实际上，天子的决策也是大多数人想法的最终反映。司马光在这先后给王安石写了第一封信，两人虽然从一开始就在政治上有重大分歧，但彼此之间的友谊和相互尊重却终生不渝。司马光为人虽然过于持重谨慎，但同样不失为是个有道之士，他反对以辩说相高的纵横之术，所以他的话也从来都不危言耸听。信中有道：
窃见介甫独负天下大名三十余年，才高而学富，难进而易退。识与不识，咸谓介甫不起则已，起则太平可立致，生民咸被其泽也。
这个评价已经不能再高了，尽管他在后来多少改变了自己的想法。
熙宁元年（公元1068年）四月初四，皇上与富弼谈话后三天，诏翰林学士王安石越次入对，这是他们的第一次对谈。神宗向他索解心中的一个疑惑：祖宗守天下，能百年无大变，粗致太平，其中道理何在？
这是自真宗起几代天子的一个共同情结，他们有时并不讳言国家的某些衰败现实，但更多的时候则认为天下无大变、无大事是无可置疑的事实。这种想法虽不能说是无源之水，但却是一种天子所独有的逻辑。确实，本朝立国已百年，有一些为害猛烈的地方暴动，但没有大的内乱。可在外敌压境下屈辱求和则是事实，由此而带来了一系列后果更是无可回避，又如何能说“天下无事”、“粗致太平”？这种重内患而轻外忧的逻辑在本朝而言是太宗奠定的，太宗说过：外忧不过边事，皆可预防，而奸邪共济为内患，则最为可惧。这话如放到国力强劲致力开边的唐代，似乎还有一定的道理，但拿到孱弱而不能平灭夷狄的当今帝国来，那就大错特错了。它的症结在于：本朝君臣们都没有能想到，时代已经大大不同了，天下大势也许就会发展到有一天强大的中国王朝沦于夷狄之手的灾难。
王安石则大有不同，他认为百年无事不过侥幸而已，是赖于夷狄尚未昌炽、天灾未过频仍的帮助。而本朝累世因循末俗之弊业已丛生：学校失教，科试无方，上下偷惰，庸者在位；农民坏于差役，而水土之利不修；兵士杂以疲老，而未尝申敕训练；将无疆场之权，宿卫尽无赖之徒。至于理财，更为无法，所以虽俭而民不富，虽勤忧而国不强。这番言论出自就皇帝所问而奏上的一道著名的《本朝百年无事札子》，言下之意就是申明所谓“百年无事”的虚妄，同时强调变革，这与他九年前所上仁宗万言书的主题一脉相承。
天子一夜览尽，第二天便迫不及待地命安石一一策划改革施设之方。可也就在初四那天，当安石要神宗“当法尧舜”时，皇上却叹了一声：“卿可谓责难于君矣！”
看来，安石对天子的要求确实过高了，在这一点上安石也未免有些理想化而不切实际。他对天子提出如此严苛的标准在他本身来说也许出于自然，但在旁人看来就不免带有蛊惑人主的色彩。“致君尧舜上”的口号已经很少有人再提了，因为世事沧桑已让人们不知不觉地变得世故起来。在这种情形下，过于认真是容易掉进泥潭的，至少会被人当作攻击的借口。安石的精神固然可贵，但同样十分可悲。
熙宁二年（公元1069年）二月初三，王安石升为右谏议大夫、参知政事。
近五个月以来，京城及河北等地灾害不绝，先是黄河多处决口，接着河朔及东京一带地震频仍，连绵数月不止，安石正是在这个多事之秋进入了宰执阶层。虽然这在某种程度上可以说是天子有意和众望所归的结果，但就像这个多灾多难的时代一样，安石从一开始就面临着冲突、斗争的考验。
早在此前的去年年初，安石除丧后竟还是累召不起，就引起一些人的抨击，说他态度不恭，对天子有所要挟。七月入居翰林后，围绕一项关于“谋杀”的法律律令的具体界定，司马光与安石意见相左，发生了第一次争执。接着，参知政事唐介因不满天子事事都视安石可否，愤懑难捺，数与安石当廷争论。可唐介虽然号称鲠直敢言，但固执强辩却无法抵敌安石，加上天子的偏向，最后气得背疽发作而死。即使不论政治分歧，天子如此袒护安石，注定了他今后的日子必然是众谤交加的命运。
王安石入居副相二十四天后，神宗下诏在朝廷设置了一个新机关“制置三司条例司”，以陈升之、王安石领衔。这个机构名义上归在三司之下，但因其职责是掌经画邦计，议变旧法而通天下之利，实际上的地位却是在三司甚至宰执之上。不用说，这是安石开始推行酝酿已久计划的第一步。到职之始，安石立即任命吕惠卿、苏辙负责条例司的日常工作，其中吕惠卿尤为核心。
安石选择吕惠卿作为变法的伙伴是必然的。惠卿字吉甫，也是南方人，嘉祐二年进士，曾为欧阳修、曾公亮所推重。及第后曾任真州推官，秩满入都，遇到在京师群牧司任职的王安石，两人讨论经义，多有所合，遂订为至交，至今也有十几年的时间。安石在皇上面前推荐惠卿，着重说他学先王之道而能致用，这与安石本人强调经世实用的观点正相一致。在条例司事无大小，安石辄与他商量而定，也是基于这一点而来，并未考虑其他因素。司马光不愿意自己一贯尊奉的贤者王安石走向他的反面，所以竭力攻击吕惠卿险佞乖巧、蛊惑人心，还曾专门贻书安石，说此人日后必将出卖变节，劝他疏远惠卿，但此时此刻安石不可能接受这样的忠告。平心而论，吕惠卿虽然为人有不少缺点，并在最后背离了安石，但他为安石变法作出了重大贡献是不容置疑的。就某种意义上说，是吕惠卿成了安石的替罪羊，几乎为他承担了道德上的所有攻击。安石选择惠卿是他个人的失误，而并非是变法的失误。
到了这年的四月，事态已渐渐明朗，改弦更张的变法措施即将出台，也早已不是秘密。唐介死后，朝中大臣在天子对安石信任益专的情形下，也无人再出面饶舌。只有一贯强项的御史中丞吕诲给王安石拟构了十大罪状，上闻帝听。但这种出于愤怒而炮制出来的东西尽管来势汹汹，可根本经不起推敲，吕诲便因此而丢了官。宰执中曾公亮数请告老，富弼称病不出，都在静观时变。早年有“铁面御史”之称的参知政事赵忭，此时也失去了往日的风采，看到有事变更，就连叫十几声“苦”字。京中有一句政治笑话在流传：“中书有生、老、病、死、苦”，说的是王安石生、曾公亮老、富弼病、唐介死、赵忭苦，倒真是十分形象。
国家贫弱只是现象，它的症结在哪里，到目前为止人们的认识尚还十分模糊，更提不出什么有效的解决办法。范仲淹从政风方面着想，主张首先应该进行吏治的整顿。从他的治道理论来看，仲淹所追求的也只是实际效果，尽管所条陈的十事牵涉面很广，但他最希望的是通过精择官长使贤能者当政，从而以人治解决夷狄骄盛、寇盗横炽的现象。不用说，他没有触及到根本问题。与仲淹同时的一位知名学者、世称“直讲先生”的李觏认为，当前的急务是土地问题，开始有了一些深入。但就他拟议的措施而言，理想化的成分仍然很重。神宗则从切身感受出发，认为理财最为要紧，在安石的影响下，逐渐对富民之术思望甚切。经济是一切事物的根本，因此这个想法终于接近了本质问题，但仍有不足。
在目前的时势下，治国的根本就是致富图强，这个道理没有人怀疑，但问题的关键在于如何去做。保守一派的观点是认为祖宗之法具在，只要人主坚守圣德，则财用自足，中国自强，夷狄骚扰将终归是暂时现象。这种理论从原则上讲似乎找不出漏洞，可在安石眼里却不值一驳。安石以帝国的具体现实证明：纲纪法度虽在，但业已因循苟简，非变之而不可。安石的原则在于，富强的方法要通过改变旧法去寻求，天下事“以术为先”，就是首先要创制新的法度。安石的信念在一个时期里形成了很大的影响，在相对年轻资浅的低级官僚阶层那里得到了不少拥护。甚至有人有意无意将这种观念概括成三句话：一是“天地与人了不相关，薄食、震摇皆有常数，不足畏忌”，二是“祖宗之法未必尽善，可革则革，不足循守”，三是“庸人之情喜因循而惮改为，可与乐成，难与虑始；纷纭之议，不足采听”。这番话的具体措辞并没有定本，只是一直在朝外流传，是司马光在熙宁三年（公元1070年）春把它拟作一道试策的考题上报，方才始达帝听。神宗将其称之为“三不足之说”，第二天问王安石对此有何评论。
天灾来阻挠变法
安石当然十分赞成这本来就属于他自己的看法，只是对第一条“天变不足畏”没有明确表示。其实早在一年前京城一带地震、水灾不断的时期，安石就说过“灾异皆天数，非关人事得失”的话，使得富弼大为惊叹。富弼的感慨有他的道理，因为天灾乃昊天之垂警，作为一条古老的训诫一直是臣民规范天子的法宝，一旦推翻，后果是不堪设想的。安石的用意也并不在于彻底否定，他反对的是借天灾来阻挠变法而已，所以在这里稍稍变通了一下自己的做法，没有直接表态。这或许是因为他相信只要天子能够坚持后两条，也就足以使自己成事的缘故。无论如何，像“三不足”这样的想法毕竟是本朝立国以来闻所未闻的，它必将对已有的一切产生强烈的震撼更是不言自明。
安石与天子最早就是在理财这一富国之“术”上达成了共识，同样也是在这件事上第一次遭到来自司马光的强烈反对。这场争论发生在安石入为翰林学士后不久的熙宁元年（公元1068年）八月，争执的起因十分耐人寻味。当时河朔正在闹灾，朝廷一再抚恤，府库空虚，国用有些不足，因此司马光建议节省冗费。这事本身倒也不错，但安石对他老是强调国用不足但却从不提倡合理的生财之道甚不满意，于是表示反对，认为国用不足并非急务，该用的还要用。司马光很疑惑：国家自真宗末期就已用度不足，近岁尤甚，你如何却说此非急务？安石道：
“国用不足是因为没有善理财之人。”
但在司马光看来，善理财者只是善于敛括而已，造成百姓穷困，流离为盗，对国家不利。显然司马光是个只能死读书的人，被历史上箕敛民财、竭泽而渔的事情吓怕了，以为凡是生财，则必无道。所以他对安石“善理财者，民不加赋而国用自饶”的理论竟感到十分奇怪，认为是自古以来欺人之谈的翻版。
司马光说：天地所生货财百物，只有一个定数，不在民间，则在公家；若不加赋能致国用之饶，“不取于民，将焉取之？”在这里，司马光的前提彻底错了。既知百物为天地所生，则天地生生不已何有尽头？又如何能计有定数？尽管安石自己承认没有很好地钻研过财利之学，但早在十年前给仁宗上万言书时，安石就知道自古治世从未以“不足”为天下之公患，而患在治财无其道。看来安石有时生起气来当面骂那些反对者“不读书”倒还不失明察，司马光算是个读书多的人了，但囿于书本而不能自拔，比不读书还不如。
当然，在改革中政治与经济两方面是相辅相成，不可或缺的。从理论上讲，政治甚至是一切经济行为能否实行的保障。安石明白这个道理，所以他在提出经济的变革措施以前，第一步计划所做的就是有关政治领域的事情。需要强调的是，帝国的根本制度是无法改变也是安石不想改变的，因此政治改革必然退到次要地位就无可厚非了。事实也正是如此，拟议中第一项改革的一个主要内容是罢诗赋取士而改用经义、策论，最为人们所赞成，但也最无效。惟一的反对者是苏轼这位天下知名的才子，他就明智地指出无论以何法取士都只是手段而非目的，诗赋佳者未必不懂治道，策论佳者未必能够临政处事。这个道理无疑十分公允。此后进行的一些政治方面的改革如恢复学校、整治军队甚至包括巩固帝国秩序和加强防御外寇能力的保甲法和保马法等，同样也没有产生决定性的影响。尽管也遭致反对，但比较而言，反对的程度也相对较轻。经济是决定一切的力量，这是一个铁的法则，王安石十五年变法的成败得失亦不例外。
条例司在紧张有序地工作着，不少本来有名无实的机构也随着施设渐张而重新忙碌起来。熙宁二年（公元1069年）开始提高吏员俸禄，这一增俸养廉的做法也涉及到职位较高的官员。国家官学及地方学校的重新设置从熙宁三年（公元1070年）到九年（公元1076年）也一直在进行着，其他措施如整肃军队的各项法令的实施同样延续了很长时间。青苗法、均输法、农田利害条约是制定较早的措施，分别发布于熙宁二年的九月四日、七月十七日、十一月三日。保甲条制于熙宁三年（公元1070年）十二月首先在京畿开封、祥符两县实旋；京城市易制度和方田均税条约均颁布于熙宁五年（公元1072年）。与保甲法相关的养马法在熙宁五、六年间由兵部实行。雇役法的酝酿修改时间最长，从熙宁二年二月开始拟议，十二月方第一次由条例司正式提出讨论，熙宁三年，五月至七月间由司农寺早成条例先在一二个州试行；熙宁四年（公元1071年）正月拟定，首先在开封一带推行；最后在十月一日正式颁布。在这些变革之举中，最主要的两项青苗和雇役法都是由吕惠卿最先拟就的，这一点决定了他对新法的态度和日后的转变。
王安石最终选择了一条以国家社会主义为主的经济政策。诸如以行政手段制定等级土地税、实行相对低息的政府贷款以及将劳役改为出钱免役等，其实质都是一种政府干预与规划经济的行为，它的目标就是国家享有生产发展的利益后再转而推动经济的进步。所以改革在某些方面甚至带有原始国家主义的色彩，比如国家专卖、平抑物价、直接控制流通领域以限制商业利润等，实质上都是从古代的制度演变而来，只在内容上使之贴近现实而已。从理论上看，国家的干预和实行社会平等政策可以避免人为的兼并和政治上的压榨，进步性自不待论，但在经济关系尚未理顺的情况下，王安石等所施行新法的动机和效果并不具备彻底平等的精神是显而易见的。
从另一个方面讲，尽管安石把“因天下之利”而非搜括箕敛作为生财的主要原则，在理念上也一直严格遵守，但实际操作中因为官吏素质及地区差异却难免发生偏误。以“青苗法”为例，第一批参与条例司工作者之一的苏辙就指出：以钱贷民，使出低息，其本意在于救民而不在利，这是好的一面；但具体出纳之时，吏掾为奸而法不能禁又将是难免的弊病。两相比较，不如单纯行常平之法，以政府调节谷价来代替贷款。引起争议最多并几乎使所有人都加以反对的青苗法其实并不是个怪物，它不过是超越了自古而来“常平”的范围而有了一个突破罢了，其核心就是政府“贷钱于民，立息以偿”，出发点是免除农人特别是贫苦下户在青黄不接时遭受豪强高利贷之苦，同时也是与高利贷者争夺利益。正如苏辙所云，本意仍佳。然而在千差万别的广阔范围内统一实行这种贷款，就未见得妥善。同时，由此而来的一系列问题是：农民是否自愿？若因灾伤，难以纳还时怎么办？官本是否会失陷？户等怎样客观评定？对豪门大户是否应强制抑配？另外，尽管二分年息较百分之数百的高利贷已是不能再低了，但是否对每个民户都合理？凡此种种都必然带来始料未及的祸害，这也是所有计划性经济政策的困窘所在。
虽然改革遇到的反对总是各式各样的，但最终却要归结到一点上，即：变革是否带来实效。自变法成为帝国的主流后，一个问题就始终在争论：民是否得其利，国是否得其财？其中前者尤为重要，这关系到改革能否在道义上站住脚。麻烦的是，在实行变法的头几年里，改革派没有确凿的事实能够证明这一点。以青苗法而论，对他们有利的只是个别地区一些零碎的反映表示赞成，但仍旧缺乏强硬的证明。反对派也一样，韩琦对青苗法的攻击是最为具体的，他列出了可能造成的四种弊端，但主要也只是出于推论，并不完全是事实。实际上安石虽然坚持原则强硬推行，但也作了重大让步，朝廷在熙宁三年（公元1070年）下诏停止对富户的抑配和禁止阻挠自愿借钱就是一个例子。可见经济行为并不同于政治原则，具体组织办法的某种欠缺和偏差将是致命的。
雇役法的实施也可以说明这一点。“役”与“赋”一样，虽然作为天下百姓对天子和国家的义务而不可或缺，但它却也是民众最沉重的负担，历朝历代都不乏苦于重役揭竿而起的事例，于是修改完善使之尽量合理就变成了一个急切的任务。新法提出“出钱免役”的雇役法，正是基于这一点而来。但这同样涉及到一个标准问题：什么人出？出多少？政府以此收入雇人充当差役，又如何计值？司马光认为，若照新法标准分贫富计纳免役钱，则不免使人不敢求富；而一些不法官吏在划分等级时上下其手，又造成了新的不平等现象。“雇役法”在具体实施中还有一个实际问题成为反对者的理由：有不少农民因为缺少货币而无法交纳免役钱，甚至不得不先用实物换取货币，从而被官府所剥削。这是由于国家金融系统的不完善而造成的，因为即使金、银乃至国家铸造发行的货币铜钱甚至纸币已广泛流通，但不能否认经济发展的不平衡会使部分地方会闹钱荒。所有这些都给新法的实行带来了严重的困难。从当时的结果上看，雇役法究竟有没有减轻百姓负担的问题同样十分模糊，从政府在“收钱—雇役”过程中确实得到了相当数额的节余这一点来看，原来想象中彻底改变“民苦于役”的目标也并未能完全达到。但有一点是肯定的，与其他改革措施一样，雇役法至少在理论上绝对要比原来的旧有制度高明得多，随着时间的推移，它终将证明自己不失为历史实践中的一个必然进步。
不过，新法的经济政策确实存在差错。但假如有心不断从实践中总结经验，许多东西都是可以得到逐步完善的。尽管偏差有时甚至会带来一时的灾难，但却不能因此而否定任何一种具有进步意义的改革。
鱼与熊掌不可得兼
不幸的是，对新法的反对几乎无一例外地出于政治上的因素。
熙宁二、三年间（公元1069—1070年）是变法的酝酿初始阶段，在这个时候，经济的得失问题尚不可能明显化。就以“青苗法”、“均输法”和“雇役法”而论，在单纯的经济利益上，也许只有富裕的庄园主和一部分产业主可以确定无疑在变法中受到一定损害，所以问题并不十分突出。从另一个角度讲，朝廷中反对变法者也并非完全是以富户与豪强代言人的身份出现的，尽管在“青苗法”抑配和利息上的争论固然可以看出他们有时确实在为富户们着想，但在道义上，反对派却没有任何理由去直接反对抑制兼并的政策。
司马光出身陕西望族，他的言论经常被视作为富户们考虑的典型，事实上他为了避免贻人口实，不得不从其他方面去达到这个效果，因此理由显得十分牵强。司马光与苏辙等人在这方面都坚持说：贫富自古不均，两者相资相恃，乃天下稳定之要素，既非所当改变，也不可能改变。但他们同时又承认贫富“苦乐不均”是个不容置疑的现实。这就注定了这种理论不可能站得住脚，所以一旦变法稍事妥协，在“青苗法”问题上停止抑配和采取更宽松的自愿原则后，他们的论点便不攻自破。
在青苗贷款利息问题上的争论就更能显示出斗争的核心其实根本不在具体的经济范畴。翰林学士范镇，这位强硬的反对者之一在给皇帝的奏疏中有一句意味深长的话，他说，朝廷行“青苗法”是变富人之多取而少取之，然“少取与多取，犹五十步与百步”。这就从根本上否定了经济之辩的意义了。
君子不言利。假如鱼与熊掌不可得兼，则必须舍利而取义，这是传统伦理最核心的内容之一。范仲淹的长子范纯仁，此时已成长为帝国政坛的一位干才，他就王安石的理财提出的原则上的诘难颇具代表性。这是在熙宁二年（公元1069年）七八月间，纯仁上书皇上，公开指责安石“掊克财利”，便超越了具体设施的分歧而表示了政见的不同。这一趋势后来被苏轼所继承发展，他在这年年底给皇帝上了一道长达七千余言的奏疏，提出了鲜明的政治观点，这就是：国家社稷之存亡在于道德之深浅，不在于强弱；王道历数之长短在于风俗之厚薄，不在于贫富。不用说，苏轼的理论就是本朝太祖以来定下的基本治国框架，如果王安石有悖于这个原则，那就不仅属于妄改祖宗法制的范畴，更重要的是背弃一条颠扑不破的真理。这种攻击才真正代表了反对者的政治依据，也说明了安石的变法为什么会造成如此众多的抗议浪潮和誓死抵抗。
与此相伴而来的是他们对安石的变法依据进行的分析和批判，这种理论上的是非定性一向是政治斗争进入高层次领域的必然要求。韩琦就认为安石动辄以《周礼》为证倡言理财是诬污圣典，范纯仁更直接地指出安石的内在理论其实就是管仲、商鞅之说，属于一种舍“尧舜知人安民之道”、讲“五霸富国强兵之术”的权诈理论。若照此施为，必将摇动人心而乱天下。在这个严峻的关头，政治理想上的异同造成的学术分歧相当严重，即使是有心维新的一部分人，对安石的主张也很难苟同。突出的代表是程氏兄弟程颢、程颐，他们是本朝杰出的哲学家濂溪先生周敦颐的学生，后来自成一家而成为所谓“洛学”的开山之祖。程氏兄弟一贯具有高尚的求道与治国抱负，大程早岁入仕，政绩显著，曾经一度参加过三司条例司的工作；小程早在仁宗时就以处士的身份上书皇帝，要求天子“建非常之功”。不过，他们过分强调以王道仁义之心来求治盛世，自与安石取法先王之政而来的富国强兵之术相去甚远。
因此，二程自然也不能赞同新法，并指责安石重利轻义、学术支离；而王安石对程颢只懂王道之至正，不知王道之权宜也不以为然。安石曾嘲笑他的政治主张空想难行道：
“公之学如上壁。”
程颢亦反唇相讥，道：“参知之学如捉风。”这是说安石取法先圣而不得要领，如同捉风一无所得。
因此所有的焦点便归结到司马光所作的总结上，这也代表了司马光本人所坚持的政治原则。他在熙宁三年（公元1070年）三月曾经往复与安石书信争论，指责安石尽变祖宗旧法，“先者后之，上者下之，右者左之，成者毁之”，表示了极大的愤懑与悲哀。自此以后，政治上的分歧演变成“变”与“不变”的鲜明对立，任何技术上的细节便不成为原则问题了。一个人政治上的选择总是与处世之道相表里，绝大部分士大夫们不遗余力反对变革从根子上讲是害怕生事、惟恐世变的百年惰性在作怪，这在元老大臣一辈如富弼、韩琦、文彦博甚至欧阳修等人身上特别明显。本朝从来就不乏所谓忧虑深沉者，这不知是否与他们读了太多史书、听了太多的教训有关，然而忧患不引产奋发反而催生苦恼，那就真是连杞人忧天都不如。这与本朝在对外方面的懦弱不堪是紧密相关的，国弱正是源于人心之弱。
五代的丧乱使太祖皇帝懂得了统一与安定的重要性，也使本朝士大夫从此就对任何情况下的动乱深恶痛绝，欧阳修撰《五代史记》，便用通篇的“呜呼”表达了这种心态。可王安石与此不同。
神宗曾有一次问安石，有没有读过《五代史记》。
安石回答说不曾仔细看过，但见其篇首必曰呜呼而已。安石的意思是：哪里到了事事皆可叹的程度呢？！
安石不同意亦师亦友欧阳修的看法，其实就是表明他与本朝以来的普遍情绪迥乎不同，他既不畏天，也从不怕事。单凭这一点，就足以在立场上与所有的人分道扬镳了。
尽管从司马光、范纯仁到韩琦、富弼都拥有不少有力的政治依据，可即使在传统伦理上依旧无法驳倒安石。祖宗旧法固然不可轻废，但因循苟简却不能不除，若法定而子孙世世守之，则祖宗何故屡自更改？这一点是安石在回答神宗对“三不足”的询问时而提出来的，它的说服力足以压倒一切。安石还拥有一件法宝，那就是任何一项有作为的举动都必然会遭致流俗的反对，只有以道胜流俗，岂有坐为流俗所胜的道理？安石自始至终都坚持这样的信念，并不断以此来影响思于进取的神宗皇帝，因此改革派取得政治上的第一个胜利是在意料之中的。
熙宁三年（公元1070年）正月间，神宗在变法与反变法交锋最为激烈的“青苗法”上作了一个妥协：下诏重申禁止青苗钱对富户的抑配。在改革派来说，这种妥协虽是不得已而为之，但也不失为一个以退为进的策略。不过，诏下后安石心情仍十分抑郁，以称疾不出并请求辞位表示自己对天子隐隐的不满。这一多少带有向皇上示威意味的举动使司马光感到愤恨，他一变往日沉稳持重只在理论上对变法进行驳斥的作风，公开发难。司马光当时任翰林学士，具有代皇帝批答奏疏的权利，于是便在安石的辞表上以神宗的名义对他进行了严厉的批评。这使得安石勃然大怒，上章辨白。最后神宗以“诏中之语，失于详阅”的手札表示了歉意，仍旧希望安石继续执政。
这件事情是个契机，使两位素来在私交上并无过节甚至还十分友善的人从政见分歧走向了面对面的对抗。司马光这一行动同时也激起了安石采取强硬的政治手段为变法扫清障碍，这也是变法走向深入后的一个必然。
在一系列的压力下，首先是范镇上表求去，诏许之；接着御史中丞吕公著、参知政事赵忭同被罢职。三位中书舍人宋敏求、苏颂、李大临亦被罢卸知制诰之事权。安石特别对台谏官员进行了调整，数月之间，人员几乎全被撤换。早在此前，权知开封府郑獬、宣徽北院使王拱辰、知制诰钱公辅等就因不同意新法而被解职外任，范纯仁甚至在安石的盛怒下降职左迁，富弼、韩琦、张方平等一班元老也早已自动挂冠求外。到了熙宁四年（公元1071年）初，欧阳修、曾公亮甚至一度与安石尚还不甚对立的陈升之也在无奈之下自请退位。在这先后，苏轼、苏辙与程颢、程熙两兄弟也离开了朝廷。最后是司马光，在九上辞表后终于未能被天子挽留，先是出知永兴军，三月份，请求致仕被批准，归居洛阳。值得注意的是，司马光自此绝口不谈政事，只是在洛阳埋头于读书著述。这也许是大痛苦之下必有大无奈的缘故，但更多的是他以自己独有的儒家精神在磨炼斗志，用沉默来表示抗议。这与那些囿于个人进退和好胜意气而信口雌黄、造谣中伤的人相比，倒确实是不可同日而语的。
与此相应的是又有一批新人步入帝国政坛的中枢要地，诸如安石的左右手之一韩绛入兼参知政事，谢景温进入御史台，曾布出掌司农寺等。不过，神宗在这些人事过程中仍旧巧妙地作了一些调节，他不顾安石的反对，先后进一步提高了御史中丞冯京和三司使吴充的地位。尽管冯京的擢升是安石为调离吕公著而不得不作的让步，但这两位确都是坚决地反对新法的人。皇上的这一举动表明一个想法已经开始抬头：作为天子是不能容忍对立双方中的任何一方完全压倒另一方的，否则独一无二的神圣权威必然会受到动摇。这是个危险的信号。
熙宁三年（公元1070年）十二月十一日，韩绛、王安石两人同时拜相，与此同时，“保甲法”和“雇役法”两项重要举措开始实施，标志着变法运动进入了高潮。此后的两年，变法不仅继续深入而且逐渐开始产生效果。先是在对外方面，王韶这位继范仲淹之后本朝又一位杰出的治边人才，在安石的一力支持下，于熙宁四年（公元1071年）招抚了一个较大的吐蕃部落，使二十万人归附大宋，本朝疆土也因此拓展了近一千二百里。此后，王韶不断乘胜进攻，最终在熙宁六年（公元1073年）将西夏以南的大部分吐蕃部落收服，彻底切断了吐蕃、西夏之间的联系，成功地实现了他早在八年前就提出过的使夏人腹背受敌的目标。这是自澶渊之盟以来的第一个重大的对外军事胜利。这一次成功的取得固然与王韶的经略之才和安石的正确方针密不可分，一系列政治军事改革使得帝国的国防边备有了较大的增强也是一个重要的原因。在王安石主持下的新政方面，熙宁四年（公元1071年）是几个重要的变法举措实施推广的年份，继前两年的青苗法之后，雇役法再一次引起了广泛的反对，但由于安石的强硬对策，改革的趋势仍旧没能被反对派动摇。
人将如何忍公
在取得胜利的同时总是要犯错误，这是历史上所有的激进者共同的毛病。安石对来自反面的意见过于敏感了，他在政治上排挤一切的做法使敌对势力空前壮大，这种局面使得本来属于一种正义行动的改革看起来倒成了少数人一意孤行的倒行逆施。在野的受压制的一方似乎总是正确的一方，这种约定俗成的概念使得不少毫无原则的人跟着反对派同声谴责，也使得改革所面临的压力达到了一个空前的程度。即使安石从不畏惧所谓的天下怨谤，神宗却不一定能够无动于衷，更何况变法派内部本身并不都像安石一样具备这种不折不挠的天性而坚如磐石。熙宁五年（公元1072年），随着方田均税条约的实施特别是“市易务”这一机构的建立，更大的政治冲突终于爆发。
市易务的建立出自一位布衣之士魏继忠的建议，它的出发点是由国家来平抑京城过于波动的物价，打击垄断富商。其实质归纳起来就是一句话：物价低时稍增价买进，以保护普通商贩；物价高时则稍损价卖出，以保护平民。这一做法原先仅在京城实行，后来也逐渐推广到一系列重要城市和地区。这本是典型的国家干预政策，也是自古以来的常法，在理论上并无可厚非。但是，此中却有一个潜在的结果，即：政府同时也能从中得到一些利润。这就又不免使反对派老调子重弹，发出所谓的义利之叹了。惟一尚在朝中的元老大臣文彦博便认为这是有损国体的行径，在他看来，堂堂大国惶惶求利，实在是无可容忍。
更直接的导火线是熙宁六年（公元1073年）八月“免行钱”的实行，这是市易政策推行后的一个附带产物。所谓“免行钱”，其实就是一种商业税，它规定京城各行业按利润厚薄交纳，税款付讫后即免除各行户对官府的无偿供应。不用说，这种手段因为能在保护商业的同时更能为政府增加财政收入，所以同样为反对者所痛恨；另外，货币税收总是会引起不同程度的对立情绪，加上收钱标准和具体实行也很难做到公平无误，因此再一次引起争议并不奇怪。不过，免行钱一事引起严重的冲突倒不在于上述几方面，这一次惹起麻烦的根子在于它的打击对象同时涉及到了政府机关、宫禁及皇族中的有关方面。具体而言，就是负责采办公家及宫廷用度的大小官员和宦官，以及参与某些垄断经营的部分皇族。正是这个缘故，此法在实行一年后，反对的呼声几乎来自各个阶层，大家都异口同声地说此法颇“不便”，甚至有消息说，两宫皇太后亦为此泣下。巧的是，自熙宁六年（公元1073年）七月至七年（公元1074年）四月京城一带地区滴雨未降，引起了严重的旱灾，朝野纷纷传言：此乃朝廷收免行钱之故。有一位地方官郑侠甚至密上了一张《流民图》道：若将一切掊克不道之政尽数罢去，十日之内再不下雨，即请斩臣首以谢欺君之罪。这下不由得神宗不慌了，四月初六，天子度过了一个不眠之夜后，下令暂停青苗、雇役、方田、保甲等八项新法。岂料，诏下后果真雨下。天命虽不可畏但天意却高远难测，安石第一次感到了无可奈何。
尽管吕惠卿在天子面前痛哭流涕，暂时使神宗收回了成命，只罢除了方田均税一法，但在如此天灾人祸面前，改革面临挫折已是在所难免。十九日，安石已无法再安其位，遂上表辞相，请求外任使职。神宗当然不甘就此罢休，天子更不愿相信他的一腔热诚竟会败坏天下，于是再三挽留安石，希望安石至少能以天子师傅的名义留在朝中，但这对安石来说已毫无意义，去意甚坚。在赴知江宁府之前，他向神宗推荐了韩绛代替自己，并特别擢升吕惠卿为参知政事，以辅助天子继续未了之功。安石去后，变法的步子虽没有从此停止，但事情起了一些变化。
变法派成为了时事的中心。
在变法派的几巨头中，除了王安石，主要就是韩绛、吕惠卿、曾布、吕嘉问、章惇五人。韩绛的地位最高，但才干有限，处事无方，他在前几年曾自请出使陕西、河东，也一无建树。曾布是安石好友曾巩的胞弟，时以翰林学士兼三司使，从地位上讲是仅次于韩绛的第二号人物，几年来与吕惠卿共同参与了绝大部分变法的筹划。曾布此人对变法的态度是十分坚决的，可也许是在与吕惠卿起草变法章程时意见不同而产生矛盾的缘故，他与吕惠卿关系一直不好，进而对时任提举市易司务的吕嘉问也有些不满。由于一时冲动，当熙宁七年（公元1074年）三月，神宗在一系列压力下密令曾布调查免行钱过程中的问题时，曾布竟不顾全大局，参劾吕嘉问违背市易原则并有不法行为，同时还间接地批评了一下免行钱措施。因为曾布所报与事实多有出入，而吕嘉问也有办事不明的现象，在曾、吕当廷对质后，神宗各打五十大板，两人皆被罢黜。曾布的这一做法显然在客观上帮了反对派的忙，自然使安石、惠卿极为生气，这是改革派内部发生的第一次裂痕。
吕惠卿无疑是变法派内部最关键的人物，也是除安石之外对变法做出最大贡献的人。从熙宁二年到七年，他先后在制置三司条例司、司农司、国子监、军器监任职，兼任过知谏院、知制诰及翰林学士，直到入居参知政事成为副相。尤其重要的是，绝大部分新法的创制发明都出自他的倡议，包括许多具体内容的拟定；在理论战线，他与安石的长子王雱共同修撰由安石审定的《三经新义》，也做了大量的工作。所有这些都不仅为安石所肯定，亦为神宗所赏爱。因此，吕惠卿在安石之后成了反对派另一个主要攻击目标，为安石分担了巨大的压力。
惠卿极其聪明，更兼学识渊博，既不乏理论水平，又具有实际操作能力，是个典型的能人。这种人最大的可贵之处在于沉溺理想之中，具有高昂的工作热情和强烈的事业心，最大的缺点是不可避免地在人际关系上有欠周到。在具体工作中惠卿不仅难免与安石发生物抵牾，和其他人如后期参与变法工作的沈括、李承之等也多有嫌隙之处。在安石的主持下这种问题尚不至于突出，可安石一旦离去，隐患就开始暴露。曾布事件发生后未过多久，韩绛也对吕惠卿产生了不满。
尽管朝野闲话称韩、吕两人一为“传法沙门”、一为“护法善神”，但实际上韩绛并没有做多少工作，而是吕惠卿一力主持着变法的深入和对抗着各方面的攻讦。熙宁七年（公元1074年）六月，郑侠自攻击安石得逞后，又上了一道《正直君子邪曲小人事业图》，放言“国忠已诛，贵妃未戮，人以为贼本尚在”，矛头直指惠卿。惠卿展开反击，禀告皇上并使神宗予以重责，借天子之手压住了郑侠的嚣张气焰。紧接着在七月，惠卿创订“手实法”，加强了民户财产的清查，以保证免役钱的平均交纳。最后在熙宁八年（公元1075年）正月又成功地将郑侠清除出朝，同时还使冯京被罢。惠卿一旦得以施展手脚，他的热情和创造力是无穷的，因此也免不了过于冲动，有些做法包括“手实法”甚至使远在金陵的王安石亦来信表示不同意见，这些都为他以后遭致无端的诽谤埋下了种子。在惠卿的风头面前，韩绛终于不能忍受，遂密请神宗重召安石。这个想法正与天子不谋而合，于是在安石罢相十个月后的熙宁八年（公元1075年）二月十一日，皇上又召安石复相。不用说，惠卿对此十分失望。
虽然他从心底来说不反对安石重执朝柄，但这件事情使惠卿受到了伤害是无疑的，因为这明摆着就是对他的不信任。跃跃欲试的雄心被兜头浇上一盆凉水，这种心情对任何人来说都无法排遣，惠卿当然也不能免俗。更何况安石受诏后竟一无辞谢立即就道，七天后就赶到了京城，更使惠卿十分伤感，开始萌生去意。改革派这次发生的裂痕十分明显，在某种程度上决定了变法今后的去向。
事实证明王安石选择重新回朝并不是个高明的决定。复相后不久，韩绛首先和他发生分歧，闹了点意气后竟挂冠而去；接着是吕惠卿又不满于安石对他的怀疑态度，心下十分伤感，也上章求外。天子自然无法体会此中的微妙，他问惠卿：何故无事而数求去？是否因与安石在商议用人方面有所不合？
惠卿的一番话实际上已经很明显了：“用人之议与臣去留无关。前此安石为陛下建立庶政，不料千里复来后竟一切托疾不问，与昔日大异，不知欲将大业付与何人？！”安石身体两三年来一直不好，但复相后托病不问事，在惠卿看来似乎是意有所指，所以他才说出此话。
神宗道：“安石何至于此！”
说到这里，惠卿的情绪已经控制不住：“安石不安其位，是因为臣在。不如逐臣外去一听安石，天下之治可成。”显然，惠卿同样也太过于意气用事了。
这一年的八月，御史蔡承禧奏劾吕惠卿与章、李定等人结成死党。接着，御史中丞邓绾又揭发出他与兄弟吕升卿强借华亭富民五百万钱，与知县张若济合伙买田之事。如此一来，惠卿自己要走都走不成了，十月，被罢，出知陈州。邓绾也曾不遗余力地参与了改革，但安石罢相后一度倒向惠卿，此番举报虽出于对安石的献媚，但肯定也得到安石的默许。就事论事地说，虽然惠卿的弟弟升卿在这件事上当负主要责任，但惠卿也不是一点过错也没有。在反对派来说，惠卿永远都是打倒王安石、分化改革阵营的突破口，因此他们一直在千方百计地寻找着机会，并不断地散布谣言，可一直没有得逞。令人悲哀的是，最后将惠卿撼落的却是改革派自己。内部的分裂比任何外来的力量都强大，这个事件就是再好不过的例证。
韩绛、吕惠卿固然要为最后的分裂承担主要责任，但安石也难逃其咎。安石执政数年来，由于敌对浪潮的浩大，不得已以一人与万人战，在长期的紧张与气愤下，固执的性格便显得越发突出。他不能容忍任何对变法的反对固然反映出他的鲜明斗志，但他不能容忍同一阵营的不同意见则是一种偏执行为，这对他所从事的事业显然是得失参半。一贯支持父亲的王雱，就在这个时候对他说了一句用心良苦的话：
“公不忍人，人将如何忍公？！”
安石当时默然，显然他知道自己的这个缺点。但天下人皆不同己给他的印象太深了，他无法对此释然。韩绛与吕惠卿的辞去又加深了这种感觉，安石矛盾的心态由此加重并不奇怪。在回到相位不到两年的时间里，安石除了在道义上不断地为他的变法理论进行辨白之外，确实没有做进一步的实事，惠卿的指责也并不是空穴来风。最后的契机是熙宁九年（公元1076年）六月，爱子王雱不幸英年早逝，给了安石以巨大的打击，他的无畏精神和一腔热忱终于从高峰坠落，遂不断上表请求告老还乡。此时安石五十五岁，人到晚年百事哀，贤者如安石，也没能避免这个人性共同的弱点。熙宁九年（公元1076年）十月，安石第二次罢相出京回到江宁府，次年六月，又辞去“判江宁府”的官衔，正式退休。
历史也有着它独特的惯性
用之则行，舍之则藏。安石在江宁府金陵城东门外蒋山之麓，筑屋凿塘，号为半山园，在此度过了最后的十年。在这十年中，安石虽未忘怀于庙堂，但更多地是在思考和反省，在寄情山水中排遣自己的忧伤。除了跨驴出游之外，安石总到附近的定林寺里去读书著述，他的《字说》就是此时写成的。
