4月23日，信使从维也纳传来的消息使拿破仑无法动身离开法国首都。消息说4月13日，刚吃了败仗的奥地利人将贝纳多特公使所在的大使馆门前的法国国旗扯了下来，撕成了碎片，这面旗帜是1796年贝纳多特公使按照督政府的命令在法国大使馆门前升起的。这个愚蠢的行动是由冲动的维也纳爱国者干的，但贝纳多特没有别的选择，只能关闭大使馆并离开哈布斯堡以示抗议。
巴黎对此事的反应强烈。督政府立即下令从海峡地区向奥地利边境调兵。战争阴云笼罩欧洲，卢森堡宫内的特使来往穿梭。拿破仑命令他的机要秘书布列纳推迟动身日期。卢森堡宫紧急召见拿破仑共同协商对策，并命令他留在巴黎待命。
次日，一名奥地利王国外交特使从维也纳赶赴巴黎，带来了奥地利政府的正式道歉。督政府为此松了一口气，因为，他们最不愿意看到的就是欧洲在这个时候重新开战。同日，督政府再次召见拿破仑，通知他“准备立即动身前往拉什塔特与奥地利政府协商……以便解决两国之间的一切问题”，包括诸如法国干预罗马（法国人在罗马逮捕了教皇并成立了罗马共和国）、那不勒斯、托斯卡纳和瑞士问题。于是，拿破仑“全力以赴进行谈判和签订协议的工作”。
对于拿破仑来说，这是一个天赐良机，如果他能成功谈判并签订一项包罗万象的国际条约，他将名声大振。奥地利人最害怕的就是这位个子矮小的科西嘉人，而督政府里的塔列朗和巴拉斯正是要利用这一点使他们能够获得最大利益。在这种情况下，拿破仑自然暂时将埃及远征之事搁在一旁。尽管如此，拿破仑并没有放弃他的埃及远征计划，而是告诉土伦的克莱贝尔——远征只是推迟数日而已。与此同时，他委托克莱贝尔临时代替他全权指挥，继续备战，随时待命出发。他给布吕埃斯寄去一份简短的说明之后便集中精力于他的新目标。
有外交部长塔列朗的全力支持，有他军事生涯的发端人、现在仍是督政府中举足轻重的人物巴拉斯作为后台，拿破仑自然有恃无恐、满怀热情地来回奔波于外交部和卢森堡宫之间，并致信奥地利高级外交官，称他不久即将前往拉什塔特，由于维也纳的致歉，他预计两国之间的问题能够得以和平解决。与此同时，法国继续向奥地利边境调兵遣将，使奥地利处于大兵压境的境地。
不幸的是，拿破仑的身边缺乏可以给他忠告的人。显然，外交部长塔列朗无法制约这位科西嘉将军的虚张声势的要求。结果，在一次与巴拉斯私人会晤的情况下，拿破仑秘密地夸耀他有可能放弃埃及远征，但是，他没有向巴拉斯和塔列朗透露有关他个人目的和热望的任何想法。5月初，拿破仑向督政府公开了他的所有想法，他锋芒毕露、气势逼人地大谈如何利用奥地利的弱点在谈判桌上与他们讨价还价，以迫使他们割让更多的土地。作为对他的奖励，督政府里应该有他一把交椅（受到惊吓的巴拉斯早先就提出过28岁的拿破仑还不符合进督政府的法定年龄，即至少40岁）。督政们自然对他的权势欲大为震惊，更不用说他的目中无人和桀骜不驯了。他们需要和平，不能让拿破仑·波拿巴为所欲为。
作为整个经过的目击者，巴拉斯认为拿破仑想在拉什塔特以法国的强大为筹码将自己的意志强加于无望的牺牲者，“拿破仑不愿坐失如此大好良机”，而且“企图通过督政府独断所有欧洲事务，他不再掩饰对督政府的蔑视”，并且“以退出军界对我们进行威胁”。憎恶这个傲慢将军的督政勒贝尔立即拿出纸和笔——“将军公民，签字！”因自己这次的过分言行而受到羞辱的拿破仑，以“完全的沉默对此加以断然拒绝”。
这次会见后，督政府五人执政团再次开会讨论，取消了拿破仑的外交使命和拉什塔特之行，然后令巴拉斯亲自将该决定通知拿破仑本人。
当巴拉斯到达拿破仑在凯旋街的住所时，发现他的仆役正在朝马车上搬箱子，拿破仑正在打算动身去拉什塔特！他们的会晤只进行了15分钟，根据布列纳的回忆，他们两个人关在拿破仑的小书房里，巴拉斯要求拿破仑交出现在已经失效了的外交护照。“巴拉斯首先离开，穿过客厅，没有和拿破仑夫人打招呼。将军接着出来，将巴拉斯送到门口。然后，一言不发地回到他的书房，将门‘砰’的一声关上了。”
拿破仑对布吕埃斯口授了一封简函，命令他5月9日将部队装船，同时，告诉他的老朋友卡弗雷里将军：埃及远征将继续进行，他将于次日晚上动身到土伦去。
拿破仑在法国最有权势的5个人面前蒙受的羞辱是他既不会宽恕也不会忘记的，他决心要他们为此付出代价。“他们完全不需要我了，”他对布列纳透露道，就像原来在布里埃纳军校时那样，“必须推翻他们……但是，时机尚不成熟……我还需等待……我将完全靠我自己了。也好，我们终于要去埃及了，那里有着获得荣誉的全部伟大机会……我将去获取荣誉。”
