“军机处实为内外用人行政之枢纽。恭亲王奕訢等，始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近年爵禄日崇，因循是甚，每于朝廷振作求治之意，谬执成见，不肯实力奉行”等等。
上谕最后宣布将奕訢为首的军机处全班撤换。奕訢被革去一切职务，并撤去恩加双俸，令家居养疾，处罚最重。跟随奕訢二十多年的宝鋆也被开去一切差使，仍以原品休职；李鸿藻和景廉降两级调用；翁同龢革职留用，退出军机，仍在毓庆宫行走，继续为光绪帝授读，处罚最轻。
同日还宣布：礼亲王世铎，户部尚书额勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之万在军机大臣行走，工部左侍郎孙毓汶在军机大臣上学习行走。次日（4月9日），又有上谕宣布：“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕譞商办，俟皇帝亲政后再降谕旨”。
这样，清明节前后不到一个星期的时间，慈禧完成了军机处的变动。
改组后的军机处全然为“醇党”人物所掌控。盛昱和御史丁振铎等于事后上折，称“恭亲王才力聪明，举朝无人能及”，因此请慈禧令恭亲王等仍当差效职，奏疏上达后，慈禧留中不报，不予理睬。
慈禧紧接着又对部院大臣作了调整。原礼部尚书徐桐接李鸿藻任吏部尚书，礼部尚书由原左都御使毕道远接任，理藩院尚书乌拉喜崇阿接任景廉兵部尚书一职，理藩院尚书则由原左都御使延煦接任，都察院左都御使分别由原吏部左侍郎昆冈、祁世长接任。贝勒奕劻管理总理衙门事务，内阁学士周德润、军机大臣阎敬铭、许庚身后来也在总理衙门行走。八旗都统也相继作了变动。
光绪十年（1884年）为农历的甲申年，这年的三月（4月），“当之无愧”的清王朝的女主人最终为其独揽大权扫清了道路。她用了不到一个星期的时间，彻头彻尾地撤换了奕訢和以奕訢为首的军机处；又用了不到一个星期的时间，使王朝的官僚层实现了一次大换血，建立了完全听命于她的官僚阶层。这次重大的人事变动，历史上称“光绪甲申朝局之变”。
这次奕訢遭罢黜，与十九年前的那次弹劾风波引起的反响完全不同。当时列名于倭仁奏折和肃亲王奏折的王公、宗室、大臣共计70余人，加上都察院、宗人府的大臣，内阁学士、给事中、御史等等纷纷上折，形成一股强大的舆论力量，迫使慈禧最终收回成命，恭王仅仅只被削掉一个封号。而这一次罢免却呼声甚微，仅寥寥数人上疏。为什么会有如此巨大的反差呢？
辛酉政变之初，奕訢重用汉臣，对曾国藩、李鸿章、左宗棠等有求必应，不加遥控；对外实行“外敦信睦，隐示羁縻”的外交路线，力求中外和好以借师助剿，最终扑灭了太平天国运动的熊熊烈火，使摇摇欲坠的清王朝的统治得以稳定，奕訢因而获得“中兴贤王”的誉称。此后，为防止汉族地主势力的发展，从稳固王朝统治的角度考虑，奕訢大力剪除和限制湘淮地方势力。李鸿章等都曾为此批评奕訢听信浮言，抱怨总理衙门庸鄙无远见。面对西方工业化的浪潮，奕訢为清王朝的长治久安计，倡导向西方学习，引进先进的机器设备和生产技术，开展洋务运动，这又为满族亲贵和封建顽固派所不容，认为是“以夷变夏”。此外，奕訢的“羁縻”外交并未使中外和好的局面长期维持，帝国主义也早看出这种外交政策的实质是在和平的背后排斥外国，远不如李鸿章和奕譞顺从于外国势力。慈禧绕过奕訢，通过李鸿章和洋人拉关系，李鸿章集团权势地位上升，渐呈取代奕訢集团的趋势。
慈禧则经过二十多年的苦心经营，实力渐长，熟谙宫廷斗争的艺术，政治经验也越来越丰富。慈安死后，慈禧大权独揽，常对臣下行不测之威。此次罢黜奕訢，不像十九年前指使蔡寿祺上无凭无据的弹劾折子那样，慈禧作了精心的准备。她抓住山西、北宁失守，徐延旭和唐炯遭逮问后，人们纷纷要求追究最终责任人的时机，将责任推究到奕訢和宝鋆的因循失职。与十九年前发下诏书让廷臣讨论相比，这次诏书的发布更显果断和威严。慈禧单独召见了领班军机章京，以“御前拟旨以上，朱书授之以出”的方式发下谕旨，表明这是宸断，不容妄议。
