可惜，富歇的热情有一些过头，由于在里昂市中心行刑使街上多是头颅和尸体，城市下水道被堵塞，血水的恶臭弥漫整个居民住宅区，愤怒的市民对富歇提出抗议并要求他对此付出赔偿。富歇不得不将行刑场从里昂城转移到洛纳河边的布鲁提奥进行。从1793年秋冬到1794年春，一批又一批银行家、学者、贵族、牧师、富商以及他们的妻子、情妇和子女被从城市监狱带到这里，捆在木柱上，由军人或群众执行处决。屠杀日复一日地进行着，而私人书房里堆满了古希腊和拉丁文著作的昔日校长富歇则操纵着这一切。每天晚上，这个富歇，模范丈夫和父亲，面带和蔼的微笑，回到家中的妻子和孩子的身边——那里，温暖的壁炉和干净的床铺在等待着这个在历史上被称为“里昂的刽子手”的人。
但事情的进展并不总是按他所希望的那样。一天下午，对一位26岁的修女的行刑没有能够按照计划进行，因为里昂工人阶级的家庭主妇们用手中的切肉刀对这个修女乱砍，行刑者费了很大的力气，才得以将这个修女的头砍下。而她惟一的罪过是在“人民”要求她停止对上帝祷告时，遭到了她的拒绝。民主和自由在继续向前进军。“我们必须勇往直前，”富歇说，“让我们像闪电一般凶猛，让通向自由之路上的敌人灰飞烟灭。”他著名的“恐怖、有益的恐怖”现在果真成了里昂“当今的需要”。富歇尽职地向巴黎报告。在任何国家，像富歇这样的人都会被当作精神病患者被收容或杀人狂被处决；但在大革命时代的法国，他成了英雄。
的确， 巴黎对他的演出十分赞赏。“公民富歇创造了奇迹……弱者得到了救援、穷人得到了新的尊重、（宗教）狂热主义已经被摧毁……嫌疑者遭到逮捕、重罪受到严惩……这就是人民的代表富歇所取得的成绩 。”正如勒让德尔在给救国委员会的一份特殊报告中所确认的那样：“共和国的精神已经明显地得到传扬……富歇所采取的有力措施使自由、平等的敌人受到致命的打击，而共和国则不断取得胜利。”大革命的信条成了法国新的福音，而富歇就是他们的“基督十二使徒”之一。
然而，随着潮流的变化，富歇也变换着他的脸谱。到了1799年的夏天，督政府受到以陆军部长贝纳多特将军为首的军人以及五百人团中的雅各宾派势力的威胁。在解雇了前面9个警察头头后，为了巩固自己的政权，需要一个能够无情粉碎所有敌人的强有力的铁腕人物来充当他们的警察头头。被辱骂为“里昂刽子手”的富歇被督政府看做是惟一能够胜任这项任务的人选。富歇向督政府保证他能够恢复秩序、使政府控制国家的局面。让昔日的雅各宾分子来镇压雅各宾派真是再好也没有的了。但督政府没有意识到的是：富歇不但要镇压督政府的敌人，而且还要帮着给督政府挖掘坟墓。
1799年7月22日，富歇当上了督政府第10任警务大臣。他首先对雅各宾发出警告，他给雅各宾派的主要发言人、陆军部长贝纳多特发出威胁信，“你们在干什么？你们想要达到什么目的？记住，明天如果我发现你还在俱乐部，我就要你的脑袋搬家。我是严肃的，说到做到——我警告你。”贝纳多特将军明智地收敛了。警务大臣又亲自部署了对五百人团中雅各宾派成员住所的袭击并临时查封了五百人团。然后，富歇“将钥匙放进自己的口袋里，心平气和地将它交给了吃惊不小的督政府”，他果真说到做到。
作为警务大臣，富歇在按照自己的想法恢复国家秩序的过程中，其政策有时往往是自相矛盾的。例如，在查封报社的同时，他又将一些有名的记者从监狱中释放出来。同时，他还说服督政府允许长期流放在国外的贵族回国。他还成功地从政府的逃亡者名单中去掉了一些拒绝宣誓忠于革命宪法的牧师，而这些人正是他在里昂时期大肆搜捕的对象。结果，富歇成了他们在圣日耳曼郊区残留的少数款式别致的沙龙，包括居斯蒂纳侯爵和埃斯帕伯侯爵以及社会名流和宗教领袖沙龙中的常客。他们也得以有机会了解这个口袋里揣着逮捕令却和法国最古老的家族来往的心灵扭曲的政治投机分子。
阴谋成性的富歇一方面努力制止保王党的极端分子企图推翻督政府的行动，一方面努力寻找一个“坚强的军人”以便实行自己推翻刚刚委任他为警察总监的督政府的政变。如果一切顺利，他将成为国家的首领！为了进行这次政变，他需要物色一个灵活多变、个性坚强而又对政治具有兴趣的军人，一个将来不会和他争夺政府控制权的人。
当富歇开始拜访住在凯旋街的美丽贵妇约瑟芬·波拿巴时，他已经酝酿成熟了他的人选。奇怪的是，将军的妻子认为这位警察头头是位令人“愉快的”伙伴。当然，始终十分忠实于自己妻子的富歇只是在政治上向约瑟芬献殷勤。约瑟芬致命的弱点就是贪恋钱财，富歇投其所好，用金钱换取有关拿破仑个人行踪和意向的情报。约瑟芬成了出卖自己丈夫的警察头头的眼线。这样，富歇很快就掌握了拿破仑将军早已准备推翻督政府的意图，并盘算着自己将在其中扮演的角色。富歇不得不调整自己的计划，同时约瑟芬不断地给他提供她所了解的情况、文件甚至她丈夫的信件。由于潮流对他不利，富歇决定顺水推舟，迎合吕西安和约瑟夫·波拿巴，但没有得到他们的理睬。如同督政官戈耶所证实的那样，富歇目前的目标是成为“阴谋集团的共谋犯之一”。
