葡方还在条约中文文本中添加有这么一句：“大西洋国大君主现即谕令澳门官员实心出力帮同防备该处……”，“帮同”一词，看似承认澳门的主权属于中国，但英、葡文本则没有。中文文本与葡、英文本不一致，必然导致双方关于澳门主权的争端。而条约又规定，争端发生后的“剖断”权交由其他与清朝缔约的列强。这在当时的国际环境下，吃亏的必然是中国。
圈套就这样设定了。同治三年，问题被发现。发现这个问题的是当时头脑还算敏锐、对国际法相对有较多认识的前江苏巡抚、头品顶带通商大臣薛焕，此时已调任总理衙门大臣。于是总理衙门立即提出修改条约，尤其是其中关于清政府派驻的澳门官员被视为“领事官”的内容，葡萄牙拒绝接受。最终，条约因未批准和互换而不能产生效力。同治七年，奕訢根据总税务司赫德的建议，打算用100万两白银赎回葡萄牙在澳门的建设成果，因故也未能实现。光绪十三年（1887年），双方签订《和好通商条约》，中国最终丧失对澳门的主权。
中国人在整个澳门事件的交涉过程中，显得是那么地被动和懦弱！清朝官员无知盲目达到惊人的地步！与前人相比，奕訢等人虽然对国家知识、国际环境、国际法的认识是有长足的进步，但是与国际社会相比，差距还是非常大的。
在奕訢主持总理衙门期间，从19世纪60年代开始，大清王朝先后与英、法、俄、美、德、丹、荷、比、意及奥匈帝国等，建立了外交关系和商务关系。并于同治五年（1866年）同治七年（1868年），两次派出大清出国考察团；又于光绪二年（1876年），派出第一位驻外使节郭嵩焘。尽管奕訢在办理外交事务时，显得有些幼稚笨拙，有着种种不尽人意之处，但无论如何，他开创了中国近代外交，并对中国近代外交事业作出了不可磨灭的贡献。
