孟皇后回到皇宫居住后，发现已经物是人非，不由得十分感慨。她与宋徽宗皇后王氏关系极好，引为闺中知己。只是，孟氏这个二度皇后当得并不长久。元符三年（1110）七月初一，向太后下诏罢同听政。半年后，向太后病逝，宋徽宗正式亲理朝政。宋徽宗重用的蔡京等人勾结元符皇后刘氏，致使孟氏再度被废，加赐号“希微元通知和妙静仙师”，重居瑶华宫。据说，孟氏离开皇宫时，宋徽宗皇后王氏深感过意不去，孟氏却笑着说：“总算又可以离开这是非之地了。”如此胸襟，自非元符皇后刘氏所能相比。甚至连宋徽宗与王皇后谈论孟氏时，也忍不住感慨地说：“元祐皇后实在是可敬的。”
元符皇后刘氏如愿以偿地赶走孟氏后，又妄图干预政事，且行为不谨，由此引起宋徽宗的不满，于是与辅臣计议，打算废掉元符皇后刘氏。刘后的心腹宦官郝随听说后十分恐惧，因为历来废后都要连带追究皇后身边的人。实际上，刘后干政，确实是受了郝随的怂恿。为了保全自己，郝随只好牺牲刘后，对其百般辱骂，逼迫她用帘钩刺喉自杀。刘后死时年仅三十五岁。
孟氏重回瑶华宫后不久，瑶华宫失火，她不得不移居延宁宫，延宁宫不久又毁于火。而朝廷也不给安排新的道观居住，因为无家可归，她只得住进弟弟孟忠厚家。然而，命运有诸多巧合，恰恰如此，孟氏反而逃过了一场大浩劫。
靖康二年（1127年），金兵攻陷汴京（开封），自宋徽宗、宋钦宗二帝始，三千多后妃、皇子、公主以及宗室近戚，都被金兵俘往北国。北宋就此灭亡。孟氏因住在宫外民居，竟然奇迹般地得以保全，幸免于难。由于孟氏特殊的身份，同年四月，她重新被宋臣尊为元祐皇后，垂帘听政。孟氏听政之后，立即派人把宋徽宗唯一幸免于遇难的儿子康王赵构接回，请他即皇帝之位。赵构对伯母的眷顾之情感激涕零，其后，赵构在南京（河南商丘）即位为宋高宗，史称南宋，尊孟氏为“元祐太后”。为了避其祖父孟元之讳，改称“隆祐太后”。
建炎三年（1129年）三月，护卫统制苗傅、刘正彦发动政变，逼迫宋高宗让位给三岁的皇太子赵旉（音fu，同敷），企图让孟太后听政，被孟太后拒绝。不久，韩世忠、张浚等平息兵变。
绍兴五年（1135年）春，孟太后患了风疾，死于越州行宫，终年五十九岁，谥号“昭慈圣献皇太后”。亡国之君宋徽宗赵佶也死在了这一年，不过却是死在了金人的五国城，死后尸体还被熬炼成灯油。
