“妥筹办理，既不可使洋人有所借口，亦不可稍失士民之心。务令中外相安，不生他变，方为妥善。”
时任江西巡抚的沈葆桢明了奕訢暗含的处理反洋教运动的方针：用疏导瓦解而非镇压的方法平息群众此时的激愤，落脚点仍为保护传教、维持当前中外关系。不几日，一份“调查报告”递到了总理衙门奕訢手中，查办结果，“莫能查出何人所撰（檄文）”。这样也就对反洋教事件的煽动者和参加者均不予追究，对法国教会方面赔偿一些财物了事。
就在湘赣教案发生前的这年元月（1862年1月），前方清军与太平军激战正酣之时，葡萄牙趁火打劫，来京与总理衙门谈判，要求取得英美法俄等国通过天津条约获得的同等权利。法国公使也搀和于其中，支持葡萄牙的权利要求。奕訢只得派总理衙门大臣恒祺为中方代表谈判，签订条约。结果令人惊愕，葡萄牙公使回国后，因他们的重大外交成果而大受政府嘉奖；中方因不懂国际法，匆匆签订条约，被套进了葡萄牙人设置的曲解澳门地位的陷阱之中，为后来有关澳门问题的纠纷即中国丧失对澳门的主权埋下了伏笔。
一切从“剿发捻”出发，为此，维持现有的“和局”，牺牲一点国家利益是不要紧的。这是处理反洋教事件和对葡条约谈判中表现出来的奕訢的内外策略。但“借师助剿”之策将“狼”引入室，结果狼的胃口越来越大。
英、法、美、葡等国几年内均从中国获得了令人惊异的权利和财富，欧洲其他二流国家以为中国好欺负，也跃跃欲试，想乘机从中国捞一把。
同治二年（1863年）春天，一个风和日丽的日子，普鲁士新任驻华公使李福斯满怀希望地来到北京，企图取得与英、法等国一样常驻北京的权利。奕訢不予理睬，态度很冷淡。李福斯只得于六月底悻悻离京。六年之后的丹麦和荷兰也曾因不满长期滞留天津不能驻京的现状，公然撞进北京。对他们，奕訢痛快地指责他国背约。直到英美公使从中斡旋，称丹麦公使是作为宾客应他们邀请而来京的，事情才得以收场。
这样，自同治元年（1862年）以慈禧——奕訢为首的统治集团决定“借师助剿”以来，清政府上下坚持走奕訢所推行的“外敦信睦，隐示羁縻”的外交路线，利用列强所支持和援助的先进的军火武器、派遣前来训练部队的外国教官和冲锋陷阵的外国官兵，最终击败了太平军，了结了困扰清廷14年的心头大患。
击败太平军后，清政府立即要求葡萄牙公使前来总理衙门，商讨撤销给予葡萄牙的与四大国同等的外交特权。其实，直到这时，奕訢等人对国家、民族的利益还没有清楚的认识。
同治年间，清政府与西方各国订立了诸多条约。奕訢主持对外关系期间，第一个与清政府缔约的国家是普鲁士。1861初，普鲁士人来华，要求获得与英、法、美等在《天津条约》中大体相当的权益，谈判进行了几个月，奕訢等人仅将争执的焦点放在老问题“公使驻京”上，却失去了国家、民族利益中关系甚大的片面最惠国待遇、领事裁判权和协定关税等项。普鲁士利用了中国官僚大臣对国际知识的懵懂，不费一兵一卒就取得了英法国家通过第二次鸦片战争才“收获”的果实。
中国痛丧对澳门的主权是另一个活生生的例子。
同治元年，乘中国内乱之机，葡萄牙特使、澳门总督来到中国，七月双方签订了中葡《和好贸易条约》。条约第二款规定：
“从前大清国与大西洋国（指葡萄牙）来往交涉……一切旧章自应革除，永远不得别有异议。”——这就是说，以往清政府与葡萄牙所达成的一切协议，均已无效。其实，此前，除了澳门问题外，双方并没有签订什么实质性的协议，此项内容无非是要抹煞以前规定的清政府对澳门的主权。
“大清国大皇帝任凭仍设立官员驻扎澳门，管理通商贸易事务，并稽查遵守章程。但此等官员……其职任事权得以自由之处，均与法、英、美诸国领事等官，驻扎澳门、香港等处官员，办理自己公务，悬挂本国旗号无异。”——这句话实际上是承认了澳门属于葡萄牙，因为此项内容已将清政府驻扎澳门的官员，置于外国领事官的地位。
