《烟台条约》签订不久，左宗棠呈上的关于西征军攻克新疆乌鲁木齐的奏报让奕訢兴奋了好些天。在报捷折中，左宗棠还特别提及军机处和户部筹措军饷是胜利的主要原因，特别向奕訢表示了真诚的感激之情。西征军的节节胜利，使盘踞新疆南八城和吐鲁番的阿古柏政权惶恐不安，英国方面想以代阿古柏政权乞降为名，阻止中国收复新疆，从而以新疆阿古柏政权为屏障，防止印度落入俄人之手。左宗棠的复函中透彻地分析了英人意图的本质，并充满必胜信心地称：“无须英人代为过虑也”。奕訢见到前敌将帅有如此的见识和信心，就放手让左宗棠全力收复新疆。光绪三年十一月十四日（1877年12月18日），沦陷12年之久的喀什噶尔重回祖国怀抱，之后，南疆诸城全部收复。
在维护国家主权的同时，奕訢还积极扩展机器大生产的领域，发展本国工业。就在改革事业初见成效之时，光绪二年，南方五省发生大水灾并相伴随着社会风气的恶化，反对变革的清议派借此机会，以“灾异说”攻击朝政，称当时朝政为以恭亲王为首的枢臣所把持，腐朽拖沓至极，无法对当前灾害采取有效措施；进而又以“华夏优越论”反对中国的近代化，以“道德”和“清议”压制改革。改革再次遇到了重大的阻力。奕訢明哲保身，极力保持超然事外的态度。改革派人数虽多，呼声却很小。清议派因有慈禧做后盾，声势浩大，压过了改革派。改革派人士很是失望。
光绪五年三月（1879年3月），日本悍然吞并琉球，并立为冲绳县。光绪六年，中俄战争乌云密布。之后筹建海军，建设铁路，越南、朝鲜问题等，都需要奕訢和总理衙门去交涉，一项项地去处理。
正当奕訢忙得不可开交的时候，光绪七年三月初十日（1881年4月8日）戌时（晚7时至9时），慈安太后钮祜禄氏突然死去。对慈安太后究竟是怎么死的，大家有种种的疑问，一时间传说纷纭。
慈安在咸丰二年立为皇后，慈禧当时不过为贵妃，位在慈安之下。咸丰帝死后，慈禧的儿子载淳继承皇位，母以子贵，慈禧也被封为皇太后。在等级森严的封建社会中，慈安的正宫皇后身份，与慈禧在名分上的差别，对慈禧的掌权形成一种威胁，使慈禧永远不可能凌驾于慈安之上。慈禧与慈安之间的矛盾，就由此而产生了。
在咸丰灵前的“礼节细故”之争，两宫太后都落得不高兴；此后，这种争端频频发生。光绪六年在致祭东陵的时候，又在礼仪上发生了激烈的争执。这种争执实际为地位之争和权力之争。多年来，两人之间的矛盾一直或明或暗地存在着。
咸丰帝死后，肃顺等八大臣辅政，不太把两位太后放在眼里。这时的两宫太后为了能除掉这个共同政敌，过从甚密，虽说或多或少都存在一定的矛盾，但在当时的情况下，比较容易化解。政变成功后，慈禧因惧怕祖制的嫡庶之分，小心谨慎不敢失礼，遇事均与慈安太后商量，以示对东宫的尊重。加之恭亲王奕訢在中间调和，有话就直说，两宫太后之间看上去是一团和气。然而此后发生的一系列事情加深了两者的矛盾，增加了慈禧对慈安的仇恨。
开始是同治八年，慈安、奕訢和同治帝联合起来按祖制处死了安德海，一时中外无不称颂，而慈禧的心中却留下了积怨。同治十一年关于给载淳立后一事，双方又再起争执，意见相左。慈安所争的阿鲁特氏后来被立为后，而慈禧所争的凤秀的女儿只屈居慧妃之位，慈安获胜，慈禧记恨，双方矛盾加深。同治帝死后，慈禧费尽心机立醇亲王之子4岁的载湉为帝，本想趁皇帝年幼，一手遮天，把持朝政，谁料光绪帝入宫后，因慈安太后性情温和，不像慈禧那样严厉，所以小皇帝喜欢亲近慈安太后，对慈禧却相当地疏远。这使慈禧感到恐惧。要是小皇帝被慈安唆使来反对自己，威胁自己的地位，该怎么办？慈禧的恐惧心理，随着光绪帝年龄的增长，与日俱增，对慈安的防范心理也日渐急切。双方矛盾渐如水火，因此便有种种关于慈安是慈禧害死的推测和传说。
