为了争取时间，3月31日，拿破仑给查理大公去了一封信，提出休战；随即于4月7日出兵占领了累欧本，先头卫队抵达离肖恩布鲁恩宫只有75英里处。此时，拿破仑为他一时冲动将他的大部分精锐从后方抽调到前方的轻率决定付出了代价。威尼斯、蒂罗尔和维洛纳都发生了反法叛乱。拿破仑情急之下要求休战延长5天。“只有50,000人，你们肯定不能期望我既守住意大利后方又打败奥地利国王！”愤怒的拿破仑给督政府写信道。
4月16日，法军向奥军正式提出条款。接到肖恩布鲁恩宫的指示之后，查理大公极不情愿地同意于18日在累欧本举行和谈。拿破仑又赢得了这场赌博。
奥地利人的确同意付出很高的代价，比利时和荷兰以及莱茵河西岸、爱奥尼亚群岛全部划归法国；奥地利正式承认内阿尔卑斯共和国（包括米兰、波隆那和摩德纳）。拿破仑则撤离伊斯特里亚、达尔马西亚和弗留利地区，并将威尼斯共和国让给奥地利。
于是，这场旷日持久、造成重大灾难的意大利战役到此告一段落，只等秋天在坎波福米奥正式签订和平条款了。拿破仑的身后留下了大片焦土，无以计数的平民百姓惨遭杀戮，成千上万的难民流离失所，本来是充满友善的城市横遭洗劫和占领。米兰、都灵、热那亚、帕维亚、波隆那、曼图亚乃至罗马被迫为战争赔偿，眼巴巴地看着无数战利品源源不断地流到巴黎和征服者的腰包里。拿破仑的党羽几乎都成了一夜暴富者。
被士兵们昵称为“小伍长”的拿破仑在战争中得到的更多——威震世界的军阀、法兰西的英雄——除了五人执政团以外，他算得上是法国最强有力的人物了。带领着一支衣衫褴褛、常常光着脚的、形同乞丐的破烂军队，翻山越岭、越过阴冷的沼泽，战胜了装备精良却毫无斗志、缺乏训练、指挥不力的奥地利正规军。此外，未经巴黎同意，拿破仑便擅自决定将要影响到欧洲数国的和平条款，他还是个难以对付的谈判高手。葡月13日，在杜伊勒里宫前指挥炮兵的这位将军已是今非昔比了。
“我需要休息，”拿破仑通知一位焦急的督政，“我可以肯定地告诉阁下，我此时惟一的愿望就是回到我的个人生活中去。”同时这位凯旋的英雄警告约瑟芬说：“小心，不知哪个晴朗的夜晚我将破门而入来到你的卧室里！”
拿破仑的声望急剧上升也不可避免地招来了对手，马莱将军公然抨击道：“这个一头蓬乱头发、不可一世的小矮子……有朝一日会为他那自吹自擂的光荣付出代价的！”而克拉克将军则宣称拿破仑对督政府来说是“新亚历山大大帝”，这一说法不久就传遍了欧洲。
当威尼斯人企图起来反抗这位新亚历山大时，他早已开拔到新的地区和城池去进行洗劫，使本来已经是望不到头的战利品车队更加没有止境，同时确保巩固他的领土要求。维也纳为之谈虎色变。
1797年8月17日，28岁的拿破仑收到一封来自他从未听说过的法国战地军医的信，信封上写的是“公民拿破仑将军、意大利军总司令阁下启”。这封信使这位传奇英雄、意大利北方的征服者看到了战争的另一面。这是在其后鏖战沙场18年内收到的17封同类信件中的第一封。
“在我提笔写信前我踌躇良久，”信的开头写道，“一个卑微的下级军医，无名如我辈，怎敢斗胆给阁下——意大利的征服者写信呢？”自1796年4月12日蒙特诺特战役后就随军征战意大利的图里奥几乎参加了其后所有的战役。他紧随的这位“胜利自由的英雄”，认为他“出征意大利的惟一目的是在这些仍然遭受奴役的人民之中传播革命的福音和平等”。他坚持认为要达到这项高尚而友善的使命，流血是难以避免的。
但是，付出的代价何等高昂啊？这位军医亲眼目睹了一切：“我的灵魂在连续不断的浴血战斗的血与火中受到洗礼，我第一次看到了无名的军医是何等的克制和庄严！”图里奥指出，事实上所有的军医都遭到了苦难——其惨烈程度远远超过拿破仑将军所知。他们的大部分伤员由于几乎完全不存在急救药物、床以及衣服而死去。“2,000名伤员孤苦伶仃地躺在布雷西亚的街道上！”但是，一位名叫多米尼克·让·拉雷的医生却创造了奇迹——“此后的每次战役，如果说拿破仑将军的名字能够唤起军队火一般的激情，那么在身上有着弹片的伤员的苍白的脸上、在他们感激和希望的泪水里，我们可以看到拉雷医生所唤起的热情。”尽管如此，我们还需要很多。我们需要正规的、组织严密的、装备良好的野战军医院，需要大量受过良好训练的医护人员。我们曾经努力过，但是，“无能而专横的政府军政当局用谎言欺骗我们，邪恶的军政人员掠夺我们的军用物资，不予制止，我们无以见天日”。图里奥坚持，惟有拿破仑将军才能制止这种欺诈的行径，清除大量的腐败无能之辈，制止盗窃医疗物资和资金的行为。
