所以，当同治帝死后，慈禧立即在养心殿西暖阁召集群臣，表明自己的心迹。她迫不及待地问众臣：“此后垂帘如何？”
枢臣中有人做答：“宗社为重，请择贤而立，然后恳乞垂帘。”
慈禧太后马上接下话茬，斩钉截铁地宣布：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者，实不愿，须年幼者，乃可教育。现在一语即定，永无更移，我二人（指与慈安太后）同此一心，汝等敬听，则即宣曰醇亲王之子载湉。”
听到这出人意料的结果，奕譞碰头痛哭，昏迷伏地。
以上是《翁同龢日记》中关于这次选嗣立帝的记述。其中有两点是明确的：一是经过十多年的垂帘听政，慈禧已确立了在最高统治集团中的稳固地位，所以她才敢说一不二；二是经过多次的打击、罢黜，奕訢的势力逐渐遭削弱，已经不是慈禧的对手，所以在选储立嗣如此重大的问题上，奕訢只能表示缄默，防止遭致其父子觊觎皇位之嫌。文武大臣见名望最高的恭王如此，也不敢多言。
次日，慈禧再次玩弄辛酉政变时的伎俩，命六部、九卿、翰、詹、科、道妥议垂帘章程，同时宣布，次年改元光绪。光绪元年正月二十日（1875年2月25日），载湉在太和殿举行登极大典，接受百官朝贺，慈禧二度垂帘的局面正式形成。
奕訢则开始了不居辅政地位的第二次辅政。在当时列强环伺、险象丛生的局势下，他极力主张避免战争，以争取更多的自身建设的时间；他积极筹划海防，维护主权、收复失地；他设计近代化的总体蓝图，积极拓宽近代大机器生产的领域，加强信息手段和铁路交通建设等等。其间的阻力也可想而知，随着年龄的渐长和世事的变迁，他的锐气也渐渐在消磨，锐意改革的热情也渐渐冷却。
光绪二年（1876年）五月初四日，在军机处当值19年可谓三朝元老的资深重臣文祥病故。文祥为人忠诚、开明而又善于照顾传统，是一个在各方面都很受欢迎的人物。他的死，对奕訢是很大的打击。奕訢于文祥逝世的次日亦即端午节时亲临哭祭，心情沉痛地赋诗一首以示悼念：
大旱甘霖望未成，霾氛光掩辅星明。
志安中外臣工瘁，功在旂常帝念萦。
正直一生惟谨慎，匡襄廿载矢忠诚。
从今别有盈怀泪，不向湘江哭屈平。
感念之情，跃然纸上。文祥是奕訢的左膀右臂。奕訢很贤明，也很有能力。但在一些重大问题的决策上，他非常依靠文祥、宝鋆等人出主意。他们共同努力，度过了许多的难关。文祥的死，无疑使奕訢失去了一个忠实的助手和高级参谋。从此，宝鋆只在重大问题上发表意见和看法，军机处大主笔的任务就落到了沈桂芬的身上。
沈桂芬是同治六年由奕訢引进军机处的。他以“洋务长才”著名，积极追随奕訢，推行洋务，在军机处与以传统“正学”自居的李鸿藻常意见相抵触。李鸿藻以“反对派”的形象存在于军机处中，常常反对并阻挠某些改革措施的实行，与沈桂芬有矛盾，不肯附和。
李鸿藻因是帝师，同时又深得两宫太后的好感，地位甚为显赫，且在他周围聚集了一批政治保守的翰林、言官，形成一个有政治倾向的“清议派”（或称“清流党”）。沈桂芬感到势单力薄，于是召门人王文韶入军机处作为自己的支柱。光绪六年，沈桂芬死去，王文韶在两年后也被李鸿藻排挤出军机处。
奕訢在整饬官场、纠弹时弊、抵制宫廷违制行为等方面利用李鸿藻“清议”的势力，但在推行改革方面又提防着他们。由于日益感到自身孤立无援，他力图在主张改革的“洋务派”和主张保持传统的“清议派”之间寻求平衡，保持一种超然的态度。这样，改革的步伐就逐渐放慢了，奕訢也不再像以前那样大刀阔斧，许多近代化的设想也因碍于守旧舆论而被搁置。
