政变后不久开始的这些吏治整顿工作预示了这一次京察的严肃认真。
同治元年，京察自上而下进行。首先对包括议政王在内的全体军机大员和内阁大学士进行考评，然后是部院大臣。奖惩大权归于两宫皇太后。官声、成绩突出者，给以破格提升；安排年富力强者于重要岗位；对平庸衰朽者，勒令其退休。其中有相当数量的满族官员被勒令休职和降级。素食尸位的京官减少了，官员年龄普遍年轻化了，办事效率也提高了。在考察京官的同时，对地方官吏的考察也同时在进行，同样是品评优劣，赏罚分明。
就在奕訢大刀阔斧、雷厉风行地进行吏治整顿的同时，一场在奕訢和西太后慈禧之间隐藏的斗争已经展开了。
垂帘之初，奕訢以议政王的身份，总揽朝中大权，部院大臣遇事必先与议政王奕訢相商，惟奕訢意见是从，这一切，慈禧看得一清二楚。而奕訢“希冀垂帘其名，而实权归己”的心思，慈禧也当然不会不知道。权力欲极强的慈禧是不会听任奕訢的权力日益扩张、重演肃顺擅权局面的。只是大乱当前、“发捻横行”之时，尚需利用奕訢主持内外事务，所以慈禧一直隐忍未发，但她时刻都在监视着奕訢的一举一动，默默地窥伺着时机的到来，以图巧妙地削弱奕訢的势力。就在奕訢集中精力在内政外交方面大展宏图，力挽危局的之时，慈禧趁其不备，给予奕訢沉重一击，连折奕訢的两位股肱大臣：何桂清和胜保。
何桂清，云南昆明人，道光进士。历任翰林院编修、太仆寺少卿、太常寺卿、户部右侍郎、浙江巡抚、两江总督。1860年5月5日江南大营全军溃败，两江总督何桂清在常州主管饷事，拥兵自卫，坐视不救。陈玉成部进攻常州，何桂清见大事不妙，希图逃脱。先将其父亲和两妾秘密送至通州，然后张榜禁止常州市民迁徙，并封锁各城门。城内百姓见何桂清要逃跑，绅民耆宿数百人手执香烛赴辕门跪请何桂清留下共同抗敌。何桂清见出城受阻，遂令所率部队开洋枪扫射，民众死者十九人。何桂清逃亡苏州，苏州巡抚拒绝其进城并上疏奏劾，咸丰帝闻何桂清事后大怒，谕令革职严审。何声言借兵助剿，逃到上海，在继任江苏巡抚薛焕的庇护下，“高卧不行”。不久，英法联军进犯北京，咸丰帝逃往热河，何桂清一案遂被搁置。
当此整顿吏治之机，给事中郭祥瑞、御史卞宝第等上疏，此案又被重提。并令新任两江总督曾国藩派员速押何桂清来京候审。曾国藩曾与何桂清因争夺江浙地盘事，积怨甚深。接到旨意后，他立即派李鸿章去办此事。同治元年（1862年）春五月，逮何桂清入刑部狱。
主持办理此案的刑部直隶司郎中余光焯是常州人。鉴于其家乡绅民恨何桂清入骨，同时也为了给被击杀的执香跪拜父老19人讨回个公道，定罪时拟斩立决。奏上之后，诏大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道会议讨论，均同意刑部的决定。
此时，一道上谕以何桂清曾任一品大员为由，提出对其应该慎重用刑，如果存有疑义，当各陈己见，这给了何桂清一线生机。原来，第二次鸦片战争时期，何桂清曾同奕訢的岳父桂良一起在上海同英国谈判，受到桂良的赏识。另外，何桂清在办理洋务问题上常与奕訢相契合，杀何桂清，奕訢颇为惋惜，因而奕訢有意救他。此道圣谕一发，大学士吏部尚书祁嶲藻、工部尚书万青藜、通政司王拯、顺天府尹石赞清、府丞林寿图、九卿彭祖贤、给事中唐壬森、御史高廷祜、陈廷经、许其光、李培祜等，纷纷上疏为何桂清辩解翻案。
刑部审讯时，何桂清也为自己申辩，称自己之所以退至苏州，乃是受江苏司道所请，以保饷源重地，并指出有薛焕等四人的禀牍为证。清政府于是令曾国藩查实何的证词，曾国藩与何桂清素有矛盾，速查后回复道：苏常失守，卷宗已经荡然无存，且督抚权重，司道受其掣制，必会极力逢迎和隐饰，因此对禀牍有无，不必深究。明确表明赞成重罚何桂清。
