由于狂风大作，加上军队缺乏登陆训练，整个舰队处于一片混乱之中。幸运的是此时此刻没有英国海军在场。登陆行动持续到了次日凌晨。一般不愿意提到大海的贝尔蒂埃这样描述：“狂风在海上掀起巨浪，我们根本无法驾驭小艇，执行登陆的指令遇到了巨大的障碍。”事实上，飓风常常将一只小艇掀到另一只小艇上面，有的小艇被撞碎，有的被巨浪掀翻，许多人溺死海中。布吕埃斯曾经劝拿破仑推迟登陆的计划，但遭到拿破仑的断然拒绝。一些载着尸体和伤残者的小艇被海浪冲上海岸。终于，首批2,500人率先登上了马拉布特海滩。拿破仑命令大炮和马匹登陆，但是在这样的天气情况下，根本无法将大炮和马匹从运输舰卸下。
拿破仑是从来不会放弃自己的目标的。凌晨2点30分，他亲自率领3个师约5,000人徒步向亚历山大港进发。尽管食物和水都没有来得及从船上卸下，他们还是在数小时内就来到了距开亚历山大港一英里半的地方。夜色中，法军遭到敌人骑兵的袭击，双方展开了一场混战和厮杀。从此时到3年后法军离开这里为止，马穆鲁克骑兵的这种神出鬼没的袭击战术从未间断过。
拿破仑在亚历山大城下将军队分成3路向敌人发起进攻。亚历山大城守军的大炮缺乏弹药，守军本身更缺乏斗志，经过轻火器的一阵交战，上午11点，法军攻破了城门，亚历山大落入了拿破仑之手。根据贝尔蒂埃的报告（他的报告通常是由拿破仑口授的，因而值得怀疑），法军死21人伤60人，登陆时有20 名士兵溺死。事实上，包括溺水在内的伤亡人数为数百人，其中梅努将军在城下被石块击伤，克莱贝尔头部中弹受重伤。午后，亚历山大派出代表到拿破仑的司令部正式投降。
“我是来恢复你们的权利和惩罚那些篡夺者的。”7月2日，拿破仑用阿拉伯文向当地居民发布公告。“我比马穆鲁克更尊敬真主，尊敬他的先知和《古兰经》。”拿破仑决心打消埃及人的疑虑，表明他的友谊，以避免造成传统的征服者的表象，他对自己的军队下达了一系列的禁令和惩罚令，包括对“任何掠夺百姓和强奸民女者执行枪决”。另一方面，下令逮捕所有的马穆鲁克并没收他们的一切财产。拿破仑下令埃及人在24小时内放下武器并由各个区域的代表送交法国军队，法军保证友好相待并保护他们的利益。任何拒绝交出武器并“敢于对法军进行反抗的村庄将被烧毁”。法军所到之处将征用一切可以用来进行运输的牲畜，包括马、驴子、牛和骆驼。除此之外，对于拿破仑来说，埃及人民（马穆鲁克统治阶级的对立面）在理论上将是不可侵犯的。埃及的宗教、宗教领袖和寺院都将受到法国军队的尊重。拿破仑宣布：“每一个埃及人都应该为消灭马穆鲁克而感谢真主，并高呼：‘光荣归于苏丹！光荣归于法兰西军队！把马穆鲁克逐出教门，幸福属于埃及人民！’”
对于法国人来说，这是一场新的战事，被征服者将受到保护；事实上，拿破仑经常感到在这方面难以维持他的军令，也难以对违令者实施惩罚，他们的行动常常破坏他的政策。问题是违反军令者常常是高级将领，他们有时是明目张胆地违抗命令，不断地损坏着他的权威。尽管如此，他的政策是很明确的：他要赢得埃及人民（马穆鲁克除外）的人心，按照法兰西的模式重新组建这个国家的政府，尽可能用和平征服的手段使之成为法国的殖民地。
有些法规，例如他要求埃及人将所有的武器上交法军，是合乎情理的；但有些命令却是极其荒谬的，例如，要求“亚历山大的每一个居民使用三色包头巾”。更难以执行的是，拿破仑要求法军对“所有佩戴法军三色肩章的高级穆斯林长官致敬”。这些命令都在全军进行了宣读。所有的穆斯林寺院必须受到尊重，拿破仑宣布：“任何法国人，无论是士兵还是平民都不准擅自进入清真寺……凡违令者均枪决。” 军队也没有以往的那种小小的自由了，拿破仑特别提醒军队在市场上“拿任何东西都必须付钱……不得抢夺和辱骂埃及人。我们必须和他们交朋友，我们的战争矛头只能对准马穆鲁克”。在拿破仑宣布了一系列的法令和公告之后，亚历山大的伊斯兰教法典说明官和酋长签署了一份表示支持法国新政权的庄严声明。拿破仑征服埃及的宏图大业正式开始了。
安全地占领了城池，守住了城门之后，法国人才看清他们周围是个什么状况。“可怕的沙漠，四处都见不到有生命的东西，白天骄阳似火，夜晚异常寒冷。” 后继登陆的军队在马拉布特海滩露营，形势更加严峻。“我们缺乏所有的东西。既没有食物（除了从法国带来的干粮之外），也没有水壶和炊具，何况我们也根本找不到水。”无论是城内还是城外，欧洲人都顿时陷入了像《一千零一夜》所描述的神秘境界之中。食物的问题需要待法军的后勤部队在数周登陆之后才能解决，但埃及这片土地本身就是一个最大的难题。
