路易的另一个忧郁症的症状是到处洗温泉，而且他声称自己既不是科西嘉人也不是法国人，而是荷兰人——要求自己的衣着、家具以及身边的人的语言都是荷兰的。路易甚至坚持用荷兰语交谈，尽管他的荷兰语极不地道。他发展到将身边带来的由拿破仑指派给他的法国幕僚全都遣返回法国；他甚至强迫留在荷兰的法国人放弃法国国籍。只有一个法国人反对他，那就是他的妻子奥坦斯王后，她坚持自己的法国国籍，引起了夫妻间数月的激烈争吵和痛苦煎熬。
1808年4月24日，他们的儿子夏尔·路易·拿破仑在巴黎出生了（当时，奥坦斯在巴黎躲避她疯狂的丈夫），对这个婴儿的监护权的问题引起了更加激烈的大战。路易要求将孩子立即送往荷兰。奥坦斯仗着身在拿破仑的首都，路易把她奈何不得，甚至拒绝给他回信，哪怕路易只是要求她“同意和孩子仅仅离开几个月”。尽管如此，荷兰国王在报纸登出了王太子即将回到荷兰的消息。怒不可遏的路易一次又一次地写信给奥坦斯，但都没有回音。最后，路易送来了正式的要求，她也正式地拒绝了。路易于是请求拿破仑说情让她送回孩子，这次轮到拿破仑拒绝答复他了。路易只有长叹道：自己周围都是敌人。
路易在理论上赞成拿破仑禁止对英通商的大陆封锁政策，到阿姆斯特丹的商船由1807年的1,450艘减少到1808年的361艘，虽然如此，在荷兰的英国货并不见少。路易还勉强派出了3,000荷兰士兵参加拿破仑的西班牙战役。可是在1808年8月8日，当拿破仑突然通知路易他打算兼并荷兰两个省份时，路易断然拒绝了。于是拿破仑威胁要切断荷兰的进口货物，这将严重影响荷兰的商业。1808年，法国和荷兰的战争仍在继续着。
尽管兄弟之间有着一些利害冲突，路易还是深深地爱着哥哥拿破仑，只是这爱常常转成恨，看起来极像希腊传说里兄弟之争的故事。例如，当拿破仑从西班牙回来时，得知法军在西班牙受挫消息的路易给他以前在军中的朋友拉瓦莱特写信道：“我对西班牙的事情极其焦虑。请一定将那里的消息尽快告诉我……我关心的并不是战事的进展，而是我哥哥的利益！求求你告诉我或让我知道我哥哥的健康状况……”
1809年1月拿破仑回到法国后，兄弟之间的关系恶化了。首先拿破仑通知路易他支持奥坦斯的决定，不将孩子（现在已经一岁）送回荷兰进行“访问”（显然拿破仑看到了路易写给奥坦斯的威胁信）。3月3日，拿破仑突然决定收养奥坦斯的儿子并赐予这孩子贝格和克里维斯大公（缪拉以前的封号）的封号。夏尔·路易·拿破仑将留在他伯父身边，接受他的教育，皇帝接着指定他为王位继承人——有趣的是，路易突然默认了。荷兰王后永远离开了荷兰王国，儿子也得不到他的监护，这个消息传遍了欧洲大陆，波拿巴两兄弟之间更大的冲突已经酝酿成熟。
就在这样四面楚歌的背景下，1809年4月，拿破仑悍然集中兵力面对奥地利的军事威胁，决定展开第二次多瑙河战役。
4月19日，在抵达多瑙沃特和贝尔蒂埃会合两天后，拿破仑展开了为期4天的一系列战役。“我们为巴伐利亚的独立而战并为德意志挣回国家的荣誉。”他对他的士兵说，“不到一个月我们就会在维也纳了。”
然而，事情并没有那么简单。拿破仑对战胜奥地利人充满信心，而奥军总司令查理大公对这次要永远摧毁法国战争机器的战役也同样充满了自信。两边都会失望，特别是保卫自己家园的奥地利人。查理大公曾经希望巴伐利亚人会参加他的阵营，一起进行推翻法国皇帝的战争。比拿破仑早到达多瑙沃特的贝尔蒂埃元帅没有遵循拿破仑的命令，在战前没有将部队很好地进行部署。拿破仑的一些远在异地的将军包括达武的第三军团、乌迪诺③的第二军团、马塞纳的第四军团正在兼程赶来会战。剩下的一些兵力留在原地监视他们的法国同盟，以防不测。
在初战中拿破仑只有79,000人（包括达武、拉纳和勒费弗的人马）对付查理大公装备精良、准备充分的11万人。
尽管在兵力上占劣势，法军沿多瑙河向阿本斯贝格和艾克缪尔挺进，拿破仑对克敌制胜充满信心。他对初战告捷非常高兴，4月21日他通知达武：“在几天时间里发生了许多事情。在你的范围内所有奥地利人都被击溃……缴获的大炮、军旗和抓获的俘虏不计其数，简直是复制耶拿战役。”甚至在第二天拿破仑高兴地告诉达武：“我决定今天消灭查理大公的军队，最迟不超过明天。”后来，形势突然发生了变化，查理大公成功地撤退到勒根斯堡，法军经过一天的鏖战疲惫不堪，没有进行大规模的追击。
按照命令攻打勒根斯堡的达武部队没有成功，查理大公的军队凭借坚固的城墙守住了阵地。这一仗改变了整个的形势，奥地利人得以朝多瑙河北岸撤退，逃进了波希米亚的山地。
