这样，慈禧和奕訢集团经过紧密的配合和周密的部署，取得了政变的成功。
十月初六（11月8日），恭亲王奕訢等人公同会议八大臣八条罪状，而后，扔下两条白绢，令载垣、端华自尽。肃顺则被无帷小车押赴刑场处决，在通往刑场的大街上，人山人海，熙熙攘攘，人群中有人高喊道：“肃顺，也有今天啦！”于是人们纷纷以瓦砾泥土掷之，肃顺白白胖胖的面目很快就模糊不可辨别了。此人是条硬汉，行刑之前一路破口大骂，刑场上不肯下跪，刽子手用刀柄敲断他的两条腿，方才跪下。随着刽子手的鬼头大刀在空中划过一道银亮弧线，肃顺人头落地。接着，奕訢等王大臣会议提出将景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛五人革职，发配新疆效力。
此外，慈禧和奕訢进一步肃清余党，将陈孚恩、黄宗汉、刘昆、成琦、德克律太等人革职，将太监杜双奎、袁添喜、王庆喜等发往边远地区充官兵奴仆。
此外，慈禧和奕訢非常清醒地知道，肃顺、载垣、端华掌权多年，其党羽遍布六部九卿，至于依附逢迎、巴结讨好者，在京师内外文武百官中，更是大有人在，但如果一一追究，广为株连，势必弄得人人自危，风声鹤唳，不利于笼络人心，稳定政局。为此，慈禧、奕訢在处死载垣、端华、肃顺之后，连下三道上谕，宣布其既往不咎之意，但内含肃杀之气，意在告诫宗室王公、文武百官，不得抗拒垂帘，否则肃顺等人前车俱在，必将严惩不怠。
二十九日，军机处将所查抄的肃顺家产账目及其来往书信，全部当众销毁。至此，人心大定。
辛酉政变，无疑具有重要的历史转折意义。它在咸丰帝驾崩之后迅速爆发，是当时积蓄已久的统治阶级内部矛盾激化的结果。咸丰时期，古老帝国面临前所未有的内忧外患，年轻的咸丰帝力图振兴，迫切希望通过严刑峻法，大刀阔斧地改变统治阶级内部文恬武嬉、因循不振的衰败局面，而载垣、端华、肃顺等人迎合咸丰帝的旨意，惟严是尚，骄横跋扈，屡兴大狱，打击排斥一大批军机大臣和部院大臣，造成了官僚队伍的分裂，朝内人人自危，朝外民怨沸腾。第二次鸦片战争期间，奕訢借议和之机迅速崛起，形成了以他为首，以文祥、桂良、宝鋆、胜保等人为核心的可以和肃顺集团相抗衡的政治集团。咸丰帝驾崩前夕，肃顺先是力阻回銮，继而造谣蛊惑，挑拨离间，蒙蔽皇帝，造成两个政治集团之间的矛盾冲突如箭在弦、一触即发。咸丰驾崩，政变旋即爆发，势所必然。
政变之所以不经周折而迅速取得成功，很大程度上是取得了绝大多数大臣的拥护和支持。政变之后，统治集团内部的关系得到协调，有利于政权、政局和人心的稳定，因此新的政权得到京城内外官绅、各国外交人士的广泛拥护，如曾国藩、李鸿章叹服政变为“自古帝王所仅见”之“英断”；吴云说政变后，“朝端肃清，政化一新”；英国公使普鲁斯更是欣喜地向本国报告：“大家认为其表现最有可能和外国人维持友好关系的那些政治家掌握政权了。”对大清帝国新的政权显然充满期待之情。
辛酉这年，奕訢正值而立之年，慈禧27岁，慈安26岁。这样几位正值盛年、精力充沛、头脑敏捷、思想新锐的年轻人夺取最高统治权，他们将开拓老大帝国新的发展方向。
十月初五日，内阁公布取消肃顺等所定“祺祥”年号，代之以“同治”年号，决定以明年为同治元年。
