此时祸不单行，西班牙发来紧急报告，法国人和英国人又在西班牙发生冲突；德意志发生大规模的叛乱，柏林、俄国和奥地利发生反法运动；富歇警告说，英国远征军计划在北海的岛屿沃尔切伦登陆，矛头显然是针对富拉辛和安特卫普。接着教皇也被解往法国南部的萨沃内监禁起来。事态变得异常复杂，一切都乱套了。
法国的谈判大臣香巴尼继续在阿尔腾堡与奥地利的梅特涅进行谈判，拿破仑不断给奥地利施加压力，正如奥地利亲王警告的那样：“拿破仑只谈一件事，那就是分割奥地利，建立几个分散的独立国，逼迫弗朗西斯退位。”这样的条件自然遭到哈布斯堡统治者的拒绝。“哈布斯堡王朝的毁灭将是整个欧洲的灾难。”沙皇也直接这样向拿破仑请求。
新近成为奥地利驻法国大使的梅特涅恳求法国外交部长香巴尼：“让我们参加你们的大陆体系吧，这样你们就可以对我们深信不疑了”——但是，千万不要让弗朗西斯退位，也不要分割伟大的哈布斯堡王朝——“这是谈判的基础，我们保持了荣誉，你们获得了实惠，这样就可以建立和平关系了”。
拿破仑和香巴尼对法国的盟友俄国和波兰十分不满。“俄国对奥地利没有打一枪一炮；事实上，只有波兰人参加战斗，流血牺牲。” 法国外交大臣对拿破仑抱怨道。俄国私下同意站在奥地利一边。因此，颇有远见的梅特涅力劝弗朗西斯暂忍胯下之辱，与法国签订和平条约，争取时间，等待时机到来。他的这个劝告和亚历山大私下对他母亲说过的那番话不谋而合。“我们的原则并没有改变，”梅特涅对弗朗西斯说，“但我们必须面对事实，我们没有别的选择，只有保留力量，等待时机到来，同时逐步地做好一切准备。” 和法国人签订和平条约是权宜之计，目的是有朝一日彻底推翻法国入侵者。
法国的可靠同盟波兰，已经向法国大军输出了成千上万的自愿军，目的是今后在自己国家独立的问题上能够得到拿破仑的恩准，可拿破仑却私下通知香巴尼，他对波兰问题另有打算，香巴尼后来将此事透露给了科兰古②：
皇帝陛下不仅不愿意看到波兰的再生——这和他的意愿相去甚远，而且他有意和亚历山大一起尽一切可能消除波兰人心灵中对这一愿望的记忆。皇帝陛下所要做的是使“波兰”和“波兰人”这些词汇不仅从谈判桌上消除，而且从欧洲的历史上消除。
这些想法在拿破仑后来的行动中表现了出来。
在谈判结束之前，普鲁士国王就暗中寻求能重整旗鼓对付法国人的同盟，特别是与俄国同盟。他在给亚历山大的信中写道：“如果您能从自己国家的利益出发，调整您现行的外交政策，宣布俄国反对法国的话， 陛下，形势将会如何不同啊！”虽然小心谨慎的亚历山大现在拒绝和任何国王联系，形势依然非常明朗：眼下，普鲁士、俄国和奥地利都不准备和法国在战场上一争高下，而是为将来做好准备；为此，在梅特涅的劝说下，奥地利国王弗朗西斯只能忍辱批准“临时”的和平条约——第二次多瑙河战役就此告终。
经过几周的谈判和讨价还价，1809年14日，双方在肖恩布鲁恩宫签订了和平条约；奥地利割地42,000平方英里，战争赔款8,500万法郎；而且奥地利必须将军队人数限制在15万人以下。
尽管法国万般威逼， 弗朗西斯总算保住了王位，只是权力大大削弱了，奥王为此十分气恼。俄国沙皇由于没有分到波兰的加利西亚而觉得受到了背叛和欺骗，而普鲁士国王更加坚定了打垮法国和拿破仑的决心。拿破仑在瓦格拉姆平原上“胜利”结束了第二次多瑙河战役，但同时也为他自己最终的灭亡埋下了种子。
拿破仑之所以在谈判中对奥地利拼命施加压力，是因为英国国王乔治三世准备派兵在比利时和荷兰海岸登陆。英国的军事行动一旦成功，将使拿破仑腹背受敌，难以招架。因此，他要预先给大不列颠的盟友一个精神上的下马威——这样，英国军队即使登陆，也将得不到来自柏林或维也纳的援助。
英国箭在弦上的架势使拿破仑的帝国深感不安，这种恐惧是来自奥地利的威胁无法比拟的，同时也使法国政府发生了从未有过的分裂。
这一切发生在上一年（1808年）的冬天，富歇向政府报告英国有军事准备的动向，这个报告被海军上将德克里斯和陆军大臣克拉克否决了。对拿破仑无限忠诚，却胆小怕事、谨小慎微、优柔寡断的首相康巴塞雷斯受到众大臣的全力支持，也否决了富歇的报告。是富歇又在捕风捉影，还是他另一个阴谋的前奏？在巴黎，甚至没有人信任富歇的邻居或同事。
可是，几个月之后，越来越多的报告证实了富歇的判断正确，克拉克也同意在斯凯尔特河沿线展开一系列的战役，德克里斯则派出了海岸巡逻舰——但仅此而已。
