面对清军的咄咄之势，前线主帅洪承畴与后方指挥、兵部尚书陈新甲，就如何应对发生了很大的分歧，并严重影响了战局。
洪承畴一开始就主张“可用而后可战”之策，即用持久的战略，步步为营，耗其实力，最终拖垮清军，迫其自撤。当时锦州城虽被孤立，但祖大寿尚能支持，而且他还派人对城外援军传语，称城中粮食足支半年，只是缺乏柴薪，表示了其坚守的决心和信心。同时，他要求援军不要轻战，而要用车营逼迫清兵等等。
如果能依洪承畴的决策，辽东的局势或许尚不至于弄到后来的地步。遗憾的是，兵部尚书陈新甲却持相反的态度，他主张速战速决，迅速解围。或许是因为李自成、张献忠在河南、湖广闹得太凶，而此时的朝廷太需要胜利了，崇祯帝最后竟完全同意了陈新甲的计划。
依陈新甲的计划，洪承畴应分兵3路：一出塔山，趋大胜堡，攻敌营之西北；一出杏山，抄锦州攻其北；一出松山，渡小凌河，攻敌营之东。而正兵主力则出松山，攻敌营之南。
洪承畴自然不肯依此进兵。原因很简单：一是手下诸将除白广恩、马科、吴三桂外，其余各路都不能独当一面，分兵必然势弱；二是锦州城内城外尚能且战且守，短期内尚无大虞，而清兵却已有粮草短乏之困，如长期拖下去，则必不能支持。
崇祯帝开始时觉得陈新甲说得有理，而经洪承畴这么一说，又觉得洪承畴也有道理，于是摇摆不定。不过在陈新甲及兵部职方郎中张若麒的极力游说下，崇祯帝最终同意了速战速决之策，并下密敕令洪承畴依陈新甲之计划如期出兵。陈新甲也逼迫洪承畴迅速开战，并派亲信赴关外监督。
洪承畴被逼到这种分上，也只有出兵了。七月底，洪承畴在宁远誓师后，率部向松山集结，总兵力超过10万。抵达松山后，洪承畴随即布阵，令诸将分驻城外各处，自己则坐镇松山城中，摆出一副解锦州之围的态势。
在八月初的交战中，洪承畴部尚略占优势。不过，随着皇太极亲率大军增援，局势便迅速恶化了。
八月初六日，清兵前线统帅多尔衮等人的奏报传到皇太极手中。皇太极不顾自己鼻血不止，于十五日亲率刚刚集结起来的各部兵马，于沈阳起程，火速赶赴松山前线，并于十九日到达。皇太极随即率部插入松山与杏山之间，切断了松山明军的后退之路。对松山展开了包围之攻势。
一时之间，形势陡转。
洪承畴及其10余万大军，一下子陷入了清兵重围，被困在松山这一弹丸之地，进不能依锦州，退不得归宁远。更严重的是，大军的粮草供应也无法获得，因为洪承畴为赶进军速度，冒险把粮草留在宁远、杏山和笔架山岛上。这样一来，洪承畴被逼入了战则力量不足、守则粮草已竭的绝境。
几番冲杀后，明军仍是撕不开清兵的防线，军心自然开始动摇。洪承畴认为，粮草已尽，守是死，不战也是死，还不如决一死战，或许还可侥幸获胜，因此他极力鼓动手下诸将率兵奋战。但诸路总兵至此已是心态各异了。
决战尚未开始，大同总兵王朴首先乘黑夜率部逃跑，并引起其他各路的溃逃。战场顿时大乱，士卒们丢盔弃甲，自相践踏，而清兵乘乱斩杀，死伤累累。最后只有洪承畴、辽东巡抚邱民仰及总兵王廷臣、曹变蛟等撤入松山城中。洪承畴只得收集残卒，令部分守城，其他则出城冲杀突围，但出城之部队不久就几乎全军覆没。
洪承畴、邱民仰、总兵王廷臣、曹变蛟及残部万余人，至此已被彻底困在松山孤城了。
松山之役，明军损失惨重。据清朝方面的记载，此役被斩杀的明朝官兵多达5万余人，被缴战马7千余匹，甲胄近万副。吴三桂、王朴、白广恩、马科、李辅明、唐通等战将虽冲出了重围，但也已是无兵之将了。更严重的是，辽东主帅洪承畴、邱民仰等被围在松山城中，锦州城也是危在旦夕了。
松山之战，是明清交战中的一个根本性转折。自此以后，清朝已完全掌握主动，而明朝已是回天无力了。
皇太极围住松山后，并没有发动总攻，而是围而不攻。对锦州、杏山同样也用此法。洪承畴等被困城中，天天盼望援兵前来解围，却始终没能盼来。
崇祯帝也不是不想救援，而实在是力不从心了。
当崇祯帝得知前线败报后，十分震惊，忙召兵部尚书陈新甲商议对策。此时的陈新甲哪里还有什么对策？九月初，崇祯任命杨绳武为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督关蓟辽津通等处军务，暂代洪承畴之职。同时，崇祯帝竟还命洪承畴固守松山，邱民仰伺机突围。他根本就不了解前线的真实情况！
杨绳武既无力量也无胆量出关去救援松山、锦州。至十月，崇祯帝又命叶廷桂为兵部右侍郎兼右佥都御史，巡抚辽东宁锦。叶廷桂更是无力救援。崇祯十五年（1642）正月，杨绳武去世，由范志完代理总督。范志完也不敢出关救援松、锦。在当时这种形势下，也确实没有人敢出关去与清兵交锋！
好在皇太极竟于此时托人来重提议和之举，事情似乎又有些转机。
皇太极虽成功地围住了锦州、松山，但也面临着难处。天气越来越冷，粮饷更是接济不上，围城的清兵也是困难重重。崇祯十四年（1641）十一月，皇太极让降卒入关，表达了要与明朝议和的意向。兵部尚书陈新甲对此作了口头许诺。但陈新甲并没有把此事告诉崇祯帝。他深知崇祯帝对此的一贯态度，更不会忘记袁崇焕的教训。
到了崇祯十五年正月，形势越来越严重，眼看松山、锦州就要支撑不下去了。陈新甲见军事上毫无进展，便又打起了议和的主意。他暗示了解前方情况的宁前道副使石凤台，把清朝打算议和的有关情况婉转地向崇祯帝汇报，以试探崇祯帝的态度。没想到崇祯帝勃然大怒，把石凤台投进了监狱。但陈新甲仍认为只有议和一途，才能扭转关外局势，于是与大学士谢升相约，再次斗胆向崇祯帝提出。崇祯帝此时的态度已有改变，他只是担心皇太极是否真是打算议和。在谢升的附和下，崇祯帝同意由陈新甲秘密主持议和。
陈新甲随即推荐主事马绍愉，加职方郎中，赐二品服，充任使者。马绍愉等便立即出关驰赴宁远，与清朝前线将领接触。
清廷则明确要求马绍愉等应持有崇祯帝的敕书，以作为信物。马绍愉立即禀报朝廷，兵部随即向皇上奏报。然而，崇祯帝却不肯出此手诏。他的理由表面上是担心泄密，实际上却是放不下架子。直到三月中旬，崇祯帝才以“谕兵部陈新甲”一道敕谕，代其手诏，交前方议和人员作为凭信。但此举为时已晚！松山、锦州已经投降了。
被困在松山的洪承畴等人，日子已相当难过，几乎到了非饿死即被杀死的地步。崇祯十五年（崇德七年，1642）二月二十一日，松山副将夏成德秘密派其子夏舒，前往清营与豪格、多铎联系献城投降之事，约定于二十八日夜动手。至此日夜，清兵发动攻城，夏成德如约内应，松山沦陷。洪承畴、邱民仰，总兵王廷臣、曹变蛟、祖大乐，游击祖大名、祖大成，兵备道张斗、姚恭、王之祯，副将江翥、姚勋、朱文德等被俘。最后，邱民仰等100名军官、3千余名士卒被一齐诛杀。只有祖氏3人因是锦州守将祖大寿的弟兄，被赦活命。而洪承畴最终投降了清廷。
洪承畴被俘之初，清兵令其跪，洪承畴不肯跪，并说道：“吾天朝大臣，岂拜小邦王子乎？”于是清兵把他械送沈阳。在皇太极的感召下，洪承畴最终投降，并受到优厚的待遇。后清兵入关，洪承畴被重用，为清廷开国创制、平定江南立下了大功。
崇祯帝在北京误听到洪承畴已经捐躯，十分痛惜，下令赐祭建祠，并亲自祭奠，直到后来弄清了真相，才予以停止，弄得崇祯帝颇有点下不了台。
松山一失，锦州城便无法再守。已坚守锦州一年之久的祖大寿，至此也出城投降。尽管祖大寿10年前既降复叛，至此又坚守锦州一年，令清廷费尽气力，但皇太极仍对他予以宽容处理。祖大寿本人受到了优厚的待遇，其妻子奴仆及部下官属兵丁共4千余口及他们的财产，也都得到了妥善的安排和保护。从祖大寿的遭遇，不难看出皇太极为争取辽将辽人势力而所用的手段，是何等的高明。
在和议未有实质性进展前，皇太极乘胜再次发动攻势。四月初九日，多尔衮和济尔哈朗等用红衣大炮攻克了塔山，并进行了屠城。二十二日，又用红衣大炮轰击杏山城，杏山城投降。松山、塔山、杏山随即被全部拆毁。至此，清廷在整个松锦战役中获得全胜。明朝在山海关外的防线，被迫后退至宁远。
明清之间的议和仍在进行之中。
说实在话，如果崇祯帝能面对现实，放手议和，松山、锦州的局面或许不至于会弄成这样。崇祯帝囿于宋金和议的故事，摆着天朝皇帝的架子，不敢速断速决，最终贻误了战机，葬送了关外的局面。当然，崇祯帝作为天朝皇帝，对议和抱有这样或那样的想法，大概也是可以理解的。但问题在于，如朝廷不想议和，则应在其他方面早作决断，绝不能坐失良机。如果再从河南、湖广的局势来考虑，那么，崇祯帝就更应在议和方面慎重处置。
再说皇太极拿到崇祯帝的敕谕后，对崇祯帝的傲慢口气很不满意，认为崇祯帝以天子自居，鄙视他人，口出狂言，不愿和好。皇太极随即以长篇敕谕交付诸王，令其传示明朝使者。马绍愉接到敕谕后，立即赶回呈报。
崇祯帝得到马绍愉的报告后，经过一番盘算，仍决定派使者议和。他给陈新甲下了一道敕谕，内称因未派使者赴沈阳，不通消息，致使“休兵息民”之事没有下文。因此他授权兵部派使者赴沈。与对方接触，探听消息。至此，他虽同意议和，但仍然不肯直接出面与皇太极进行平等对话。
马绍愉及兵部司务朱济之，随即率官员10余人，从役近百人，拿着崇祯帝的敕谕，前往清国，并于五月中旬到达沈阳。此时塔山、杏山已失，形势又有变化了。
当时清朝有许多官员已提出挟松锦大胜之威，继续进攻明朝，以成一统基业。如张存仁等就上书皇太极，陈述明朝国运已衰之势，要求乘此机会扩大战果，并建议“首广其地，次广其财”。不过，皇太极并没有接受这些建议。他仍十分认真地对待议和。他下令对使团予以隆重接待，并予以丰厚的赏赐。最后，皇太极写了一封长信，令马绍愉等转呈崇祯帝。
此信除把战争责任归咎于明朝外，其内容主要是重申和谈之意愿以及和谈的基本条件。这些条件是：两国平等；遣返对方逃人；明朝每年给清朝金万两、银百万两，清则报之以人参、貂皮；以实际占领区划定两国边界等等。以清兵当时的优势而言，皇太极开出的这些条件，虽说咄咄逼人，但也算是基本合理。
不过，对明朝的许多官员而言，这一条件是相当苛刻的，简直就是宋金和议的翻版。因此，当这一内容被百官知悉后，群情激愤也就在所难免。
在马绍愉等返京之前，朝中已就不很太平。起因是大学士谢升对议和一事说三道四，被言官获悉而上了奏疏，以致传到了外廷。崇祯帝只得将谢升削籍，以塞众口。未料不久风波再起！马绍愉带回的有关议和材料，竟被陈新甲的家僮误为塘报而被抄传，群臣百官意外获悉密件内容，一再传闻的议和消息终获证实。一时间群情汹汹，朝野哗然，令崇祯帝、陈新甲措手不及。
陈新甲一下子成了众矢之的！
不过，陈新甲却认为，此事虽是由自己一手操办，但始终是奉旨行事，并未出格。因此，他态度强硬，甚至还有点有恃无恐的样子。他哪里知道，崇祯帝面对群臣的指责，为保全自己的面子和尊严，又要故伎重演，委屈他人了。陈新甲已是在劫难逃了。
七月底，陈新甲被逮入狱。当陈新甲知道崇祯帝要让自己做替罪羊时，急忙遍托人情，希望能起死回生。但崇祯帝决意要杀他以谢天下，谁的人情也没用！九月二十二日，陈新甲被斩于西市。
陈新甲被杀，议和之事便自然停顿下来了。
既然议和无望，皇太极于是决定派兵再次奔袭关内。崇祯十五年（崇德七年）十月，皇太极任命多罗饶余贝勒阿巴泰为奉命大将军，与内大臣图尔格率领满洲、蒙古、汉军各固山额真等军进攻明朝。皇太极此举也可算是对明朝不肯议和的报复。皇太极除要阿巴泰等注意不要妄杀之类的事项外，还另外交待了两点：一是大军无权与明国议和。如明廷要议和则须直接与清国皇帝进行。二是大军如遇农民军，则应善言相待，不能造成冲突，如果他们有使者求见或有书信，则应速转等。
当时明朝的防御情况是这样的：关外、关内分设辽东总督、蓟辽总督，另又设保定、昌平总督；巡抚则有宁远、永平、顺天、保定、密云、天津6个；总兵则有宁远、山海、中协、西协、昌平、通州、天津、保定8个。表面上可谓是星罗棋布、无地不防，而实际上是事权不一，未必有效，更何况松锦大败，九塞之精锐、中国之粮刍，已经尽失，明朝已虚弱得不堪一击了。
战争的进展充分证明了这一点。
清兵自界岭口突入长城后，击败蓟辽总兵白腾蛟、马兰峪总兵白广恩，连破迁安、三河等地，分道一趋通州，一自柳树涧趋天津。
崇祯帝随即宣布京师戒严，令勋臣分守各门，征诸城镇兵入援。
由于朝廷无法组织起有效抵抗，各地官吏或望风溃逃，或献金帛迎降，清兵在畿辅、山东如入无人之境，先后攻陷兖州、顺德、河间3府，以及18州，67县，共88城，降1州5县共6城。鲁王及乐陵、阳信、东原、安丘、滋阳诸郡王遇难。府州县官吏死难者数十人。被俘人口36万余、牲畜32余，被缴黄金1万余两、白银200余万两、珍珠4千余两、彩缎5万余匹。清兵可以说大获全胜。
面对清兵的奔袭，崇祯帝及其大臣们却是一筹莫展。直到崇祯十六年（1643）四月初，阁臣周延儒在万般无奈下自请督师，但直到二十日才出京。而到四月二十八日，清兵已沿原路北归。周延儒率诸援兵始终跟随其后，不敢与之交战，犹如列队护送一般。
这是清兵入关前的最后一次奔袭，历时7个月，大获全胜。此次奔袭，严重打击了京畿、河南地区，使这些地区更加凋敝残破。同时，此次奔袭，更暴露了明王朝的不堪一击，增强了皇太极等人夺取天下的信心。皇太极本人虽于崇祯十六年（1643）八月英年早逝，没有亲眼看到江山一统的盛举，但他的后继者却不负其志，不到一年，便完成了他未竟的大业。
亡国之君
大明朝在崇祯帝手中已掌管了16年，至此已到了穷途末日的地步了。
至崇祯十六（1643）年，天下将崩已成定局，剩下的只是早晚而已。
崇祯帝或许已有预感。早在崇祯十二年（1639），一向迷信的崇祯帝，屡屡梦到有一神人在其手掌中写“有”字。他深感惊异，便询问朝臣是何征兆。群臣纷纷称贺，说此为贼平之兆。只有王承恩一人大哭，群臣一片愕然。崇祯帝也在大惊之余，急问何故。王承恩说：“请皇上赦奴婢不死，奴婢才敢直说。”崇祯帝忙令王承恩直说无妨。没想到王承恩讲出了一番石破天惊的言语来。
王承恩说，依他看来，这是神人托梦告诉皇帝，大明江山将失过半！
崇祯帝大惊失色，忙问其故。王承恩跪下叩首后，接着说道：
“有”字，上半截是“大”字少一捺，下半截是“明”字少一“日”。合起来看，大不成大，明不成明，是大明缺陷之意。神人借此而警示贼寇可虞之至矣，请皇上仔细考虑。
崇祯帝听后，当然很不高兴，但也没有办法。在那时，崇祯帝虽已知国事艰难，却仍抱有幻想，或许尚不认为江山会真的这么快就失掉。不过，到了崇祯十六年（1643），他大概就已感到了大限即将到来。
大明朝弄到这种地步，当然非崇祯帝一人之过。但他作为大权独揽的最高领导，自然也负有不可推卸的责任。这一点是毋庸讳言的。
平心而论，崇祯帝从登基伊始，就一直兢兢业业，十分操劳，一心想成为中兴之主。与其祖父、皇父、皇兄相比，崇祯帝在这一点上是十分出色的。几乎是所有的史籍都众口一词，充分肯定了崇祯帝为大明王朝的中兴而付出的努力和心血，并不厌其烦地把诸如励精图治、慨然有为、沉机独断、不迩声色、忧勤惕励、殚心治理等赞语加在他的身上。
而事实上崇祯帝也确实如此。自从正式登基后，他几乎是天天忙忙碌碌，很少有什么享受。崇祯十四年（1641）李自成、张献忠分别攻占洛阳、襄阳后，崇祯帝因劳累过度，筋疲力尽，以至于有一次在谒见刘太妃时，竟然坐着睡着了。一觉醒来，崇祯帝感到有失体统，忙向太妃道歉道：
“神祖时海内少事，而今则多灾多难。连着两昼夜看文书奏章。未尝合一下眼，心里烦闷，不思茶饭。没想到在太妃面前，竟如此不能自持。”
太妃心疼得直流眼泪，崇祯帝也跟着流泪，吓得宫人们都不敢抬头。
不过，对崇祯帝治天下的手法及效果，则有不少人提出批评。如亲身经历过明末战乱的张岱，就有这样一番评价。他说：
“先帝（指崇祯帝）焦于求治，刻于理财，渴于用人，骤于行法，以致十七年之天下，三翻四覆，夕改朝更。耳目之前，觉有一番变革，向后思之，讫无一用，不亦枉却此十七年之精励哉？”
张岱此言，确实是一语中的。崇祯帝的许多做法，在当时的形势下，不仅无济于事，反而直接导致了局势的更加恶化。如在用人方面，可以说崇祯帝是满盘皆输。张岱对他的评价是：“用人太骤，杀人太骤，一言合则欲加诸膝，一言不合，则欲堕诸渊。以故侍从之臣，止有唯唯否否，如鹦鹉学语，随声附和而已耳。则是先帝立贤无方，天下之人无所不用，及至危急存亡之秋，并无一人为之分忧宣力。从来孤立无助之主，又莫我先帝若矣。”
综观崇祯帝的前后用人之策及最后结局，确是如此。
温体仁是崇祯帝最宠信的重臣之一。他表面上唯唯诺诺，貌似朴实无华，忠心无二，骨子里却是奸猾无比。在他入阁期间，正是朝廷多事之秋，而他未尝建一策、献一言，相反却终日为自己盘算，与善类为敌。温体仁最大的特点，就是能讨崇祯帝的欢心，能利用崇祯帝性格上的短处。也正是因为这点，温体仁才能被崇祯帝长期宠信，在阁达8年之久。直到崇祯十年（1637），温体仁才被罢免。
温体仁之后，内阁进行了改组，张至发做了首辅，刘宇亮、薛国观等入了阁。张至发在才智、机变上根本不及温体仁，谈不上有什么创举，也没有得到崇祯帝宠爱，因此不久就被削职回籍。张至发之后，依次有孔贞远、刘宇亮、薛国观、范复粹等出任首辅。这些人都是庸劣之辈，滥竽充数，难得崇祯帝信任，因此也被走马灯似不断更换。
在此期间走红的是杨嗣昌。杨嗣昌于崇祯十年十月出掌兵部尚书，并于崇祯十一年（1638）六月，以礼部尚书兼东阁大学士入阁，仍掌兵邵。一年未满，杨嗣昌就位极人臣，这充分显示出崇祯帝用人太骤之特点。
杨嗣昌与温体仁不同，他努力想有一番作为，并提出了一些具体的做法。不过，他对卢象升的战死、熊文灿的失败、孙传庭的被捕等，都负有责任。但是，崇祯帝竟不予追究，刻意宽容，最后竟让杨嗣昌亲赴前线督师。结果是不仅没有挽回败局，反而导致了崇祯十四年（1641）春天形势的急剧恶化，杨嗣昌本人也命丧湖北。虽说杨嗣昌对此不应负全责，但也难辞其咎。崇祯帝也没有通过此事，对自己那种押宝式的用人之道进行反省，从中汲取教训。
崇祯帝的最后一位宠臣，则是周延儒。周延儒早年被温体仁算计，罢归故乡宜兴，至崇祯十四年（1641）十月被召再次入阁，担任首辅。而周延儒之所以能再次被用，是因为有复社首领张溥等人的支持。据说冯铨、侯恂、阮大铖等各出了数万金，交由张溥等人为之活动，交结近侍，打通关节。其条件是周延儒复出后要反过来支持张溥等人。
对周延儒的能力和品行，争议历来很大。他是状元出身，且能位极人臣，不能说他无才。但他最大的毛病，一是贪，二是没有原则，怕负责任。不过，崇祯帝却对周延儒寄予厚望，施之以师礼，并说什么“朕以天下听先生”之类的话。他甚至在崇祯十五年（1642）元旦，还向周延儒等3位阁臣深深作揖，说：“宗社安危，惟诸先生是赖！”真可谓是宠信之极，无以复加！崇祯帝对周延儒的态度，又是其用人太骤的一个生动例子。
事实上，周延儒也无回天之术。在赴任之初，他尚能有一些革旧布新之举，颇得声誉。但时间一长，他的问题就暴露出来了，渐渐便有人弹劾周延儒了。但崇祯帝根本听不进去，仍一意姑息。崇祯十六年（1643）四月，周延儒自请督师抗击清兵，却又不敢交战，事后还谎报军情。崇祯帝不问真假，竟要给他加太师衔，荫其子为中书舍人。当得知真实情况后，崇祯帝恼怒之余，要予以严办，不久却又改变主意，让周延儒坐驿站车马回家，还赏路费等。不过，崇祯帝最后又一改初衷，令周延儒自杀。
崇祯帝之所以能如此宠信温体仁、杨嗣昌、周延儒等人，原因固然很多，但有一点是共同的，那就是他们能迎合崇祯帝的心意，讨得崇祯帝的欢心。刚愎自用的崇祯帝，就十分喜欢这般能鹦鹉学舌、随声附和之人。相反，对那些敢于发表意见的忠谏之臣，崇祯帝就不太喜欢了。
崇祯帝口口声声要广开言路，但当他真遇到忠诤之臣时，便是另一副嘴脸了。最典型的事例，就是刘宗周和黄道周两位直臣的遭遇。
刘宗周是浙江山阴人，万历二十九年（1601）进士。他敢怒敢言，好得罪人。早在天启年间，他就得罪了魏忠贤。魏氏对他还算客气，仅斥之为“矫情厌世”，便让他辞职回家。崇祯帝登基后，他被召回做了顺天府尹。上任之后，他竟斗胆上疏，指责崇祯帝求治太急，“不免见小利而速近功”。崇祯二年（1629），后金入侵，京畿告急，刘宗周又上疏直言，指责崇祯帝的用人之道，并说用太监典兵，是亡国之兆，弄得崇祯帝很没面子。
到了崇祯八年（1635）七月，吏部奉旨推举孙慎行（不久病卒）、林和刘宗周3人入阁，由皇帝作最后定夺。在崇祯帝召对时，刘宗周竟不分轻重，再次当面指责崇祯帝求治太急，用法太严，布令太烦，进退天下士太轻。他要崇祯帝以收拾人心为本，御外以治内为本，并说如能以尧舜之心行尧舜之政，则天下自平。
平心而论，刘宗周的看法基本上是正确的。更难能可贵的是，刘宗周竟能在大家不敢讲话时直抒其言。对此，崇祯帝即使不舒服，也不应该报复。但崇祯帝最终还是没有让刘宗周入阁，而是改授工部左侍郎。在崇祯帝看来，他这样处理，充其量只是一种警诫，算是很有涵养了。
没想刘宗周并没有到此为止。一个月后，刘宗周竟又上了那篇有名的《痛恨时艰疏》，其措词之激烈，可以说是前所未有。他竟敢指责崇祯帝不懂圣王求治之道，所作所为不得要领。接着，他又要求崇祯帝不要轻改成法，当以简要出政令，以宽大养人才，以忠厚培国脉，发政施仁，收天下之心等等。言下之意，就是崇祯帝在这方面做得不够。
崇祯帝看到奏疏后，开始是怒不可遏，决意严惩。最后他虽放过了刘宗周，但心中已生厌恶之意。此年十月，当刘宗周再次上疏，指责皇帝重用宦官及内阁无能时，崇祯帝便再也无法忍受了。刘宗周终于被罢免。
到崇祯十五年（1642），被崇祯帝认为是清正敢言却无用的刘宗周，再次被起用为左都御史。没想到上任不久的刘宗周，又与崇祯帝顶撞起来，再次丢了官。
当时，给事中姜埰、行人司副熊开元因得罪了崇祯帝，被下了诏狱，密旨拟处死。刘宗周则认为言官以言语获罪而被下诏狱，本朝尚无先例，也有伤国体，于是便联络群臣奋起救援。在崇祯帝召对群臣时，刘宗周与崇祯帝针锋相对，据理力争。结果是姜、熊二人保住了性命，刘宗周却再次被罢免。
黄道周，福建漳浦人，天启二年（1622）进士，曾以翰林院编修的身份，任皇帝经筵展书官，后因与魏忠贤有矛盾而致仕闲居。崇祯二年（1629），黄道周被重新起用。崇祯五年（1632），黄道周因上疏攻击周延儒、温体仁而被崇祯帝解职。
崇祯九年（1636），黄道周再次被起用。至崇祯十一年（1638）六月，当时已是日讲官、少詹事的黄道周，与杨嗣昌等一起被廷推为阁臣，由崇祯帝作最后定夺。崇祯帝圈定杨嗣昌等人入阁，却把呼声很高的黄道周排除在外，颇出人意料。不久，黄道周便连上3疏，分别攻击杨嗣昌夺情恋位、陈新甲（原为逆案中人，由杨嗣昌重新起用）走邪径、辽东巡抚方一藻主和议等，措辞相当激烈。
崇祯帝则认为，黄道周此举，是与他未能入阁有关。于是，崇祯帝便把他下到吏部，由吏部议其外遣。不过，崇祯帝在不久后召见内阁及部院大臣时，又与黄道周发生了激烈冲突，从中不难看出崇祯帝对清流的心态。
当时崇祯帝责问黄道周说：“凡无所为而为者，谓之天理；有所为而为者，谓之人欲。你的三个奏疏是在你廷推不成（没有入阁）后上的，这能说是无所为吗？”
崇祯帝的意思很明确，就是说你黄道周上此3疏，是有所为而为者，目的就是为了表达你未能入阁之怨气。
没想到黄道周立即反驳道：“天、人止是义、利，臣心为国家，不为功名，自信是无所为！”
崇祯帝反问道：“上个月陈新甲被起用时，你为什么不讲？”
黄道周随口就说：“当时御史林兰友、给事何楷都已上疏弹劾，我与他们是同乡，担心涉结党嫌疑。”
崇祯帝反唇相讥：“难道现在就无嫌疑？”
黄道周接着便说：“天下纲常，边疆大计，今天不讲，后面就无机会，并不是出于私心。”
至此，崇祯帝已不想再与他争下去，便教训道：“清固美德，但也不可过分。”
未料黄道周仍不依不饶，把矛头直指杨嗣昌，说他是不孝不悌。杨嗣昌正在走红，哪里能忍受这种言语，便愤而出奏，称自己是先国后家，并反过来指责黄道周说：你黄道周的道德学问，本人向来钦佩，而你却自称不如郑鄤，还谈什么纲常伦理！
杨嗣昌的原意，也并不是说黄道周不如郑鄤，而是说你黄道周人品学问，都到了为人宗师的分上，却仍说不如郑鄤，那么你那套纲常伦理还有什么谈头？
郑鄤何许人也？郑鄤，武进横林人，其父郑振先、叔父郑振光都是进士，外祖父是大学士吴区闻，岳父是大宗伯孙淇澳。他本人18岁中举人，28岁中进士，选庶常，揭大珰，一时名气峻峭而鸿远。他的后母，是大学士吴宗达的妹妹，性格暴烈，经常虐待奴婢。郑鄤实在看不下去，便求助迷信，整治了她一下。这就是所谓的“郑鄤杖母”事件。此事后由吴宗达向朝廷揭发，没想到却被温体仁利用，并以此来攻击郑鄤的好友、大学士文震孟。崇祯八年（1635）十一月，郑鄤被下了诏狱，至崇祯十二年（1639）被凌迟处死于北京。黄道周曾与郑鄤交游，并说过自己的文章不如郑鄤，以示谦虚。没想到此时被杨嗣昌抓住把柄。
听杨嗣昌这么一说，崇祯帝记起了此事，便责问黄道周：“古人之心无所为，今见各有所主，故孟子欲正人心，息邪说。古之邪说，别为一教，今则直附于圣贤经传中，系世道人心更大。你还说自己不如郑鄤，是何道理？”
黄道周反驳道：“我说的是文章不如郑鄤！”
崇祯帝穷追不放，黄道周则理直气壮，针锋相对，坚持说杨嗣昌、陈新甲不对。崇祯帝最后竟举出少正卯被诛之事，来影射黄道周。黄道周大声抗辩：“少正卯心术不正，臣心正无一毫私。”两人顶到这种分上，都有点下不了台。崇祯帝大怒之下，叱之退下，候旨发落，哪里会料到黄道周会大声争辩道：
“臣今日不尽言，臣负陛下；陛下今日杀臣，陛下负臣！”
崇祯帝听罢此话，也盛怒之极，竟挖苦道：“尔一生学问，止成佞耳！”
黄道周一听皇帝竟说他奸佞不正，便跪下抗辩道：
“臣敢将忠佞两字给皇上剖析清楚。如果在君父面前，独立敢言算是佞的话，那么在君父面前谗谄而谀岂不是忠？！忠佞不别，邪正混淆，何以致治？”
崇祯帝再次喝令黄道周退下。最后，崇祯帝将黄道周连贬六秩，外放江西。崇祯十三年（1640），余怒未消的崇祯帝，又将黄道周及举荐黄道周的江西巡抚解学龙，以“党邪乱政”、“徇私”的罪名，一起逮至京师，杖打80，并下了刑部狱，并重罚了那些试图为黄道周辩解的官员。
刘宗周、黄道周等人，都是当时著名的清流，学问道德，为天下共推。他们的言行，或许过于激烈，有时甚至很是迂腐，但他们的忠直、负责精神，正是当时官场上所缺乏的。如能用好这些人，则不仅为文官集团提供了榜样，更能鼓舞人心，激励正气。更何况他们所提出的许多观点，正切中时弊，如能依此而行，于朝廷当大有裨益。
平心而论，崇祯帝也知道刘宗周、黄道周等是操守、学识俱佳之臣，也希望能重用他们，能帮他力挽狂澜。但君臣之间，最终不仅未能和谐相处，同舟共济，反而弄到这般田地。究其原因，固然有双方性格、观点方面的因素，但最根本的症结仍是崇祯帝的治国之策。
崇祯帝治国，过于急功求利，在用人上，更是如此。他口口声声唯才是举，而受他重用之臣却并没有像他希望的那样，为他力挽狂澜。而真正有德有才的文武大臣，反而得不到重用，更有像卢象升、傅宗龙、孙传庭诸辈，或战死，或下狱，下场惨烈。崇祯帝总是推诿于文武大臣，认为大明朝之所以会弄到这种地步，都是文武大臣不负责任的结果。
崇祯十年（1637）闰四月，天下大旱，崇祯帝祈雨未果，于是便下了第二个“罪己诏”。诏中除稍稍自责外，便大骂百官：
“如张官设吏，原为治国安民，今出仕专为身谋，居官有同贸易。催钱粮先比火耗，完正额又欲羡余。甚至已经蠲免，悖旨私征。才议缮修，乘机自润。或召买不给价值，或驿递诡名轿抬，或差派则卖富殃贫，或理谳则以直为枉。阿堵违心，则敲扑任意；囊橐既富，则解网念工。巡按之荐劾失真，要津之毁誉倒置。又如勋戚不知厌足，纵贪横于京畿；乡宦灭弃防维，肆侵凌于闾里，纳无赖为爪牙，受奸民之投献，不肖官吏畏势而曲承，积恶衙蠹生端而勾引。嗟此小民，谁能安枕？似此种种，足干天和。积过良深，所以挽回不易。”
在此诏中，崇祯帝把能骂的人，都几乎骂遍了。当然，他说的这些，也几乎都是事实。明季吏治之坏，也非崇祯朝开始。问题在于，崇祯帝面对这种局面，应找出应对的有效办法来。而他的用人之策，不仅无济于事，反而是推波助澜。在亡国前的1个月，崇祯帝自己也承认其用人的失败，用他自己的话来讲，就是“任大臣而不法，用小臣而不廉，言官首鼠而议不清，武将骄懦而功不奏”。这虽不能全怪崇祯帝，但崇祯帝也确实应负相当的责任。
面对越来越险恶的局面，崇祯帝愤恨之余，惟一的办法就是严惩，轻则撤职，重则入狱砍头。
崇祯一朝，高层官员的变更十分频繁，如兵部尚书先后撤换14人，刑部尚书则更多，为17人，而阁臣竟多达50多人。最令人吃惊的是，崇祯帝竟在半年之中更换了5任蓟镇总督。这种走马灯式的撤换，哪里还能谈得上什么久任之法。
更严重的是，崇祯帝还推行重典之策，严惩文武百官，其手段之烈、范围之广、人数之多，是明代历朝所罕见的。
崇祯帝在位17年，共杀首辅2人、总督7人、巡抚11人，其余各级官员更是多得数不清。
首辅被杀的是薛国观、周延儒。首辅一职，在明代具有崇高的地位，可以说是贵极人臣，很少有被杀的。可是崇祯帝竟连杀了2人。虽说崇祯帝手下留情，皆令自尽，但仍相当惨烈。如薛国观自杀后，因崇祯帝无旨，旁人不敢收尸，致使其尸被吊了两天两夜。
总督被杀者，先后有蓟辽总督袁崇焕、刘策，漕运总督杨一鹏，督师熊文灿，陕西三边总督郑崇俭，蓟州总督范志完、赵光抃。
巡抚被杀者，有蓟镇巡抚王应豸、山西巡抚耿如杞、宣府巡抚李养冲、大同巡抚张翼明、顺天巡抚陈祖苞、保定巡抚张其平、山东巡抚颜继祖、永平巡抚马成名、四川巡抚邵捷春等等。
其他被杀的各级官员，因人数太多，根本就无法详列。
这么多官员被杀，固然与崇祯朝的多事有关，但亦与崇祯帝的做法是分不开的。崇祯帝总想以重典治世，整饬吏治，挽救危局，但他没想到的是用法太严、杀人过多，其结果却是适得其反。如果仔细推敲一下，就不难发现，崇祯帝的杀人，在许多时候是毫无道理而言的，其后果也是相当严重的。
最典型的是袁崇焕！袁崇焕的被杀，纯粹是崇祯帝本人误听谣言所致，而袁之被杀，又直接导致了辽东局势的恶化。除去袁崇焕外，还有些是罪不至死而被杀的，有些是做了替罪羊的，甚至有些是为一点小过而被冤杀的。到后来，崇祯帝似乎杀到了疯狂的地步。崇祯十二年（1639）三月，崇祯帝以失守封疆的罪名，一次竟斩杀了顺天巡抚陈祖苞等36位高级官员，可以说是创了纪录。
甚至可以说，崇祯帝到后来已对文官集团失去了信心，并认定天下大乱是文武大臣误国所致，转而产生了狭隘的报复心理。在这种心理的驱使下，崇祯帝的这种做法就不难理解了。
既然文武大臣在他眼里是如此角色，那么宦官被重用就不足为奇了。崇祯帝登基后，曾寸磔魏忠贤，清除阉党，一时人心大快。没想到至崇祯二年（1629）底，崇祯帝竟又派宦官监军、提督京营、九门。至崇祯四年（1631），宦官更被大规模起用，不仅监军、监饷、监茶马，甚至还总理户、工两部钱粮，势力越来越大。
崇祯帝之所以要重用宦官，用他自己的话说，是因为大臣们不实心任事，士大夫有负国家，一句话，就是宦官要比文武大臣管用、可靠。因此，不管大臣们如何反对，他就是照用不误。
不过，到了崇祯七年（1634）八月，崇祯帝大概也感觉到了重用宦官所带来的弊端，而且其效果也并不像原先期望的那么高，加上大臣们一浪高过一浪的反对声，于是便下令撤回了大部分宦官。可是到了崇祯九年（1636）七月，由于清兵入侵，崇祯帝再次大用宦官，不仅分遣宦官监镇和分守，甚至还设了一位总监，直接指挥各路总兵，从此宦官权力大增。
在崇祯十三年（1640）至十五年（1642）间，尽管崇祯帝又几次对宦官权力进行了限制，但至崇祯十五年底，宦官又重新被重用。自此以后，崇祯帝便再也离不开宦官了。
对宦官参政所必然引起的严重后果，崇祯帝无论是在理性上，还是在感性上都应深有体会。但他却最终未能摆脱宦官，而是重蹈了其皇兄的覆辙。崇祯帝总是自欺欺人地认为，像他这样的英明君主，有足够的把握驾驭宦官，使其为己所用而收奇效，就如他的祖宗明成祖那样。而事实上，重用宦官，其结果正适得其反，不仅于事无补，反而成了时局恶化的催化剂。遗憾的是，崇祯帝本人至死也没弄懂这点。
其实，崇祯帝没有弄懂的何止是这些！
他在位17年，始终处于现实与理想的矛盾和冲突之中：
他反对植党，而党争却愈演愈烈；
他唯才是举，而朝署之中却半染赭衣；
他惩治宦官，而宦官之势却如日中天；
他严禁贪污，而贪污之风却愈演愈烈；
他整饬兵备，其结果却是将不治兵、兵不杀贼；
他口口声声爱民亲民，而百姓却生活于水深火热之中，纷纷为盗；
……
最后的结果是他做了亡国之君。
崇祯帝在魂归煤山前，仍抱着“朕非亡国之君，臣皆亡国之臣”的信念，把亡国的责任都推到文武大臣们身上。他始终没有想到，他自己正是这场悲剧的主要导演者。
