据说，肃顺等人在返京途中也曾密谋过兵变，令载垣等人在途中将慈禧杀掉。但慈禧早有准备，命荣禄率兵迎驾，预防载垣暗下毒手，结果载垣没敢动手。
咸丰十一年九月二十八日（1861年10月31日），两宫太后和小皇帝一行到达京郊，恭亲王奕訢出城迎接。当天，两宫太后在郊外宿次召见了奕訢，双方开始为政变做最后一项准备。那就是密商政变后的政治体制，也就是权力如何分配的问题。这时，肃顺等人的败局已定，垂帘听政势在必行，而奕訢呢，这位曾经与皇位擦肩而过的皇子，如今已是功高盖世，众望所归，手握实权。他早已盯上了这一次难得的争权机会，但不好直接提出。于是，他便策动其亲信、手握重兵的胜保上了《奏请皇太后亲理大政并另简近亲王辅政折》。
胜保奏折首先就赞襄政务王大臣的不合法性进行了抨击。他说，肃顺等人辅政，是以他们自己代写的圣谕为依据，而且当时，先皇已是弥留之际，近支亲王多不在侧，所以未能择贤而任之，这是先帝的未竟之志。而现在，嗣圣既未亲政，太后又不临朝，谕旨尽出于八大臣。他们已开矫窃之端，大失臣民之望，如果循此不改，一切发号施令，真伪不分，这样，不独天下人心日行解体，恐怕外国人闻之，也觉于理不顺，势必招致天下大乱。胜保的此番议论，等于将肃顺等人置于矫诏窃权的位置上，这对他们无疑是致命的一击。
接着，胜保在奏折中又引经据典，论证垂帘听政和亲王辅政多有先例，而且合情合理。当务之急，应该因时制宜，不应拘泥细枝末节。
最后，胜保明确主张：“为今之计，非皇太后亲理万机，召对群臣，无以通下情而正国体；非另简近支亲王佐理庶务，尽心匡弼，不足以振纲纪而顺人心。”
从胜保奏折的内容可以看出，胜保为政变成功后设计的政治体制，实质就是皇太后听政与近支亲王辅政相结合，太后听政其名，亲王辅政为实。至于肩负辅政重任的近支亲王，在胜保等人的眼中，自然非恭亲王奕訢莫属。从后来的事态发展来看，慈禧的目标是代行君权，个人专政，其内心深处并不想接受这种政治体制，但他不得不依靠掌握朝廷实权、具有崇高威望的奕訢和手握重兵的胜保，于是不得不暂且答应下来。
二十九日（11月1日），太后一行进城，留京文武官员身着缟素跪迎于道路两旁。銮驾回到大内皇宫，奕訢立即密陈在京政变部署情况，两宫太后听了颇为放心。
三十日（11月2日），两宫太后在宫中召见奕訢、文祥、桂良、贾桢、周祖培等人。慈禧面对众人，一把鼻涕一把泪，斥骂肃顺等八大臣大逆不道、飞扬跋扈、图谋不轨的种种罪行，众大臣愤慨无比。周祖培说：“何不重治其罪？”
慈禧顺水推舟：“彼为赞襄王大臣，可径予治罪乎？”
周祖培答道：“皇太后可降旨先令解任，再予拿问。”
说到这里，慈禧确信留京大臣对诛杀肃顺等人毫无异议之后，随即抛出早在热河期间就由醇郡王奕譞拟好的谕旨，交给恭亲王奕訢，当众宣示。核心意思有两点：一是要求王公大臣等妥议皇太后亲理大政并另简亲王辅政；二是宣示八位赞襄政务大臣的种种罪行，谕令解除他们的一切职务。
刚宣读完毕，恰逢载垣、端华进宫上朝，见奕訢等王大臣竟在殿内，非常诧异，大声质问：“外廷臣子，何得擅入？”奕訢答道：“有诏。”载垣、端华就更摸不着头脑了，毫不客气地责备两宫太后不该召见奕訢等人。太后大怒，立即传下另外一道谕旨，奕訢当场宣示：“将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，交宗人府会同大学士六部九卿翰詹科道严行议罪。”载垣、端华听罢如坠云雾之中，厉声斥问：“我辈未入，诏从何来?”奕訢不与理会，一声令下，一群侍卫将其拿下，押到宗人府看管起来。
随后，两宫太后又以小皇帝的名义，火速发出密旨，命令正在回京路上监视肃顺的睿亲王仁寿、醇郡王奕譞相机擒拿肃顺，押解回京，交宗人府听候议罪。此时，护送灵柩的肃顺才行至密云县。监视他的仁寿、奕譞接到驰送而来的密旨，连夜率兵赶去，在卧室中将其拿获。肃顺这才如梦方醒，跳骂道：“悔不该早治此婢！”押至宗人府，碰见载垣、端华二人，肃顺怒道：“若早从吾言，何至有今日！”二人无可奈何，答道：“事已至此，还说什么！”
