达武和贝纳多特在10月14日凌晨4点接到拿破仑的命令，要他们放弃瑙姆堡和奥尔斯塔特之间的北部地区，朝南进军以协助他攻打耶拿。14日6时，达武的先头部队抵达奥尔斯塔特东北的汉森豪森村，浓雾之中，正好遇上普军主力的前卫。两军对峙，达武陷入了布伦瑞克63,000人和230门火炮的重围之中。其左翼居丹遭到由布吕歇尔③的骑兵和步兵做后盾的4个普军军团的攻击。达武的处境十分危险。
就在奥尔斯塔特附近、正在朝耶拿前进的贝纳多特军接到了达武的求救信，贝纳多特借口不能违抗拿破仑的命令而拒绝前去助达武一臂之力，贝纳多特历来不喜欢达武。这是在拿破仑的重大战役中第一次出现将领相互见死不救的情况。此后，类似的事情将时有发生，这会使法国和法国的大军处于十分危险的境地。
贝纳多特军继续懒洋洋地朝耶拿城前进，很晚才到达——这是惟一一个在这次战役中成功地躲避了两场血腥大战的军团。拿破仑对贝纳多特不去援助达武以及迟迟才赶到耶拿十分生气——8英里路程，他们整整走了5个小时。如果他早一点赶到，至少可以有力地阻止普军的溃逃，免去法军朝北越过整个普鲁士穷追普军之苦。拿破仑在瑙姆堡当着一批军官的面说：“我要把他提交军事法庭审判……”拿破仑没有忘记，就是这个贝纳多特，在几年以前任西布里塔尼军司令时，曾经卷入过推翻拿破仑第一执政的阴谋——拿破仑应该在那时就对他下手才是，现在已经为时太晚了。现在，贝纳多特的妻子德西蕾是约瑟夫妻子的妹妹，这个裙带关系又救了贝纳多特的命。
在奥尔斯塔特陷入重围的达武仍然在英勇奋战，普军总司令布伦瑞克见法军顽强抵抗，亲率一团榴弹兵冲锋，被飞弹击中头部而亡。普军群龙无首，各自为战，很快就处于不利地位。倒霉的普王失去了爱将，决策连连失误，加之11时莫朗的师团赶到，加强了法军左翼，解救了居丹，使他能加强中路。普王最后不得不下令整个普军向魏玛方向撤退。
“到12点30分为止，骄傲的普军已经朝西北方向丢盔卸甲而逃。”拿破仑在下午4点成功地结束了耶拿战役。4点半，精疲力竭的达武也成功地结束了奥尔斯塔特战役。法军在耶拿和奥尔斯塔特两大战役大获全胜，普军几乎全军覆没。达武以2万人的劣势兵力击败了5万人的普军主力，消灭普军达10,000多人，伤数千人，俘虏数千人，缴获大炮115门，在法国军事历史上记下了光辉的一笔。达武为此也付出了沉重的代价，阵亡将士达7,000多人，各部减员达40%。而耶拿战役中拿破仑减员仅5%。
“达武元帅的军团创造了一个奇迹。”拿破仑对达武的英勇作战称赞不已。“这位元帅表现了他卓越的勇敢和坚定的性格，这是作为一名武将所必不可少的。”但是在给约瑟芬的信中，拿破仑没有提到达武的“卓越的勇敢”和非凡的战功。“Mon amie（我亲爱的），”他在耶拿战役之后给约瑟芬的信中说，“我用妙计打击普鲁士人，昨天我打了一个了不起的战役。”
拿破仑在官方的公告和报道中也没有给拉纳和他勇敢的军团以应有的嘉奖。和奥斯特里茨战役一样，这位伟大的皇帝显然有些嫉妒他的部下。不过，现在拉纳对他曾经真心赞美过的拿破仑已经多有轻蔑之意：有一次，当拿破仑威胁拉纳时，拉纳毫无惧色地将手放在长剑的剑柄上警告这个科西嘉人做事不要太过分。
普军继续朝马格德堡溃退，企图从海上逃跑。拿破仑于10月15日下令展开了战史上著名的大追击。贝纳多特的生力军和拉纳军、苏尔特军、缪拉军以及奥热罗和达武的军团兵分三路展开了全线追击。到10月24日，他们逼近了柏林；次日，达武的军团开进了柏林城。27日，拿破仑来到柏林城下，一进柏林他首先来到腓特烈大帝④的半身塑像前，向他崇敬的德意志武士脱帽致敬。
与此同时，拉纳按照拿破仑的命令继续率部追击普军的最后残余。饥饿疲劳、魂飞魄散的普军向北逃跑，一路遭到贝纳多特、苏尔特和缪拉的穷追猛打。10月28日，霍恩洛厄在普伦茨劳被缪拉军包围，不得不率军投降。
布吕歇尔和魏玛公爵的2万多人逃到了靠近丹麦国境的卢贝克，丹麦国王出于对拿破仑的畏惧，不准他们入境。11月5日和6日，3位法国元帅赶到卢贝克，将布吕歇尔的乌合之众团团围住，布吕歇尔溃不成军，只得放下武器投降。
普军最后一个尚未投降的要塞是由克莱斯特将军守卫的、位于柏林西南的马格德堡，11月10日，克莱斯特带领全部守军22,000人和600门大炮，向法军的内伊元帅投降。和占领卢贝克时一样，占领马格德堡的法军冲进城市的街道和房屋，如入无人之境。至于普鲁士国王和他的爱妻、女中豪杰路易莎王后，带着少数人马逃向波罗的海边的军事重镇柯尼斯堡。
