周祖培略一沉吟，找到了一个缓兵之计，他答道：“此事需有实据，容臣等退下后纠察以闻。并请与大学士倭仁共同审理这个案子。”
慈禧不好再作驳斥，遂准奏。
周祖培和倭仁不敢迟延，立即着手办理此事。他们就蔡寿祺在奏折中所称奕訢贪墨、骄盈、揽权、舞弊四大罪状一一讯问证据。贪墨，即指收受贿赂，任用私人。蔡寿祺只就此一项，指出薛焕、刘蓉二人，并且也还只是风闻，并无实据。其他几项更是含混其词，纯系诬告。这下他们犯了难，如据实回禀太后，那太后不也同有诬告之罪，况且她处理此事的底细是什么，也还没摸清。最终大家在复奏中用了甚为谨慎的语言叙述审讯的结果和处理建议：
阅原折内贪墨、骄盈、揽权、徇私各款虽不能指出实据，恐未必尽出无因。况贪墨之事本属暧昧，非外人所能得见。至骄盈、揽权、徇私，必于召对办事时流露端倪，难逃圣明洞鉴。臣等伏思黜陟大权操之自上，应如何将恭亲王裁减事权，以示保全懿亲之处。
次日，两宫皇太后又召集周祖培、倭仁等人。见了面，慈禧并不急着追问审查的结果，更不看大家递上的复奏，反而径自拿出一份已事先拟好的懿旨，让诸位大臣传阅。
这是一封由慈禧亲自执笔书写的惩戒奕訢的谕旨，整个朱谕文字之尖刻激烈，让人感到畏悚，“欲加之罪，何患无词”，这完全出乎大家的意料，大家这时也全明白了慈禧的用心。
“诸位还有什么异议，若无异议，就这么着吧。”慈禧冷冷地说道。“倭仁、周祖培，你二人稍稍润色后，由内阁明发。今儿到此为止，散了吧。”说罢，摆摆手，示意大家离开。
慈禧不经奕訢主持的军机处，而直接指令内阁明发此诏，表明了她罢黜奕訢的决心。同时，她此次不凭证据而革除重臣职权的做法，也是太后、恭王联合政权一步步走向破裂的开端。
“狡兔死，走狗烹，高鸟尽，良弓藏，天下已定，我固当诛”！一连十几天静坐于王府之中，奕訢暗暗品尝着自己种下的垂帘听政的恶果。想当初，这对母子要用到自己稳定内外局势的时候，是多么地客气和给予优待！自己也原想通过垂帘这种形式使实权掌控于手中，直到皇帝亲政之时为止，没想到两宫太后，确切地说是西太后，有着这么强烈的权利欲望，以往是小瞧了她。
奕訢被罢黜的消息一时引起轩然大波。王公贵族和诸大臣纷纷上疏，发表不同意见。一向很少过问政事的惇亲王奕誴首先上一疏，表达了与慈禧不同的政见。惇亲王所言颇有道理，但并不一定见效；然而道光帝第五子惇亲王是现存的子弟中排行第一、地位最崇的一位皇子，他的话，慈禧不得不重视。
当日，两宫太后召见了孚郡王和军机大臣文祥，令其将惇亲王和蔡寿祺的折子发至由各王公、大臣、翰、詹、科、道组成的内阁会议讨论。在这次召见中，两宫太后说了一些嘉奖奕訢的话，事情似乎有了转机。奕訢心里稍稍轻松了些。
然而第二天，情势陡变。慈禧召见倭仁、周祖培、瑞常、吴廷栋等八大臣，又当面百般数落奕訢的种种不是，同时对惇亲王为奕訢说情也表示了不满，极尽嘲讽之能事。并怒称：“恭王狂肆已甚，必不可复用”，铁定了心要惩办奕訢。慈禧内心想削去奕訢的一切权力、排挤奕訢已经不是一天两天了。然而此时，她也还得顾忌证据不足和各位王公大臣的极力劝阻等因素。在国家用人之际，王公大臣们希望不要随意废黜像恭王这样才能具佳的重要宗臣。恭亲王自办理夷务以来，一向主和，颇称西方国家之心；若突然撤换执政，西方国家也会怀疑，乘机要挟，外务就又陷入难办的境地了。慈禧从懿旨发出去后中外的反应已知，现在时机并未成熟。她两次召见大臣，商议惩处奕訢，突出最后决定权在自己，然后静待时机成熟，顺梯子下台。
大学士倭仁等从两宫太后处退出后，迅速赶到内阁，与六部、九卿、翰、詹、科、道一起开会。会上发生了激烈的争执，争论双方都以自己听到的懿旨为准，认为对方所说不实。其中只有钟郡王一个人是参加了这两次召见的，他两次均以押班者的身份带领诸臣进见。于是双方都将目光不约而同地集中到钟郡王身上，希望他能为自己作证。
