七月二十九日，同治帝召见王大臣及翁同龢等人，将停止修园的责任推到他们身上，反问诸臣为什么不早奏，责问翁同龢为什么根本不上奏。奕譞、奕訢反复解释，同治帝发怒，甚至指责他们有离间母子把持朝政之嫌，奕訢、奕譞赶紧叩头申辩。朝堂辩论之间，同治帝看出停止修园已是大势所趋，遂言语道：
“待十年或二十年后，四海平定，库项充裕，园工可以再开始吗？”
重臣们连忙答道：“如天之福，那时必当兴修。”
但作为交换条件，圆明园工程暂停，北、中、南三海要修。双方互做让步议定结果之后，方才退出大殿，去吃中午饭，军机大臣们则回到军机处拟旨。然而谕稿呈上之后，同治帝并未马上批答，而是发给大家一道写好的朱谕：尽革恭亲王所兼军机大臣及一切差使，降为不入八分辅国公，交宗人府严议。报复的心理已经让他失去了理智。不入八分辅国公在清代宗室爵位中居第十等，将奕訢一下子由第一等和硕亲王降至了第十等，可见同治帝对奕訢的仇恨之重。
文祥等人见了，拒不接旨，并请求得到召见，以求事情有回转的余地，同治帝一概拒绝。但第二天，同治帝又发下经更改的朱谕，称自亲政以来，“每逢召对恭王时，语言之间，诸多失仪。著加恩改为革去亲王世袭罔替，降为郡王，仍在军机大臣上行走，并载瀓革去贝勒郡王衔，以示惩儆。”接着，他又以“朋比为奸，谋为不轨”的罪名拟了一道圣谕，革去恭王、惇王、醇王、伯王、景寿、奕劻、文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻等十位重臣的职务。
同治帝越闹越不像话了。两宫太后知道后，赶紧驾御弘德殿见同治帝和十位重臣。同治长跪于下，两宫太后流着眼泪抚慰恭亲王，说：
“十年以来，没有恭王何以有今日，皇帝少未更事，昨谕著即撤销。”
有太后这句话，众臣也就放心了。同治帝惩处恭亲王的上谕被慈禧扣下，留中不发。次日两宫太后又颁发懿旨，赏还恭亲王及其子载瀓爵位；这一日，也发下了停止园工、整修三海的上谕。至此，一场修园风波才得以平息。
这场斗争，看似奕訢等人与同治帝的较量，实乃与慈禧太后的较量，在这场斗争中，奕訢从国家长治久安的目的出发，力阻修园一事，赢得了众臣的支持和拥戴。慈禧开始站在幕后，当遭到抵制、修园的计划无法真正实现时，慈禧又站到了前台，充当了正面角色，充分显示了她的老谋深算和政治策略的精明；奕訢虽然成功地阻止了修园，但加深了与慈禧和同治帝的矛盾，地位也日渐削弱。当同治帝驾崩、慈禧再度垂帘时，权力的重心开始向慈禧倾斜，奕訢权力的巅峰时刻已然过去。
