“我止不住想……为了使我们摆脱法国强权的蹂躏，从而给欧洲事务带来一个新的体系，纳尔逊舰队的胜利是多么重要，此时此刻进行一定的冒险又是多么绝对的必要。”1798年4月，英国海军大臣斯宾塞给海军中将文森特的信中这样说。
5月，纳尔逊的3艘军舰和4艘三桅快舰朝里昂海湾驶去。当他们离开耶尔岛75英里时，在5月20日至21日的夜里，纳尔逊的舰队遭到台风袭击，装载有74门炮的旗舰“先驱”号的横帆受风几乎倾覆，主桅和顶桅被飓风折断，旗舰几乎完全被毁。当文森特的舰队和纳尔逊在6月7日会合时已经为时过晚。法国舰队早已离去。
纳尔逊年纪很轻，并在卡纳西会战中右臂受伤截肢。英国高级海军将领曾反对由他率领舰队追击法军，但海军司令部和海军中将文森特仍然认为39岁的纳尔逊是在地中海追击法国人的惟一正确人选。
正是在6月7日，纳尔逊接到了文森特修正的命令。虽然文森特自己对于拿破仑的目标并不清楚（他估计拿破仑远征的目的地可能有那不勒斯、西西里、葡萄牙、西班牙和爱尔兰），但他命令纳尔逊“前往搜寻和打击在土伦和热那亚备战的敌人舰队”。当时，英国的陆军大臣邓达斯对此持不同的看法，他于6月2日写信给海军大臣斯宾塞：“文森特的作战指示中是否提到拿破仑远征的目的可能是埃及呢？或许是我的想法过于奇怪，但我却无法不让自己在这个问题上产生这样的想像。”
直到5月28日，纳尔逊才得知法国舰队已经离开土伦，并意识到自己失去了一次绝好的战机。纳尔逊不得不在广阔的海域内进行了为时10天的搜寻，但仍然对法国舰队的目的地和他们眼下在何处一无所知。尽管如此，文森特给纳尔逊下达的命令是“在地中海、亚德里亚海、摩里亚群岛甚至进入黑海的任何地方”全面搜索敌人，一旦发现，“立即击沉、烧毁或摧毁”它们。现在，纳尔逊正在为此努力。
于是，出现了海军史上最著名的追击战，英国舰队于6月22日驶抵那不勒斯，然后驶入莫西那海峡。6月22日，纳尔逊接到情报（错误的情报）称拿破仑已经攻下马耳他，然后离开了马耳他。“如果他们驶过西西里，”纳尔逊给邓达斯写信道，“我相信他们的目的是攻占亚历山大港。” 于是，纳尔逊扬帆直驶亚历山大港。纳尔逊和拿破仑都不知道在6月23日那天，两支舰队事实上相隔仅78英里之遥！可笑的是：一心要追到拿破仑的纳尔逊过于性急，和拿破仑失之交臂，并于6月28日全速赶到了亚历山大港，却根本不见法国舰队的踪影。性急的海军少将也许是得到了什么新的情报，又立即率领舰队朝东北方向的君士坦丁堡驶去。纳尔逊又一次和拿破仑失之交臂。他们谁也不知道，在6月29日那天，驶离亚历山大港的英国舰队和驶向亚历山大港的法国舰队曾经相隔得比6天前更近，只有74英里，仅数小时航程而已。
纳尔逊是在3周之后才得知这次失误的，他咒骂自己倒霉的运气和拿破仑奇迹般的脱险，叹道：“魔鬼的孩子自有魔鬼的好运！”纳尔逊决定一直追到“天涯海角”。在君士坦丁堡匆忙补给之后，他再次调头驶回亚历山大港。
6月27日深夜，由于风力减小，舰队的航速减慢，此时舰队位于埃及西北海岸180英里处，布吕埃斯海军中将命令三桅快舰“朱诺”号先行驶入亚历山大港，与那里的法国领事联系，了解有关形势的详细报告。两天后，就在英国舰队从水平线上消失后数小时，“朱诺”号到达亚历山大港，将领事马嘉隆（就是夏尔·马嘉隆总领事的侄儿）带上船，带到焦急等待着的拿破仑身边。
马嘉隆登上“东方”号后告诉拿破仑：“一支由14艘炮舰组成的英国舰队在‘朱诺’号抵达亚历山大港前离开了亚历山大港……他们可能随时再度出现。”此外，气候突变，“海上掀起了狂风巨浪，船只失去了控制，军舰和运输船乱作一团，如果此时敌舰出现，将带来毁灭性的后果”。虽然这个消息给每个人的脸上都蒙上一层阴影，但是，“我在将军的脸上却看不出丝毫的惊恐”。“现在，英国舰队已经靠近阿布基尔湾，正是英国海军突然出现的消息使拿破仑将军决定在马拉布特海湾登陆，”克莱贝尔将军说，“因为，拿破仑将军的计划是在3个月内同时占领尼罗河三角洲和亚历山大港。”
根据领事的报告和拿破仑的决定，7月1日早上6点45分，布吕埃斯命令舰队驶近海岸、准备登陆。早上8点，舰队离阿布基尔湾还有数英里，布吕埃斯便命令战舰离开运输船先行驶向海岸。舰队在靠近海岸处抛锚准备登陆。11点，旗舰上发出了放下小艇登陆的命令。拿破仑命令远征军分3路登陆，但是，波涛汹涌的大海很快就打乱了他的计划。
