布吕埃斯对自己的处境是清楚的：由于没有找到适当的水道使舰队进入较为安全的亚历山大港，他只能继续停泊在阿布基尔湾，直到舰上的货物卸完为止。虽然他也惧怕在那里遇上英国舰队的袭击，他却并不想离开拿破仑——因为那样会使整个法军处于没有海上保障和遇到意外情况失去海上退路的境地。他对拿破仑和法国军队的一片忠心老天可鉴。
当然，还有其他因素使布吕埃斯无法断定他在此停留的时间长短，包括将部队的人员、弹药、马匹、大炮以及成千辆战车全部卸下送上陆地所需要的时间以及补充舰队两个月航海的给养，如绳索、船帆、木料、新鲜食物和水所需要的时间，这些补给品是任何一支准备出海的舰队都不可缺少的。
海军拨款审查官若贝尔在7月9日给海军部长布律克斯发出的一份密报中指出，亚历山大港“缺乏海军停泊的条件，连最基本的设施都没有”，诸如干船坞、仓库和车间等，如果建立这些设施“至少需要一年时间”。他认为小船是否能进港都难说，何况大船！在这种情况下，“总的感觉是一旦完成登陆，我们必须立即驶往科孚海峡，因为英国人离这里不远，任何时候都可能出现。”他还说，“布吕埃斯的决定完全与此不同……其结果造成了这里浓厚的宿命论气氛，甚至使我的原则也发生了些微动摇。”
早在7月6日，布吕埃斯的第一份正式勘测报告就说明整个亚历山大港“是无法使用的，充其量是危险的海港”。布吕埃斯将这个结果报告了拿破仑，并附带说：“相信我，将军，我最大的愿望是支持你的军事行动。”拿破仑当天向督政府做了报告：“这个结论完全打乱了我的计划。”但在他次月给督政府的报告中却称他已经命令布吕埃斯在24小时内驶入亚历山大海港（这是他掩盖证据而虚构的谎言）。
在亚历山大和拨款审查官若贝尔度过了几天时间之后，布吕埃斯回到了阿布基尔湾。由于水浅和暗礁的原因，他仍然将他的舰队一字排开，停泊在离海岸4英里的开阔海面上；因此，岸上的防御设施，包括阿布基尔要塞上的8门加农炮、和阿布基尔岛上的臼炮对舰队都无法起到有效的保护作用。布吕埃斯打算在7月为舰队获取新鲜食物和淡水的计划也完全不可能实现。 因为阿布基尔湾一带的水井随时会遭到阿拉伯人的袭击，食物储备地则远在罗塞塔和塔米亚。甚至对布吕埃斯特别反感、竭力主张舰队在英国人到达之前驶向科孚海峡的若贝尔也认为舰队的形势十分危急，布吕埃斯目前没有条件出海航行。
7月中旬，舰上的食物供应十分短缺，以致舰长们不顾以前下达的一系列命令，秘密给梅努将军（他不是拿破仑的朋友）写信，请求他增援食物供应。一位舰长泰弗纳愤怒地说道：“真正的饥荒开始了。我真不该到这个倒霉的国家来。”远征军一向不动感情的司库普西格乞求拿破仑：“舰队需要紧急的粮食增援。”他的手上已经没有可支配的经费了，尽管法军在马耳他掠得大量财物，拿破仑却拒绝发放使用，因此无法给舰队征集食物；埃及人拿不到现钱是不会将食物卖给他的。据普西格估计，布吕埃斯紧急需要275吨大米、330吨木材（舰队燃料）以及80头牛和150头羊。当布吕埃斯得知梅努准备派6条小船装运救急的食物增援他们时，他感激地说，这是解救了“因饥渴而濒临死亡的人们”。 事实上，在出征前，海军部门为布吕埃斯的舰队提供了充足的给养，但大部分被拿破仑运到岸上给他的陆军使用了。
布吕埃斯在7月26日发出了最后一封求救信，信中他提醒拿破仑：“我们是在希望和绝望之间漂浮着。”他们的面包和水都已经没有了。而且，整个舰队一旦遇到攻击将处于完全没有防御的境地。即使不遭遇进攻，目前至少已有3,000人离舰住院或是在岸上四处打井找水，还有的是擅自离船上岸，包括许多反叛的军官。“没有食物，军舰得不到维修，”他告诉拿破仑，“舰队处于瘫痪状态。” 尽管如此，在两天后，收到法军金字塔大捷的消息时，兴奋的布吕埃斯从病中挣扎起来对舰队发布了公告：“共和国万岁！拿破仑万岁！我们英勇的兄弟部队已一举攻克埃及首都开罗！”他命令所有舰只鸣放24响礼炮以示庆贺，当天定量配给的食物和水比平时多了一倍。
6月30日，拿破仑终于给他发来了回音，称他已经命令：“50条装运小麦和大米的船在亚历山大等待他们的到来，他必须尽快驶入亚历山大港。”事实上，拿破仑是在当天才命令塔米亚和罗塞塔的守军将粮食装船的。同时，拿破仑警告说：英国人进攻的危险仍然存在，“英国人的整个行动使我相信他们是要封锁马耳他”，因此暂时还不会进攻埃及水域。
这封信和50船供应物都没有能够送到不幸的布吕埃斯手里。这是个残酷的骗局，拿破仑使海军司令相信他马上就能得到粮食。正如拿破仑经常提到的一句妙言那样：“在这个世界上，人必须表现得友好并许下许多诺言，但却完全不必遵守任何诺言。”事实是，布吕埃斯只收到了由6艘三桅小帆船运来的仅够舰队食用一天的大米和少量的淡水，此外一无所获——既没有肉和蔬菜，也没有小麦和面粉。周末时，舰上的定量比前两个星期又减少了一半，大部分在船上的人都受到疟疾的折磨。布吕埃斯本人也大病初愈，法国舰队也仍然停泊在毫无防卫设施的开阔海湾上。就在此时，即8月1日，海军上尉沙里耶报告发现英国舰队正在全速向阿布基尔海湾驶来。
