值得注意的是，战后清王朝统治阶级中，对外认识发生变化的，并非仅仅奕訢、文祥等少数几人，而是大有人在。如署理户部尚书沈兆霖战前曾是积极主战派，条约签订后，言论为之一变，说：“（夷人）火器胜于中国，能及远而有准”，“夷以万余众入城，而仍换约而去，全城无恙。则该夷之专于牟利，并无他图，已可深信。”李慈铭也说：“窃谓夷以数万里浮海孤悬之军，长驱入都，据坚城以自便，中国溃丧不复能师，使意在土地，则燕蓟既在手中，当早有变易以新耳目，而往返请期，惟和是议。”所以，他们认为，“夷人不足虑”，“果能示以诚信，尚易羁縻”。冯桂芬等人也有类似的看法。
奕訢正是在这种认识基础上，作为这部分人的代表，把他们的新认识集中概括起来，于1861年初与文祥、桂良等人一起上了《通筹夷务全局酌拟章程六条折》。
奏折通观全局，首先回顾了清代夷祸的经过，接着他们认为夷人志不在攻城掠地，与前代蛮狄并不相同，如果以信义加以笼络，可以“驯服”。进而，奕訢等人分析了农民革命、西方列强与清政府三者之间的相互关系之后，又提出了“综计天下之大局，是今日之御侮，譬如蜀之待吴”的策略思想，把太平天国农民革命同西方列强侵略者给清政府造成的危害作了比较：“发捻交乘，心腹之患也；俄国壤地相接，有蚕食上国之志，肘腋之忧也；英国志在通商，暴虐无人理，不为限制则无以自立，肢体之患也。”从而提出了“灭发捻为先，治俄次之，治英又次之”的战略目标。
最后，奕訢等人提出了贯彻其外交方针的六条章程，提出在北京设立总理各国事务衙门，专办洋务；南、北通商口岸分设大臣；各省办理外交事件互相知照，以免歧误；以及令广东、上海选派四名懂外国语言文字的人来京差委，各通商口岸内外商情并各国新闻报纸按月咨报总理各国事务衙门，以便了解夷情等具体措施。
咸丰帝阅览了奕訢等人的奏折，朱批道：“惠亲王、总理行营王大臣、御前大臣、军机大臣妥速议奏。”惠亲王绵愉等人遵旨详细阅读之后，认为奕訢等人所议各条“按切时势，均是实在情形”，建议“按照原议各条办理”。咸丰帝遂于1861年1月20日颁发上谕，正式予以批准施行。但是朱谕比奕訢原奏多了“通商”二字，说“京师设立总理各国事务衙门，着即恭亲王奕訢、大学士桂良、户部左侍郎文祥管理，并着礼部颁给钦命总理各国通商事务关防派”，企图把总理各国事务衙门的职权限制在通商事务范围之内。对此奕訢不愿接受，据理力争，强调通商事宜，上海、天津已有南北通商大臣驻扎专理，总理衙门在京不便遥控。更重要的是，洋人虽然惟利是图，“而外貌总以官体自居，不肯自认为通商，防我轻视。今既知设有总理衙门，则各国与中国交涉事件，该夷皆恃臣等为之总理，藉以通达其情。若见照会文移内有通商二字，必疑臣等专办通商，不与理事，饶舌必多，必滋疑虑”，因此坚决要求去掉“通商”二字。奕訢等人态度坚定，言词恳切，最后咸丰帝终于批了“依议”二字。但还是力图限制总理各国事务衙门的权限。比如，在奕訢的奏请当中，本有“事宜机密者，即令各该大臣、将军、督抚、府尹一面具奏，一面径咨总理衙门”的要求。但咸丰帝批示道：“至各省机密事件，（自）应照例奏而不咨，如事关总理衙门者，即由军机处随时录送知照，亦甚便捷，着无庸由各口先行咨报总理衙门，以归划一。”目的是防止总理衙门与各省发生直接关系，而使皇权受到侵越。
尽管咸丰帝力图限制总理衙门的职权，但随着中外交涉的日益频繁，特别是后来随着洋务运动的兴起，总理衙门的职权不断扩大，不仅办理外交、通商事务，而且凡与洋务相关的，如铁路、电报、学校、关税等等，都属其职权范围，因而有“洋务内阁”之称，与军机处之间，虽无明显的对等关系，却有实际上的分工，即军机处只管对内事务，总理衙门则主管对外事务。
