不管怎么说，法军终究击败了普军，仍然是胜利者。但是，６月16日晚上，拿破仑又被蒙在鼓中。当晚，筋疲力尽的拿破仑歇息后想到的仍然是：内伊已击败了联军，此刻的联军应是慌不择路地在向布鲁塞尔撤退吧，就像那次多瑙河战役一路攻下维也纳一样。不幸的是，过分自信的拿破仑既没有向卡特尔布拉斯靠近、也没有向普军后卫派遣他的侦察部队。事实上，那天晚上他并没有真正下令追击普军，认为在通往列日的公路上蹒跚而行的就是全部的普军了。这简直就是典型的拿破仑的作风，在以前的数次战役中也发生过类似可笑的事。直到次日上午11点钟，拿破仑还接到报告说全部普军仍在向纳姆和马斯特里赫特撤军。现在他决定要花点力气来证实一下敌军是否真的逃往德意志了。“要了解布吕歇尔和威灵顿到底有什么打算，谨防他们计划两军会合……然后再战。”如果拿破仑能更有决断力、行动更加迅速的话，那么早就应当派遣一支生力军——例如被他在列日之战中置之脑后的约10,000人的洛保军——前去追击普军，以阻止普军撤到瓦弗附近。那时，拿破仑才最终意识到布吕歇尔兵分两路经由沃尔海因以及圣吉伯特山向北进军，而不是向东前进，但已为时过晚。直到17日早上，拿破仑也才得知戴尔隆并没有在卡特尔布拉斯战役前和内伊会合，内伊已在那里吃了败仗。“皇帝陛下对你昨天的失利非常不满。”苏尔特这样告诉内伊，是他使得拿破仑失去了“捕获30,000名普军俘虏”的良机。
当17日下午2点，拿破仑到达卡特尔布拉斯时，他未见到一个法国士兵。他发现内伊及其部队正在南面数英里外悠闲地围坐在火堆旁吃午饭。这一次，情绪失控的拿破仑当众大骂内伊，命令他火速前去追击正在撤退的联军。和往常一样，拿破仑的出现起到了给军队充电的效果，戴尔隆军立刻整装出发，向卡特尔布拉斯和吉纳帕方向进军，其后是雷耶和洛保军。拿破仑和帝国卫队以及戴尔隆的骑兵队在队伍的最前面。
当法军先头骑兵队接近英军后卫骑兵队时，突然天降雷雨，顷刻间，通往布鲁塞尔的大路变得泥泞不堪，法军前进受阻，数百门大炮沉陷泥淖无法前进。下午6点半，当法军先头部队到达贝拉阿里安斯旅店时，威灵顿军已在圣杰安山高地周围占据了有利地形。
在格罗斯凯罗农场补了数小时睡眠后，拿破仑于18日凌晨3点钟被叫醒，信使呈上17日晚10点格鲁希元帅从基姆布鲁克斯发来的信件，最后确认布吕歇尔正往瓦弗而来，他正在追击。但拿破仑对此却没有下达任何指令或回复。拿破仑不知道的是，格鲁希的部队在睡了近11小时后，不顾大雨滂沱于18日早上8点从基姆布鲁克斯出发了。
拿破仑现在手下还有74,500人和254门大炮（包括许多门12磅的重炮）——帝国卫队、第一军团、第二军团、第六军团、两个后备骑兵团，总共15,830人。而正缓慢向东前进的格鲁希手下有第三、第四军团，共计近30,000人。
威灵顿现在已有了近74,300人，包括奥兰治的第一军团、希尔的第二军团、后备军以及苏格兰骑兵队。在西面的哈尔，弗里德里克王子还有另外17,000人。事实上，拿破仑有上千铁甲骑兵，这是威灵顿所没有的，而且法军还多出97门大炮。另外，拿破仑军中大多数是有经验的老兵，而威灵顿的士兵却大多为新兵；而且威灵顿军中富有经验的将领寥寥无几，而法军中至少有16名老将。但另一方面，威灵顿抢先占据了有利地形，而且此刻布吕歇尔约剩89,000人的余部马上就要到达圣杰安山高地了。
为了利用自己的即时优势，拿破仑必须速战速决，赶在布吕歇尔赶到之前一举歼灭威灵顿军。但是泥泞的路面使法军寸步难行。
1815年6月18日破晓时分,敌对的两军打破了圣杰安山高地的宁静气氛，摆开了阵势。威灵顿把阵地设在布鲁塞尔以南约22公里、滑铁卢以南3公里处的一片丘陵地带上，圣杰安高地为主阵地，从那里可以俯视整个战场。阵地右翼的霍高蒙特别墅是威灵顿防御的重点，他在这里使用上了英国近卫军。荷兰军和其他杂牌部队则被部署在中央和左翼阵地上。在左翼的最外端，则配备了英国的骑兵旅。同时在圣杰安山和前沿阵地之间保持有比较强大的预备队，联军大部分的火炮都部署在这里。威灵顿曾给炮兵做出明确的指示：不要理会法军的炮兵，集中火力直接射击逐步推进的敌军步兵和骑兵。
根据联军的阵地部署，拿破仑的计划再简单不过了：他决定集中主力首先突破联军防御薄弱的中央阵地，抢占圣杰安山；然后向两翼扩大战果，将敌人一分为二，各个击破。为此，拿破仑制定了一个佯攻霍高蒙特别墅以牵制敌军兵力从而保障中央突破的作战策略。
