正在巩固自己的地位、确保他的新政府能够被法国人民所接受的拿破仑，对吕西安的这种念头自然有所察觉，他当然不能容忍。事实上，第一执政不止一次地警告过他的弟弟，但是毫无作用。
到了1800年夏，吕西安的任职成了一场真正的噩梦（即使是拿破仑最凶恶的政敌也不可能起到吕西安的作用）。他继续胡闹，显然觉得没有任何人敢加罪于他，最后竟犯下了鲁莽的错误，他用政府的费用匿名出版一本对拿破仑极为不利的小册子，名为《恺撒、克伦威尔和拿破仑》，并在全国有名望的政治家和地方行政官员之间广为散发。
拿破仑这次遭到了来自自己亲人的攻击，警察局长富歇对怀恨已久的吕西安的材料记录又添上了新的一笔。吕西安自恃在雾月政变中为拿破仑做出了重大贡献却身居拿破仑之下，怨言颇多。仗着拿破仑对他的宠爱和保护，他常常顶撞拿破仑，有时还当着富歇或其他人的面让拿破仑下不了台。吕西安对拿破仑的副官朱诺和他年轻的妻子洛尔·帕蒙说：“我要一直这样对他说话，他的威胁不会使我离开我的道路。如果政府里围在我哥哥身边的人用压迫国家为代价替他服务，我拒绝参与；一旦共和国没有个人自由可言时，我将去找寻其他的国家。”
富歇终于找到了下手的机会，他在1800年11月1日安排第一执政与吕西安见面。内政部长吕西安被召到拿破仑在杜伊勒里宫二楼的小办公室。25岁的吕西安走进办公室见到的是拿破仑、布列纳和面带奸笑、手上拿着档案的富歇。
拿破仑开门见山地命令富歇宣读他的报告。那是一份调查报告——当吕西安发现他过去数月的言行举止全都被富歇秘密记录在案时，开始变得越来越不安了。他强辩、大声喊叫，丢下公文包，冲出了房间，也离开了法国政府。8天之后，已经是身披黑纱的鳏夫的吕西安，带着他的4个小女儿登上了一辆载满行李的马车作为赴马德里的使节前去上任了。
“鉴于欧洲之现状，”拿破仑致信西班牙国王，“窃以为有必要派遣一名外交使节和新任大使，公民吕西安·波拿巴，我的弟弟前来向陛下面呈有关征服葡萄牙之重要事项。”吕西安的降职问题就这样迅速而平静地解决了。他从此没有再回到法国政府中来。对于拿破仑来说，让令人憎恶的外人富歇当着自己的面揭发他弟弟不体面的事是十分丢脸的，但他不能不这样做。
迟疑的西班牙国王卡洛斯四世很快就被吕西安的魅力和谦恭和蔼所折服。吕西安于是开始了法国、西班牙和葡萄牙三国之间和平条约，即有名的巴达霍斯条约的谈判。而拿破仑曾经指使西班牙通过入侵并占领葡萄牙以达到进攻英国海军和商船的目的。拿破仑对吕西安送回的已签字的条约文稿很不满意。而且对于对法国贫乏的战争赔偿也不高兴。在谈判过程中，卡洛斯四世贿赂了吕西安价值500万法郎的钻石和20幅名画，才得以签订这个对西班牙有利的条约，同时卡洛斯四世也不想和拿破仑为敌。
可是，拿破仑不仅不承认吕西安送回的条约而且对他进行了尖锐的指责。这使吕西安十分气恼。如果他对西班牙国王的许诺不能兑现，那么国王所送的礼物必须全部归还。但是，波拿巴毕竟是波拿巴，特别是吕西安·波拿巴——他将所有珍宝藏进箱子里，秘密地装上了他的马车。然后，他收拾行李，带着他的孩子们在半夜不辞而别，逃离了西班牙。五百人团的前主席、前内政部长、现在又是前驻马德里大使的他，离开法国后一年，即1801年11月19日，又令拿破仑吃惊地回到了法国。这个暴发户、骗子、伪造者和盗贼又回来了。“吕西安完全缺乏判断力、缺乏任何道德意识，使他的野心和追求财富达到了登峰造极的地步，几乎近于纯粹的抢劫。”历史学家路易·马德林评论道。至于与西班牙，最后终于与法国签订了第二个条约，该条约成功地将西班牙纳入了拿破仑的外交轨道。
1803年，当拿破仑通知赋闲在家的吕西安，他准备修改《共和8年宪法》以使自己能够成为“终身”第一执政时，新的问题发生了——不用说，这遭到了吕西安强烈的反对。事实上，拿破仑给吕西安封了个在政治上无所作为的参议员之职以示对他的安抚。但吕西安对自己在政治上的无力和虚弱深感难堪，他宣称：“我要得到真正的政治自由，所有的独裁政治都令我感到压抑。”但是，他当然没有希望改变他的处境。
吕西安和拿破仑之间关系最后摊牌是在1804年春，即拿破仑准备脱去第一执政的蓝色制服换上皇帝的紫袍并绕过了吕西安的继承权问题之时。最后决裂的借口是吕西安选择的第二个妻子亚历山德鲁·儒贝东，一个在巴黎早年声名狼藉如约瑟芬的绝代美女。她原来的丈夫西波莱特·儒贝东因在银行犯罪逃亡到西印度群岛，从此没有消息。她先是勾引了一些“艺术家”后来又成了年轻的亚历山大·德·拉波德公爵的情妇并遗弃自己的孩子而成为市井谈资。
