上千英里旅途、将近6天的车马颠簸，拿破仑将军已经疲惫不堪了，可是他却毫无倦容。抵达土伦后，他既没有休息，也没有在专门为他准备的、俯视熙熙攘攘的土伦港的石头宅子里陪伴约瑟芬或听布列纳汇报，而是立即视察准备登船的军队。他对待自己就像对待他的下属一样毫不留情；他对待军事视察和对待生活中的其他事情一样一丝不苟、严肃认真；他亲自检查士兵的战备状态，检查他们的枪支、刺刀、装备、大炮、由6匹～12 匹马拉的两轮炮车以及弹药车等等。
拿破仑发现这个法国地中海的海港被军舰、商船以及其他活动搞得异常繁忙，特别是部队的集结和调动。在这样一个通常相当平静的海港出现如此大规模的活动，是很难逃过警觉的英国人和他们奸细的眼睛的。因此，务必使远征军尽快开拔。阿雅克肖、热那亚、契维塔韦基亚和马赛的东方军正在积极准备出发。但是由于重重障碍，拿破仑不得不再次将从土伦出发的时间推延到5月13日～14日。
在土伦等待着拿破仑的是令人心烦的坏消息和问题成堆的报告，这使一贯精力充沛的拿破仑也感到应接不暇。铁面无私而办事高效的审计官纳雅克也送来了报告，报告中称他现在仍然缺乏付给海军的180万法郎的军饷，没有这笔军饷，海军拒绝出海打仗。他从哪里去搞到这笔钱呢？还有，仅海军就减少了2,049名人员（包括护航队的水手）。十分富有进取心的纳雅克说道，如果迫不得已，可以让平民和士兵充任巨大炮舰的水手！更糟的是，远征军的后勤十分困难，主要是由于缺乏资金，士兵和水手都没有足够的食物，于是军官不得不打开早已封存在运输船上准备在埃及使用的给养。远征军的马匹甚至连饲料也没有，纳雅克不得不将700匹马送回热那亚。
来自马赛的雷尼尔将军的报告也不令人鼓舞。报告称他的13只运输船遇到了各种各样的问题，可能意味着要推迟出发的时间。船上不仅缺乏水手，而且缺乏最普通的膳食用具、水壶、扫帚等，面临长期海上漂泊和数月作战的士兵们连起码的购买烟草等个人必需品的钱也没有。军队缺乏制服和被褥，数千桶储存在运输船上的淡水也“已经开始变质”。更有甚者，雷尼尔的炮兵军官和炮车驾车人一道从港口“失踪”了。马赛的海军军官报告他们那里有9艘船（包括护航队的2艘医疗船）不具备出海条件，原因仍然是，如他所说的那样“没有钱”。同时，一位拿破仑十分器重的重要高级军官迪盖突然要求准许他辞去马赛的指挥任务，以便能回到巴黎在五百人团供职，这被拿破仑严词拒绝了。政治难道比军队更重要吗?！相反，他命令迪盖在马赛强征5艘大的民船送到土伦。现在，不仅是运输船、食物和供应品大量“失踪”，成百上千的士兵也“失踪”了。拿破仑抵达的那天下午做的第一件事就是命令所有离开兵团的军官和士兵——无论他们离开的原因是什么，必须立即回到所在部队。
虽然有这么多令人头疼的事情，至少拿破仑在这里脱离了督政府的羁绊和干预，一切由他说了算。他将获得成功，然后回头对付巴黎。在这个黑暗的时刻，他意外地得到了最令人吃惊的安慰：脾气暴躁的克莱贝尔将军神秘地告诉他，他完全“理解”拿破仑的个人政治抱负并赞赏这位将军的“雄才大略”，克莱贝尔本人将“竭尽所能帮助他实现宏图大业”。
此时，法国政府正在尽力使英国不发现任何蛛丝马迹。为了对这位受人瞩目的“由部长全权委任的拿破仑”从巴黎和拉什塔特突然消失以及对地中海沿岸明显的军事动向做出解释，他们在5月8日的《箴言报》上发表了一则声东击西的消息：
据悉，拿破仑将军业已离开土伦，土伦港的舰队连同以前威尼斯海军舰队的一个海军中队打算打破英国人在卡地兹的封锁，解救出那里的西班牙舰队，然后一起进攻布雷斯特，会同那里的海军中队一道参加对英国的登陆行动。
5月10日，负责在土伦装船的纳雅克，只装上了12,000军队和5,000匹战马，而雷尼尔的全部队伍都已经装船，准备从马赛出发了。尽管军事委员会力图制造一种井井有条的假象，但极其严格的拿破仑不断的责骂却导致了紧张和混乱。一切就绪准备从马赛开拔的东方军突然遇到了意外的8级大风，不仅打消了5月10日出发的计划，而且船只也遭到了不小的损坏。尽管如此，不敢违命的雷尼尔还是在11日出发，并于当晚抵达土伦。拿破仑是个不接受任何借口的人。
12日凌晨5时，土伦港的天尚未亮，严厉的拿破仑登上了“阿尔塞斯”号听取雷尼尔的报告，马赛港被损坏的船只将尽快修复后立即赶来。同时，贝尔蒂埃命令骑兵在次日凌晨4点登上最后4艘运输船。
