“众卿，数日以来，皇上龙体欠安，不能躬身披览奏折、裁决事务，哀家甚为焦虑。尔等当思办法，当有公论。”话语中只字未提同治帝已令李鸿藻和奕訢代笔的事，慈禧意图，无非是让众臣再次吁请太后垂帘听政。当场即有一些宗室王公提出：“请两宫皇太后权时训谕。”之后拟折，交于两宫太后。慈禧拿着奏折，觉得由大臣们直接向自己奏请未免表现得太过直白，遂叫大臣们“先奏明皇帝，不必径请”。
次日，慈禧便会同慈安在同治帝榻前再度召见军机大臣和御前大臣。与昨天的情形不同，今天的同治帝已能坐立，声音宏亮有力，气色甚好，他当面谕令奕訢，说：
“天下事不可一日稍懈，拟求太后代阅折报，一切折件，俟百日之喜，余即照常好生办事。”同时特别告诫奕訢说：“当敬事如一，不得蹈去年故习。”语气相当生冷和严厉。奕訢不便申辩，叩拜接旨，众臣也未敢再多言。这时慈禧发话了：
“昨儿在西暖阁召见，代阅折报乃出臣工所请，本恐烦皇帝心虑，今当诸大臣即告皇帝勿烦急。”
次日，明发上谕宣告依惇亲王等的请求，今后阅折和裁决事由太后代行。所谓惇亲王的请求，实际上是奕訢在同治帝和慈禧暗示他放弃阅折权力后，不得已联合诸大臣，由惇亲王领衔所上移交权力与慈禧的折子。至此，奕訢总共行使了不过5天的代为阅折和裁决权。
在这之后，为同治帝治病成了天下瞩目的大事，经荣禄推荐，皇宫曾请过一位年近89岁治疗外症的民间名医祁仲来诊治，祁仲诊断皇上的痘痈之疾发处并非肾俞穴，而在肾俞下，应用十全大补汤。但后来慈禧并未采用祁仲的药方，可见慈禧对同治帝所患何疾是相当清楚的。在西暖阁召见军机和御前大臣示意移交权力时，她也曾明确提过：
“上体向安，必寻娱乐，若何以丝竹陶写？诸臣谅无论议。”明确地将同治帝染疾与寻欢作乐的行为联系起来。然而当诸位大臣言及皇帝的宫闱琐事乃是皇上致病之由时，慈禧还是生气了。其中惇亲王说得过于直白，慈禧更是多加诘责，最终大伙只得叩头请饶，不敢再言此事。为尊者讳，对外只称皇帝是逢“天花之喜”；开药时，也只好按天花下药，结果药不对症，疾病越来越严重。对此，奕訢也无能为力。他对慈禧“冲喜”的迷信活动非常不满，但又不能直言，只得一而再再而三地指示太医院要将同治帝的病治好，由于种种原因，朝廷没有聘请西医。后来，一位美国公使给清政府的报告中说：
“同治帝若以西医及科学方法诊治，决无不可医之理，决非不治之症。”
这样，十二月初五日（1875年1月2日），同治帝在生病45天后死去。
同治帝的死，再次打破了奕訢与慈禧之间权力的均势，接下来是重要的权力继承问题，这时的慈禧已经可以抛开所有的顾忌，而独自一手策划第二次垂帘听政了。
按照清代的祖制家法，皇位的继承应该从皇族近支中选一位晚辈来继任。同治帝是“载”字辈，他的下一辈为“溥”字辈。“溥”字辈中，大家一致认为溥伦最为合适。因为溥伦是道光帝长子奕纬的长孙，虽然他的父亲是从别支过继过来给奕纬的，但名分上，溥伦还是道光帝长子的长孙，符合祖宗家法，名正言顺。但慈禧为了独揽皇权，坚决要立“载”字辈来继承皇位。因为如果让“溥”字辈当了皇帝，那她将会因孙为帝而被晋尊为太皇太后，那样也就再无机会垂帘听政、干预政事了。
慈禧不同意立“溥”字辈为帝，大家也无计可施。但同治帝死前，曾召师傅李鸿藻于病榻前，命其代草遗诏千言，有意将帝位传给载字辈中年龄最大的载澍。慈禧看诏后，愤怒地掷于地上。她心目中未来皇位的继承者，是醇亲王奕譞之子载湉。载湉其时年仅四岁，方便慈禧揽权；而载湉之母为慈禧之妹，将来即使皇帝长大成人，也会对慈禧恭顺，听她的话。
