现在西班牙看起来已经是拿破仑掌中之物了，他开始寻找波拿巴家族的成员来登上这个波旁王朝的宝座。起先他考虑吕西安，可是吕西安不听劝告、不肯放弃他的第二个妻子——她现在已经是许多孩子的母亲了。拿破仑在3月11日给约瑟夫的一封私人信件中指责他忘恩负义的弟弟道：“吕西安比教皇更加自以为是！”他将吕西安从罗马放逐到外省以示惩罚。“我原以为他很聪明，可是现在看来他是个傻瓜。”拿破仑无法理解为了一个女人而放弃一个国王宝座和至高无上权力的人。
拿破仑转而考虑路易， 路易也拒绝了西班牙国王的宝座，但为的是完全不同的理由。他对拿破仑解释道：国王不是政府官员，不能随心所欲地从一个岗位调到另一个岗位。“我不是一个省的总督，”他提醒道，“我的惟一可能的升迁是天国……如果我不能效忠荷兰国民，叫我如何再去发誓效忠另一国的国民呢？”对于忧郁成疾、不问国事的路易，说出这番话也着实让人大吃一惊，拿破仑无言以对。奥热罗也拒绝了西班牙国王的位置。
拿破仑的最后选择是那不勒斯国王约瑟夫。虽然开始也遭到拒绝，拿破仑又做了不少许诺，包括将西班牙的边境扩大到包括埃布罗河和比利牛斯。4月18日，约瑟夫极其勉强地同意了以那不勒斯国王的位置调换至西班牙国王的位置。但他几乎是立即就后悔了。
斐迪南宣布放弃王位。1806年5月6日，拿破仑宣布约瑟夫继查理四世位，为西班牙新国王。该任命自8月1日正式生效，约瑟夫立即就走马上任了。消息很快传遍了西班牙贵族社会，拿破仑深知这个社会阶层对于自己是否能平静地占领西班牙而不出现麻烦是至关重要的。可惜西班牙的社会中流砥柱不赞成约瑟夫·波拿巴继任西班牙王位。“你必须十分清楚，”西班牙红衣主教说，“我们不能承认由如波拿巴家族和所有法国人那样的互济会会员、异教徒或路德教会成员之流来当我们的国王。”
约瑟夫没有想到放弃那不勒斯王位后会落入一个敌对的环境。他对关系亲密的吕西安说：“缪拉不会当国王的。皇帝说过……只有他的亲兄弟才能得到王位。”约瑟夫直到越过国境进入西班牙后才得知拿破仑在王位问题上玩的新花招。5月5日，对西班牙王位垂涎三尺的缪拉“感激涕零地”接受了较小的珍宝——那不勒斯王位，但是却将贝格大公国和卡罗琳的爱丽舍宫签字移交给了拿破仑。
皇亲国戚的王位之争到此暂时得以平息，除了法国皇帝之外，拿破仑家族在欧洲有了5个王冠：路易的荷兰王冠，热罗姆的威斯特伐利亚王冠，妹妹卡罗琳和妹夫缪拉的那不勒斯王冠，约瑟夫的马德里王冠，再加上他亲爱的继子欧仁·博阿尔内为意大利总督。
拿破仑占领世界的计划可以进行了。
尽管拿破仑得到了大量的王冠，但形势并不像他在《箴言报》上说的那么乐观。因为早在5月2日，也就是斐迪南继位前，马德里就发生了反抗缪拉元帅和马德里守军司令格鲁希①的大规模武装起义。蒙塞的援军赶到才给他们解了围。结果有1,000多法国人和西班牙人被杀，有人估计有25,000人被杀。西班牙人民反对法国入侵的武装起义从此在伊比利亚半岛上风起云涌。此时，拿破仑还和约瑟芬在巴荣纳海边度假，他没有将西班牙起义当一回事，他认为这不过是小事一桩。后来进一步的消息传来，说西班牙人将法国人自特拉法加海战后就一直停泊在卡地兹港的几艘法国商船炸毁并占领了该海港，拿破仑仍然不以为意。
在法国的版图上增加了两个新的王国之后，拿破仑和约瑟芬回到了巴黎的圣克鲁宫，经严格审查的新闻界对法国人在西班牙遭到的挫败只字未提。尽管众官员在首都纷纷弹冠相庆，但外交部长康佩尼和陆军大臣克拉克却几乎每天都收到来自西班牙的坏消息。5月里的一个星期之内，西班牙3个地方的法国军事长官被刺杀，许多省份开始公开叛乱。在7月的第一个星期，几乎整个西班牙王国开始了反对法国占领的起义，西班牙人直接向英国人请求军事援助。
事实上，拿破仑在从巴荣纳返回巴黎的途中就从他所不喜欢的军官萨瓦里（新任洛维戈公爵）那里得知了西班牙抵抗运动的消息。
西班牙抵抗运动如火如荼，法军陷入了困境。7月22日，法将杜邦率领的23,000人在拜兰遭到卡斯塔尼奥司将军的猛袭；法军伤亡惨重，杜邦只得率军投降。拿破仑对杜邦的惨败特别关切，圣克鲁宫和陆军部笼罩着不祥的阴云。杜邦的军队在攻占科尔多瓦之后对西班牙人进行了野蛮的奸淫抢掠，那情景酷似1797年拿破仑意大利战役的情况。成千上万的骡马拉着500辆满载掠夺物资的四轮马车使他的军队如牛负重，终于没能逃脱愤怒的西班牙平民（法国人称之为“流氓”）和紧随其后的西班牙军队的包围和阻截。
