同治十三年十二月下旬，李鸿章不顾军机处令各地督抚原地维持地方不必吁请叩谒梓宫的寄谕，从保定的总督驻地赶赴北京奔同治帝大丧，他此行的实际目的是进京陈述其近代化的总体设想。他首先晤见了奕訢，双方意见一致，认为值此紧要关头，必须打破陈规，努力改革，实现近代化，这才是中国自强图存的惟一方法。李鸿章请奕訢向两宫太后陈述这种构想。
奕訢何尝不知道李鸿章所提建议的重要，数年前他也提过，曾有过宏图壮志，想要改变大清腐朽面貌，建立近代化新国家，但多处碰壁之后，很多计划都被搁置。如今，奕訢已不如当年那般有勇气和魄力了。此时的他不愿如教育大辩论时那样成为众矢之的，也不愿像同治年间那样为太后一一剖断。多年的在朝经验告诉他，两宫太后也不能定此大计，但他还是设法让李鸿章三次觐见太后。李鸿章借机将其关于经济、军事、外交、教育等全方位近代化改革的设想系统地向太后作了讲解。如奕訢所言，知识和经历均有限的太后也无法确定改革的正确与否。尤其对是否停止西征，将有限的资源用于建设近代海军巩固海防的提议不置可否。
当时京内外大员关于停止西征、建设海军的观点形成两种对立的看法，即近代史上的“海防”和塞防之争。前者如李鸿章，主张停止西征，巩固海防；后者则主张应以塞防为主。双方争执不下。奕訢和他的智囊人员向来是重视海防的，但对这种各执一端的争论，奕訢认为，这不是爱国与卖国之争，而是将有限的财力先用于何处的争议。如果能够开源和节流并举，是可以做到海防和塞防兼顾的。奕訢的观点遂成为大家一致赞同的观点。
军事上的近代化，离不开信息手段的近代化。同治十三年（1874年）台事钦差大臣沈葆桢在处理日本侵台事件时奏称：“台洋之险，甲诸海疆，欲消息常通，断不可无电线。”奕訢是早就想采用电报这项快捷方便的信息传播技术了。他详细向两宫太后讲解电报的功能，并说明信息手段近代化的重要性。两宫太后接受了奕訢和沈葆桢的意见，谕令沈葆桢等迅速办理闽台电报。英、美、德、法知道中国要铺设电报的消息后，抢先一步，诱使福州通商局草签了合同并开始施工，想借此攫取电报线铺设权。奕訢认为中国的电报一定要中国自办。他反复强调，并指示沈葆桢会同闽浙总督李鹤年“不在价值多寡”，宜及早买回、妥筹办理。但这时又出现了传统观念的阻碍。福建守旧士绅进言：“电线之设，深入地底，横冲直贯，四通八达，地脉既绝，风侵水灌”，求忠臣必出于孝子之门，架设铜线，如此不顾祖宗之丘墓之举，又怎能希望他们尊崇君亲上呢？面对以忠孝为护符的迷信论调，奕訢也无办法，闽浙设电报事因此久拖不办。与此同时，发生了另一件更令奕訢棘手的事情。
英国早就觊觎中国西南，并着手组织探险队先行探测西南的地理资源。同治十三年（1874年），当英国第二次组织探险队进入云南边境时，与边民发生冲突。英国翻译马嘉里和随行5名中国人被杀，这就是“马嘉里事件”。事件发生之后，英国公使立即向总理衙门递送了一份备忘录，提出交涉条件。奕訢与来京祭奠同治帝的李鸿章会商，认为需要通过处理马嘉里案调整中外关系和中央地方关系的策略。他认为处理中外关系，已经不能再按传统的观念行事，西方的国际关系准则不是不可接受的。在中央和地方关系方面，他认为当时只有总理衙门比较熟悉国际形势，奉行和平外交政策，其他各部衙门及地方则与总理衙门严重脱节，地方官吏大多厌恶与外国人打交道，甚至无视中央外交政策，抵制既成条约，给外国侵略制造了口实。局部冲突足以影响大局。奕訢于是作出努力，并在赫德的斡旋下，光绪二年七月二十四日（1876年9月11日），李鸿章赴烟台与英人谈判，签署《烟台条约》，满足了英人的一些要求，但坚决拒绝了英方关于惩办云南官吏的要求。至此，马嘉里案才告一段落。
