但是，内阁的危机并没有就此终结。当康佩尼在8月中旬刚搬进外交部时，拿破仑出人预料地任命原法兰西银行行长克雷特取代康佩尼为内政大臣。内阁改组尚未到此结束。身为瑞士纳夏泰尔大公的贝尔蒂埃，被调离陆军大臣一职。后来的费尔特雷公爵、被人称为“书桌将军”、“墨水元帅”克拉克将军顶替贝尔蒂埃，任陆军大臣。拿破仑的选择十分糟糕。克拉克不仅不能和贝尔蒂埃相比，而且也缺乏忠诚，与波旁王室暗中来往。
内阁风波并未到此结束，因为宗教事务大臣约瑟夫·波塔里斯病逝，需要物色一个能执行拿破仑的宗教政策并能和罗马维持外交关系的人。拿破仑选择了国务大臣比戈特担任该职。此外还有其他一些人事更迭：由于朱诺将军和卡罗琳·波拿巴·缪拉之间的人所皆知的暧昧关系，他被调离巴黎军事长官一职，担任新组建的比利牛斯军司令官，这间接反映了拿破仑起始于葡萄牙、结束与西班牙的长期纷争的新政策。拿破仑选择这位反复无常的指挥官担任该要职实属失策。
在重新披挂上马、鼓舞军威、离开巴黎到新的战场去获得荣誉之前，1807年8月19日，拿破仑取消了保民院，罪名是保民院中有一种扰乱法国的不安定的民主精神。报刊上的任何批评意见都是拿破仑所不能容忍的。他查封了一家报社，理由是“亲英”；又警告另外两家报社：如果不立即停止发表批评文章，将被查封。拿破仑还有其他事情需要处理：加强了“大陆封锁体系”的执行；改变他对付教皇庇护七世的政策，以及不久之后将要出现的伊比利亚半岛的问题，不过这个问题可以用他的军队来解决。
拿破仑从波兰回国后，在约瑟芬面前继续充当丈夫的角色，对约瑟芬隐瞒了他和瓦莱夫斯卡伯爵夫人在波兰发生的风流韵事，但是他的这段风流韵事在皇家圈子里已是人人皆知。自拿破仑执政之后，约瑟芬拒绝了许多幽会的机会，包括她自己的男友和奥坦斯的男友，一心恪守妇道。听说丈夫又要前往意大利，于是恳求拿破仑带她同去，却遭到拿破仑的拒绝。
在富歇和塔列朗的操纵下，此前法国首都盛传拿破仑王位继承权和继承人的必要性的流言——换句话说就是拿破仑应该和约瑟芬离婚。富歇为拿破仑选择的第二任新娘是沙皇的妹妹凯瑟琳。那年的秋天，这位警务大臣费尽口舌，力劝约瑟芬让出皇后的位置。约瑟芬被这突如其来的请求搞得十分狼狈，含着泪水扑到拿破仑的怀里，拿破仑立即否定了这些流言：“你知道得很清楚，我离开你无法生活。”虽然他和妻子离开了整整10个月，他仍然活得很好，但他这样劝道。事实上拿破仑从波兰回来之后，对约瑟芬的态度始终若即若离。多嘴的奥地利大臣梅特涅幸灾乐祸地说：自从波兰回来之后，拿破仑无论白天还是晚上都很少和约瑟芬在一起了。
拿破仑从提尔西特回来后还有一些引人注目的变化。拿破仑在宫廷中执行严格的礼节：任何人未经现在被封为宫廷总监的迪洛克允许，不得靠近拿破仑超过一臂的距离。1807年秋季重新在枫丹白露举行一年一度的狩猎活动时，拿破仑邀请了1,200名“客人”，其中包括陪同大臣，他们全都身着盛装。晚宴时，大厅里几乎鸦雀无声，第一执政时期那个和同僚在马尔梅松玩纸牌、打撞球的拿破仑如今又在哪里呢？当拿破仑露面时，全体必须起立；在皇帝恩准前，谁也不敢出声——显著的变化和拒人以千里之外的威严人人皆知。约瑟芬在拿破仑又一次扔下她离开巴黎前往意大利时，含泪对儿子欧仁承认道：“我现在只剩下一个心愿了，那就是占有他的心。”
翻越西尼斯（Cenis）山后，拿破仑于1807年11月23日到达米兰总督府，目的是扩展和巩固他在意大利的权力。拿破仑不甘心仅占有意大利北部和南部，还要占有中部——他的目标是打破教皇的世袭势力范围，控制教皇的世袭领地。因此，拿破仑占领了安科纳和威尼斯以及埃特鲁里亚（Etruria）王国（他原来给予西班牙王室的）。事实上这个埃特鲁里亚王国的消失和它的出现一样突然。拿破仑在托斯卡尼大公国的首都佛罗伦萨重施洗礼，并封他的妹妹埃莉萨为托斯卡尼总督——后来为托斯卡尼公爵夫人，将托斯卡尼兼并为法国领土。
12月17日，在米兰，拿破仑宣布任何欧洲国家的舰船只要查获英国商船或者与英国有关的船只，都将获得法国的奖赏，以进一步强化他的大陆封锁体系。1808年4月1日，拿破仑命令教皇和法国结成军事同盟，逮捕英国驻罗马的外交官，并将罗马和其他口岸向英国关闭。在教皇接到他的命令之前，法国军队在4月2日就占领了罗马。同年，教皇领地被法军占领，一年后法军吞并伊斯特里亚——拿破仑成功地对英国封锁了除西西里之外的意大利的整个海岸线。
