据载，咸丰帝临死前，曾交给慈安太后一道密谕，要她好好约束叶赫那拉氏。慈禧听说后，行为便不太敢张狂。光绪朝时候，慈禧再度垂帘，慈安对政治有倦怠意，不多过问政事，有时甚至不出来垂帘摄政，慈禧更加纵恣无度。她一人召见廷臣，有事竟不复禀慈安，慈安太后内心多有不平。光绪七年发生的一件事让慈安太后瞠目，这一年慈禧骤患重病，遍征中外名医医治均告无效，惟有薛福成的哥哥薛福辰给慈禧太后诊脉后，得其病因，开药慈禧太后服用后，病得痊愈。后得知薛福辰所开药剂均为产后滋补之药，慈安知慈禧失德，决定好好劝劝慈禧，让她保全皇家体面。一日，摆酒宫中，庆贺慈禧大病痊愈，忆及协力清除肃顺及同治十余年的垂帘听政事，慈禧悲不自胜，话语很讨慈安的欢心。慈安听后，也对慈禧坦诚相见道：“你我都是年过半百之人，不知何时均要去见先帝了，幸得20余年来你我能同一条心。既然这样，我也不瞒你，先帝升天之前，曾交给我一物，是关于妹妹的，现在看来是没什么用的了。此事不要声张出去，以防外人怀疑我姐妹二人表面上和好而暗地里互相嫉妒。”说完从袖中取出文宗遗诏，给慈禧看。慈禧看后，面色顿变，惭愧不已。慈安见慈禧有真心悔过之心，索要过函文，随即于灯烛上烧了。慈禧又是羞惭又是愤怒，表面上仍做感激涕零状，内心窃喜。以后时日里，慈禧对慈安甚为恭敬，慈安以为是自己的规劝起了作用，孰知慈禧已有歹意。
又据说，慈禧欲害慈安的念头始于慈安亲见了慈禧的不轨行为。立载湉为帝，并非慈安之意，后垂帘听政制度建立，慈安则多持斋念佛，长居宫中，朝中事实际由慈禧把持，慈禧从此为所欲为。当时都门有位唱戏的武生叫杨月楼，得到慈禧的专宠，随意出入宫禁，每次进宫即恒久不出。一日，慈安有事欲告知慈禧，突然前往慈禧居所，适逢慈禧不在，却见杨月楼袒卧于慈禧的床上，慈安惊惧，叫来宫中婢奴，授意此事不得张扬。后慈禧处死杨月楼，慈安虽久惊怒，实际并未追究，慈禧更加疑惧。遣宫婢多次进献慈安食盒，慈安不疑，受而食之，不久即死去。
又有一说，称是因李莲英起事。李莲英因得慈禧太后宠幸，仗势胡为。一日慈安太后乘辇车过某殿，李莲英与小太监角力，对慈安置若罔闻，慈安怒以杖责之，并到慈禧住处教训了慈禧一顿。慈禧不服，两人闹翻。不几日，即传慈安暴崩一事。
当时民间流传的说法有多种，但多数经不住仔细分析。张尔田指出：慈安的病况，可详见翁同龢日记，哪里有食盒外进之猜疑？二十年来，排满思想，深入人心，时人不痛诋清代则不快，即使是光绪帝的日讲起居注官恽毓鼎的《崇陵传信录》也断不可信。学者金梁也在《清帝外纪·清后列传》中，对慈安焚烧遗诏和慈禧进献毒盒事，提出质疑：“手敕既然焚毁，敕语内容又从何而知？食盒外进，又有谁见到了呢？”
这么说，慈安的死就与慈禧无关了吗？也不尽然。当时的翁同龢、张之洞等人根据种种迹象，也心存疑惑。
翁同龢的日记中留下了诸多疑点。皇帝皇后生病，按清祖制，应先由军机、御前大臣详细了解情况后传御医，然后御医诊断、开药方，药方应交军机、御前大臣传视，以显示慎重。而慈安九日患病，当日并未见医方发下，这是为什么呢？慈安因偶感风寒，却不到一天就骤然崩逝，死后第二天公布的五个药方，均未说明致病原因，这又是为何？死后第三天，似乎为了消除人们的疑虑，所发药方才写上“伤感过甚，诸症骤发”的含混言语，且药方上也没有御医庄守和的名字。凡此种种，不能不让人生疑。
张之洞觉得事情蹊跷，曾致信李鸿藻：“此事实出非常，殓奠一事，翰林院一向是派人轮班前往的，但至今未见知会一声，也没听说到底是派了谁去？”并请教李鸿藻，“现在是应静候呢？还是应径直前往呢？即使翰林院没有被派，应当没有大碍吧？敬请指示，不甚感激。”张之洞对慈安逝世后的殓奠的反常迹象也不知如何是好，所以写信求教李鸿藻。事过多年，荣禄才透露了殓奠的秘密。当时荣禄任内务府大臣，慈禧避开了那些好“遇事生风”的翰林院，派荣禄亲自前往殓含，并谕示荣禄：“尔等详细视殓，勿令人有疑辞。”荣禄听慈禧这么一说，反倒胆战心惊，殓奠时，未敢多看一眼，赶紧殓毕退下了。慈禧这种欲盖弥彰的做法更显示了背后藏有不可告人的隐密。
