对于拿破仑来说，远征埃及是他生活和事业的转折点。他对自己曾经热情爱恋的约瑟芬的信任动摇了，特别是后来证实她没有能力生儿育女后，他们的婚姻就此破裂了。对于法国军队，这场远征也是个十字关口。大多数军官后来都被英国人遣返回国，但他们中的绝大多数都不会忘记并宽恕拿破仑在关键时刻抛弃和背叛他们的行径。后来他们中的大多数都晋升高位，有的甚至当上了法国元帅，但他们都知道拿破仑·波拿巴是个言而无信的人——他在关键时刻是会为了保存自己而舍弃别人的人。拿破仑也第一次意识到自己的能力和观念都是有限的。当法国在欧洲处于孤立无援的境地时，远征埃及显得毫无战略意义。再者，这场战役的轻率构思和草率的执行使2/3曾经对他寄予厚望的法兰西共和国远征军命归黄泉，给他们的家庭带来了无法弥补的伤害。
然而，具有讽刺意味的是，这场惨遭失败的远征可能是拿破仑一生中最伟大的事件之一。当他经过40多天的艰难航程，成功地躲过英国舰队的拦截，于1799年10月9日回到法国南海岸在圣拉菲尔海湾登陆时，30岁的拿破仑·波拿巴受到了人们的狂热欢迎，他们并不知道他在埃及遭到的巨大灾难，却只知道他是率军攻克了马耳他、金字塔和埃及的英雄，是法兰西共和国从异教徒手中夺取开罗的十字军战士，是在阿布基尔大败土耳其军的总司令。这为他作为一名征服英雄回到巴黎扫清了道路。
拿破仑又一次获得了成功，这是克莱贝尔永远无法理解的。
