拿破仑最忠实的朋友朱诺热情地劝他逃跑。“我的良心是平静的，”拿破仑告诉朱诺，“不要为我采取任何鲁莽的行动，否则只会陷我于不义。”他相信无罪的事实自能证明一切，他知道他有真正的敌人弗雷隆，但他还有更加有影响力的朋友和盟友巴拉斯。在给另一位朋友的信中，拿破仑承认：“我有些为小罗伯斯庇尔的惨死而伤感，因为我喜欢他，我感觉到他是完全真诚的。但是……如果他当真要当独裁者，即使他是我父亲，我也会刺杀他的。”
后来，和开始一样出乎意料，拿破仑的囚禁生活结束了。迪马比翁将军经过反复思考，下令释放了拿破仑，但他不能离开本地。他拒绝马上恢复拿破仑在意大利方面军中的职务，直到他“通过他对公众利益的热情和他的个人行动表示出他值得我们信任为止”。 因为，他的前上司说：“我们相信他的军事才能还能够为我们提供服务……特别现在像他这样有能力的人尚不多见。”
事实上，拿破仑是罗伯斯庇尔倒台后遭到逮捕的74名军官之一。后来，由于无法解释的原因，最初要求逮捕拿破仑的萨利切蒂，也许是经过他的好友约瑟夫·波拿巴的调解，不但撤回了所有针对拿破仑的不实指控，而且推荐他做解放科西嘉的远征军统领！不管怎样，英国人控制着地中海，法国想从海上增援是不可能的，而拿破仑则想离开这个地狱般的地方，如果不能离开法国的话。于是1795年5月，他东山再起，又以旅长身份在西路军指挥炮兵部队了！
尽管恢复军内的原职并获得新的任命，使他如释重负；但拿破仑对卷入法国内战并无兴趣，因为西路军的使命是消灭法国保王党以及一切敢于反叛法国政府的人。
于是他和朱诺、军校同学马尔蒙以及他的弟弟路易一起动身去巴黎。一路上拿破仑尽可能地拖延，直到月底才到。此时发生了另一场革命（20日），雅各宾余党的暴动致使拿破仑有影响的朋友都逃离了首都。虽然拿破仑逃过了再次遭到囚禁的厄运，新政府竭尽全力激怒他，撤销了他在炮兵部队的一切职务，将他调到步兵旅，作为对他的羞辱……
起初拿破仑很生气，然后他要求休假以便“恢复健康”， 与朱诺和马尔蒙一起闲居于巴黎拉丁区一家偏僻的旅馆。拿破仑甚至想到过在奥斯曼帝国军中申请一个职务。然而，过了不久，他就在巴黎找到了一件差使，在救国委员会地形测绘局任职。同时，他向政府提交了一份进攻意大利的计划。他们对这个计划发生了兴趣。
至于说到拿破仑的私人生活，仍和以前一样一筹莫展。1794年8月1日，哥哥约瑟夫与朱莉·克勒里在马赛城外的居斯村结婚，家里没有其他人参加婚礼，连当时在距离那里不远的尼斯的莱蒂齐亚和拿破仑也没有去。只有新娘的母亲和两个妹妹欧仁妮·德西蕾和奥诺莱出席了婚礼。
通过约瑟夫，拿破仑和这个家庭有过早期的接触，并达成了一种他将和欧仁妮·德西蕾成婚的默契。虽然有过多次幽会，克勒里一家人对于在家中再增加一个身无分文的波拿巴的前景并不是十分高兴，特别是这个不善交际的旅长。因此，拿破仑和德西蕾在走着瞧的情况下分开了。直到1795年夏天仍然没有做出决定。
到了9月中旬，当拿破仑接到命令组织一个8人军事使团到土耳其帮助苏丹组建帝国炮兵的时候，他的这种不稳定的状态更加恶化了。拿破仑一直希望得到比这个任命更好的差使。获悉巴拉斯将军现在仍然在领导国防事务以及过去由于缺乏“共和精神”而被解职的军官又都官复原职的消息后，拿破仑仍然保持乐观，抓住这个机会在10月3日（葡月12日）到杜伊勒里宫去求见巴拉斯。
同一天的午夜，成千上万的大多数属于工人阶级的巴黎人和保王党举着旗帜进军杜伊勒里宫。次日黎明时分，数万强壮的叛军已经就位，此时巴拉斯正在焦急地等待从郊区调来的援军。凌晨时分他召见了拿破仑，命令他调动炮兵保卫杜伊勒里宫。很明显，时间是非常紧迫的。拿破仑立即调遣身材魁伟、有着一头深黑卷发的27岁的骑兵军官缪拉来执行巴拉斯的命令。缪拉几乎像变魔术般地从郊区弄来了40门威力强大的火炮和弹药，拿破仑对这些兵力进行了精心部署，城边的街道上也由正规军筑起了街垒。但是，由于古老的街道过于拥塞，他将大部分重炮置于杜伊勒里宫的对面，构成了宽阔的火力网。
叛军的第一次攻击击溃了在杜伊勒里还来不及部署的部队，但是正规军团用枪械守住了阵地，到下午两点双方仍僵持不下。到了3点，叛军发动了一次更加有力的进攻，突破了防御部队，威胁着国民会议的安全。防御兵团重新控制局面之后成功地将进逼的武装部队击退。正在守候的拿破仑下达了开炮的命令，于是几十门大炮将叛军炸得血肉横飞，对付他们仅用滑膛枪是不行的。叛军一片混乱、败下阵来。清理街上14,000具尸体用了数小时，正如拿破仑在给约瑟夫的信中所说的那样：“敌人在杜伊勒里向我们发起攻击。我们把他们消灭了不少。他们打死了我们30个人，另有60个人受伤……现在一切复归平静。如同以往一样，我没有伤到一根毫毛。我真是太高兴了。”
