而觉得温体仁没有结党营私，值得信任，再加上周延儒帮他敲边鼓，最终得于入阁。温体仁一入阁，事情就更糟糕了。袁崇焕当然也就在劫难逃了。
当后金外患渐渐平息时，陕西的内乱已十分猖獗了。焦头烂额的崇祯帝穷于应付，登基时的那个中兴梦想已完全破灭。这个责任到底要由谁来负？他自己当然不会去承担这个责任。他从来不认为自己有什么失误之处，局面之所以弄到这种地步，还不全是那些大臣的错。他又想到了袁崇焕！一个现成的替罪羊。
攻击袁崇焕、钱龙锡的官员，仍不乏其人。那位首先对钱龙锡发难的史御史，此时又有了新的发现。他上疏说袁崇焕与钱龙锡之间还有更可怕的阴谋。除重弹钱龙锡是袁崇焕的幕后主使这一老调外，他还列举出新的罪证，说钱龙锡辞职离京前，曾把袁崇焕赠送给他的数万贿赂，转寄姻家，巧为斡旋等等。据说温体仁、王永光等人，甚至还想借袁崇焕之事，做一个逆案，把钱龙锡等异己一网打尽。只不过因兵部尚书梁廷栋胆小，不敢出头而罢。
这些新的罪证，对崇祯帝无异于火上加油。他下令以最严酷的方式来处死袁崇焕。此年八月十六日，崇祯帝来到暖阁，召见阁臣成基命等人。然后再到平台，召见文武大臣。崇祯帝对大臣们说：
“袁崇焕付托不效，专事欺隐。市粟谋款，纵敌不战，遣散援兵，潜携喇嘛僧入城，卿等已知之。今法案罪案云何？”
这种事情，哪个肯乱说话，文武大臣只是顿首唯命。其实，崇祯帝也用不着大臣们发言，他早已成竹在胸。于是他接着说：
“依律磔之。家属岁十六以上斩，十五岁以下给功臣家为奴。今特流其妻、子、兄、弟，余不问。”
崇祯帝似乎觉得自己很宽容，只磔袁崇焕一人，充军其妻子兄弟，而没有像《大明律》规定的那样，满门抄斩。群臣们一听，连忙叩头感谢皇帝的宽大仁慈。崇祯帝又问诸臣：
“更何言？”
大臣们一听，连忙说：
“其罪不宥。”
意思是说皇帝实在是宽容得不能再宽容了，袁崇焕罪大恶极，绝无饶恕之余地。于是，崇祯帝下达了正式的圣谕，公布袁崇焕之滔天罪行：
“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮。既用束酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱，及戎马在效，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为？致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿。”
于是，刑部侍郎涂国鼎被任命为监决官，在西市设刑场磔袁崇焕。
这磔刑是最惨酷的死刑，俗称“杀千刀”、“活剐”。就是用锋利的刀刃一刀一刀把活人身上的皮肉削下来，多达数千刀，受刑之人要承受长时间的煎熬，才慢慢死去。
袁崇焕就这样被一刀一刀地活剐。当时的京师城内，对袁崇焕已是恨之入骨。试想，当百姓在得知身为辽东最高统帅的袁崇焕，竟是通敌的叛徒后，是何等的心情！因此，在袁崇焕行刑时，城中百姓蜂拥而至，都要亲眼看看这令人解恨的场面。于是，一块块手指大小的血淋淋的皮肉，从袁崇焕身上刚被刽子手削下，转眼就以一文钱一块的价钱，卖到了百姓手中。买到肉的百姓，看着袁崇焕血淋淋的身躯，听着袁崇焕痛苦万分的呻吟、嘶叫，在用最恶毒的言辞诅咒完袁崇焕以后，再吞下那块血淋淋的皮肉。这场面真是大快人心！
百姓的眼睛是雪亮的吗？未必！试想当初袁崇焕赴任辽东时，京师的百姓是何等感激！感激袁崇焕受命于危难之中，保家卫国。然而在短短的两年之后，他们又以能生吞袁崇焕一块皮肉为快事。两年之隔，竟是天壤之别！
至此，辽东前线最能干的两位统帅，即熊廷弼和袁崇焕，一个被枭首，另一个则被活剐，皮被剥，肉被啖，血被饮。两人的家族，也跟着受罪。熊廷弼为官清廉，却背上个纳贿贪污的恶名，让本不富裕的家族在他死后还要为他退赔那莫须有的赃款，吃足了苦头。袁崇焕的家族更是不幸。在袁崇焕被磔之后，其妻、子、兄、弟都跟着倒霉，被流放3000里之外，却还要感谢崇祯帝的格外开恩。细想起来，在明末这个奇怪的时代，凡是有所作为的，几乎都没有什么好下场。
袁崇焕死后，崇祯帝也没有放过钱龙锡。当时廷臣根据那位史御史提供的罪证，定钱龙锡“大辟，决不待时”，意思就是斩立决，并设厂于西市以待。不过崇祯帝思前想后，总觉得钱龙锡没有逆谋的迹象，所以，最终还是手下留情，没有立斩。正巧有一位名叫黄道周的官员，觉得钱龙锡实在冤枉，便上疏申救。当时没有人敢为袁崇焕喊冤，因为谁帮他说话，谁就有同谋之嫌。而钱龙锡的问题却是可大可小的。所以黄道周上疏之后，尽管崇祯帝以忤旨之罪把黄道周降级外调，但心里还是很受感动，觉得在这种时候黄道周仍敢站出来为钱讲话，不容易！或许正是黄道周一疏，打动了崇祯帝。崇祯帝不久便改变了主意，免钱龙锡死罪，戍定海卫。
钱龙锡能从崇祯帝手中捡回一条命，实在难得！
崇祯帝登基以后的几年中，辽东的局势不仅没有好转，反而越弄越糟。这原本是一场局部边疆战争，至此战火竟烧到了京师城下。朝廷原先对付的，只不过是一个藩属，而正是这个原先低声下气、称臣纳贡的藩属，竟强大到把一向居高临下的天朝打得落花流水。
天朝的颜面何在！小小的后金何以能不把堂堂天朝放在眼里？
这是当时不少人共同思考的问题。崇祯帝自然也思考过这一问题。他把罪责都推到了袁崇焕身上，说是袁崇焕误国，把事情搞糟了，于是，袁崇焕寸磔而死便是不可避免了。
不过，袁崇焕被处死之后，辽东的局势不仅没有好转，反而一步步恶化下去。
长山、大凌河之败
袁崇焕一死，崇祯帝只有依靠孙承宗来统辖辽东战事。
孙承宗是万历三十二年（1604）的进士，高阳人。在天启年间，他曾被重用，以兵部尚书兼大学士的身份，亲赴辽东，主持战局，一度稳住了辽东的局势。后因与朝中不和，辞职赋闲。一般认为，孙承宗具有东林色彩，魏忠贤曾拉拢过他，但被严拒。而魏忠贤大杀东林党人时，他在前线也没有多大的表示。因此在魏忠贤时代，他没有受到迫害。总的来说，孙承宗有才干，能做事，也深谙朝廷上下的利害关系，处世方式较温和中庸，但不失机敏。
孙承宗重新被召时，年龄已过60，属三朝元老。他在危难之际重挂帅印，尽心尽职，先后收复遵化等4城，为崇祯帝笼络住几乎要叛乱的大将祖大寿，并深得崇祯帝的赏识。
崇祯帝给了孙承宗很多荣誉，希望孙承宗能为他稳住局势。孙承宗在多次辞谢而崇祯帝不许的万般无奈之下，只得硬着头皮干下去，以兵部尚书兼大学士的身份，督理山海关内外军务。
在后金兵退出长城防线后，孙承宗着手布置辽东的防务，加强边备。为了解前线情况，孙承宗不顾体衰年迈，出巡关外。
他从山海关出发，由前屯（广宁前屯卫）、宁远抵达松山、锦州；再由三道关历经石门、燕河、等地；最后由石塘路过平谷，途经盘山，进入蓟州而还京师。
巡察全线之后，孙承宗提出了一个全面的战略部署，主要有：先任封疆大臣，精择八部大帅，分别战守；蓟镇备守，辽镇备战；合蓟辽战守，防御插汉，收复城池等。崇祯帝极为赞赏，立即同意，就像袁崇焕当初上任时言听计从一样。
崇祯四年（1631）初，辽东巡抚丘禾嘉，要求收复广宁（今北镇）、义州（今义县）、右屯三城。孙承宗考虑到当时的实际情况，命丘禾嘉先据右屯，修筑大凌河城。这样一来，锦州、大凌河（今锦县）、右屯就形成犄角之势，可以相互依托。守住这3个据点以后，再向东北依次推进，收复较远的广宁城。
总兵官祖大寿、副将何可刚率兵4000，驻守其地。另有班军1万余人，负责修建大凌城。但就在此时，朝廷内部的不同意见再次影响到前线的形势。由于原先支持筑城的兵部尚书梁廷栋的下台，筑城之举引起朝廷的非议。朝廷不少官员认为，大凌河过于荒远，不应重新修筑，浪费人力物力，而应把重点放到蓟州一线来等等。朝廷的意见，明显与边臣不合，严重影响了前线的战略步骤。
到了崇祯四年（1631）八月，皇太极再次突然出兵，攻打朝廷的辽东防线，形势骤然紧张起来。
皇太极在崇祯三年（1630）退兵之后，曾遣使入朝，要求与朝廷议和。当时朝廷上下没有一人敢提此事，因为袁崇焕的下场就摆在眼前。而崇祯帝也对此事讳莫如深。至此，皇太极得知祖大寿、何可刚率兵推进，重筑大凌河城，便以此为借口，重开战火。
皇太极是不会让朝廷的军队在此重新立足的。因为一旦明军建立起锦州、右屯、大凌河三角形防线，并以此向广宁推进的话，那么进可继续东进，向后金腹地纵深发展；退可扼制住后金军队进入蒙古地区，切断后金与蒙古的联系。因此皇太极此举，是想乘明军立足未稳时打个措手不及，纯粹是从军事角度来考虑的。至于他出兵时声称的那些理由，如朝廷进兵辽东、破坏和议之类，只不过是借口罢了。皇太极此举，反过来也证明孙承宗收复大凌河之类的计划是正确的。可惜远在京师的朝廷中能理解的人不多！
此时的皇太极，实力绝对不可低估。后金军队擅长的突然、凶狠的骑兵战术，已令官军闻风丧胆。此时，他又经过千辛万苦，铸成欧式火炮。在崇祯四年（1631）初，首批40门欧式大炮铸成并投入使用，由佟养性指挥。这样一来，后金就将其固有的那种突然、凶猛的骑兵战术与持续、猛烈的炮兵技术结合起来，实力大增。
崇祯四年（1631）八月初四日，皇太极亲率满汉大军2万余人，在大凌河城下集结。鉴于大凌河城防守坚固，为减少伤亡，皇太极下令对该城进行围困，沿城四周修建栅栏，并挖出一条宽5尺、深7尺的壕沟，以切断城内外的联系。同时他派兵扼守住通往锦州的要道，阻击锦州方向出动的援兵。
当时守城的是辽东名将、总兵官祖大寿和副将何可刚。面对敌兵的包围，祖大寿几次派兵出击，企图撕开缺口，打通城内外通道，杀出一条血路，但都没有成功。皇太极随即下令用新式火炮轰击城外的台堡。在猛烈的轰击之下，大凌河城外围的台堡一一落入敌手，包围圈不断压缩。
当大凌河被围的消息传来后，督师孙承宗、巡抚丘禾嘉立即组织援军，急赴前线增援，以解大凌河之围。孙承宗、丘禾嘉亲自率军，与总兵官吴襄（祖大寿的妹夫）、宋伟合兵，约4万之众，由山海关向锦州进发。
当援军前锋近万名兵马赶到松山（广宁中屯所）附近时，被阿济格率领的千余名满蒙骑兵拦截击败，退回锦州城内。九月初，另一支大队援兵赶到锦州城外，在小凌河对岸扎营时，皇太极亲率精兵偷袭大营，打得明军措手不及。
九月二十四日，援军主力，包括百余名战将和4万步骑，由监军、太仆寺少卿张春率领，渡过小凌河。3天以后的清晨，当这支兵马乘夜色推进到离大凌河只有15里的长山时，才被敌兵的前哨发觉。皇太极迅速集合满、蒙、汉军2万人迎敌。当时明军的数量是后金军的一倍。
当后金军赶到阵前，见张春已将大军摆成防御阵形，大炮鸟铳四面排列。皇太极先令骑兵分两翼正面冲击，右翼直扑张春的大营，但因炮火猛烈，伤亡惨重，未能破阵。皇太极随即加入右翼，重整队伍，并令佟养性的炮兵移至明军阵地东侧，用火炮和火箭猛轰张春大营，明军伤亡大增，阵脚开始动摇，张春大营开始溃乱。
在这关键时刻，由吴襄、参将桑噶尔寨统率的另一支援军开始溃退。
张春在重创之下，仍收拾残卒，进行抵抗。当时正逢天起大风，张春便下令纵火攻击佟养性的炮兵阵地。没想到大火起后不久，风向逆转，反而扑向自己的阵地，引起阵脚大乱。皇太极乘机率骑兵冲击，张春的大营便一败涂地了。
3路兵马中的宋伟一营，在力战之后，也因势单力孤，只得撤退溃逃。至此，大军全线崩溃。
长山一役，明军4万之众被皇太极的2万人马击溃，损失惨重。包括张春在内的30余位高级将领被俘，张吉甫等将领战死，兵马损失不计其数。更严重的是，明军再也组织不起像样的援军，去解救大凌河之围。
据说战争结束后，被俘将领一一被带到皇太极面前，依次叩拜，只有张春站而不跪。皇太极怒极，从身边兵士中夺过弓箭，要当场将其射杀。在代善等人纷纷劝说求情之下，皇太极才消了气，并赐其珍馔。但张春仍予以拒绝，绝食3天后，皇太极竟亲自探访，亲手赐其酒食，张春大受感动，终于投降（也有人说张春未降，过数年而卒于辽东）。由此也不难看出皇太极的气度和手段。
皇太极在击败援军之后，加紧对祖大寿的劝降工作。在此以前，皇太极已在军事压力之余，多次劝说过祖大寿。至此，皇太极再次派人带着23位降清文武官员的招降书，劝说祖大寿投降。被拒绝后，皇太极再次致书城中，反复阐明自己的用人政策，请祖大寿不必疑心，最后，皇太极言辞诚恳地说：
大凌河孤城被困。我并不是由于不能攻取，不能久驻，而要如此苦口婆心。只不过是考虑到山海关外的智勇之士，尽在此城而已。另外，也是因我荷天眷佑，要众将军助我成大业。若杀了你们，于我何益？不如与众将军共图大事。所以才以肝膈之言，屡屡相劝。
祖大寿仍是不肯投降。皇太极便加紧军事攻击，扫清大凌河外围，收缩包围圈。随着冬季的来临，大凌河城内的粮食供应越来越成问题，平民百姓首当其冲，饿死者无数。而兵士不久也无粮可食，先是杀马充饥，后开始有计划地杀人充饥。这些情况被掌握后，皇太极更加紧了劝降攻势。祖大寿走投无路，开始动摇了。
经过反复协商，祖大寿决定投降。十月二十八日，反对投降的副将何可刚被推出城门，在后金兵营前示众以后，被斩首。何可刚临死之前，神色不变，不出一言，含笑而死。其尸体被拖入城门后，饥饿至极的饥民一拥而上，争夺其肉而食。
斩杀何可刚后，祖大寿派出4名副将、2名游击出城，代表他与其他37位命官，与皇太极和众贝勒对天盟誓。盟毕，祖大寿正式献城投降。此时的大凌河城，在被围80余天后，原有的3万余人，只剩下1万人左右了。
祖大寿正式投降后，受到了皇太极超规格的接见。诸贝勒出营一里迎接，到达御营时，皇太极出幄相迎，并免其跪拜，而行抱见礼。在并行进幄后，皇太极让祖大寿坐在自己身边，亲以金杯赐酒，又赐御服黑狐帽、貂裘、白马等物。开宴入席时，祖大寿坐在汗兄代善之下，享受了最高规格的礼遇。
投降后的第二天，祖大寿依照原先的约定，赴锦州进行策反。皇太极对他并不是没有顾虑，但考虑到如果祖大寿守诺且能策反锦州，确实是一本万利之事。而且当时祖大寿的子侄也留在后金营中，实际上近似人质，所以皇太极仍决定冒一次险。
然而，祖大寿回到锦州后，并没有发动策反，他推说人手不够，时机未到。不过在几年之后，当祖大寿完全控制锦州时，他仍没有降金。皇太极这次是看走了眼，祖大寿是诈降！
祖大寿献大凌河城，或许只是金蝉脱壳之计？后人至今也没弄清。
令人奇怪的是，生性多疑、残酷无情的崇祯帝，竟然也能放祖大寿一马。对祖大寿在大凌河献城降金一事，当时驻守在锦州城中的巡抚丘禾嘉，已从逸出大凌河城的兵士口中略知一二，并也上书报告了朝廷。但崇祯帝竟没有追查，放过了祖大寿。崇祯帝在即位的17年中，不知给其对手送去了多少良将重臣，惟有这一次，却能把已降皇太极的祖大寿重新收服，为朝廷而用，实在是难得！
大凌河之战后，严格意义上的满汉战争发生了性质上的变化。从此以后，后金的对明作战，实际上已有不少是由汉人主持。这些汉人绝大部分是世代为明朝效力的辽阳土著边民，是职业军人。这些人就是袁崇焕所谓“以辽人守辽土”中的辽人。仅在大凌河之役中投降后金的就有：祖大寿之子祖泽润、祖泽溥，义子祖可法，侄子祖泽洪，以及刘良臣、刘武、孙定辽、张存仁等一批最有经验的战将。随着战事的进行，越来越多的类似人员加入了投降后金的行列，成为对明作战、开朝立国的急先锋，立下了赫赫战功。
正是这些汉人，再加上关内李自成、张献忠等农民军，最终打败了崇祯帝，倾覆了大明王朝，为明清鼎革创下了条件。如果只凭满洲军队，大概还不足以撼动大明朝的根基。
