叛降
长山、大凌河之败，使孙承宗的神话破灭。朝廷中的不满和攻击，犹如急风骤雨般向孙承宗和丘禾嘉压来。
在许多朝廷官员看来，朝廷刚与后金开始接触议和，兵火才息，而孙承宗、丘禾嘉却要惹是生非，去修筑什么大凌河城，惹恼了皇太极，遂造成了长山、大凌河惨败。
作为前线的最高指挥官督师，孙承宗自然应对长山、大凌河的失败负一定责任。但所谓“筑城起隙”之类的逻辑，孙承宗自然难以接受，心里很不是滋味。同时，他更看出了温体仁之辈的险恶，也体会到了在猜忌多疑的崇祯帝手下做事的难处。因此，在长山惨败后，他便以年老为由，多次上疏，要求致仕。
崇祯四年（1631）十一月，崇祯帝批准孙承宗致仕，令驿站车马送其回高阳原籍。不久，因言官追论孙承宗“丧师辱国”之罪，崇祯帝下令夺其官职闲居，并剥夺宁远世荫。到清兵后来进攻高阳时，年近古稀的孙承宗尚率家人拒守。城破后，孙承宗望阙叩头，上吊自杀，为大明朝尽了忠节。
当时已调任南京太仆寺卿的原辽阳巡抚丘禾嘉，也被追论。丘禾嘉以病为由辞职。
在孙承宗辞职后不到一个月，即此年闰十一月，山东便发生了一件大事，那就是登州游击孔有德等将领发动叛乱。
这批将领，原都是毛文龙的部将。袁崇焕诛杀毛文龙后，其旧部由副将陈继盛统辖。但不久，参将刘兴治在皮岛发动叛乱，杀陈继盛等10余人。总兵黄龙随即赴皮岛镇压，皮岛乱兵一哄而散。
孔有德、耿仲明原籍山东，矿徒出身，曾是辽东海盗，后投毛文龙，与尚可喜一起，被称为“山东三矿徒”，是毛文龙手下的骨干将领。孔、耿因不服黄龙统辖，便叛离皮岛，率部来投登莱巡抚孙元化。
登州（今山东蓬莱）是当时山东半岛上的重要军事要塞之一。在天启初，为了协调对后金的作战，在山东设登州、莱州（今山东掖县）巡抚，援助辽东前线。当时任登莱巡抚的是孙元化，嘉定人，举人出身，被任命之前曾任宁前道兵备副使。
就是这位孙元化，竟接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明，并委以重任。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。当时，登州要塞正有一位名叫特谢拉·科雷亚的葡萄牙人率领一些葡籍士兵，帮助明军试铸欧式大炮，并获成功。
大凌河被围后，同属孙承宗指挥的登莱巡抚孙元化，急令游击孔有德赶赴前线增援。孔有德奉命北上，抵达吴桥时，因遇雨雪，部队给养供不上，士兵开始抢劫。在另一位与孔有德有相同经历的毛文龙旧部李九成的煽动之下，孔有德正式叛乱，随即杀回山东半岛。
孔有德还兵大掠，先后攻陷陵县（今陵县）、临邑（今临邑）、商河（今商河），接着又杀入齐东，包围德平，不久又舍德平而去，攻陷青城、新城，向半岛杀去。
山东巡抚余大成、登莱巡抚孙元化闻变，非常紧张，立即派兵来鲁北应变。当时，余、孙两人都不愿把事情闹大，力主安抚孔有德，并令沿途州县，不得出兵邀击，以免激化矛盾。孔有德将计就计，假装投降，迷惑孙元化，而实际上却率兵直趋登州。由于沿途州县不敢出兵拦截，让出通道，孔有德便顺利杀到登州城下。
孙元化急令部将张焘率辽兵守登州城外，总兵官张可大也发南兵抗击。两路成合击之势。张焘进兵稍胜，却下令退兵，张可大失去策应，被孔有德杀得大败。形势陡然紧张起来了。
张焘的兵卒，多是辽东籍，与孔有德部关系不错。他们见此情形，纷纷投入孔有德的叛军行列。孔有德便令这些降卒再混入登州城中，作为内应。而孙元化不察敌情，不听劝告，同意这些早已从叛的散卒进城。与孔有德是旧交的登州中军耿仲明，及都司陈光福等，立即策应，举火开门，让叛军从东门攻入登州城，登州便告失陷。此时是崇祯五年（1632）正月。
孙元化是南直隶嘉定人，山东巡抚余大成是南直隶江宁人，总兵官张可大是南京羽林卫军籍。这3位南直隶人，在这场兵变中，根本不是山东、辽东人的对手，被孔有德等骗得团团转。
登州沦陷后，孙元化自杀未成，与同城命官一起被俘。只有总兵张可大在斩杀其妾陈氏后，在其官署上吊自杀。
孔有德令孙元化致书余大成，要求和谈。余大成见事已闹大，便上疏朝廷。崇祯大怒，撤掉了余大成、孙元化两人之职。孔有德见孙元化已无利用价值，念其旧日收留之情，放其出城，放了他一马。可是崇祯帝却不会放过他。他与余大成两人被逮到京师，最后余大成被充军，孙元化竟被斩首弃市。
孙元化是当时朝廷中少数几个接受西方先进技术的高级官员之一，与徐光启关系密切。徐光启、周延儒等曾上书营救，但终未成功。崇祯皇帝这一刀，不仅砍掉了一个巡抚，同时也砍掉了一个很有价值的科学家式的高级官员。本来，登州是一个应用先进西方技术的基地，但随着孙元化的被杀，及其葡萄牙籍炮队的毁灭（孔有德进城后，特谢拉·科雷亚及其炮手仅有3人幸免于难），这个先进的技术基地也就被轻而易举地毁掉了。更严重的是，许多已学会这些技术的原登州官兵，包括孔有德、耿仲明在内，不久后投到了皇太极手下，反过来攻打大明。
可惜崇祯帝不知道孙元化的价值！在人人知道徐光启是大科学家的今天，又有几人能知道孙元化呢？
孔有德占据登州后，推李九成为首领，自己居第二位，耿仲明居第三。除此之外，尚有一些将领，如李应元（李九成之子）、陈有时、毛承禄、陈光福等。他们有的来自直隶海湾中的岛屿，有的来自旅顺。这批海盗、边民、矿徒出身的职业军人，在登州俨然建立起自己的“王国”。他们刻印建官，招徕海盗流寇，四出焚掠，弄得山东半岛以至辽东前线都人心不定。
崇祯帝重新任命徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚。按照原先的安排，谢琏驻莱州指挥，徐从治则驻青州负责供应粮草。而徐从治却觉得自己驻扎在青州不足镇抚莱州人心，便主动要求移镇莱州。没想到他一去莱州，就被孔有德围在里面达数月之久，最后连命也送在这里。
当时孔有德的部队已先破黄县（今黄县）、平度（今平度）两城，然后增兵攻打莱州。徐从治、谢琏两位巡抚，与总兵杨御蕃分头固守城池，拼死抵抗，形势十分危急。而外围的各路援兵都驻扎在昌邑，由于山东巡抚徐从治被围在莱州城内，援军无人督察，诸将观望，谁也不肯拼死驰援莱州。
开始时，那位胆大的徐从治还敢出城偷袭叛军，且稍有斩获。但兵部尚书熊明遇认为此事尚有招抚的余地，便派主事张国臣去山东处理招抚之事，并要求徐从治不要轻易出兵，破坏抚局。徐从治当然不干，先后3次上疏朝廷，力主抚局无望，应以武力解决。朝廷认为，两抚臣都被困在莱州，应增设总督来山东前线，决定抚战。
侍郎刘宇烈于是被任命为总督，赴山东统辖骑、步兵2万5千人，平定孔有德之乱。但刘总督本无筹略，赴山东后除整天派人去招抚外，不进行任何军事行动，以免动而取咎。孔有德便故伎重演，说是要降，暗中却把孙元化铸造的大炮调到莱州城下，架起猛轰，打死了山东巡抚徐从治。莱州城危在旦夕。
两个月后，孔有德在朝廷的军事压力下，突然又向登莱巡抚谢琏提出投降，并约定降期，请莱州城中的文武官员出城开读。已被困在城中6个月的登莱巡抚谢琏，在不得已之下，决定冒险，便与知府朱万年出城受降。但当兵出身的总兵杨御蕃坚决不去，大概是因为他深知这些叛兵的品性。叛兵见到谢琏等人，连跪带哭，态度诚恳，并拥之而去。谢琏刚被带走，叛兵随即攻城。他们把知府朱万年押到阵前，要他呼喊劝降。朱万年大声喊道：
“吾死矣。汝等宜固守！”
城上的杨御蕃一看形势危急，下令开炮，杀伤叛军不少。而那位朱知府也在自己人的炮火下丧生。
杨御蕃的几炮，总算保住了莱州暂时不失。
消息传到朝廷，舆论大哗，举朝痛愤。于是总督刘宇烈被下了诏狱，兵部尚书熊明遇被撤职。朝廷上下没有一人再敢提抚议。
此年七月，崇祯帝决定不设总督、登莱巡抚之职，而提拔参政朱大典（浙江金华人）任山东巡抚，督各路兵马数万平叛。并从辽东调劲旅约5千入关参战。后来名闻天下的吴三桂（总兵吴襄之子）当时就在这支队伍中。
朱大典至德州后，派副将牟文绶，驰救平度，斩杀叛将陈有时。大军推至昌邑时，总兵金国奇、参将祖宽为前锋，与孔有德大战于沙河，大败孔有德。援军乘胜追击，直至莱州城下，迫使围困莱州城的叛兵解围而去。
莱州城中的守军，开始坚决不相信援军已打到城下，解了莱州之围。因此，当援军向莱州城靠近时，吃尽了孔有德苦头的守城兵民，还以为这又是孔有德玩的花招，立即开炮轰击，城上城下相持不下。最后还是监饷太监高起，派了几位手下的小太监入城，陈说前因后果后，城中守军才开城迎接。当时大概也只剩下太监还没有假冒，所以太监入城，还能取信于人。
几日之后，总兵金国奇等继续进兵，与叛军再战于黄县，斩杀敌军上万人，俘获近千人，逃散及坠海者无数。此次大胜，扭转了山东半岛上的局势。
朱大典督兵以来，全仗辽东调来的五千精兵，冲锋陷阵。像金国奇、靳国臣、祖宽及吴三桂等辽籍将领，个个能征善战。用这些辽将辽兵，来攻杀孔有德手下的山东、辽东兵将，这步棋算是走对了。
在黄县大胜之后，官兵接着向叛军的堡垒登州城进攻。登州城三面环山，一面临海，大城之北，还有水城与大城相连。只要打开水城门，城中之敌就可以泛海而走辽东。因此，朝廷之兵久攻不下。说起来，登州城筑得如此坚固、科学，还是孙元化的功劳。没想到他的心血，没有在对金作战中被用上，反而为孔有德所利用，给朝廷出了个难题。
好在叛军过分自信，竟敢出城挑战。叛军首领李九成率兵掠阵，没想到被官军斩杀。这样一来，原先的五位叛军首领，已有陈有时、李九成被杀，仅存孔有德、耿仲明、毛承禄（毛文龙之子）3人。叛军气势大受影响。
当祖宽等夺取水城门外的护墙，登州通海之路有被切断的危险时，孔有德感到紧张了。他用海船载着子女财帛，率先撤出登州，泛海而去，耿仲明等也随之而去。主帅—走，剩下守城的兵士便没有斗志了。
游击刘良佐派人潜入永福寺中，挖坑道至城墙之下，放置炸药，炸塌了城墙。官兵从缺口一拥而入，打进登州城中。残敌退守城北丹崖山上的蓬莱阁，负隅抵抗。或许是因为朱大典这位文人出身的统帅，爱惜这座建于北宋英宗治平年间的文物名胜，所以心存善念，没有动武，而是用了劝降之法。干余残敌无奈之下，下山投降，但仍有许多人不愿投降，或跳海，或上吊。
此时，已是崇祯六年（1633）的二月了。孔有德山东之叛，自崇祯四年（1631）闰十一月起，一直打到崇祯六年（1633）的二月，前后达16个月之久。叛军人数从开始时的千余人，越打越多，最终竟有数万之众。由此可见当时朝廷的应变能力是何等之差！
朝廷的武将士卒，在与外族后金作战时，总是败多胜少；在与陕西、山西的叛民作战时，同样也是败多胜少。但令人不解的是，当这些为朝廷效力时似乎算不上是精兵强将的官军，一旦叛乱或投敌后，却都不差不弱。将还是原来的将，兵还是原来的兵，为什么在为大明朝打仗时这么差，而到打大明朝时却又变得那么强呢？！
不知崇祯帝和他的那班朝廷官员们有没有想过这个问题？
山东的胜利，实在是太重要了。崇祯帝即位后，仗是越打越多，越打越大，却也是越打越输，越打越糟。这次费了九牛二虎之力，终于打败了崇祯帝起初可能连名字都没有听说过的、而且原先也是朝廷军官的游击孔有德，在当时也算是大功一件，可庆可贺。
于是，朱大典被提拔为兵部右侍郎，世袭锦衣卫百户。其他参战将领，也是赏赐有差。那位追着孔有德、耿仲明泛海而逃，却因慢了一步而被总兵官黄龙邀击俘获的毛承禄，被押到了北京。朝廷为此还搞了个献俘仪式，最后把他寸磔而死。
其实，崇祯皇帝和他的官员们，大可不必如此兴高采烈。因为就在崇祯帝忙于镇压山东叛乱和陕西、山西之乱时，皇太极却在沈阳休养生息了一年多，正准备着新的行动。而孔有德、耿仲明的来投，令他大喜过望。
于是，皇太极开始了新的一轮进攻。
皇太极入侵
孔有德、耿仲明率部泛海退往辽东时，驻扎在旅顺一线的明总兵官黄龙率兵邀击。黄龙的水军很能打仗，在海上把这支叛军打得七零八落。李九成的儿子李应元被斩杀，毛承禄、陈光福被俘。耿仲明的弟弟、黄龙的部将耿仲格，试图密谋叛乱，接应其兄，幸亏被黄龙及时发觉而斩杀。
吃了大亏的孔有德、耿仲明，仍凭着勇气和经验，带出了包括一些军人家属在内的万余名部下，突上了辽东的陆地。他们怀着对明朝，尤其是乘危邀击他们的总兵黄龙的刻骨仇恨，直奔后金而去。
皇太极早就命人率军在指定地点迎接他们。后金兵帮助他们击退了明朝的追兵，赐以黄金和酒食，并许诺说，只要归顺后金，就可在辽阳附近居住。走投无路的孔有德、耿仲明等人，正求之不得，自然是一口答应，随即率军向沈阳进发。
对这批大明朝的叛兵乱卒，皇太极给予了相当高的礼遇。皇太极亲自出沈阳迎接他们，并免跪拜之礼，改用女真人的抱见礼。而孔有德等坚决不肯，坚持要行跪拜之礼。最后，双方妥协，先行抱见礼，再由孔有德等行跪拜之礼。接着，孔有德献上从登州搬来的大炮，皇太极十分高兴，允许他们驻扎在辽阳之北的新建城市，并授以要职，予以重用。
皇太极之所以对这批人如此另眼相待，除其一贯的用人风格外，还有现实的考虑。孔有德、耿仲明等人，长期生活在辽东，非常熟悉情况，不仅有相当丰富的战斗经验（包括女真人当时尚不太熟悉的海战），而且还接受过孙元化的系统训练，能操作欧式火炮。另外，这些人都曾在毛文龙手下任过职，既当过官军，也做过强盗，有一套笼络、团结部下的有效手段。他们的军队，都是由他们完全控制的私人式部队，与组织涣散的一般官兵很不一样。尽管最后突围到辽东的军队仅万余人，但骨干仍在，只要稍加充实，便是能征善战的悍兵。孔有德、耿仲明后来的经历，也证明了这点。
崇祯六年（1633）七月，已获补充休整的孔有德、耿仲明，为报数月前被海上邀击之仇，率兵攻打辽东重镇旅顺。
旅顺是当时朝廷在辽东半岛上尚存的最后堡垒，由总兵黄龙镇守。当时，黄龙为支援鸭绿江一线，派出水师增援，导致旅顺空虚。孔有德、耿仲明乘机发兵围攻旅顺。黄龙连战皆败，独守孤城，最后火药矢石俱尽。黄龙拔剑自刎，旅顺被攻陷。黄龙部将李惟贤、项祚临、樊化龙、张大禄、尚可义等战死。
旅顺一失，原与旅顺互为犄角的广鹿岛就成了问题。该岛守将尚可喜，本是毛文龙部下，与孔有德、耿仲明也是老关系，容易联络。于是，尚可喜在不受信任、形势危急之时，加紧与后金联系，并于崇祯七年（1634）初，率其数千属户，携带辎重，乘船离岛登陆，到沈阳降敌。他的部队被安排在辽阳以南的海州（今海城）。皇太极没费什么气力又多了一员战将。
至此，皇太极手下的汉族军队已具有相当的规模。大凌河之战前，由佟养性率领的旧汉兵已以火炮闻名，而大凌河降卒又被补充进这支军队，加强了其实力。崇祯五年（1632）佟养性死后，这支军队由马光远统领。这支队伍后来成为汉八旗的骨干。孔有德、耿仲明的军队，以及尚可喜的军队，即分别被皇太极称之为“天祐兵”和“天助兵”的两支汉军，后来也被并入汉八旗，并为清朝开国立下了赫赫战功。
孔、耿攻陷旅顺及尚可喜的叛变，给明朝在辽东的战局造成了严重后果。从此以后，明朝在辽东半岛及周边海岛已无险可守，残存的军队也很快土崩瓦解。奇怪的是，对这些在军事上有重大意义的险要之地，明朝竟不再认真对待，坐视其失。这是一个极大的败招。
崇祯七年（1634）五月，皇太极再次对明朝发起进攻。这次进攻的目标，先是收服蒙古的察哈尔部，然后入边，进攻明朝的边防重镇即宣府（今山西宣化）、大同（今山西大同），而不与山海关防线正面接触。
战略确定以后，皇太极兵分两路，一路从上榆林出发，一路从沙哈出发，攻入蒙古境内。后金部队这次彻底解决了蒙古察哈尔部的问题。在此以前，皇太极先后几次西征，试图压服察哈尔部落，最大的一次是在崇祯五年（1632）。崇祯五年的这次西征，把察哈尔部的首领林丹汗打得西逃（死于崇祯七年，1634）。本次西征，皇太极最终降服了察哈尔部，使其归顺了后金。皇太极对蒙古察哈尔等部的征服，不仅获得了重要的军事盟友，而且还获得了战马的供应基地，更重要的，是使明朝彻底失去了长城外的屏障。
后金军队于六月先后抵达长城附近。根据原定计划，皇太极将其7万精兵分成4路，于七月初攻入长城之内。宣、大一线全线告急。
宣、大一线的防护，本很虚弱，宣大总督张宗衡、巡抚胡沾恩、总兵张全昌、曹文诏等人的兵马，在皇太极的凌厉攻势下，根本抵挡不住。朝廷下令京师戒严，同时急遣宁远总兵吴襄、山海关总兵尤世威率数万兵马分道救援，再命保定巡抚丁魁楚移居紫荆关，山西巡抚戴君恩移居雁门关，总兵陈洪范移镇居庸关，阻击后金兵马，保卫京师。
皇太极的几路军队攻势凌厉，势不可挡。七月初七日，攻入大同、张家口。初八日，入保安、怀来。十三日，围宣府，屯天寿山。十四日，驰入永宁（属延庆州）。十六日，围大同左卫（今山西左云），破保安州，杀知州阎生斗。后又攻朔州（今朔县）、围浑源州（今浑源）。至八月，各路军队汇集应州（今应县）。皇太极在攻破代州（今代县）后，分兵出击，西至三坌、崞县，东至繁峙（今繁峙），中至八角（八角是一要塞，在今山西西北）。皇太极则率兵进攻大同。宁远总兵吴襄、山海关总兵尤世威纷纷驰援。由于大同府久攻不下，皇太极便转攻灵邱、保安等县。
闰八月，代王母杨太妃命宣大总督张宗衡、总兵曹文诏等与后金求和。皇太极布告以申讨之意，然后攻杀保定竹帛口，杀千总张修身，再攻占宣府万全左卫（今河北万全），从拒墙堡出塞回沈阳。
些次入掠宣府、大同，皇太极虽遇一些抵抗，但总的来讲仍是出入自由，无人能敌。皇太极收兵之后，曾自夸说：
“朕入境几两月，蹂躏禾稼，攻克城池，曾无一人出而对垒，敢发一矢者。”
话虽说得有点夸口，但也没有离谱。皇太极这次再试牛刀，得胜而归，充分说明山海关以西长城防线的薄弱，以及后金、明朝之间军队素质的差距。
遗憾的是，崇祯帝似乎没有认识到这些，或者是不愿承认这些。当后金军队攻入宣、大等地时，朝廷仍发布了一纸檄文，说什么“满洲原系我属国，今既叛犯我边境，当此炎天深入，必有大祸。”接着便要归顺后金的满、汉、蒙人，立即投归天朝，并威胁说：
“若不来归，非死吾之刀枪，则死于吾之炮下，又不然，亦被彼诬而杀之矣。”
这种恫吓诈骗之言，如无军事上的实力作保证，则显得毫无意义。而事实上，朝廷的军队在战场上的表现，真是令天下失望。如进攻山西崞县（在今山西代县西南，属太原府）的后金军队仅有2千人。当这支军队带着俘获的千余人回撤路过代州（今代县）时，被俘人员指望代州城的驻军能出兵邀击敌军，解救他们。然而代州城中却不敢发一兵一卒，甚至连箭都不敢发一支，生怕惹怒敌军。被俘人员见此情景，不禁失声痛哭。像这种情形远非一次。当时明朝的军队普遍存在恐敌心理，不敢与后金军队打硬仗。
也正是因为明朝军队如此不济，所以皇太极敢夸下海口。他说：
你明朝出兵1万，我只要用1千人应战；你明朝出兵1千，我只要用兵100就绰绰有余。如果你明朝敢在前迎战，尚且可以说说大话。否则，一味说大话，讲假话，却又不敢硬碰硬地去打仗，可谓是可耻之极！
话说得很难听，却道出了实情。崇祯帝知道前线详情后，也只有“顿足太息”，无可奈何！他只有把气出在前线的将领身上。他下令兵部查核边臣之罪，结果宣大总督张宗衡，总兵官张全昌、曹文诏，以及巡抚胡沾恩等都被同时罢官遣戍。由于山西巡抚吴甡的恳请，张全昌、曹文诏两位总兵被保全下来，参加了围剿山西的农民军。这种做法，对崇祯帝而言，真是少见的开恩之举。
到了崇祯八年（1635，天聪九年），当崇祯帝被晋陕的农民军搞得焦头烂额时，皇太极正在沈阳筹备开国事宜，一个与天朝平起平坐的新王朝就要崛起了。
崇祯八年（1635）多尔衮出征凯旋，献上了元朝的传国玉玺。诸贝勒和蒙古各部贝勒合议，为皇太极奉上皇帝尊号。皇太极没有接受劝进，只是撤除女真名号，统称满洲。
皇太极对开朝立国一直有一种矛盾的心理。他想当皇帝，建立一个庞大的帝国，但同时又担心自己的实力能否彻底征服中原，更担心女真民族入主中原后，丧失民族性，而被汉族同化，就像他们的祖先在创建金朝过程中遇到的问题那样。因此，尽管他手下的那些文臣，尤其是汉族文臣如宁完我、范文程、马国柱等，一再劝说皇太极进兵中原，夺取北京，称帝建国，但皇太极却不为所动，多次拒绝。至崇祯八年（1635），羽翼渐丰的皇太极仍只是同意改称满洲，而不建国称帝，坐视中原形势的变化。
至崇祯九年（1636，天聪十年），皇太极终于同意称帝建朝。此年四月，满洲、蒙古诸贝勒，汉军都元帅、总兵官及文武大臣，云集沈阳，举行盛大的登基开国典礼。
皇太极接受“宽温仁皇帝”尊号。由多尔衮、土谢图济农巴达礼、孔有德，分别上满文、蒙文、汉文表章。建国号大清，立年号崇德，以沈阳为国都。追谥努尔哈赤为承天广运武皇帝，依汉制上庙号太祖。
皇太极称帝建国，表明他已有充分的实力和自信逐鹿中原了。不久，皇太极便开始了他更大的步骤。
而此时的崇祯帝和他的文武大臣们，正被黄土高坡上下来的农民军搞得晕头转向。
