政变之后，为了集中精力剿杀农民起义，奕訢推行一套“外敦信睦，隐示羁縻”的方针，以图趋利避害，实现中外和好、相安无事的局面。
同治元年二月初，在湖南省出现地主阶级知识分子张贴的合省公檄，痛诋法国教堂的种种罪恶。檄文传入江西，被迅速翻印，贴遍大街小巷。很快，两省各地群众发动暴动，捕杀传教士，砸毁教堂、学堂、育婴堂及教民房屋。这就是湘赣豪绅们掀起的驱逐洋教运动。
早在1844年，美国通过《黄埔条约》获得了在中国通商口岸建立教堂的权力，根据“片面最惠国待遇”条款，其他西方国家也同样享有此特权。法国接着通过《黄埔条约》，进一步迫使清政府开始放弃对天主教的禁令。至1846年，法国获得了在各通商口岸自由传教的权利，基督教随之也获得了同样的权利。外国传教士纷纷在中国建立教堂、学堂、办报纸，有的甚至进入中国的官僚阶层和参与军事指挥活动。在那以后，由于中西文化在碰撞过程中的冲突，以及确实有一些传教士借传教之名做一些扰民侵民的事情，传教士与中国本土居民的冲突时有发生。奕訢也屡有耳闻，只是这次湘赣豪绅们掀起的驱洋教运动闹得比以往都大，法国公使对此已经提出严重交涉，因此不得不想出一个有效的对策来。
从奕訢内心真实感情出发，打击一下这些“洋教士”的嚣张气焰又何尝不可，然而，当前朝廷内外交困，北有俄国虎视眈眈，内有“发捻”兴风作浪，贪得无厌的英法联军刚刚退去。理智告诉奕訢，当下局势，应以“灭发捻为先，治俄次之，治英又次之”。现在首要任务是剿灭洪水猛兽般的农民起义大军，目前他必须将绅民们的反洋教运动进行疏导，先致力于与西方国家修好，待平定各地之后再图抗外。这就是著名的“按照条约，不使稍有侵越，外敦信睦，而隐示羁縻”的外交政策和路线。
历史进入近代以前，世界上没有一个国家像中国那样，有着广袤的土地，令其他国家艳羡的财富，绵延数千年的文化。这些均让每一个首次踏入这片富庶土地的外国人震惊，当意大利人马可波罗依依不舍地离开之后，他向全世界传达了这样一个关于中国的信息：这是一个遍地是黄金的国家！而这个庞大帝国的统治者们也一直以为，寰宇之中，惟我独尊，其他皆为向我臣服和“朝贡”的蛮夷之国。尤其是晚清以来，大清王朝闭关锁国、盲目排外，沉迷于自己天朝上国的美梦中。殊不知世界的格局已经发生了天翻地覆的变化，被自己视为“蛮夷”的英、法、美等国早已跑到了世界的前列，并正策划着如何并吞这个历史上的大帝国！直到两次鸦片战争被打得遍体鳞伤，才有林则徐、魏源等胸怀强烈救国之志的开明人士开始“开眼看世界”，放下原有天朝大国至尊的观念，客观地去认识世界。
奕訢显然比他们更进一步，议和之后，自幼受到传统“天朝上国”思想影响的奕訢，迅速改变了对外国侵略者的态度，由以前的拒斥转而为合作。他当然没有忘记曾被侵略者凌辱的经历，但是，已经集军政、内外大权于一身的他，为了国家大计，他不得不暂时忘却往日的国仇家恨、是非恩怨。
这次教案发生后没几天，一辆西洋轿车便停在了总理衙门前，从车上走下几名法国人。他们是法国驻京公使，受其政府指使前来质问中国当局教堂被毁、教民被斩和传教士被捕杀的处理一事的。奕訢很客气地将他们迎进总理衙门大厅内。法国公使一改往日的亲善风格，先是很不客气地批评指责清政府方面没有信守条约内容，保护法国教民和教堂，接着提出赔偿要求。
从大局考虑，奕訢虽然在骨子里不认同西方宗教，但还是答应了法方的要求。同时奏请皇上发布了一道上谕，指示地方当局：
“各地方官仰体朝廷不得已之苦衷，妥为驾驭，弗令滋生事端。”
地方绅民能同仇敌忾，反对教会的侵扰行为，这何尝不是民族正气的宝贵体现呢？群众的这种排外心理，在抗击外来侵略的过程中是非常需要的。政府这时也应该加以保护，不能凉了他们的心呀！所以上谕中又有指示：
