拿破仑的下一个动作就是派遣勒费弗的新军团前去攻占格但斯克。这个任务十分艰巨，从3月18日开始出发，直到5月29日格但斯克的守军才投降。
沙皇亚历山大拥兵11.5万人继续对付法国侵略军，俄国和普鲁士于1807年4月26日秘密签订的俄普防御条约加强了俄国的防御力量。而在波兰的菲肯斯坦城堡，拿破仑眼下将要做两件事情：一是彻底消灭本尼格森的难以捉摸的军队，二是攻占哥尼斯堡。他决定将这个漫长而痛苦的战役尽快结束。因此，当拿破仑得知本尼格森的军队在华沙北面离开哥尼斯堡不远的海尔斯堡时，他立即向深沟高垒的海尔斯堡进军。6月10日，双方在海尔斯堡展开了激烈的战斗，直到晚上11点。法军死伤10,000人，俄军8,000人。海尔斯堡战役俄军虽占了上风，却主动放弃了海尔斯堡，朝哥尼斯堡战略转移，经过艾劳战场，前往多姆瑙。
法军旋即转入追击，6月13日，法军回到艾劳附近。拿破仑决心在敌人进入哥尼斯堡要塞之前，拿下这个普鲁士的最后据点。双方军队冒着大雨行军，为抢先到达目的地进行了一场意志和耐力的较量。
6月14日晨，法军第五军团赶到弗里德兰，这时俄军也已到达。拉纳不愧是拿破仑始终值得信赖的将领，他立即抢占了有利地形，架好火炮进行射击，阻止正准备利用阿勒河上惟一一座桥梁渡河的俄军。拉纳以10,000人的兵力顽强地抗击俄军50,000人，战斗一直打到下午5点。这时拿破仑率领第六、第八、第一军团和近卫军赶到。疲惫不堪的拉纳军顿时士气高涨。弗里德兰战役法军取得了辉煌的胜利。拿破仑一面分兵三路包围了弗里德兰阵地，一面集中炮火向集中在阿勒河湾的俄军猛烈轰击。俄军顽强抵抗，但指挥官的致命错误葬送了俄军。他们被挤在三面环水的口袋里，惟一的逃生之路——大桥被法军的大炮轰塌，俄军跳入阿勒河中，溺死者无数。幸存者朝北仓皇逃跑，法军追击到晚上11点。这次法军的损失相对较小——8,000人，而俄军死伤高达20,000人。法军还抓获少量俘虏，缴获80门大炮，本尼格森的败局已定。4天之后，俄皇亚历山大被迫求和；1807年6月23日，双方正式休战。打败了沙皇的军队，离开华沙后，拿破仑第一次有了笑容。“我的孩子们用最好的方法庆祝了马伦哥大捷的纪念日。”他在苏尔特攻占哥尼斯堡、本尼格森逃往波罗的海岸的提尔西特时，给约瑟芬的信中这样写道。
6月14日，当弗里德兰的狼烟渐渐散去时，拿破仑从1805年秋开始发动的包括乌尔姆战役、奥斯特里茨战役、耶拿和奥尔斯塔特战役、艾劳战役以及弗里德兰战役在内的漫长、血腥、毁灭和不必要的军事行动，终于告一段落，死伤总共达15万人。艾劳战役之后，连爱国的法军也不再高呼“皇帝万岁”而代之以和巴黎街头相同的“面包与和平”的呼喊了。巴黎圣母院照例举行了庆祝胜利的弥撒，但是父亲和母亲却不能不为明年的80,000名新兵的命运祷告。连久经沙场的本尼格森也对康斯坦丁大公痛心疾首地说：“这哪里是战场？这简直是名副其实的浴血屠宰……”和平已是人心所向。
尽管沙皇手下的主战派不愿和拿破仑媾和，但沙皇的将军们，特别是其爱将本尼格森不愿意继续这场“浴血屠宰”。塔列朗于6月18日在格但斯克得知拿破仑的战况，向拿破仑报告道：
陛下，我终于了解了一些关于弗兰德里战役的细节……但我不仅将它视为高兴的光荣时刻，而且希望它成为即将来临的和平的前兆或保障，那是陛下和您的臣民历经无数艰辛、困难和危险而受之无愧的和平……
此时，拿破仑向俄皇表示：如果现在签署和平条约，俄国可以将它的疆界朝西一直推进到维斯杜拉河。于是，沙皇于6月22日在停战协定上签字——和谈可以正式开始了。“法俄联盟始终是我的心愿。”心满意足的拿破仑在两天后给俄国皇帝写信时这样说道。
1807年6月25日下午，沙皇亚历山大在骠骑兵的护卫下来到涅曼河边，等待了半小时之久，拿破仑才在河对岸出现。为了使亚历山大不必走到法军占领的涅曼河岸这边，拿破仑也不必到俄军占领的涅曼河岸那边，就在涅曼河的中央安置了一排大木筏，木筏上构筑了一个装饰华丽的房屋，两边各有一门通向室内。两国皇帝同时上船，但拿破仑抢先一步进入房间，打开房间的另一扇门，迎接亚历山大。
两国皇帝进行了热情的拥抱。随后双方屏退左右，开始了50分钟的首轮会谈。会谈后，两国皇帝面带微笑地介绍了自己的随员，亚历山大扶着拿破仑登上了船。应沙皇的请求，拿破仑同意与丧魂落魄的普鲁士休战，协定由贝尔蒂埃和普鲁士国王弗里德里希·威廉三世的大臣签订——等在涅曼河岸的普鲁士国王因被排斥在会谈大门之外，心急如焚。曾经与拿破仑不共戴天的32岁的俄国皇帝，在会谈之后对拿破仑已是崇拜不已，这使他的随从们大为惊异。“人们爱我、恨我，”拿破仑有一次这样说道，“捧我、踩我，然后再捧我。”亚历山大就是一例。
