奕訢并未就此罢休，他再给倭仁出个难题，希望他能换换脑筋。奕訢奏请太后准许倭仁在总理各国事务衙门行走，要他直接参与为其所深恶痛绝的“洋务”活动。这可急得倭仁食难下咽，夜不安枕，急忙找来徐桐、翁同龢商量对策，决意辞去这“不光彩”的职务，并想告假归里。倭仁屡疏恳辞，奕訢再三驳斥，致使倭仁无法申辩，只好硬着头皮走马上任，“中途故坠马，遂以足疾请假”。
这场斗争，使顽固派的气焰有所收敛。然而一波刚平，又起一波。这年恰逢华北天气一直干旱不止，京师又突现疫情，顽固派乘机反扑，将此天灾人祸来比附洋务派的改革，大肆渲染是他们的改革触怒了天意。并由候选直隶知州杨廷熙呈递条陈，详述其事。这份奏折是洋务派和顽固派思想分化的集中体现，是继倭仁之后顽固势力对改革的又一次明目张胆的阻挠。
慈禧看后非常生气。立即命军机处起草上谕，驳斥杨廷熙的上谕，并于同日发往内阁。措辞严厉，痛诋倭仁等人的守旧主张，旗帜鲜明地站在了洋务派一边，表现了对洋务运动的完全的支持。这份上谕也是对数月来关于是否添设天文算学馆，学西学，办洋务的大辩论的一个总结。
对倭仁，慈禧又专拟一上谕：
“倭仁奏病未痊愈，请开缺调理一折。倭仁不必给假，一俟气体可支，即以大学士在弘德殿行走。其余一切差使均著无庸管理。”
倭仁见此折后，大舒一口气，终于可以不到自己讨厌的总理衙门上班，不同洋鬼子打交道了。这个老夫子也终于告饶了。
奕訢和慈禧通力合作，配合默契，坚决抵制顽固守旧势力，保证了变法的顺利进行。与倭仁等相比，风华正茂的奕訢和慈禧表现出对新生事物的兴趣和干一番事业的决心是不足为奇的。在慈禧和地方大员的积极支持下，洋务运动终于得以较为顺利地开展。一些新生事物逐渐出现在中华大地上。
1861年，在安庆，第一座军火厂安庆军械所成立。
1862年，在天津，编练第一支近代陆军；在北京，设立第一所翻译学校京师同文馆。
1865年，在上海，第一座大型兵工厂江南制造总局成立。
1866年，在福州，第一所近代海军学校福州船政学堂成立；在福州马尾，第一座造船厂福州船政局成立；同年，第一个欧洲政府考察团出洋考察十余国。
1868年，第一个巡回大使团出国。
1870年，开始筹建中国第一支近代海军——北洋水师。
1876年，建成第一条铁路吴淞铁路（不久又被拆毁）。
1877年，第一届赴欧海军留学生出洋；第一座煤矿台湾基隆煤矿成立，同时开平矿务局在天津成立。
1879年，第一座电报线北塘至天津40英里电报线架设成功。
1890年，上海机器织布局正式开工。
前期以“自强”为目的，洋务派创办了一批近代军事工业；后期以“求富”为旗帜，为解决军事工业在资金、燃料、运输等方面的困难，又创办了一批近代民用工业，包括工矿业和运输业等。这场运动是在与顽固守旧势力的斗争中进行的，虽说是一场地主阶级的自我改革运动，却带有鲜明的资本主义倾向，是衰朽王朝显露出的一线生机、活力和希望。这种变革图强御侮的爱国主义精神是值得肯定的。
