慈禧对奕訢的封赏十分慷慨。但是，她在最高统治权力的掌握上，在与奕訢的权力分配方面，却毫不含糊。她虽然给了奕訢诸多要害部门的实权，但她一定要让他知道，大清廷的最高决策权还是在我太后手中，你奕訢仅仅是个政府的行政首脑，位处“辅政”地位，且是在太后的信任和同意下行使行政权。任何诏旨的颁发，都须有两宫的印章方能生效。为了确立自己实质上的这种至高的权力，慈禧在任命奕訢为议政王和军机行走后的短短几日之内，连续三次以内阁奉上谕的形式宣告了自己和奕訢之间的君臣关系和权力界线。
十月初二日，一道五六百字的上谕郑重宣告：
朕即冲龄，茕茕在疚，仰蒙皇考付托之重，遗大投艰，不惶自恤，幸蒙两宫皇太后保护藐躬，亲理大政。昨经降谕，令王、大臣，大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道，敬谨会议两宫垂帘召见臣工礼节及一切办事章程，……
……乃自近年以来，事势艰危，一二奸邪乘间肆其蒙蔽，以至盈廷缄默，建议寥寥，言路久为闭塞，公论弗伸，事机愈益舛戾。朕以冲人，未堪多难，重赖两宫皇太后万机日理，王、大臣等黾勉翼为……特通谕中外臣工、九卿、科、道、有奏事之责者，于用人行政一切事宜，皆得据实直陈，封章密奏。……
这道上谕，以小皇帝之口，一再强调太后的“亲理大政”和“万机日理”，对恭亲王的权力和责任未置一辞，并要求中外臣工用人行政一切事宜均要向太后密奏。慈禧通过此谕获得了直接从密奏中控制用人行政的大权。
紧接着在载垣、肃顺、端华被诛的第二天，即十月初七日，内阁又发布一道上谕，对日常递交奏报的程序作了详细的规定：第一步，各省及各路军营折报均先呈两宫太后披览；第二步，交议政王、军机处等大臣详议；第三步，两宫太后裁夺；第四步，按照太后裁定意旨再由军机处拟旨；第五步，再呈请两宫太后审定正式颁发。
慈禧据此上谕获得了和皇帝一样掌握对日常行政事务处理的一切控制权，而奕訢对任何行政事务的处理，必须先征得太后的批准和同意。这是载垣、肃顺等赞襄政务王大臣在热河时给慈禧的深刻教训。当时肃顺等人把持朝政，大权尽落其手，慈禧母子俩受尽欺侮。这一点慈禧是铭记在心的，以致在处死肃顺等人的第二天，慈禧就迫不及待地发布了这样一道上谕，目的其实很明显：防止奕訢日后擅权。
奕訢又是何等聪明之人，他不会看不出慈禧这道圣谕的真意。圣谕颁布的第二天“声泪俱下”地辞谢世袭罔替，同时具折上陈，表明自己被委以重任，“当此中外多事之秋，深恐一时见识偶疏，致滋贻误”，于是再三思维，请饬中外大小臣工于用人行政各抒其见，意在使自己“得藉以多方历练，庶不致有陨越之虞！”诚惶诚恐之心跃然纸上。慈禧仿佛也感觉到了自己警惕过甚，遂即发布上谕，温语安抚，称奕訢“贤亲众著，朝野咸知”，当此国家多事之秋，为宗室贵胄，当与诸臣尽心竭力，以安国家利社稷，方不负厚望。
但安抚归安抚，十月初九日，内阁又奉上谕称：
朕奉母后皇太后、圣母皇太后懿旨，现在一切政务均蒙两宫皇太后躬亲裁决，谕令议政王军机大臣遵行，惟缮拟谕旨仍应作为朕意宣示中外。自宜钦遵慈训，嗣后议政王军机大臣缮拟谕旨，著仍书朕字。将此通谕中外知之。
从此，两宫太后的懿旨，即可以至高无上的“朕”的旨意宣示中外，谕令议政王、军机大臣遵行。在政变之后的短短一个星期的时间内，太后与奕訢之间的君臣关系，他们之间的权力界线，就这样被确定了下来。两宫临朝称制于上，恭亲王总揽全局于下；实际上是慈禧太后攫取了清皇朝的最高统治权力。
十月初九日，小皇帝载淳在太和殿举行登极大典。之后，两宫太后命王公大臣六部九卿讨论制定垂帘听政的章程。众位大臣为了力求完全符合慈禧太后的意思，反复地斟酌、磋商，前后花了十几天的时间，最后终于在十六日（18日）议定。至此，垂帘听政的准备工作全部就绪。
