李自成占据襄阳
崇祯十五年（1642）底，天下已呈分崩离析之乱象。
此年闰十一月，李自成率部40万南下湖广，连破襄阳、荆州等地。至十六年（1643）正月，又破承天、汉阳诸地。在军事胜利的同时，李自成改襄阳为襄京，设奉天倡义文武大元帅府，自任大元帅，并于河南、湖广占领区设置地方政权，俨然成了武装割据政权。
张献忠虽在此年的十月被官兵重创于安徽潜山天堂寨山区，吃了大亏，但实力仍在。当李自成正忙着清除异己、建立政权时，张献忠乘机于崇祯十六年（1643）春攻入实力空虚的湖广，并于五月初攻克重镇武昌，建起一个中央政权来。
皇太极则于此年的十月任命阿巴泰为奉命大将军，率满洲、蒙古、汉军各固山额真，进攻明朝。阿巴泰此次奔袭，历时7个月，横扫京畿、山东，攻下88城，俘获难以数计，沉重打击了明王朝。
面对越来越险恶的时局，崇祯帝及满朝文武大臣几乎是束手无策，只能眼睁睁地看着大明朝走向崩溃。
大崩溃终于来到了。
李自成占据襄阳
崇祯十五年（1642）十一月，李自成率部攻下了汝宁城（今汝南）。至此，河南黄河以南地区全部被攻陷。朝廷实际上已无法控制这一地区，也不再设官，而百姓们则纷纷结寨自保，或降农民军，或受朝命，并互相吞并。中原祸乱，至此为极！
李自成在横扫河南后，于闰十一月率部众40万人，由河南南阳进入湖广，向襄阳（今湖北襄樊）进军。
当时据守襄阳的是左良玉部。左良玉在朱仙镇被李自成、罗汝才大败后，逃回襄阳。经一段时间的恢复后，此时又有部众20万，号称30万。不过朝廷只给饷2万5千人，其余的粮饷只能靠自筹。说是自筹，实际上就是搜刮甚至抢劫，因此给襄阳地区造成了极大的灾难。军民关系自然是形同水火，十分紧张。
此时的左良玉已非昔比，他再也不敢与李自成打硬仗。当他得知李自成、罗汝才大兵压境时，便于樊城造船，准备随时顺汉水退走东南。不料襄阳百姓对他已恨之入骨，竟放火烧毁了他的船只。左良玉闻讯大怒，下令抢掠民船，载运军资、家眷先走，自己则率部屯兵樊城高地，设阵布防，准备阻击。
李自成部抵达城下，先遭左良玉部火铳阻击，后经当地百姓指点，绕过左良玉部防线，渡过汉水，攻击樊城。左良玉见势不妙，于十二月初三日拔营东遁,樊城随即沦陷，襄阳也于次日被攻占。郧阳巡抚王永祚护送襄、唐二王之子弃城而走。樊城、襄阳之战，充分显示了人心向背对战争所起的巨大作用。当时的百姓，已对朝廷失去信心，甚至是痛恨万分，人心思乱，一见风吹草动，便纷纷闻风而动，反过来支持农民军。
十二月十四日，农民军占领荆门州（今荆门），偏沅巡抚陈睿谟此前已护送惠王朱常润等弃城而走荆州。十六日，农民军占领荆州（今江陵），执杀湘阴王全家。陈睿谟则护送惠王逃往岳州（今湖南岳阳）。荆州被占前，豪绅陆师贽曾主张抵抗，却无人响应，只得自杀。当时荆州城内的士绅百姓都纷纷迎接农民军入城。后人有人感叹道：
“荆州有兵，有炮，有坚城，生齿百万，但无人固守，拱手让贼！”
在荆州得手后，农民军又攻击承天府（今钟祥）。承天府在明代有特殊地位。嘉靖皇帝的父亲兴献王朱祐杬的封地就在这里。当时因武宗无子，兴献王之子朱厚熜得以入继大统，做了皇帝。从此，钟祥就被视作龙潜之地，加上兴献王墓地（即献陵）在此，于是被升格为承天府，并设有2卫防守。当时，湖广巡抚宋一鹤、巡按御史李振声、总兵钱中选等都在此驻防。
左良玉率部从襄、樊撤退后，也曾到过承天。饥兵抢掠，左良玉便向巡抚宋一鹤请饷。巡按御史李振声便说：左兵太多，何以给之？即使有粮，也不如养承天之民自守！宋一鹤于是拒绝供饷，闭门不纳。左良玉大怒，下令抢劫后率部扬长而去。如果左良玉部能呆在承天，情况或许会有所不同。
崇祯十六年（1645）正月初一日，农民军攻克承天府。巡抚宋一鹤自杀，巡按李振声被俘，总兵钱中选战死，钦天监博士杨永裕投降。李自成令改承天府为扬武州。
巡按李振声也是米脂人。由于与李自成同姓同乡，被俘后颇受优待。李自成把他留在营中，称其为大哥，百般劝降，并授其为兵政府侍郎。但李振声始终不为所动，甚至还想有所图谋，最终被处死。
承天被占后，农民军想发掘献陵地宫，图谋财宝，不想突然雷雨大作，并击死数人，只好作罢。据说罗汝才知道此事后，认为天命依然未改，于是便与李自成起了二心。
农民军攻克承天后，继续东进，连克潜山、京山，并于正月十五日占领汉川县。此地离省会武昌只有100余里，且可由汉水顺流直达。
武昌大震！
当时左良玉部已在武昌。由于兵饷缺乏，左良玉曾去见过楚王，并说只要给我10万人饷，我就可保武昌无忧。楚王不肯答应。此时见李自成大军逼近，左良玉开始抢掠大量民船，于十八日向九江撤退。从此以后，左良玉部便没有与李自成交过手。
正月十八日，农民军攻占汉阳府城，并随即发动渡江，攻打武昌。由于风急浪大，农民军又多为北方人，不习水性，渡江失败。二十一日，李自成经云梦返回襄阳。当时武昌实力空虚，根本抵挡不住，幸好李自成主动撤兵，否则必陷无疑。
没想到这一撤，倒让张献忠捡了个大便宜。到五月，张献忠未费多大气力便攻占了武昌。
李自成自十五年（1642）闰十一月进兵湖广，至此只用了3个月，便把湖广长江之北的襄阳、荆州、承天、汉阳、德安、黄州等府统统攻陷，仅剩下郧阳一府。郧阳府守将王光恩，原也是陕北的农民军首领，后降朝廷。此时他死心塌地守城，誓不投降，弄得攻城的刘宗敏也没有办法，最后只好不了了之。
李自成回到襄阳后，便开始组建政权。据说当时有人向李自成劝进，牛金星认为不可，于是，李自成改襄阳为襄京，设奉天倡义文武大元帅府，自任文武大元帅，并分设官职：
设丞相1人，由牛金星担任。下设吏、户、礼、兵、刑、工“六部”，分别由喻上猷（进士、原御史）、萧应坤（进士、原江西布政使）、杨永裕（进士、原钦天监博士）、李振声（进士、原巡按御史，李振声实际上未降，其职后由丘之陶接任）、邓岩忠（贡士）、姚锡胤任侍郎。
外官则设防御史、府尹、州牧、县令等职。当时李自成设官的地区，大致有河南的开封府（改称扬平府，治在禹州，今禹县）、南阳府、信阳府、汝宁府，湖广的承天府（改称扬武州）、荆州府、德安府（改称安陆府）、襄阳府等。后来其势力又扩大到长江之南。
李自成同时对军队进行了整顿和改革。他把部队划分成两种：一是攻城略地的“五营”，一是镇守之地方军。
“五营”设权将军2人，即田见秀、刘宗敏。田见秀负责提督诸营，刘宗敏则负责中权亲军。刘宗敏所辖的中权亲军设有：
帅标正威武将军张鼐（有人称张鼐就是李双喜的本名），威武将军党守素副之；
帅标左威武将军辛思忠，果毅将军谷可成副之；
帅标右威武将军李友；
帅标前果毅将军任继荣；
帅标后果毅将军吴汝义。
田见秀提督的诸营设置分别为：
左营：制将军刘芳亮，左果毅将军马世耀，右威武将军刘汝魁。
右营：制将军刘希尧，左果毅将军白九鹤（一作白鸠鹤），右果毅将军刘体纯。
前营：制将军袁宗第，左果毅将军谢君友，右果毅将军田虎。
后营：制将军李过，左果毅将军张能，右果毅将军马重僖。
除“五营”以外，李自成还建立一支分镇各地的守卫部队。他依据先守襄阳，次及承天、德安，再渐及汝宁的宗旨，设卫置帅，分驻各地。主要有：
襄阳卫，由左、右威武将军高一功、冯雄驻守襄阳；
通达卫，由制将军任光荣，左、右威严将军蔺养成、牛万才驻守荆州等地；
杨武卫，以果毅将军白旺、威武将军谢应龙等驻守安陆、汉川等地；
汝宁卫，由威武将军韩华美驻守信阳；
均平卫，由果毅将军周凤梧驻守郑禹二州。
在政权建设的同时，李自成用血腥手段清除异己，以独揽大权，建立起自己的绝对权威。
首当其冲的是曹操罗汝才、革里眼贺一龙。
曹操罗汝才是最早的陕北农民领袖之一，实力较强。在李自成陕西大败而躲入山中不敢露面时，罗汝才却与张献忠一起，正闹得红火。后因与张献忠合不来，罗汝才便与李自成合营，横扫河南，又下湖广，其贡献和实力并不比李自成逊色。李自成自封“奉天倡义营文武大元帅”时，也给罗汝才封了一个“代天抚民德威大将军”，但罗汝才无权向全军发布号令。
革里眼贺一龙，则是“革、左五营”的领头人物。他与老回回马守应一起，领导“革、左五营”长期活动在安徽。即使在李自成被击溃、张献忠、罗汝才投降这一最艰苦的时期，他们也从未动摇。“革、左五营”基本上是独立作战的，曾与张献忠联过手，后见李自成在河南打得顺手，便移师河南与他联手，直至湖广。“革、左五营”的实力仅次于当时的李自成、罗汝才。
李自成要独揽大权，必须除掉罗汝才、贺一龙等人，因为罗、贺等人也是实力强劲的竞争者。当时的形势是，要么3支力量散伙，重新各自为战，要么决出胜者，统率全军。于是李自成便先下手为强，抢先动了手。
具体详情，不得而知。据说在此年的三月初，李自成在安排妥当后，邀罗汝才、贺一龙到老营赴宴。罗汝才借故未去。而贺一龙却应邀而至，被乱刀杀死。第二天一早，李自成亲率精骑百人，谎称有事相商，杀罗汝才于其卧室，随即宣布其罪状（自然是通敌），安抚其部众。
罗、贺的部众虽有不少叛逃的，但大部仍在，被收编进李自成营中。老回回马守应当时正在率兵攻打澧州（今湖南澧县），闻讯大惊，不敢再回到李自成的身边。李自成百般拉拢，授其“永辅营英武将军”之号，并送他一颗重48两的金印，却都被拒绝。马守应最后病死，其部众大多归了张献忠。革、左五营的其他3位首领，即左金王贺锦、治世王刘希尧、争世王蔺养成，则乖乖地做了李自成的部下。
不久，李自成还纵兵消灭了活动于河南的小袁营，其首领袁时中被杀。
至此，李自成已是大权独揽的农民领袖了。他也拥有了争天下的实力了。
张献忠攻克武昌
就在李自成正忙着在襄阳建立政权、清除异己时，张献忠冷不防地从安徽杀出，直奔武昌，并于崇祯十六年（1643）五月占领武昌，硬是从李自成口中抢走了这块肥肉。
崇祯十五年（1642），张献忠主要活动于安徽。他与“革、左五营”联手，局面虽不像李自成在河南那样轰轰烈烈，但尚能维持。没想到“革、左五营”见李自成声势浩大，便移师河南与其合营。张献忠因与李自成、罗汝才有着说不清的恩恩怨怨，自然就不肯去凑热闹。
由于“革、左五营”的离去，张献忠独木难支，明显感到官兵的重压，于是便准备重回湖广。不料朝廷看出了他的意图，拼命堵截合围，他只得又重返安徽潜山的天堂寨山区，以避其锋芒。此年十月，总兵刘良佐、黄得功率部偷袭潜山，把张献忠打了措手不及，十分被动。
崇祯十六年（1643）初，当张献忠获悉湖广的情况后，便再次决定进兵湖广。当时的湖广，实力已相当空虚，而且当时湖北麻城一带的民变已闹得十分厉害，形势对张献忠非常有利。
张献忠迅速率部西进，一举突入湖北，连克黄梅、广济、蕲州，大杀乡绅，深受百姓欢迎。三月初，张献忠攻下蕲水（今浠水），杀掉了是宿敌也是“恩人”的熊文灿的全部家族。接着，张献忠又克黄州。当时，麻城民变正闹得不可开交，从乱的奴仆已占据了县城。他们派人来邀张献忠。张献忠大喜之下，急率精骑飞赴麻城，并于四月初六日占领了麻城。麻城一下子就有五六万人投奔了张献忠。
当张献忠攻下罗田时，罗田诸生李时荣给张献忠献上了一条绝好的计策，建议张献忠乘势渡江，直取武昌。张献忠随即征调渔船，并于五月初五日遣先头部队于团凤洲渡江，攻下武昌县（今鄂城）。五月二十三日，张献忠率全军于鸭蛋洲过江。五月二十九日，张献忠抵达武昌城下，开始攻城。
武昌是湖广省会，江汉重镇。此城一失，则江汉肯定不保。然而，朝廷和湖广当局却始终没有在武昌认真设防，心存侥幸。至崇祯十六年（1643）春，武昌的形势已危如累卵，不仅西有李自成重兵压境，东有张献忠兼程而来，而且城中缺兵少饷，人心已经大乱，根本谈不上有真正的防守。
眼看张献忠就要到了，城中要员们这才慌了起来，想起要赶紧布阵设防，并寄希望楚王能拿出钱来，充饷养兵。于是，湖广布政司、按察使司、都指挥使司的官员们一齐来到楚王府，跪在楚王朱华奎面前，请他出借银两充饷，被楚王拒绝。家居的大学士贺逢圣，也去晋见楚王，恳求楚王出饷，可楚王竟拿出了洪武年间的一张椅子，说没有别的，只有此椅可佐军充饷。贺逢圣急得当时就哭了起来。直到城陷前没多久，楚王才拿出钱来招募承天、德安的溃兵，号称楚府兵，由楚府长史徐学颜统率。
当张献忠部抵达武昌城下时，道臣王扬基等弃城而走，楚府兵打开保安、文昌二门，纳城投降。参将崔文荣、长史徐学颜战死。大学士贺逢圣则用船载着家人赴墩子湖，沉湖自杀。
楚王朱华奎被俘。当张献忠看到楚府库藏的上百万金银时，叹息道：有这么多钱，竟不肯拿出来守城，朱胡子真是个庸人！最后，楚王被放入笼中，沉江而死。楚王宗室全部被斩杀！据说当时从鹦鹉洲到道士洑之间，浮尸蔽江，一片凄惨景象。
张献忠武昌得手，实力大增，便也学着李自成，在武昌建立起政权来。
他自称“西王”，住进了楚王府，并高树两面大旗，上书“天与人归”，“招贤纳士”。
他改武昌为天授府，江夏为上江县。铸“西王之宝”铜钱。设“五府六部”，分授周文江为兵部尚书，张其在为总兵前军都督，李时荣为巡抚，谢凤州为守道，萧彦为巡道，陈驭六为学道，周综文为天授府知府，黄元凯为黄州府知府，沈会霖为汉阳县知县等。
大概是张献忠曾读过一点书，所以颇有附庸风雅之意。他在黄鹤楼题诗，令部下附和。他还开科取士，录取状元、进士，并授以官职。在这方面，张献忠确实要比李自成强。
可是他的实力仍比不过李自成。虽然他乘左良玉等东下、李自成留驻襄阳的机会，轻取了武昌，占了大便宜，但心里仍不免发怵。据说李自成得知张献忠攻下武昌后，曾派人前往武昌，名为相贺，实则胁迫他归附。张献忠只得笑脸相迎，并赠送金银宝物。李自成受了礼，却没有作书回复。
张献忠担心李自成会前来火并，便于此年七月率大部离开武昌，南下湘赣。未料李自成最后却移兵河南，与孙传庭对垒，并没有前来。这一阴差阳错，倒让左良玉捡了便宜。他在张献忠撤离武昌后，于下游回师西向，一举占了武昌。武昌虽已是空城，但并不影响左帅吹嘘自己的恢复之功。
张献忠率兵南下，连克咸宁、蒲圻，向岳州（今岳阳）方向进发。原驻防城陵矶的偏沅巡抚李乾德、总兵孔希贵率兵进驻岳州。八月初五日，张献忠20万大军猛攻岳州，李乾德、孔希贵以及监军道许溃溃退长沙。岳州被克。
二十三日，张献忠部进抵长沙城下。
当时长沙城中住着吉王，惠王也从荆州逃到此地。面对张献忠的大军，湖广巡按刘熙祚、偏沅巡抚李乾德、总兵孔希贵等临阵脱逃，护送两藩王退往衡州（今衡阳），投奔桂王。二十五日，因留守长沙的总兵尹先民、副将何以德、进士史可敬等投降献城，张献忠得以兵不血刃，占领长沙。
张献忠再克衡州。惠王、桂王、吉王等先退至永州（今零陵），张献忠部尾随而至。湖广巡按刘熙祚令官兵护送3位藩王退入广西，自己则死守永州，兵败被杀。
此后，张献忠部又连陷宝庆（今邵阳）、常德。
湖南承平日久，不知战事。张献忠至此，如入无人之境。湖南境内，仅有少数几地得以保全。辰州府（今沅陵）因土司兵守辰龙关（在沅陵县境内，是常德入辰州之要津）而未遭兵火。道州（今道县，属永州府）守备沈至绪战死，其女再战，夺回父尸，道州城也得以保全。
在湖南得手后，张献忠还东攻江西，陷吉安、袁州（今宜春）、建昌（今永修）、抚州（今抚州）等府，并分兵南进至广东南雄、韶州（今韶关）两府境内。
至崇祯十六年（1643）冬，张献忠已基本上控制了湖南全境，并占有江西一部分。他本人坐镇长沙，用从衡州桂王府上拆下来的殿材造起了宫殿。此时，他已称自己的军队为天兵，而把大明朝称之为朱朝。为收买人心，他公开发布3年不征粮的命令，并大量任命降官。他还照例要开科取士，收罗文人。他甚至还礼贤下士，每到一地，则大索名士。如衡阳名士王夫之，就被他多次征聘，最后逼得王夫之只能毁容求避，而他居然也就放过了王夫之。
张献忠在湖南的举措，确实与从前大不相同。
当然，张献忠此番来到湖南，自然不会忘记他的老对手杨嗣昌。十一月二十二日，张献忠攻下常德，于是便以平南先锋的名义发布命令道：
“照得朱贼杨某，昔年曾调天下兵马敢抗天兵。某幸早死于吾刃矣。今过武陵，乃彼房屋、土田、坟墓在此。只不归顺足矣，焉何拴同乡绅士庶，到处立团。合将九族尽诛，坟墓尽掘，房屋尽行烧毁。霸占土田，查还小民。有捉杨姓一人者赏银十两，捉其子孙兄弟者赏千金。为此牌仰该府。”
杨嗣昌及其父杨鹤，不仅自己因剿抚而送命。死后还要连累祖宗、家族，真是惨烈。据说其祖宗尸体被斩时，竟然流了血。
此时的张献忠，不仅已稳占三湘，旁掠江西，而且还可以南下广东、广西，东出江西、福建，甚至可以直捣南京，尽占江南。然而，令人吃惊的是，张献忠竟最终放弃了湖南，又杀向了四川。
张献忠此举，令后人百思不得其解，至今仍是一个谜。
孙传庭出关
李自成在襄阳大杀异己、巩固地位后，便面临着一个重大问题，即下一步该怎么走？
正当部下众说纷纭，而李自成本人也举棋不定时，却传来了孙传庭率兵出关、主动出击的消息。李自成再三权衡后，便毅然采纳了顾君恩的建议，定下先取关中，建立基业，然后旁略三边，资其兵力，再攻取山西，进克北京的计划，并随即挥师北上，迎击孙传庭。
孙传庭的出关求战，在某种意义上说，倒是帮助李自成下了决心，选用顾君恩之策。后来的进程也表明，李自成此举无疑是正确的，尽管他疏忽了山海关外清朝的存在。
那么，在当时这种情况下，孙传庭为什么要主动出击呢？因为这种做法，在当时无疑是自取灭亡，而且肯定会危及全局。
要回答这个问题，就必须先讲讲当时崇祯帝及朝廷的决策。
崇祯十六年（1643）春，李自成部在湖北大发神威，几乎攻克全境，而驻守此地的左良玉部却一退再退，根本不敢与李自成交战。湖北就这样白白断送！
崇祯帝心急如焚。
他认为局面之所以弄到这般地步，就是因为在杨嗣昌之后，没有一个能干的大臣能代他分劳，总负其责。于是，他又开始物色人选。
崇祯帝这次选中了吴甡。当时已任大学士的吴甡，曾任过陕西巡抚和山西巡抚，曾有长期对付农民军的经历，崇祯帝选中他也不奇怪。在此时的满朝文武中，大概也只有吴甡可堪一用了。
崇祯帝本希望吴甡能自告奋勇，主动站出来请命。三月，崇祯帝召对太臣，说起承天祖陵被毁之事，声泪俱下。接着，他又指责文武大臣调遣失度，暗示要进行人事变动。对当时的形势，文武大臣自然是心中有数，所以没有人肯接话，只是一味跪着叩头。吴甡自然也是如此。
崇祯帝见吴甡不作表示，只得在第二天再次召对大臣，并开门见山地点了吴甡。他对吴甡说：自杨嗣昌死后，督师无人，以致弄到这种地步。你过去曾长期担任过相关职务，可去湖广督师，以图恢复。如此一来，吴甡再也不便推脱，只得以大学士兼兵部尚书的身份出任督师，而大理寺评事万元吉则被任命为职方郎中，赞画军前。
吴甡过去能长期自保，而没有像其他大臣那样丢官丧命，靠的就是精明老练。他虽口口声声说不惜一死，愿赴疆场，但也决不会贸然行事。他自然要向皇帝提提条件。
吴甡于是上疏崇祯帝，请拨精兵3万，而且还要有敢战之将率领。其理由是，湖广左良玉部军纪败坏，不肯用命，如单派他孤身前往，等于就是无兵之帅，难以有所作为。不仅如此，吴甡还提出了一个保守的进兵方案，说自己先赴金陵，用自己的精兵先胁制住左良玉后，再进兵湖广，与陕西孙传庭夹击李自成。
崇祯帝看到此疏，自然很不高兴，便把此疏留中不发。吴甡要求呈见，以便当面解释。第二天，崇祯帝便在文昭阁召见了吴甡。
崇祯帝开门见山，批评吴甡说：“昨天先生之疏，需兵太多，仓猝之间，哪里去调集？南京与湖广相隔太远，似乎也不是退守之地。”
他还为左良玉作了辩护，说左良玉之退，也是因为地方官不为他筹措粮饷。此支劲旅可供先生之用。吴甡则据理力争：
“左良玉的跋扈，人人皆知，昔年杨嗣昌九檄征调左兵，左竟一兵不发！臣不如杨嗣昌，而左良玉更是今非昔比。如不能节制，则损威重。再说自襄阳顺流可直达南京，易如反掌，因此臣是兼顾南京，而不是退守。”
吴甡当时十分清楚，如果自己不带兵南下，将肯定是一事无成，所以他在这一点上绝不让步。而崇祯帝则认为，到了现在这种地步，你叫我哪里去调这么多兵？况且左良玉的20万大军，如果处置得当，也不是不可用。正当双方僵持不下时，次辅陈演插进来帮皇帝打圆场，说了一句：
“督师出，则督抚之兵皆其兵也！”
吴甡一听，立即回敬道：
“次辅读书中秘，不熟悉军旅，我之所以要请兵，正是因为督抚手中无兵。”
他于是列举了河南总督只有数十名随员，河南巡抚也仅剩下标营千人，湖广巡抚更是两手空空等例子，来说明督抚已无兵可用。
崇祯帝只得令兵部速议发兵。可是兵部也已无兵可调，最后只得拟拨总兵唐通部、马科部及京营兵共1万人，交吴甡指挥。可是唐通当时正率部与入侵的清兵作战，无法抽身，于是吴甡便不肯赴任，在京坐等。
崇祯帝十分希望吴甡能立即赴任，而吴甡也下定决心，手下无兵，决不督师。崇祯帝对此十分不满。不久，首辅周延儒自请督师，朝受命而夕启行；陕西总督孙传庭上疏主动请战，要统兵东出潼关。两位的做法让崇祯帝大感满意，相比之下，更加深了对吴甡的不满。就在此时，那位被吴甡奚落过的次辅陈演，不失时机，再次向皇帝提出，唐通肩负京师拱卫重任，不能轻调，同时也顺手把孙传庭的奋勇直前和吴甡的畏葸不前作了一些对比。忍耐已到了极限的崇祯帝，终于发作了。
当时，已与崇祯帝抗争了2个月的吴甡，也感到不能再抗，准备赴任。临行前一天，吴甡犒劳随从兵马，崇祯帝还令宦官赐银牌给赏。然而到了第二天，崇祯帝突然下诏，令吴甡速进宫入直。吴甡顿感不妙，连上两疏辞职。崇祯帝也就顺水推舟，不予挽留，准其致仕。吴甡自以为脱掉了枷锁，没想到后来还是被重惩。八月，崇祯帝以吴甡延误师期，导致武昌失守的罪名，令锦衣卫把吴甡逮捕入京，论罪遣戍云南金齿卫。
崇祯帝之所以肯准允吴甡致仕，还有另外一个原因，那就是他已决定重用孙传庭了。五月，他令孙传庭兼督河南、四川。不久，又进孙传庭为兵部尚书，改任督师，总制应天、凤阳、河南、湖广、四川、贵州军务，仍兼督三边，赐尚方宝剑。他这次又把宝押到了孙传庭身上。
他一方面要孙传庭迅速出兵，一方面又做出了很多姿态。他再一次下了“罪己诏”，并宣布免河南5府3年田租，而事实上那时的河南早就不在朝廷控制之下了。他还下了赏格：“擒李自成者，赏万金，爵通侯；擒张献忠者，官极品，世袭锦衣卫指挥使。”此时的崇祯帝，似乎仍没有认清形势，反而像一个赌红了眼的赌徒，梦想再作最后一搏。
他当时的本钱就是孙传庭。因此，他一再严令孙传庭率兵出关，主动出击。
而在当时朝廷的文武官员中，对孙传庭是否出关是有分歧的。有少数官员抱着与崇祯帝一样的幻想，希望孙传庭出关作战，能与左良玉部形成夹击之势。而左良玉部也在朝廷严令之下，于六月向西挺进。也有一些陕西籍官员希望孙传庭能早日出关，以减轻陕西的负担。不过，绝大部分官员却认为出关是冒险之举，一旦失败，不仅陕西不保，而且会危及全局，所以他们力主孙传庭呆在陕西不动，视形势变化再作决断。
兵部尚书冯元飙为阻止冒险，一面在皇帝面前力争不可轻战，一面专门写信给孙传庭，希望他不可轻举妄动，并要求他不要再用白广恩、高杰为将。兵部侍郎张凤翔也极力劝崇祯帝不能速战。他说，孙传庭手下的精兵良将，是皇帝最后的家当，不可轻动。中允刘理顺也写信给孙传庭，说此举系天下安危，不仅仅是河南、湖广的问题。出关之策就像药中的劫剂。
但崇祯帝却根本听不进去。他一再严令孙传庭出关。
孙传庭对出关作战能否取胜也没有把握。但在皇帝的严令下，他也只有一途可选。他说：“我当然也知道出关作战未必能胜，不过仍希望能侥幸而有万一之功。大大夫岂能再对狱吏乎？”他确实是坐牢坐怕了。
此时的孙传庭，也有了点实力。自从十五年（1642）兵败柿园后，他便退回关中，屯田、缮器、积粟，广招兵马，恢复了不少元气。但他当时之所以敢于冒险出关，还有一个重要因素，那就是他收到了丘之陶的秘信。
丘之陶本是大官僚丘瑜之子，投顺李自成后，被任命兵部侍郎。李自成出襄阳后，他留在襄阳留守，便写信给孙传庭，约以内应。孙传庭大喜之余，自然多了一份信心。没想到他的信使已被李自成的手下中途截获，事情已泄，而他与丘之陶却仍蒙在鼓里。
八月初一日，孙传庭在西安关帝庙誓师。他命总兵马爌、秦翼明，随陕西巡抚冯师孔，取道商洛进驻南阳，作偏师之用。自己则率大军由灵宝入豫。高杰为中军，王定、官抚民领延绥、宁夏兵为后劲，白广恩则率火车营。为配合自己出关，孙传庭檄左良玉统兵西上，进行夹击，同时令河南总兵卜从善、陈永福在洛阳与自己会合。
孙传庭何曾料到，自己此次出关，却正是走向自己的末日。
关中失陷
李自成对孙传庭出关作战，早就作了准备。他先是派兵进入河南，预作准备，接着又亲率大军北上河南，寻机反击、歼灭孙传庭。
孙传庭于八月上旬进驻洛阳。当时有谋士劝孙传庭修缮洛阳城，储粮，屯田，以作进战退守之计。白广恩也请驻兵分据要害，步步为营，依次推进。可是孙传庭却怕贻误战机，不肯采用，而是急于决战，轻率冒进。
这正中了李自成的圈套！
李自成见孙传庭来势凶猛，便故意示弱，诱敌深入。当时他已从邓州移兵至襄城和郏县之间相待。
九月十二日，孙传庭部攻陷宝丰，并于十四日推进到郏县境内。李自成亲率万骑迎战，孙传庭部白广恩、高杰进击，其前锋杨绳祖、王龙等原是罗汝才部下，此时见到李自成，个个心怀仇恨，奋勇向杀，竟擒获了李自成部下、果毅将军谢君友，砍下了李自成的坐纛，攻陷了郏县。
同时，郧阳道高斗枢与惠登相合兵，在湖广配合孙传庭作战，在八月攻占光化，九月攻下谷城，进逼襄阳。游击折曾修，奔袭了李自成部在唐县的老营，掳其辎重，杀其妻子。
这些捷报不断传来，令孙传庭兴奋不已。他急报朝廷邀功，并口出狂言说，“贼闻臣名皆溃！臣誓清洗豫，不以一贼遗君父忧。”
崇祯帝得报后更是欣喜若狂。他拿着奏疏令大臣们传阅，连说贼灭亡在旦夕！他甚至还传谕吏、工、兵3部，速速配合孙传庭以取得最后胜利，并着手安排善后事宜。只有兵部尚书冯元飙看出了问题，深感大祸即将来临。他说，“贼兵故意以赢弱诱我，不可不忧”。这些话着实让崇祯帝扫兴。
但冯元飙之担心，不幸很快就变成了现实。
先是丘之陶被斩，内应顿失。丘之陶谎报军情，说左良玉已率兵攻打襄阳，试图令李自成从河南前线抽调兵力回去救援。未料李自成早已侦知其中奥秘，斩杀了丘之陶。
接着又是粮道被断。孙传庭部孤兵深入，后方供应难以维持。连下了6天的大雨，更是令运输艰难。兵卒们个个饥瘦不堪。李自成获内线密报后，一面令坚壁清野，一面令刘宗敏率轻骑间道飞驰至汝州白沙，抄绝孙传庭的粮道。
官兵军心大震，开始骚乱。
孙传庭急令陈永福率豫兵留守兵营，自己率陕西兵分路撤退，决心打通粮道。豫兵不服，也随之溃退。农民军则乘势猛攻，杀得官军人仰马翻。此役孙传庭部被杀4万余人，损失甲仗马骡数十万，最后孙传庭和高杰仅率数千人北渡黄河，绕道山西垣曲县而至潼关，与白广恩会合。
崇祯帝接到败报后，十分震怒，下令削去孙传庭督师、尚书之职，但仍令其以陕西总督的身份收拾余兵固守潼关。不久，又升白广恩为援剿总兵官，挂荡寇将军印，拨给兵员3万，与孙传庭一道守关，以阻李自成部进入陕西。但此时的孙传庭、白广恩，哪里还能守得住潼关呢？
十月初，李自成、刘宗敏统率主力，进攻潼关，同时遣偏师由河南邓县取道商洛地区，进攻陕西，约定在西安会合。
孙传庭当时令高杰、白广恩分驻关外，自己则坐镇关城。
十月初六日，李自成部发动进攻，高杰、白广恩先后溃退，潼关也随即失守。
孙传庭收兵渭南，企图固守。农民军乘势再攻，渭南城破。孙传庭及监军乔元柱被杀（一说两人是死在潼关的）。
李自成于十月初十日再下临潼，并于次日抵达西安城下。
西安是秦王封地。秦王朱存枢富甲天下，是有名的富藩。户部尚书倪元璐曾向崇祯帝建议，让秦王拿出财产来助饷，说与其今后让贼寇拿去，还不如趁早用于享军。崇祯帝没有答应。此时陕西巡抚冯师孔退守西安，城中已无兵可用，便留下了途经西安的5千四川兵守城。官员们劝秦王出点银子，置些棉衣犒军，一来可给士卒防寒，二来也可激励士气。未料秦王竟一口拒绝。
守城副将王根子十分不满，竟约农民军献城。十月十一日，王根子依约大开东门，农民军一拥而入，一举占领西安。巡抚冯师孔、按察使黄、知府简仁瑞、知县吴从义等被杀。
西安被占，不知崇祯帝是否有预感？据说在崇祯十一年正月，崇祯帝曾在平台召见群臣时，诏百官起大数问天下事，仙降云：
“九九气运迁，泾水河边，渭水河边，投秦入楚闹幽燕。
兵过数番，抢夺公卿入长安。
军苦何堪，民苦何堪，父母妻子相抛闪。
家家皇天，人人皇天，大水灌魏失秦川。
流寇数载即息，红顶又将发烟。
虎兔之间干戈乱，龙蛇之际是荒年。”
此中，“大水灌魏”应指开封被灌，“失秦川”当是西安被占，“红顶”则指清兵。至此，前面的两事已经应验，而清兵入关也为时不远了。
崇祯帝这一赌可以说是输得精光。他寄予厚望的孙传庭就这样凄惨而去，也带走了他最后的几许希望。在开始时，崇祯帝坚决不信孙传庭已死，因为孙传庭的尸体始终没有找到。他下令不予赠荫、哀悼。当孙传庭战死的消息最终被证实后，崇祯帝不禁悲痛之极。
秦中二帅，曾是崇祯帝最倚重的大臣，而其结局却是如此不同。当初洪承畴明明已降清朝，崇祯帝却匆匆立祠、赠荫、追恤，弄得好不尴尬。而现在孙传庭确实战死，且尸骨无存，崇祯帝却坚信其未死，竟不许赠荫、哀悼。不过，他们俩有一点是共同的，即他们都曾是崇祯帝的救命稻草。
正当崇祯帝在痛惜孙传庭之死时，李自成在陕西却展开了强大的攻势。
李自成亲率后营李过部和左营刘芳亮部，向北追击高杰。高杰曾是李自成部属，当年拐走了李自成的妻子，降了朝廷，反过来与农民军作战。李自成岂能轻易放过他？！
高杰自知罪孽深重，一旦被抓获，肯定没有活路，于是先从潼关退回陕北。当李自成大兵追来时，他又乘黄河结冰而奔山西。后来李自成东征山西时，他又往南狂逃，一直逃到南京附近。到弘光朝时，他居然又成了史可法手下四大将领之一。他真是命大！
李自成于十一月到达延安。虽然他未能捉住高杰，报夺妻之仇，但在军事上却很是顺手，沿途州县纷纷投降，未花什么气力。当他从延安北上榆林时，他还顺路回到米脂，也算是衣锦还乡。一年多前，其祖坟被掘，李自成此次回来，自然要重修祖坟，致祭追悼，还杀了一个参与伐墓的乡绅，算是报了仇。可惜其祖父、父亲的遗骨已被焚烧扬弃，再也找不回来了。他还到处寻找自己的族人，赠金封爵。甚至还改换了家乡的名称，大概是免得今后称帝时再去改动。于是，延安府被改成天保府，米脂县为天保县，清涧县则为天波府。这一改，果然响亮多了！
李自成一路风光，没想到在榆林却遇到了麻烦。榆林是明朝“九边”之一，居民多隶军籍，以当兵为职业。在与农民军对阵的边将边兵中，就有很多来自榆林。双方打了十几年，仇怨也结深了。大概李自成也想到了这点，所以在劝降的同时，又令李过、刘芳亮率7余万大军作好准备，如果一旦劝降失败，就以武力解决。
榆林人自然不肯降。尽管总兵王定临阵脱逃，但榆林人仍在兵备副使都任、督饷员外郎王家禄，以及卸任里居的总兵尤世威等人的率领下，坚守城池，血战7昼夜，甚至连妇女、孩子也纷纷上城参战。城被攻陷后，满城无一人投降。这在明末是少见的。
其他各路兵马也很顺手。汉中、巩昌等府迅速被克。固原（陕西镇所在地）、宁夏镇也相继投降。只有贺锦在收服甘肃、西宁时遇到麻烦。
贺锦于十一月率兵西征，不久便攻克兰州，杀肃王。然后又于十二月攻占甘州（今张掖），杀甘肃巡抚林日瑞、总兵马妒等。而另一支由鲁文彬率领的军队在进攻西宁时，被当地土司击败，鲁文彬也被杀。贺锦驰援西宁，却被伪降的土司带入伏击圈而被杀。其部众悲愤之下，猛攻西宁城，最后攻克西宁，为贺锦报了仇。不过这已是第二年正月的事了。
至此，李自成已是如日中天了。在长江之北，他已占半壁江山。而在军事上，他更是占有绝对优势。一统天下，似乎也是指日可待。
而大明朝的日子就相当难过了。在长江之北，李自成已成横扫天下之势，打得朝廷根本无力还手，甚至连招架之功都没有。在长江之南，张献忠已占据湖南，并准备向十分空虚的四川进发，四川肯定将成他囊中之物。而在山海关外，蒸蒸日上的清朝正虎视眈眈，伺机收拾残局。
大明朝气数将尽了。
既然旧朝将去，那么新朝就应先立。李自成准备建朝立国了。
京师告急
崇祯十七年（1644）正月初一日，李自成在西安正式登基称帝。国号大顺，改元永昌，改西安为长安，称西京，以秦王殿为宫，增旧殿为九间，以符帝制。同时大修长安城。
既然自己称了帝，自然就应光宗耀祖。于是，李自成追尊其曾祖以下均为皇帝，母吕氏为太后。规定其父、祖以及他自己的名讳，不得使用。他还册封高氏为皇后，陈氏为贵妃。
李自成当然也没忘记手下的那班弟兄。弟兄们跟他出生入死，还不是为了今天的荣华富贵？于是，他大封功臣。权将军、制将军封侯，果毅将军、威武将军则封伯、子、男。刘宗敏、田见秀、谷英、李锦（李过）、刘芳亮、张鼐（李双喜）、袁宗第、刘国昌等被封侯。刘体纯、吴汝义、马世耀、李友、刘忠等被封伯。降将白广恩、陈永福、王良智（即献西安城的王根子）等也被封侯。其余被封子、男爵的。则多达80人左右。
既然武官封了爵，那么文官也该一起荣升。李自成改动了官制，以安排众多文官。内阁被称为天祐殿，设大学士平章军国事。此职相当于丞相，自然非牛金星莫属。宋献策则被任命为军师。行政机构虽仍为“六部”，但长官却升了格，原先只有侍郎各1人，现在则增设尚书。中央其他机构的名称以及地方机构的名称，也都作了改动，以示与旧朝有别。李自成分授各级官员，颁发新印。为了招徕读书人，他还开科取士。另外，他特别关照顾君恩，特意赏了顾君恩一班女乐，以回报其入关之策。
李自成仍然坚持3年免征之政策，以收拢人心。不过，这么多兵马要粮要饷，也不是件容易事，不征钱粮，如何维持？李自成自有办法！他向豪绅污吏追赃。在渭南时，他就责令当地豪绅出饷银160万两。进了西安城后，他又故伎重施。他大宴西安城中缙绅大户，并把秦王府中的金银器皿分给他们，然后对他们说，军中缺饷，你们都是官吏，不会没有银子，应该拿出来助军需。此时站在旁边的部下又恰到好处地故意露出兵器，吓得那些缙绅直发抖。于是李自成规定，当过九卿的出银5万，中丞3万，监司1万，知县之类的也要出5千。这种做法，后来又被李自成用在北京。
此时的李自成，在西安城中是十分风光。他每3日亲赴教场校射1次，身穿蓝布袍，张小黄盖，乘马而行。百姓只要一见他的黄龙纛，便一起伏在地上连喊万岁。
