7月8日，马塞纳、马尔蒙、乌迪诺和达武按照命令搜寻退却的奥军，追兵和奥军后卫发生激战；伤亡人数继续增加。7月10 日，马塞纳发现了组织依然良好的奥军主力，发生激战，查理大公招架不住，奥军四散溃逃。7月11日，查理大公派出使者要求停战。次日早上，马塞纳和查理大公在停战文件上签了字。
弗朗西斯皇帝再次蒙受成为法国手下败将的耻辱，不得不放下武器再次求和；为此，他一气之下解除了他的弟弟查理大公的职务，虽然这个职务没有任何其他人可以替代。
战争结束了。处理了安顿伤兵等战后事务之后，拿破仑和他的副官、侍从一起回到了肖恩布鲁恩宫，对整个战役进行分析，并起草与奥地利的和平条约。
和弗里兰德、艾劳、耶拿、奥尔斯塔德和奥斯特里茨等所有战役一样，瓦格拉姆战役有它另外的一面，也就是军医和伤员所看到的一面。
克莱贝尔在埃及战役之后就总结过：“将军（指当时的拿破仑）每天要消耗6,000人的生命！”“皇帝拿破仑对人命毫不珍惜。”一个多世纪后的两个历史学家都不约而同地这样评论拿破仑。拿破仑在这场有名的战役之后想到尸横遍野的战场，也对约瑟芬承认道：“这是战争中最不好的一面。看到如此众多的牺牲者，真是令人悲伤和感动。”可是，在艾劳战役中发生可怕的大屠杀之后，他不着力谋求和平，却继续发动另一场战争。拿破仑在对一场接一场的屠杀渴求中有一种极其病态的施虐和受虐狂的欲望。一场大屠杀后照例是泪流满面地来到枪炮声逐渐消匿的战场上，面对遍地哀鸿，痛悔不已。眼望血流成河的战场，他的确心如刀绞，但是这种场面又的确是他的生活中不可或缺的，哪怕这种场面意味着可能危及他自己存在的危险的临近也无妨。“我手下有30万人可以为我去死！”在一场大战后他曾经这样对沙皇亚历山大吹嘘道。
“一旦我们伟大的皇帝开始前进，必将势不可挡；一切敢于阻挡他的敌人都将被车轮压得粉身碎骨。”
拿破仑对伤兵的护理问题也不甚重视，即使军医官拉雷年复一年地再三要求，他仍然拒绝成立固定的军医团。“根本就谈不上什么医疗救护！”连不怕死的达武元帅在第一次多瑙河战役后也这样抱怨。苏尔特军团的另一位军医德埃拉尔德这样回忆道：“在奥斯特里茨战役的前夜，拉雷先生居然连绷带都没有，他要求我给他一些绷带；我只有一些纱布和擦拭大炮的棉布，但只够四五百伤员使用，此外就只有两箱截肢用的医疗器械了。”这是在一场有9,000多法军伤亡的战役之前的情况，这些伤员遭到了拿破仑的抛弃。当军医拉雷的朋友、另一名军医皮尔·弗朗索瓦·佩尔什向拿破仑呈报健全战地医疗救护的计划和要求时，拿破仑既不支持也不赞赏。“我恳请陛下允许我斗胆告知，您对佩尔什提出的计划的回绝使整个军医队遭到了沉重的打击。”军医让·巴蒂斯特·图里奥在弗里兰德大战前9天对拿破仑抱怨道。军医界一片悲叹。许多军医因而不愿在军中继续服务，有60名军医在战前被自己所看到的极差的医疗情况吓坏，不约而同地纷纷逃回法国。
1809年4月13日，拿破仑终于下令成立军医团，总共包括1,250名军医和护理人员（全是男性）。虽然拿破仑可以在一个月内将布伦的军队调集到莱茵河畔（徒步行军），可直到瓦格拉姆战役前夕，即宣布成立军医团3个月后，军医团仍然是一纸空文。拿破仑的命令总是得到雷厉风行的贯彻，这个命令却是个例外。
1809年3月，拿破仑命令在西班牙组织急救队从马德里出发，6月27日才到达维也纳，对于5月的阿斯佩恩和埃斯林之战中的大量法军伤亡者毫无作用。在该战役中，拉雷几乎是独自一人为所有的伤员做手术，有1600名伤员因救治不及时而死亡（在西班牙甚至连一名军医都没有了）。正是在这次战役之后，拿破仑的军队将罗堡岛改名为“悲惨岛”。
1809年7月17日，瓦格拉姆战役后的第11天，军医官图里奥给拿破仑写信指出，野战医院缺乏基本的医疗条件，当他从西班牙回到罗堡岛时，感到“从医疗的角度，这里除了军医的献身精神以外一无所有”。而军医中只有少数人在医药学校或医院受过正规训练，大部分人即使在民用医院也是不合格的。
在埃斯林，军医尽一切努力在露天为伤员做外科手术。为了保护伤员免受日晒雨淋，他们在河边用芦苇秆搭起披屋，屋顶上盖着从死人身上剥下的大衣。“伤兵忍受着饥渴的煎熬”，由于缺乏食物，骑兵的战马被屠宰，并用死去士兵的盔甲打造成锅盆进行烹煮，因为野战医院里连食具也十分缺乏。至于水，只能喝多瑙河水。“军医眼看大量做过手术的伤员死于破伤风，因为他们的绷带是用肮脏的擦拭大炮的棉布做的。”大量的伤员都没有病床，只能躺在泥泞潮湿的地上。
